Method development for metaproteomic analyses of marine biofilms

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 9, 2012, Pages 4006-4013

  Leary, Dagmar Hajkova ^a   Hervey, W Judson ^a   Li, Robert W ^b   Deschamps, Jeffrey R ^a   Kusterbeck, Anne W ^a   Vora, Gary J ^a  

^a NAVAL RESEARCH LABORATORY   (United States)

^b AGRICULTURAL RESEARCH SERVICE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID ANALYSIS; BIO-MOLECULAR; ENVIRONMENTAL SAMPLE; GUANIDINE HYDROCHLORIDE; LC-MS/MS; MARINE BIOFILMS; METHOD DEVELOPMENT; MICROBIAL COMPOSITION; NANO LIQUID CHROMATOGRAPHY; PROTEIN EXTRACTION; PROTEIN IDENTIFICATION; SAMPLE PREPARATION METHODS; SEARCHABLE DATABASE; SODIUM DODECYL SULFATE; SWISS-PROT; TANDEM MASS SPECTROMETRY; WET WEIGHT;

AMINO ACIDS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PHENOLS; SODIUM; SODIUM SULFATE;

BIOFILMS;

PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BIOFILM; CHEMISTRY; ISOLATION AND PURIFICATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PROTEIN DATABASE; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; BIOFILMS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DATABASES, PROTEIN; ELECTROPHORESIS, POLYACRYLAMIDE GEL; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEINS; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84860475413     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac203315n     Document Type: Article

References (37)

1. Cooksey, K. E.; Wigglesworth-Cooksey, B. Aquat. Microb. Ecol. 1995, 9, 87-96
2. Qian, P. Y.; Lau, S. C.; Dahms, H. U.; Dobretsov, S.; Harder, T. Mar. Biotechnol. (NY) 2007, 9 (4) 399-410
3. Verberkmoes, N. C.; Denef, V. J.; Hettich, R. L.; Banfield, J. F. Nat. Rev. Microbiol. 2009, 7 (3) 196-205
4. Venter, J. C.; Remington, K.; Heidelberg, J. F.; Halpern, A. L.; Rusch, D.; Eisen, J. A.; Wu, D.; Paulsen, I.; Nelson, K. E.; Nelson, W.; Fouts, D. E.; Levy, S.; Knap, A. H.; Lomas, M. W.; Nealson, K.; White, O.; Peterson, J.; Hoffman, J.; Parsons, R.; Baden-Tillson, H.; Pfannkoch, C.; Rogers, Y. H.; Smith, H. O. Science 2004, 304 (5667) 66-74
5. Frias-Lopez, J.; Shi, Y.; Tyson, G. W.; Coleman, M. L.; Schuster, S. C.; Chisholm, S. W.; Delong, E. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105 (10) 3805-3810
6. Wilmes, P.; Bond, P. L. T Environ. Microbiol. 2004, 6 (9) 911-920
7. Pierre-Alain, M.; Christophe, M.; Severine, S.; Houria, A.; Philippe, L.; Lionel, R. Microb. Ecol. 2007, 53 (3) 426-434
8. Lacerda, C. M.; Reardon, K. F. Briefings Funct. Genomics Proteomics 2009, 8 (1) 75-87
9. Keller, M.; Hettich, R. E Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2009, 73 (1) 62-70
10. Thompson, M. R.; Chourey, K.; Froelich, J. M.; Erickson, B. K.; Verberkmoes, N. C.; Hettich, R. L. Anal. Chem. 2008, 80 (24) 9517-9525
11. Ogunseitan, O. A. J. Microbiol. Methods 1993, 17 (4) 273-281
12. Kan, J.; Hanson, T. E.; Ginter, J. M.; Wang, K.; Chen, F. Saline Syst. 2005, 1, 7
13. Benndorf, D.; Vogt, C.; Jehmlich, N.; Schmidt, Y.; Thomas, H.; Woffendin, G.; Shevchenko, A.; Richnow, H. H.; Von, B. M. Biodegradation 2009, 20 (6) 737-750
14. Abram, F.; Gunnigle, E.; O'Flaherty, V. O Electrophoresis 2009, 30 (23) 4149-4151
15. Morris, R. M.; Nunn, B. L.; Frazar, C.; Goodlett, D. R.; Ting, Y. S.; Rocap, G. ISME J. 2010, 4 (5) 673-685
16. Sowell, S. M.; Wilhelm, L. J.; Norbeck, A. D.; Lipton, M. S.; Nicora, C. D.; Barofsky, D. F.; Carlson, C. A.; Smith, R. D.; Giovanonni, S. J. ISME J. 2009, 3 (1) 93-105
17. Sowell, S. M.; Abraham, P. E.; Shah, M.; Verberkmoes, N. C.; Smith, D. P.; Barofsky, D. F.; Giovannoni, S. J. ISME J. 2011, 5 (5) 856-865
18. Markert, S.; Arndt, C.; Felbeck, H.; Becher, D.; Sievert, S. M.; Hugler, M.; Albrecht, D.; Robidart, J.; Bench, S.; Feldman, R. A.; Hecker, M.; Schweder, T. Science 2007, 315 (5809) 247-250
19. Schneider, T.; Riedel, K. Proteomics 2010, 10 (4) 785-798
20. Ram, R. J.; Verberkmoes, N. C.; Thelen, M. P.; Tyson, G. W.; Baker, B. J.; Blake, R. C.; Shah, M.; Hettich, R. L.; Banfield, J. F. Science 2005, 308 (5730) 1915-1920
21. Belnap, C. P.; Pan, C.; Denef, V. J.; Samatova, N. F.; Hettich, R. L.; Banfield, J. F. ISME J. 2011, 5 (7) 1152-1161
22. Lo, I.; Denef, V. J.; Verberkmoes, N. C.; Shah, M. B.; Goltsman, D.; DiBartolo, G.; Tyson, G. W.; Allen, E. E.; Ram, R. J.; Detter, J. C.; Richardson, P.; Thelen, M. P.; Hettich, R. L.; Banfield, J. F. Nature 2007, 446 (7135) 537-541
23. Denef, V. J.; Kalnejais, L. H.; Mueller, R. S.; Wilmes, P.; Baker, B. J.; Thomas, B. C.; Verberkmoes, N. C.; Hettich, R. L.; Banfield, J. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107 (6) 2383-2390
24. Erickson, B. K.; Mueller, R. S.; Verberkmoes, N. C.; Shah, M.; Singer, S. W.; Thelen, M. P.; Banfield, J. F.; Hettich, R. L. J. Proteome Res. 2010, 9 (5) 2148-2159
25. Paszczynski, A. J.; Paidisetti, R.; Johnson, A. K.; Crawford, R. L.; Colwell, F. S.; Green, T.; Delwiche, M.; Lee, H.; Newby, D.; Brodie, E. L.; Conrad, M. Biodegradation 2011, 22 (6) 1045-1059
26. Hurkman, W. J.; Tanaka, C. K. Plant Physiol. 1986, 81 (3) 802-806
27. McDonald, W. H.; Yates, J. R., III Dis. Markers 2002, 18 (2) 99-105
28. Hervey, W. J.; Khalsa-Moyers, G.; Lankford, P. K.; Owens, E. T.; McKeown, C. K.; Lu, T. Y.; Foote, L. J.; Asano, K. G.; Morrell-Falvey, J. L.; McDonald, W. H.; Pelletier, D. A.; Hurst, G. B. J. Proteome Res. 2009, 8 (7) 3675-3688
29. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74 (20) 5383-5392
30. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75 (17) 4646-4658
31. Turse, J. E.; Marshall, M. J.; Fredrickson, J. K.; Lipton, M. S.; Callister, S. J. PLoS One 2010, 5 (11) e13968
32. Banfield, J. F.; Verberkmoes, N. C.; Hettich, R. L.; Thelen, M. P. OMICS 2005, 9 (4) 301-333
33. Tabb, D. L.; Vega-Montoto, L.; Rudnick, P. A.; Variyath, A. M.; Ham, A. J.; Bunk, D. M.; Kilpatrick, L. E.; Billheimer, D. D.; Blackman, R. K.; Cardasis, H. L.; Carr, S. A.; Clauser, K. R.; Jaffe, J. D.; Kowalski, K. A.; Neubert, T. A.; Regnier, F. E.; Schilling, B.; Tegeler, T. J.; Wang, M.; Wang, P.; Whiteaker, J. R.; Zimmerman, L. J.; Fisher, S. J.; Gibson, B. W.; Kinsinger, C. R.; Mesri, M.; Rodriguez, H.; Stein, S. E.; Tempst, P.; Paulovich, A. G.; Liebler, D. C.; Spiegelman, C. J. Proteome Res. 2010, 9 (2) 761-776
34. Froehlich, J. E.; Wilkerson, C. G.; Ray, W. K.; McAndrew, R. S.; Osteryoung, K. W.; Gage, D. A.; Phinney, B. S. J. Proteome Res. 2003, 2 (4) 413-425
35. Costerton, J. W.; Lewandowski, Z.; Caldwell, D. E.; Korber, D. R.; Lappin-Scott, H. M. Annu. Rev. Microbiol. 1995, 49, 711-745
36. Woese, C. R. Curr. Biol. 1996, 6 (9) 1060-1063
37. Wilmes, P.; Bond, P. L. Trends Microbiol. 2006, 14 (2) 92-97