Site-directed spin labeling of DNA reveals mismatch-induced nanometer distance changes between flanking nucleotides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 14, 2012, Pages 4118-4123

  Wunnicke, Dorith ^a   Ding, Ping ^a,b   Seela, Frank ^a,b   Steinhoff, Heinz Jürgen ^a  

^a UNIVERSITY OF OSNABRÜCK   (Germany)

^b UNIVERSITY OF MÜNSTER   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEOTIDES;

BASE PAIRS; CLICK REACTION; CONFORMATIONAL CHANGE; DEOXYADENOSINE; DNA DAMAGES; DNA DUPLEXES; DOUBLE-STRAND BREAKS; DUPLEX DNA; EPR SPECTROSCOPY; FUNCTIONALIZED; NANOMETER DISTANCE; NEAREST NEIGHBORS; PULSE EPR; SITE-DIRECTED SPIN LABELING; SPIN LABEL; STRUCTURAL CHANGE;

DNA;

EID: 84859786096     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp212421c     Document Type: Article

References (40)

1. Kong, Q. M.; Lin, C. L. G. Cell. Mol. Life Sci. 2010, 67, 1817-1829
2. Cederbaum, A. I.; Lu, Y. K.; Wu, D. F. Arch. Toxicol. 2009, 83, 519-548
3. Cadet, J.; Douki, T.; Gasparutto, D.; Ravanat, J. L. Mutat. Res. 2003, 531, 5-23
4. Friedberg, E. C. Nature 2003, 421, 436-440
5. Cadet, J.; Bellon, S.; Douki, T.; Frelon, S.; Gasparutto, D.; Muller, E.; Pouget, J. P.; Ravanat, J. L.; Romieu, A.; Sauvaigo, S. J. Environ. Pathol. Toxicol. Oncol. 2004, 23, 33-43
6. Schärer, O. D. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 2946-2974
7. Bjelland, S.; Seeberg, E. Mutat. Res. 2003, 531, 37-80
8. Iyer, R. R.; Pluciennik, A.; Burdett, V.; Modrich, P. L. Chem. Rev. 2006, 106, 302-323
9. Lee, C.; Cheong, H.-K.; Cho, J. H.; Cheong, C. J. Anal. Sci. Technol. 2010, 1, 37-48
10. Werntges, H.; Steger, G.; Riesner, D.; Firtz, H. J. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 3773-3790
11. Cekan, P.; Sigurdsson, S. T. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 18054-18056
12. Sicoli, G.; Mathis, G.; Aci-Seche, S.; Saint-Pierre, C.; Boulard, Y.; Gasparutto, D.; Gambarelli, S. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 3165-3176
13. Schiemann, O.; Prisner, T. F. Q. Rev. Biophys. 2007, 40, 1-53
14. Lukin, M.; de los Santos, C. Chem. Rev. 2006, 106, 607-686
15. Wozniak, A. K.; Schröder, G. F.; Grubmüller, H.; Seidel, C. A. M.; Oesterhelt, F. Proc. Natl. Acad. Sci. 2008, 105, 18337-18342
16. Lu, L.; Yi, C.; Jian, X.; Zheng, G.; He, C. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 4415-4425
17. Schneider, S.; Schorr, S.; Carell, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 87-95
18. Sicoli, G.; Mathis, G.; Delalande, O.; Boulard, Y.; Gasparutto, D.; Gambarelli, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 735-737
19. Schiemann, O.; Piton, N.; Mu, Y.; Stock, G.; Engels, J. W.; Prisner, T. F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5722-5729
20. Qin, P. Z.; Dieckmann, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 350-359
21. Wunnicke, D.; Strohbach, D.; Weigand, J. E.; Appel, B.; Feresin, E.; Suess, B.; Müller, S.; Steinhoff, H. J. RNA 2011, 17, 182-188
22. Jakobsen, U.; Shelke, S. A.; Vogel, S.; Sigurdsson, S. T. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 10424-10428
23. Ding, P.; Wunnicke, D.; Steinhoff, H. J.; Seela, F. Chem.-Eur. J. 2010, 16, 14385-14396
24. Schiemann, O.; Cekan, P.; Margraf, D.; Prisner, T. F.; Sigurdsson, S. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 3292-3295
25. Polyhach, Y.; Godt, A.; Bauer, C.; Jeschke, G. J. Magn. Reson. 2007, 185, 118-129
26. Savitsky, A.; Dubinskii, A. A.; Flores, M.; Lubitz, W.; Möbius, K. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 6245-6262
27. Barhate, N.; Cekan, P.; Massey, A. P.; Sigurdsson, S. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 2655-2658
28. Seela, F.; Zulauf, M. Chem.-Eur. J. 1998, 4, 1781-1790
29. Pannier, M.; Veit, S.; Godt, A.; Jeschke, G.; Spiess, H. W. J. Magn. Reson. 2000, 142, 331-340
30. Jeschke, G.; Chechik, V.; Ionita, P.; Godt, A.; Zimmermann, H.; Banham, J. E.; Timmel, C. R.; Hilger, D.; Jung, H. Appl. Magn. Reson. 2006, 30, 473-498
31. Santa Lucia, J., Jr.; Hicks, D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 415-440
32. Peyret, N.; Seneviratne, P. A.; Allawi, H. T.; Santa Lucia, J., Jr. Biochemistry 1999, 38, 3468-3477
33. Seela, F.; Debelak, H. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 3224-3232
34. Aboulela, F.; Koh, D.; Tinoco, I.; Martin, F. H. Nucleic Acids Res. 1985, 13, 4811-4824
35. Kuznetsov, N. A.; Milov, A. D.; Koval, V. V.; Samoilova, R. I.; Grishin, Y. A.; Knorre, D. G.; Tsvetkov, Y. D.; Fedorova, O. S.; Dzuba, S. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 6826-6832
36. Abé, C.; Klose, D.; Dietrich, F.; Ziegler, W. H.; Polyhach, Y.; Jeschke, G.; Steinhoff, H. J. J. Magn. Reson. 2012, 216, 53-61
37. Godt, A.; Schulte, M.; Zimmermann, H.; Jeschke, G. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 7560-7564
38. Marko, A.; Margraf, D.; Yu, H.; Mu, Y.; Stock, G.; Prisner, T. J. Chem. Phys. 2009, 130, 064102
39. Gervais, V.; Cognet, J. A.; Le, B. M.; Sowers, L. C.; Fazakerley, G. V. Eur. J. Biochem. 1995, 228, 279-290
40. Mazurek, A.; Johnson, C. N.; Germann, M. W.; Fishel, R. Proc. Natl. Acad. Sci. 2009, 106, 4177-4182