All-d-enantiomer of β-amyloid peptide forms ion channels in lipid bilayers

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 3, 2012, Pages 1143-1152

  Capone, Ricardo ^a   Jang, Hyunbum ^b   Kotler, Samuel A ^a   Connelly, Laura ^a   Teran Arce, Fernando ^a   Ramachandran, Srinivasan ^a   Kagan, Bruce L ^c   Nussinov, Ruth ^b,d   Lal, Ratnesh ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b SAIC FREDERICK INC   (United States)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^d TEL AVIV UNIVERSITY   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84858308911     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200885r     Document Type: Article

References (78)

1. Ballard, C.; Gauthier, S.; Corbett, A.; Brayne, C.; Aarsland, D.; Jones, E. Lancet 2011, 377, 1019-1031
2. Khachaturian, Z. S. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1994, 747, 1-11
3. Mattson, M. P.; Cheng, B.; Davis, D.; Bryant, K.; Lieberburg, I.; Rydel, R. E. J. Neurosci. 1992, 12, 376-389
4. Simmons, M. A.; Schneider, C. R. Neurosci. Lett. 1993, 150, 133-136
5. Yankner, B. A.; Duffy, L. K.; Kirschner, D. A. Science 1990, 250, 279-282
6. Arispe, N.; Rojas, E.; Pollard, H. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 567-571
7. Arispe, N.; Pollard, H. B.; Rojas, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 1710-1715
8. Pollard, H. B.; Rojas, E.; Arispe, N. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1993, 695, 165-168
9. Kagan, B. L.; Azimov, R.; Azimova, R. J. Membr. Biol. 2004, 202, 1-10
10. Demuro, A.; Smith, M.; Parker, I. J. Cell Biol. 2011, 195, 515-524
11. Kourie, J.; Henry, C.; Farrelly, P. Cell Mol. Neurobiol. 2001, 21, 255-284
12. Lin, H. A. I.; Bhatia, R.; Lal, R. FASEB J. 2001, 15, 2433-2444
13. Quist, A.; Doudevski, I.; Lin, H.; Azimova, R.; Ng, D.; Frangione, B.; Kagan, B.; Ghiso, J.; Lal, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10427-10432
14. Jang, H.; Zheng, J.; Nussinov, R. Biophys. J. 2007, 93, 1938-1949
15. Jang, H.; Zheng, J.; Lal, R.; Nussinov, R. Trends Biochem. Sci. 2008, 33, 91-100
16. Jang, H.; Arce, F. T.; Capone, R.; Ramachandran, S.; Lal, R.; Nussinov, R. Biophys. J. 2009, 97, 3029-3037
17. Shafrir, Y.; Durell, S.; Arispe, N.; Guy, H. R. Proteins 2010, 78, 3473-3487
18. Kourie, J.; Culverson, A.; Farrelly, P.; Henry, C.; Laohachai, K. Cell Biochem. Biophys. 2002, 36, 191-207
19. Connelly, L.; Jang, H.; Teran Arce, F.; Capone, R.; Kotler, S. A.; Ramachandran, S.; Kagan, B. L.; Nussinov, R.; Lal, R. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 1728-1735
20. Montal, M.; Mueller, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 3561-3566
21. Capone, R.; Quiroz, F. G.; Prangkio, P.; Saluja, I.; Sauer, A. M.; Bautista, M. R.; Turner, R. S.; Yang, J.; Mayer, M. Neurotox. Res. 2009, 16, 1-13
22. Mueller, P.; Rudin, D. O.; Tien, H. T.; Wescott, W. C. Nature 1962, 194, 979-980
23. Capone, R.; Mustata, M.; Jang, H.; Arce, F. T.; Nussinov, R.; Lal, R. Biophys. J. 2010, 98, 2644-2652
24. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
25. Klauda, J. B.; Brooks, B. R.; MacKerell, A. D., Jr.; Venable, R. M.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5300-5311
26. Durell, S. R.; Brooks, B. R.; Bennaim, A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 2198-2202
27. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
28. Mackerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415
29. Luhrs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Doeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17342-17347
30. Petkova, A. T.; Yau, W. M.; Tycko, R. Biochemistry 2006, 45, 498-512
31. Zirah, S.; Kozin, S. A.; Mazur, A. K.; Blond, A.; Cheminant, M.; Segalas-Milazzo, I.; Debey, P.; Rebuffat, S. J. Biol. Chem. 2006, 281, 2151-2161
32. Jang, H.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Capone, R.; Lal, R.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2010, 404, 917-934
33. Schulz, G. E. Biochim. Biophys. Acta 2002, 1565, 308-317
34. Marsh, D.; Pali, T. Biophys. J. 2001, 80, 305-312
35. Jang, H.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Capone, R.; Lal, R.; Nussinov, R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9445-9451
36. Mustata, M.; Capone, R.; Jang, H.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Lal, R.; Nussinov, R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 14938-14945
37. Jang, H.; Ma, B.; Lal, R.; Nussinov, R. Biophys. J. 2008, 95, 4631-4642
38. Woolf, T. B.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 11631-11635
39. Woolf, T. B.; Roux, B. Proteins 1996, 24, 92-114
40. Petrache, H. I.; Tristram-Nagle, S.; Gawrisch, K.; Harries, D.; Parsegian, V. A.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2004, 86, 1574-1586
41. Rand, R. P.; Parsegian, V. A. Biochim. Biophys. Acta 1989, 988, 351-376
42. Jang, H.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Capone, R.; Azimova, R.; Kagan, B. L.; Nussinov, R.; Lal, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 6538-6543
43. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050-9063
44. Stote, R. H.; Karplus, M. Proteins 1995, 23, 12-31
45. Marchand, S.; Roux, B. Proteins 1998, 33, 265-284
46. Hirakura, Y.; Lin, M. C.; Kagan, B. L. J. Neurosci. Res. 1999, 57, 458-466
47. Yeaman, M. R.; Yount, N. Y. Pharmacol. Rev. 2003, 55, 27-55
48. Sokolov, Y.; Mirzabekov, T.; Martin, D. W.; Lehrer, R. I.; Kagan, B. L. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1420, 23-29
49. Kagan, B. L. Science 2005, 307, 42-43 author reply pp 42-43
50. Shulga, N.; Wilson-Smith, R.; Pastorino, J. G. Cell Cycle 2009, 8, 3355-3364
51. Mirzabekov, T.; Lin, M. C.; Yuan, W. L.; Marshall, P. J.; Carman, M.; Tomaselli, K.; Lieberburg, I.; Kagan, B. L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994, 202, 1142-1148
52. Kagan, B. L.; Jang, H.; Capone, R.; Teran Arce, F.; Ramachandran, S.; Lal, R.; Nussinov, R. Mol. Pharm. 2012, 10.1021/mp200419b
53. Kagan, B. L.; Thundimadathil, J. Adv. Exp. Med. Biol. 2010, 677, 150-167
54. de Planque, M. R.; Raussens, V.; Contera, S. A.; Rijkers, D. T.; Liskamp, R. M.; Ruysschaert, J. M.; Ryan, J. F.; Separovic, F.; Watts, A. J. Mol. Biol. 2007, 368, 982-997
55. Lau, T. L.; Ambroggio, E. E.; Tew, D. J.; Cappai, R.; Masters, C. L.; Fidelio, G. D.; Barnham, K. J.; Separovic, F. J. Mol. Biol. 2006, 356, 759-770
56. Streltsov, V. A.; Varghese, J. N.; Masters, C. L.; Nuttall, S. D. J. Neurosci. 2011, 31, 1419-1426
57. Smart, O. S.; Goodfellow, J. M.; Wallace, B. A. Biophys. J. 1993, 65, 2455-2460
58. Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 117-122
59. Dahse, K.; Garvey, M.; Kovermann, M.; Vogel, A.; Balbach, J.; Fändrich, M.; Fahr, A. J. Mol. Biol. 2010, 403, 643-659
60. Davis, C. H.; Berkowitz, M. L. Proteins 2010, 78, 2533-2545
61. Sani, M.-A.; Gehman, J. D.; Separovic, F. FEBS Lett. 2011, 585, 749-754
62. Ravault, S.; Soubias, O.; Saurel, O.; Thomas, A.; Brasseur, R.; Milon, A. Protein Sci. 2005, 14, 1181-1189
63. Fuks, B.; Homblé, F. Biophys. J. 1994, 66, 1404-1414
64. Niemela, P. S.; Ollila, S.; Hyvonen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. PLoS Comput. Biol. 2007, 3, 304-312
65. Wong, P. T.; Schauerte, J. A.; Wisser, K. C.; Ding, H.; Lee, E. L.; Steel, D. G.; Gafni, A. J. Mol. Biol. 2009, 386, 81-96
66. Gu, L. Q.; Dalla Serra, M.; Vincent, J. B.; Vigh, G.; Cheley, S.; Braha, O.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 3959-3964
67. Maglia, G.; Restrepo, M. R.; Mikhailova, E.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 19720-19725
68. Gupta, V.; Indi, S.; Rao, K. J. Mol. Neurosci. 2008, 34, 35-43
69. Esler, W. P.; Stimson, E. R.; Fishman, J. B.; Ghilardi, J. R.; Vinters, H. V.; Mantyh, P. W.; Maggio, J. E. Biopolymers 1999, 49, 505-514
70. Ciccotosto, G. D.; Tew, D. J.; Drew, S. C.; Smith, D. G.; Johanssen, T.; Lal, V.; Lau, T.-L.; Perez, K.; Curtain, C. C.; Wade, J. D.; Separovic, F.; Masters, C. L.; Smith, J. P.; Barnham, K. J.; Cappai, R. Neurobiol. Aging 2011, 32, 235-248
71. Cribbs, D. H.; Pike, C. J.; Weinstein, S. L.; Velazquez, P.; Cotman, C. W. J. Biol. Chem. 1997, 272, 7431-7436
72. Soscia, S. J.; Kirby, J. E.; Washicosky, K. J.; Tucker, S. M.; Ingelsson, M.; Hyman, B.; Burton, M. A.; Goldstein, L. E.; Duong, S.; Tanzi, R. E.; Moir, R. D. PLoS ONE 2010, 5, e9505
73. Jang, H.; Arce, F. T.; Mustata, M.; Ramachandran, S.; Capone, R.; Nussinov, R.; Lal, R. Biophys. J. 2011, 100, 1775-1783
74. Wade, D.; Boman, A.; Wahlin, B.; Drain, C. M.; Andreu, D.; Boman, H. G.; Merrifield, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 4761-4765
75. Miyasaki, K. T.; Iofel, R.; Oren, A.; Huynh, T.; Lehrer, R. I. J. Periodontal Res. 1998, 33, 91-98
76. Boman, H. G.; Agerberth, B.; Boman, A. Infect. Immun. 1993, 61, 2978-2984
77. del Castillo, F. J.; del Castillo, I.; Moreno, F. J. Bacteriol. 2001, 183, 2137-2140
78. Vunnam, S.; Juvvadi, P.; Merrifield, R. B. J. Pept. Res. 1997, 49, 59-66