Direct calculations of mid- and near-IR absorption and circular dichroism spectra of chiral molecules using QM/MM molecular dynamics simulation method

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 12, 2011, Pages 4097-4103

  Choi, Jun Ho ^a   Cho, Minhaeng ^a,b  

^a Korea University   (South Korea)

^b Korea Basic Science Institute (KBSI)   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 83455235768     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200660s     Document Type: Article

References (55)

1. In Near-Infrared Spectroscopy: Principles, Instruments, Applications; Siesler, H. W., Ozaki, Y., Kawata, S., Heise, H. M., Eds.; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2002.
2. Sage, M. L.; Jortner, J. Adv. Chem. Phys. 1981, 47, 293-322
3. Child, M. S.; Halonen, L. Adv. Chem. Phys. 1985, 57, 1-58
4. Donaldson, D. J.; Tuck, A. F.; Vaida, V. Chem. Rev. 2003, 103, 4717-4730
5. Wolf, M.; Ferrari, M.; Quaresima, V. J. Biomed. Opt. 2007, 12, 062104
6. Jobsis, F. F. Science 1977, 198, 1264-1267
7. Chýlek, P.; Geldart, D. J. W. Geophys. Res. Lett. 1997, 24, 2015-2018
8. Child, M. S. Acc. Chem. Res. 1985, 18, 45-50
9. Henry, B. R. Acc. Chem. Res. 1987, 20, 429-435
10. Abbate, S.; Castiglioni, E.; Gangemi, F.; Gangemi, R.; Longhi, G. Chirality 2009, 21, E242-E252
11. Guo, C.; Shah, R. D.; Dukor, R. K.; Freedman, T. B.; Cao, X.; Nafie, L. A. Vib. Spectrosc. 2006, 42, 254-272
12. Hsu, E. C.; Holzwarth, G. J. Chem. Phys. 1973, 59, 4678-4685
13. Nafie, L. A.; Dukor, R. K.; Roy, J.-R.; Rilling, A.; Cao, X.; Buijs, H. Appl. Spectrosc. 2003, 57, 1245-1249
14. Cao, X.; Shah, R. D.; Dukor, R. K.; Guo, C.; Freedman, T. B.; Nafie, L. A. Appl. Spectrosc. 2004, 58, 1057-1064
15. Guo, C.; Shah, R. D.; Mills, J.; Dukor, R. K.; Cao, X.; Freedman, T. B.; Nafie, L. A. Chirality 2006, 18, 775-782
16. Keiderling, T. A.; Stephens, P. J. Chem. Phys. Lett. 1976, 41, 46-48
17. Abbate, S.; Longhi, G.; Givens, J. W.; Boiadjiev, S. E.; Lightner, D. A.; Moscowitz, A. Appl. Spectrosc. 1996, 50, 642-643
18. Abbate, S.; Longhi, G.; Boiadjiev, S.; Lightner, D. A.; Bertucci, C.; Salvadori, P. Enantiomer 1998, 3, 337-347
19. Castiglioni, E.; Lebon, F.; Longhi, G.; Abbate, S. Enantiomer 2002, 7, 161-173
20. Abbate, S.; Longhi, G.; Santina, C. Chirality 2000, 12, 180-190
21. Abbate, S.; Castiglioni, E.; Gangemi, F.; Gangemi, R.; Longhi, G.; Ruzziconi, R.; Spizzichino, S. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7031-7040
22. Longhi, G.; Gangemi, R.; Lebon, F.; Castiglioni, E.; Abbate, S.; Pultz, V. M.; Lightner, D. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5338-5352
23. Abbate, S.; Longhi, G.; Ricard, L.; Bertucci, C.; Rosini, C.; Salvadori, P.; Moscowitz, A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 836-840
24. Bak, K. L.; Bludský, O.; Jørgensen, P. J. Chem. Phys. 1995, 103, 10548-10555
25. Polavarapu, P. L. Mol. Phys. 1996, 89, 1503-1510
26. Abbate, S.; Gangemi, R.; Longhi, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 7575-7586
27. Gangemi, R.; Longhi, G.; Abbate, S. Chirality 2005, 17, 530-539
28. Gangemi, F.; Gangemi, R.; Longhi, G.; Abbate, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 2683-2689
29. Cheng, Y.-L.; Chen, H.-Y.; Takahashi, K. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 5641-5653
30. Lehmann, K. K. J. Chem. Phys. 1983, 79, 1098-1098
31. Mills, I. M.; Robiette, A. G. Mol. Phys. 1985, 56, 743-765
32. Ricard-Lespade, L.; Longhi, G.; Abbate, S. Chem. Phys. 1990, 142, 245-259
33. Gangemi, F.; Gangemi, R.; Longhi, G.; Abbate, S. Vib. Spectrosc. 2009, 50, 257-267
34. Marcott, C.; Faulkner, T. R.; Moscowitz, A.; Overend, J. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 8169-8175
35. Faulkner, T. R.; Marcott, C.; Moscowitz, A.; Overend, J. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 8160-8168
36. Gorbunov, R. D.; Nguyen, P. H.; Kobus, M.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2007, 126, 054509
37. Hornícek, J.; Kaprálová, P.; P., B. J. Chem. Phys. 2007, 127, 084502
38. Kinnaman, C. S.; Cremeens, M. E.; Romesberg, F. E.; Corcelli, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13334-13335
39. Schmidt, J. R.; Corcelli, S. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8887-8896
40. Yang, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2009, 131, 135102
41. Yang, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134503
42. Choi, J.-H.; Hahn, S.; Cho, M. Biopolymers 2006, 83, 519-536
43. Choi, J.-H.; Hahn, S.; Cho, M. Int. J. Quantum Chem. 2005, 104, 616-634
44. Choi, J.-H.; Lee, H.; Lee, K.-K.; Hahn, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045102
45. Jeon, J.; Yang, S.; Choi, J.-H.; Cho, M. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 1280-1289
46. Bour, P.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23687-23697
47. Rhee, H.; June, Y.-G.; Lee, J.-S.; Lee, K.-K.; Ha, J.-H.; Kim, Z. H.; Jeon, S.-J.; Cho, M. Nature 2009, 458, 310-313
48. Choi, J.-H.; Cheon, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2010, 132, 074506
49. Rhee, H.; Choi, J.-H.; Cho, M. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 1527-1536
50. Ringer, A. L.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 553-556
51. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
52. Guest, M. F.; Bush, I. J.; Van Dam, H. J. J.; Sherwood, P.; Thomas, J. M. H.; Van Lenthe, J. H.; Havenith, R. W. A.; Kendrick, J. Mol. Phys. 2005, 103, 719-747
53. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833-1840
54. Abbate, S.; Longhi, G.; Kwon, K.; Moscowitz, A. J. Chem. Phys. 1998, 108, 50-62
55. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502-16513