Why and how do systems react in thermally fluctuating environments?

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 48, 2011, Pages 21217-21229

  Kawai, Shinnosuke ^a   Komatsuzaki, Tamiki ^a  

^a HOKKAIDO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHM; CHEMICAL MODEL; REVIEW; TEMPERATURE;

ALGORITHMS; MODELS, CHEMICAL; TEMPERATURE;

EID: 82655183565     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp22504a     Document Type: Review

References (112)

1. R. D. Levine, Molecular Reaction Dynamics, Cambridge University Press, Cambridge, 2005
2. J. Zhang D. Dai C. C. Wang S. A. Harich X. Wang X. Yang M. Gustafsson R. T. Skodje Phys. Rev. Lett. 2006 96 093201
3. W. Shiu J. J. Lin K. Liu Phys. Rev. Lett. 2004 92 103201
4. R. T. Skodje D. Skouteris D. E. Manolopoulos S.-H. Lee F. Dong K. Liu Phys. Rev. Lett. 2000 85 1206 1209
5. T. Bartsch J. M. Moix R. Hernandez S. Kawai T. Uzer Adv. Chem. Phys. 2008 140 191 238
6. T. Uzer C. Jaffé J. Palacián P. Yanguas S. Wiggins Nonlinearity 2002 15 957 992
7. T. Komatsuzaki R. S. Berry J. Chem. Phys. 1999 110 9160 9173
8. C. Jaffe S. D. Ross M. W. Lo J. Marsden D. Farrelly T. Uzer Phys. Rev. Lett. 2002 89 011101
9. C. P. Herrero R. Ramírez Phys. Rev. Lett. 2007 99 205504
10. M. Karplus J. Phys. Chem. B 2000 104 11 27
11. P. J. Kuntz E. M. Nemeth J. C. Polanyi S. D. Rosner C. E. Young J. Chem. Phys. 1966 44 1168 1184
12. H. Eyring J. Chem. Phys. 1935 3 107 115
13. E. Wigner J. Chem. Phys. 1937 5 720 725
14. M. G. Evans M. Polanyi Trans. Faraday Soc. 1935 31 875 894
15. O. K. Rice H. C. Ramsperger J. Am. Chem. Soc. 1928 50 617 620
16. L. S. Kassel J. Phys. Chem. 1928 32 1065 1079
17. R. A. Marcus J. Chem. Phys. 1952 20 359 364
18. J. C. Keck Adv. Chem. Phys. 1967 13 85 121
19. D. G. Truhlar B. C. Garrett Acc. Chem. Res. 1980 13 440 448
20. T. Komatsuzaki M. Nagaoka J. Chem. Phys. 1996 105 10838 10848
21. T. Komatsuzaki M. Nagaoka Chem. Phys. Lett. 1997 265 91 98
22. T. Komatsuzaki R. S. Berry Phys. Chem. Chem. Phys. 1999 1 1387 1397
23. T. Komatsuzaki R. S. Berry J. Chem. Phys. 2001 115 4105 4117
24. T. Komatsuzaki R. S. Berry THEOCHEM 2000 506 55 70
25. T. Komatsuzaki R. S. Berry Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 7666 7671
26. T. Komatsuzaki R. S. Berry J. Phys. Chem. A 2002 106 10945 10950
27. S. Wiggins L. Wiesenfeld C. Jaffé T. Uzer Phys. Rev. Lett. 2001 86 5478 5481
28. H. Waalkens A. Burbanks S. Wiggins J. Chem. Phys. 2004 121 6207 6225
29. H. Waalkens A. Burbanks S. Wiggins J. Phys. A: Math. Gen. 2004 37 L257 L265
30. H. Waalkens S. Wiggins J. Phys. A: Math. Gen. 2004 37 L435 L445
31. S. Kawai Y. Fujimura O. Kajimoto T. Yamashita C.-B. Li T. Komatsuzaki M. Toda Phys. Rev. A: Math. Gen. 2007 75 022714
32. S. Kawai C. Jaffé T. Uzer J. Phys. B: At., Mol. Opt. Phys. 2005 38 S261 S278
33. C.-B. Li Y. Matsunaga M. Toda T. Komatsuzaki J. Chem. Phys. 2005 123 184301
34. C.-B. Li A. Shojiguchi M. Toda T. Komatsuzaki Few-Body Syst. 2006 38 173 179
35. C.-B. Li A. Shojiguchi M. Toda T. Komatsuzaki Phys. Rev. Lett. 2006 97 028302
36. C.-B. Li M. Toda T. Komatsuzaki J. Chem. Phys. 2009 130 124116
37. Geometrical Structures of Phase Space in Multidimensional Chaos: Applications to Chemical Reaction Dynamics in Complex Systems, Adv. Chem. Phys., ed., M. Toda, T. Komatsuzaki, T. Konishi, R. S. Berry, and, S. A. Rice, John-Wiley & Sons, Inc., 2005, vol. 130A, 130B
38. Advancing Theory for Kinetics and Dynamics of Complex, Many-Dimensional Systems: Clusters and Proteins, Adv. Chem. Phys., ed., T. Komatsuzaki, R. S. Berry, and, D. M. Leitner, John-Wiley & Sons, Inc., 2011, vol. 145
39. S. Kawai H. Teramoto C.-B. Li T. Komatsuzaki M. Toda Adv. Chem. Phys. 2011 145 123 169
40. E. R. Lovejoy S. K. Kim C. B. Moore Science 1992 256 1541 1544
41. E. R. Lovejoy C. B. Moore J. Chem. Phys. 1993 98 7846 7854
42. W. H. Miller Faraday Discuss. Chem. Soc. 1977 62 40 46
43. T. Seideman W. H. Miller J. Chem. Phys. 1991 95 1768 1780
44. S. Keshavamurthy W. H. Miller Chem. Phys. Lett. 1993 205 96 101
45. R. Hernandez W. H. Miller Chem. Phys. Lett. 1993 214 129 136
46. R. Hernandez J. Chem. Phys. 1994 101 9534 9547
47. R. A. Marcus Science 1992 256 1523 1524
48. D. J. Wales R. S. Berry J. Phys. B: At., Mol. Opt. Phys. 1991 24 L351
49. R. J. Hinde R. S. Berry D. J. Wales J. Chem. Phys. 1992 96 1376 1390
50. C. Amitrano R. S. Berry Phys. Rev. Lett. 1992 68 729 732
51. R. J. Hinde R. S. Berry J. Chem. Phys. 1993 99 2942 2963
52. S. Kawai T. Komatsuzaki Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 7626 7635
53. S. Kawai T. Komatsuzaki Phys. Rev. Lett. 2010 105 048304
54. H. Mori Prog. Theor. Phys. 1965 33 423 455
55. K. Kawasaki J. Phys. A: Math. Nucl. Gen. 1973 6 1289 1295
56. R. Zwanzig, Nonequilibrium Statistical Mechanics, Oxford University Press, London, 2001
57. H. A. Kramers Physica (Amsterdam) 1940 7 284 304
58. R. F. Grote J. T. Hynes J. Chem. Phys. 1980 73 2715 2732
59. H. Sumi R. A. Marcus J. Chem. Phys. 1986 84 4894 4914
60. E. Pollak H. Grabert P. Hänggi J. Chem. Phys. 1989 91 4073
61. A. M. Berezhkovskii A. M. Frishman E. Pollak J. Chem. Phys. 1994 101 4778
62. A. M. Berezhkovskii V. Y. Zitserman D. Y. Yang J. Kuo S. H. Lin Physica A (Amsterdam) 1998 251 399 429
63. C. C. Martens J. Chem. Phys. 2002 116 2516 2528
64. T. Bartsch R. Hernandez T. Uzer Phys. Rev. Lett. 2005 95 058301
65. T. Bartsch T. Uzer R. Hernandez J. Chem. Phys. 2005 123 204102
66. T. Bartsch T. Uzer J. M. Moix R. Hernandez J. Chem. Phys. 2006 124 244310
67. T. Bartsch J. Chem. Phys. 2009 131 124121
68. R. Hernandez T. Uzer T. Bartsch Chem. Phys. 2010 370 270 276
69. D. W. Oxtoby S. A. Rice J. Chem. Phys. 1976 65 1676 1683
70. M. J. Davis S. K. Gray J. Chem. Phys. 1986 84 5389 5411
71. A. M. Berezhkovskii E. Pollak V. Y. Zitserman J. Chem. Phys. 1992 97 2422 2437
72. E. Pollak P. Talkner Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1993 47 922 933
73. E. Pollak A. M. Berezhkovskii Z. Schuss J. Chem. Phys. 1994 100 334 339
74. G. van der Zwan J. T. Hynes J. Chem. Phys. 1983 78 4174 4185
75. E. Pollak Chem. Phys. Lett. 1986 127 178 182
76. S. Kawai T. Komatsuzaki J. Chem. Phys. 2009 131 224505
77. S. Kawai T. Komatsuzaki J. Chem. Phys. 2009 131 224506
78. S. Kawai T. Komatsuzaki Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 7636 7647
79. S. Kawai T. Komatsuzaki Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 15382 15391
80. E. Ryter J. Stat. Phys. 1987 49 751 765
81. M. M. Klosek B. J. Matkowsky Z. Schuss Ber. Bunsen-Ges. Phys. Chem. 1991 95 331 337
82. B. C. Dian A. Longarte T. S. Zwier Science 2002 296 2369 2373
83. K. Nakai H. Kono Y. Sato N. Niitsu R. Sahnoun M. Tanaka Y. Fujimura Chem. Phys. 2007 338 127 134
84. K. Iwata J. Raman Spectrosc. 2008 39 1512 1517
85. M. M. Millonas C. Ray Phys. Rev. Lett. 1995 75 1110 1113
86. S. Bhattacharya S. K. Banik S. Chattopadhyay J. R. Chaudhuri J. Math. Phys. 2008 49 063302
87. J. R. Chaudhuri G. Gangopadhyay D. S. Ray J. Chem. Phys. 1998 109 5565 5575
88. R. Hernandez F. L. Somer, Jr. J. Phys. Chem. B 1999 103 1064 1069
89. R. Hernandez J. Chem. Phys. 1999 111 7701 7704
90. R. Hernandez F. L. Somer J. Phys. Chem. B 1999 103 1070 1077
91. F. L. Somer R. Hernandez J. Phys. Chem. A 1999 103 11004 11010
92. F. L. Somer R. Hernandez J. Phys. Chem. B 2000 104 3456 3462
93. M. Vogt R. Hernandez J. Chem. Phys. 2005 123 144109
94. A. V. Popov R. Hernandez J. Chem. Phys. 2007 126 244506
95. R. Zwanzig J. Stat. Phys. 1973 9 215 220
96. E. Cortés B. J. West K. Lindenberg J. Chem. Phys. 1985 82 2708 2717
97. S. Kawai T. Komatsuzaki J. Chem. Phys. 2011 134 114523
98. V. I. Mel'nikov S. V. Meshkov J. Chem. Phys. 1986 85 1018 1027
99. J. S. Langer Ann. Phys. 1969 54 258 275
100. K. Voigtlaender H. Risken J. Stat. Phys. 1985 40 397 429
101. H.-X. Zhou Chem. Phys. Lett. 1989 164 285 290
102. E. Darve J. Solomon A. Kia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 10884 10889
103. S. Kawai A. D. Bandrauk C. Jaffé T. Bartsch J. Palacián T. Uzer J. Chem. Phys. 2007 126 164306
104. S. Kawai T. Komatsuzaki J. Chem. Phys. 2011 134 024317
105. A. Y. T. Leung Q. C. Zhang J. Sound Vib. 2003 266 261 279
106. A. Deprit Cel. Mech. 1969 1 12 30
107. A. Lichtenberg and M. Lieberman, Regular and Chaotic Dynamics, Springer, 1992
108. R. P. McRae G. K. Schenter B. C. Garrett Z. Svetlicic D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2001 115 8460 8480
109. I. S. Tolokh G. W. N. White S. Goldman C. G. Gray Mol. Phys. 2002 100 2351 2359
110. M. Nagaoka N. Yoshida T. Yamabe J. Chem. Phys. 1996 105 5431 5445
111. J. J. Ruiz-Pernía I. Tuñón V. Moliner J. T. Hynes M. Roca J. Am. Chem. Soc. 2008 130 7477 7488
112. Single Molecule Biophysics: Experiments and Theories, Adv. Chem. Phys., ed., T. Komatsuzaki, M. Kawakami, S. Takahashi, H. Yang, and, R. J. Silbey, John-Wiley & Sons, Inc., 2012, vol. 146