Protein intrinsic disorder and induced pluripotent stem cells

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 134-150

  Xue, Bin ^a,b   Oldfield, Christopher J ^b   Van, Ya Yue ^c   Dunker, A Keith ^b   Uversky, Vladimir N ^a,b,d  

^a UNIVERSITY OF SOUTH FLORIDA   (United States)

^b INDIANA UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^c Molecular Kinetics Inc   (United States)

^d INSTITUTE FOR BIOLOGICAL INSTRUMENTATION   (Russian Federation)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN; TRANSCRIPTION FACTOR;

ANIMAL; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; MOUSE; NUCLEAR REPROGRAMMING; PLURIPOTENT STEM CELL; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DATABASE; PROTEIN FOLDING; REVIEW; SEQUENCE ALIGNMENT;

ANIMALS; BINDING SITES; DATABASES, PROTEIN; HUMANS; INDUCED PLURIPOTENT STEM CELLS; MICE; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR REPROGRAMMING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEINS; SEQUENCE ALIGNMENT; TRANSCRIPTION FACTORS;

EID: 82655179719     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05163f     Document Type: Review

References (138)

1. R. Jaenisch R. Young Cell 2008 132 567 582
2. M. Kanatsu-Shinohara K. Inoue J. Lee M. Yoshimoto N. Ogonuki H. Miki S. Baba T. Kato Y. Kazuki S. Toyokuni M. Toyoshima O. Niwa M. Oshimura T. Heike T. Nakahata F. Ishino A. Ogura T. Shinohara Cell 2004 119 1001 1012
3. M. Boiani H. R. Scholer Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005 6 872 884
4. K. Okita T. Ichisaka S. Yamanaka Nature 2007 448 313 317
5. Y. F. Chou H. H. Chen M. Eijpe A. Yabuuchi J. G. Chenoweth P. Tesar J. Lu R. D. McKay N. Geijsen Cell 2008 135 449 461
6. J. T. Do H. R. Scholer Trends Pharmacol. Sci. 2009 30 296 302
7. I. H. Park N. Arora H. Huo N. Maherali T. Ahfeldt A. Shimamura M. W. Lensch C. Cowan K. Hochedlinger G. Q. Daley Cell 2008 134 877 886
8. K. Takahashi S. Yamanaka Cell 2006 126 663 676
9. K. Takahashi K. Tanabe M. Ohnuki M. Narita T. Ichisaka K. Tomoda S. Yamanaka Cell 2007 131 861 872
10. J. Yu M. A. Vodyanik K. Smuga-Otto J. Antosiewicz-Bourget J. L. Frane S. Tian J. Nie G. A. Jonsdottir V. Ruotti R. Stewart Slukvin II J. A. Thomson Science 2007 318 1917 1920
11. V. Kashyap N. C. Rezende K. B. Scotland S. M. Shaffer J. L. Persson L. J. Gudas N. P. Mongan Stem Cells Dev. 2009 18 1093 1108
12. J. L. Cox A. Rizzino Exp. Biol. Med. 2010 235 148 158
13. M. Nakagawa M. Koyanagi K. Tanabe K. Takahashi T. Ichisaka T. Aoi K. Okita Y. Mochiduki N. Takizawa S. Yamanaka Nat. Biotechnol. 2008 26 101 106
14. R. L. Judson J. E. Babiarz M. Venere R. Blelloch Nat. Biotechnol. 2009 27 459 461
15. D. Huangfu K. Osafune R. Maehr W. Guo A. Eijkelenboom S. Chen W. Muhlestein D. A. Melton Nat. Biotechnol. 2008 26 1269 1275
16. R. Blelloch M. Venere J. Yen M. Ramalho-Santos Cell Stem Cell 2007 1 245 247
17. B. Feng J. Jiang P. Kraus J. H. Ng J. C. Heng Y. S. Chan L. P. Yaw W. Zhang Y. H. Loh J. Han V. B. Vega V. Cacheux-Rataboul B. Lim T. Lufkin H. H. Ng Nat. Cell Biol. 2009 11 197 203
18. N. Tsubooka T. Ichisaka K. Okita K. Takahashi M. Nakagawa S. Yamanaka Genes Cells 2009 14 683 694
19. A. Marson R. Foreman B. Chevalier S. Bilodeau M. Kahn R. A. Young R. Jaenisch Cell Stem Cell 2008 3 132 135
20. Y. Wang K. Umeda N. Nakayama Stem Cell Res. 2010 4 223 231
21. R. M. Marion K. Strati H. Li M. Murga R. Blanco S. Ortega O. Fernandez-Capetillo M. Serrano M. A. Blasco Nature 2009 460 1149 1153
22. H. Hong K. Takahashi T. Ichisaka T. Aoi O. Kanagawa M. Nakagawa K. Okita S. Yamanaka Nature 2009 460 1132 1135
23. T. Kawamura J. Suzuki Y. V. Wang S. Menendez L. B. Morera A. Raya G. M. Wahl J. C. Belmonte Nature 2009 460 1140 1144
24. J. Utikal J. M. Polo M. Stadtfeld N. Maherali W. Kulalert R. M. Walsh A. Khalil J. G. Rheinwald K. Hochedlinger Nature 2009 460 1145 1148
25. J. Yu J. A. Thomson Genes Dev. 2008 22 1987 1997
26. J. Liu N. B. Perumal C. J. Oldfield E. W. Su V. N. Uversky A. K. Dunker Biochemistry 2006 45 6873 6888
27. Y. Minezaki K. Homma A. R. Kinjo K. Nishikawa J. Mol. Biol. 2006 359 1137 1149
28. K. Nishikawa Y. Minezaki S. Fukuchi Tanpakushitsu Kakusan Koso 2006 51 1827 1835
29. P. E. Wright H. J. Dyson J. Mol. Biol. 1999 293 321 331
30. V. N. Uversky J. R. Gillespie A. L. Fink Proteins 2000 41 415 427
31. A. K. Dunker J. D. Lawson C. J. Brown R. M. Williams P. Romero J. S. Oh C. J. Oldfield A. M. Campen C. M. Ratliff K. W. Hipps J. Ausio M. S. Nissen R. Reeves C. Kang C. R. Kissinger R. W. Bailey M. D. Griswold W. Chiu E. C. Garner Z. Obradovic J. Mol. Graphics Modell. 2001 19 26 59
32. P. Tompa Trends Biochem. Sci. 2002 27 527 533
33. V. Receveur-Brechot J. M. Bourhis V. N. Uversky B. Canard S. Longhi Proteins 2006 62 24 45
34. P. Tompa, Structure and function of intrinscially disordered proteins, Chapman & Hall/CRC Press, Boca Raton, 2009
35. P. E. Wright H. J. Dyson Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 31 38
36. S. Longhi Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2009 329 103 128
37. A. K. Dunker I. Silman V. N. Uversky J. L. Sussman Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 756 764
38. V. N. Uversky C. J. Oldfield A. K. Dunker Annu. Rev. Biophys. 2008 37 215 246
39. V. N. Uversky Protein J. 2009 28 305 325
40. V. N. Uversky A. K. Dunker Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2010 1804 1231 1264
41. V. N. Uversky Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2011 1814 5 693 712
42. V. N. Uversky Chem. Rev. 2011 111 1134 1166
43. B. He K. Wang Y. Liu B. Xue V. N. Uversky A. K. Dunker Cell Res. 2009 19 929 949
44. M. Fuxreiter P. Tompa I. Simon V. N. Uversky J. C. Hansen F. J. Asturias Nat. Chem. Biol. 2008 4 728 737
45. B. Ma R. Nussinov GenomeBiology 2009 10 204
46. M. R. Jensen P. R. Markwick S. Meier C. Griesinger M. Zweckstetter S. Grzesiek P. Bernado M. Blackledge Structure 2009 17 1169 1185
47. A. Stein R. A. Pache P. Bernado M. Pons P. Aloy FEBS J. 2009 276 5390 5405
48. R. Peters Biochim. Biophys. Acta, Mol. Cell Res. 2009 1793 1533 1539
49. V. M. Navadgi-Patil P. M. Burgers DNA Repair 2009 8 996 1003
50. J. A. Hebda A. D. Miranker Annu. Rev. Biophys. 2009 38 125 152
51. G. Harauz V. Ladizhansky J. M. Boggs Biochemistry 2009 48 8094 8104
52. J. Gsponer M. M. Babu Prog. Biophys. Mol. Biol. 2009 99 94 103
53. A. S. Garza N. Ahmad R. Kumar Life Sci. 2009 84 189 193
54. C. A. Galea Y. Wang S. G. Sivakolundu R. W. Kriwacki Biochemistry 2008 47 7598 7609
55. D. Eliezer Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 23 30
56. A. K. Dunker C. J. Brown J. D. Lawson L. M. Iakoucheva Z. Obradovic Biochemistry 2002 41 6573 6582
57. A. K. Dunker C. J. Brown Z. Obradovic Adv. Protein Chem. 2002 62 25 49
58. J. J. Ward J. S. Sodhi L. J. McGuffin B. F. Buxton D. T. Jones J. Mol. Biol. 2004 337 635 645
59. S. Vucetic H. Xie L. M. Iakoucheva C. J. Oldfield A. K. Dunker Z. Obradovic V. N. Uversky J. Proteome Res. 2007 6 1899 1916
60. H. Xie S. Vucetic L. M. Iakoucheva C. J. Oldfield A. K. Dunker Z. Obradovic V. N. Uversky J. Proteome Res. 2007 6 1917 1932
61. H. Xie S. Vucetic L. M. Iakoucheva C. J. Oldfield A. K. Dunker V. N. Uversky Z. Obradovic J. Proteome Res. 2007 6 1882 1898
62. E. Hazy P. Tompa ChemPhysChem 2009 10 1415 1419
63. R. B. Russell T. J. Gibson FEBS Lett. 2008 582 1271 1275
64. J. H. Han S. Batey A. A. Nickson S. A. Teichmann J. Clarke Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007 8 319 330
65. M. M. Pentony D. T. Jones Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010 78 212 221
66. C. J. Brown A. K. Johnson A. K. Dunker G. W. Daughdrill Curr. Opin. Struct. Biol. 2011
67. C. J. Brown S. Takayama A. M. Campen P. Vise T. W. Marshall C. J. Oldfield C. J. Williams A. K. Dunker J. Mol. Evol. 2002 55 104 110
68. J. W. Chen P. Romero V. N. Uversky A. K. Dunker J. Proteome Res. 2006 5 888 898
69. J. W. Chen P. Romero V. N. Uversky A. K. Dunker J. Proteome Res. 2006 5 879 887
70. P. Tompa M. Fuxreiter C. J. Oldfield I. Simon A. K. Dunker V. N. Uversky BioEssays 2009 31 328 335
71. A. K. Dunker Z. Obradovic P. Romero E. C. Garner C. J. Brown Genome Inform Ser Workshop Genome Inform 2000 11 161 171
72. P. Romero Z. Obradovic C. R. Kissinger J. E. Villafranca A. K. Dunker IEEE Int. Conf. Neural Networks 1997 1 90 95
73. P. Romero Z. Obradovic X. Li E. C. Garner C. J. Brown A. K. Dunker Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 42 38 48
74. C. J. Oldfield Y. Cheng M. S. Cortese C. J. Brown V. N. Uversky A. K. Dunker Biochemistry 2005 44 1989 2000
75. C. J. Oldfield Y. Cheng M. S. Cortese P. Romero V. N. Uversky A. K. Dunker Biochemistry 2005 44 12454 12470
76. B. Xue W. L. Hsu J. H. Lee H. Lu A. K. Dunker V. N. Uversky Genes Cells 2010 15 635 646
77. B. Xue R. L. Dunbrack R. W. Williams A. K. Dunker V. N. Uversky Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2010 1804 996 1010
78. P. V. Burra L. Kalmar P. Tompa PLoS One 2010 5 e12069
79. Z. Obradovic K. Peng S. Vucetic P. Radivojac C. J. Brown A. K. Dunker Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003 53 Suppl 6 566 572
80. T. Le Gall P. R. Romero M. S. Cortese V. N. Uversky A. K. Dunker J. Biomol. Struct. Dyn. 2007 24 325 342
81. M. Wernig A. Meissner J. P. Cassady R. Jaenisch Cell Stem Cell 2008 2 10 12
82. Y. Cheng C. J. Oldfield J. Meng P. Romero V. N. Uversky A. K. Dunker Biochemistry 2007 46 13468 13477
83. K. Peng S. Vucetic P. Radivojac C. J. Brown A. K. Dunker Z. Obradovic J. Bioinf. Comput. Biol. 2005 3 35 60
84. K. Peng P. Radivojac S. Vucetic A. K. Dunker Z. Obradovic BMC Bioinformatics 2006 7 208
85. J. Prilusky C. E. Felder T. Zeev-Ben-Mordehai E. H. Rydberg O. Man J. S. Beckmann I. Silman J. L. Sussman Bioinformatics 2005 21 3435 3438
86. Z. Dosztanyi V. Csizmok P. Tompa I. Simon Bioinformatics 2005 21 3433 3434
87. A. Campen R. M. Williams C. J. Brown J. Meng V. N. Uversky A. K. Dunker Protein Pept. Lett. 2008 15 956 963
88. B. Meszaros I. Simon Z. Dosztanyi PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000376
89. Z. Dosztanyi B. Meszaros I. Simon Bioinformatics 2009 25 2745 2746
90. Z. Dosztanyi V. Csizmok P. Tompa I. Simon J. Mol. Biol. 2005 347 827 839
91. J. Kyte R. F. Doolittle J. Mol. Biol. 1982 157 105 132
92. B. Xue C. J. Oldfield A. K. Dunker V. N. Uversky FEBS Lett. 2009 583 1469 1474
93. A. Mohan W. J. Sullivan Jr. P. Radivojac A. K. Dunker V. N. Uversky Mol. BioSyst. 2008 4 328 340
94. K. Mitsui Y. Tokuzawa H. Itoh K. Segawa M. Murakami K. Takahashi M. Maruyama M. Maeda S. Yamanaka Cell 2003 113 631 642
95. S. J. Elliman I. Wu D. M. Kemp J. Biol. Chem. 2006 281 16 19
96. M. C. Wallis P. D. Waters J. A. Graves Cell. Mol. Life Sci. 2008 65 3182 3195
97. J. O. Thomas Biochem. Soc. Trans. 2001 29 395 401
98. M. Stros D. Launholt K. D. Grasser Cell. Mol. Life Sci. 2007 64 2590 2606
99. V. Lefebvre B. Dumitriu A. Penzo-Mendez Y. Han B. Pallavi Int. J. Biochem. Cell Biol. 2007 39 2195 2214
100. P. Tompa M. Fuxreiter Trends Biochem. Sci. 2008 33 2 8
101. S. I. Guth M. Wegner Cell. Mol. Life Sci. 2008 65 3000 3018
102. J. Gearhart E. E. Pashos M. K. Prasad N. Engl. J. Med. 2007 357 1469 1472
103. R. Cotterman V. X. Jin S. R. Krig J. M. Lemen A. Wey P. J. Farnham P. S. Knoepfler Cancer Res. 2008 68 9654 9662
104. J. Chaudhary M. K. Skinner Mol. Endocrinol. 1999 13 774 786
105. D. Dominguez-Sola C. Y. Ying C. Grandori L. Ruggiero B. Chen M. Li D. A. Galloway W. Gu J. Gautier R. Dalla-Favera Nature 2007 448 445 451
106. W. H. Landschulz P. F. Johnson S. L. McKnight Science 1988 240 1759 1764
107. S. V. Kozyrev L. L. Hansen A. B. Poltaraus D. A. Domninsky L. L. Kisselev FEBS Lett. 1999 448 149 152
108. I. J. Miller J. J. Bieker Mol. Cell Biol. 1993 13 2776 2786
109. L. Aravind E. V. Koonin Trends Biochem. Sci. 2000 25 112 114
110. S. Sahara M. Aoto Y. Eguchi N. Imamoto Y. Yoneda Y. Tsujimoto Nature 1999 401 168 173
111. B. Liu J. Liao X. Rao S. A. Kushner C. D. Chung D. D. Chang K. Shuai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 10626 10631
112. J. Maldonado-Saldivia J. van den Bergen M. Krouskos M. Gilchrist C. Lee R. Li A. H. Sinclair M. A. Surani P. S. Western Stem Cells 2007 25 19 28
113. J. Hu F. Wang X. Zhu Y. Yuan M. Ding S. Gao Dev. Dyn. 2010 239 407 424
114. L. A. Boyer T. I. Lee M. F. Cole S. E. Johnstone S. S. Levine J. P. Zucker M. G. Guenther R. M. Kumar H. L. Murray R. G. Jenner D. K. Gifford D. A. Melton R. Jaenisch R. A. Young Cell 2005 122 947 956
115. M. Sato T. Kimura K. Kurokawa Y. Fujita K. Abe M. Masuhara T. Yasunaga A. Ryo M. Yamamoto T. Nakano Mech. Dev. 2002 113 91 94
116. B. Payer M. Saitou S. C. Barton R. Thresher J. P. Dixon D. Zahn W. H. Colledge M. B. Carlton T. Nakano M. A. Surani Curr. Biol. 2003 13 2110 2117
117. I. Chambers D. Colby M. Robertson J. Nichols S. Lee S. Tweedie A. Smith Cell 2003 113 643 655
118. A. A. Caricasole R. H. van Schaik L. M. Zeinstra C. D. Wierikx R. J. van Gurp M. van den Pol L. H. Looijenga J. W. Oosterhuis M. F. Pera A. Ward D. de Bruijn P. Kramer F. H. de Jong A. J. van den Eijnden-van Raaij Oncogene 1998 16 95 103
119. R. D. Finn J. Mistry J. Tate P. Coggill A. Heger J. E. Pollington O. L. Gavin P. Gunasekaran G. Ceric K. Forslund L. Holm E. L. Sonnhammer S. R. Eddy A. Bateman Nucleic Acids Res. 2009 38 D211 222
120. C. G. Burd G. Dreyfuss Science 1994 265 615 621
121. G. Musco A. Kharrat G. Stier F. Fraternali T. J. Gibson M. Nilges A. Pastore Nat. Struct. Biol. 1997 4 712 716
122. J. L. Baber D. Libutti D. Levens N. Tjandra J. Mol. Biol. 1999 289 949 962
123. N. V. Grishin Nucleic Acids Res. 2001 29 638 643
124. C. Cole J. D. Barber G. J. Barton Nucleic Acids Res. 2008 36 W197 201
125. B. Xue A. K. Dunker V. N. Uversky Int. J. Mol. Sci. 2010 11 3725 3747
126. J. Yamada J. L. Phillips S. Patel G. Goldfien A. Calestagne-Morelli H. Huang R. Reza J. Acheson V. V. Krishnan S. Newsam A. Gopinathan E. Y. Lau M. E. Colvin V. N. Uversky M. F. Rexach Mol. Cell. Proteomics 2010 9 2205 2224
127. A. H. Mao S. L. Crick A. Vitalis C. L. Chicoine R. V. Pappu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 8183 8188
128. S. L. Crick M. Jayaraman C. Frieden R. Wetzel R. V. Pappu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 16764 16769
129. H. T. Tran A. Mao R. V. Pappu J. Am. Chem. Soc. 2008 130 7380 7392
130. R. Brent M. Ptashne Cell 1985 43 729 736
131. J. Ma M. Ptashne Cell 1987 51 113 119
132. P. B. Sigler Nature 1988 333 210 212
133. A. D. Frankel P. S. Kim Cell 1991 65 717 719
134. S. Fukuchi K. Homma Y. Minezaki T. Gojobori K. Nishikawa BMC Struct. Biol. 2009 9 26
135. L. M. Iakoucheva C. J. Brown J. D. Lawson Z. Obradovic A. K. Dunker J. Mol. Biol. 2002 323 573 584
136. A. J. Callaghan J. P. Aurikko L. L. Ilag J. Gunter Grossmann V. Chandran K. Kuhnel L. Poljak A. J. Carpousis C. V. Robinson M. F. Symmons B. F. Luisi J. Mol. Biol. 2004 340 965 979
137. S. Longhi V. Receveur-Brechot D. Karlin K. Johansson H. Darbon D. Bhella R. Yeo S. Finet B. Canard J. Biol. Chem. 2003 278 18638 18648
138. J. C. Rosenbaum E. K. Fredrickson M. L. Oeser C. M. Garrett-Engele M. N. Locke L. A. Richardson Z. W. Nelson E. D. Hetrick T. I. Milac D. E. Gottschling R. G. Gardner Mol. Cell 2011 41 93 106