Molecular docking for virtual screening of natural product databases

Chemical Science

Volumn 2, Issue 9, 2011, Pages 1656-1665

  Ma, Dik Lung ^a   Chan, Daniel Shiu Hin ^a   Leung, Chung Hang ^a  

^a HONG KONG BAPTIST UNIVERSITY   (Hong Kong)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOACTIVE MOLECULES; MOLECULAR DOCKING; NATURAL PRODUCTS; STRUCTURAL DIVERSITY; VIRTUAL SCREENING;

DOCKING;

MOLECULAR MODELING;

EID: 81355161288     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1sc00152c     Document Type: Review

References (86)

1. J. J. Burbaum N. H. Sigal Curr. Opin. Chem. Biol. 1997 1 72 78
2. R. P. Hertzberg A. J. Pope Curr. Opin. Chem. Biol. 2000 4 445 451
3. K. H. Bleicher H.-J. Böhm K. Müllee A. I. Alanine Nat. Rev. Drug Discovery 2003 2 369 378
4. P. B. Fernandes Curr. Opin. Chem. Biol. 1998 2 597 603
5. J. W. Szostak Chem. Rev. 1997 97 347 348
6. H. Mario Geysen F. Schoenen D. Wagner R. Wagner Nat. Rev. Drug Discovery 2003 2 222 230
7. E. M. Gordon M. A. Gallop D. V. Patel Acc. Chem. Res. 1996 29 144 154
8. S. S. Phatak C. C. Stephan C. N. Cavasotto Expert Opin. Drug Discovery 2009 4 947 959
9. S. Shibayama K. Tanikawa R. Fujimoto H. Kimura Drug Discovery Today 2008 13 86 93
10. L. Schweizer and D. Z. Knyphausen-Aufsess, in Handbook of Bioentrepreneurship, ed., Z. J. Acs, and, D. B. Audretsch, Springer New York, 2008, pp. 129-144
11. B. Patwardhan R. A. Mashelkar Drug Discovery Today 2009 14 804 811
12. D. Normile Science 2003 299 188 190
13. W. Y. Jiang Trends Pharmacol. Sci. 2005 26 558 563
14. M. Heinrich Phytochem. Lett. 2008 1 1 5
15. M. Heinrich Frontiers in Pharmacology 2010 1 8
16. L. Bohlin U. Goeransson C. Alsmark C. Weden A. Backlund Phytochem. Rev. 2010 9 279 301
17. N. J. White Science 2008 320 330 334
18. D. L. Klayman Science 1985 228 1049 1055
19. S. R. Meshnick T. E. Taylor S. Kamchonwongpaisan Microbiol. Rev. 1996 60 301 305
20. D. H. Cheng H. Ren X. C. Tang NeuroReport 1996 8 97 101
21. J.-S. Liu Y.-L. Zhu C.-M. Yu Y.-Z. Zhou Y.-Y. Han F.-W. Wu B.-F. Qi Can. J. Chem. 1986 64 837 839
22. A. P. Kozikowski W. Tueckmantel Acc. Chem. Res. 1999 32 641 650
23. M. C. Wani H. L. Taylor M. E. Wall P. Coggon A. T. McPhail J. Am. Chem. Soc. 1971 93 2325 2327
24. L. Zhang, A. L. Demain, A. L. Demain and L. Zhang, in Natural Products, Humana Press, 2005, pp. 3-29
25. A. M. Burja B. Banaigs E. Abou-Mansour J. G. Burgess P. C. Wright Tetrahedron 2001 57 9347 9377
26. J. W. Blunt B. R. Copp M. H. G. Munro P. T. Northcote M. R. Prinsep Nat. Prod. Rep. 2006 23 26 78
27. B. Haefner Drug Discovery Today 2003 8 536 544
28. A. L. Harvey Drug Discovery Today 2008 13 894 901
29. W. R. Strohl Drug Discovery Today 2000 5 39 41
30. M. S. Butler J. Nat. Prod. 2004 67 2141 2153
31. F. E. Koehn G. T. C. Carter Nat. Rev. Drug Discovery 2005 4 206 220
32. D. J. Newman J. Med. Chem. 2008 51 2589 2599
33. D. J. Newman G. M. Cragg J. Nat. Prod. 2007 70 461 477
34. J. W.-H. Li J. C. Vederas Science 2009 325 161 165
35. M. Feher J. M. Schmidt J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003 43 218 227
36. M. S. Boguski K. D. Mandl V. P. Sukhatme Science 2009 324 1394 1395
37. D. W. Carley IDrugs 2005 8 306 309
38. D. W. Carley IDrugs 2005 8 310 313
39. S. L. Schreiber Science 2000 287 1964 1969
40. M. D. Burke S. L. Schreiber Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 46 58
41. D. S. Tan Nat. Chem. Biol. 2005 1 74 84
42. K. H. Altmann Chem. Biol. 2007 14 443 451
43. A. Nören-Müller I. Reis-Corrêa H. Prinz C. Rosenbaum K. Saxena H. J. Schwalbe D. Vestweber G. Cagna S. Schunk O. Schwarz H. Schiewe H. Waldmann Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 10606 10611
44. I. Reis-Corrêa A. Nören-Müller H.-D. Ambrosi S. Jakupovic K. Saxena H. Schwalbe M. Kaiser H. Waldmann Chem. - Asian J. 2007 2 1109 1126
45. P. Ertl J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003 43 374 380
46. R. Abagyan M. Totrov Curr. Opin. Chem. Biol. 2001 5 375 382
47. B. K. Shoichet S. L. McGovern B. Wei J. J. Irwin Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 439 446
48. C. McInnes Curr. Opin. Chem. Biol. 2007 11 494 502
49. D. B. Kitchen H. Decornez J. R. Furr J. Bajorath Nat. Rev. Drug Discovery 2004 3 935 949
50. S. Ghosh A. Nie J. An Z. Huang Curr. Opin. Chem. Biol. 2006 10 194 202
51. C. N. Cavasotto A. J. W. Orry Curr. Top. Med. Chem. 2007 7 1006 1014
52. F. C. Bernstein T. F. Koetzle G. J. B. Williams J. E. F. Meyer M. D. Brice J. R. Rodgers O. Kennard T. Shimanouchi M. Tasumi J. Mol. Biol. 1977 112 535 542
53. M. Loewer E. Proschak Molecular Informatics 2011 30 398 404
54. F. Petersen, R. Amstutz, J. M. Rollinger, H. Stuppner and T. Langer, in Natural Compounds as Drugs Volume I, Birkhäuser Basel, 2008, pp. 211-249
55. D. Schuster G. Wolber Curr. Pharm. Des. 2010 16 1666 1681
56. C. N. Cavasotto N. Singh Curr. Comput.-Aided Drug Des. 2008 4 221 234
57. F. Spyrakis A. B. Chanal X. Barril F. J. Luque Curr. Top. Med. Chem. (Sharjah, United Arab Emirates) 2011 11 192 210
58. R. D. Clark A. Strizhev J. M. Leonard J. F. Blake J. B. Matthew J. Mol. Graphics Modell. 2002 20 281 295
59. J.-M. Yang Y.-F. Chen T.-W. Shen B. S. Kristal D. F. Hsu J. Chem. Inf. Model. 2005 45 1134 1146
60. P. S. Charifson J. J. Corkery M. A. Murcko W. P. Walters J. Med. Chem. 1999 42 5100 5109
61. M. Feher Drug Discovery Today 2006 11 421 428
62. C. A. Lipinski F. Lombardo B. W. Dominy P. J. Feeney Adv. Drug Delivery Rev. 1997 23 3 25
63. J. H. Toney S. Navas-Martin S. R. Weiss A. Koeller J. Med. Chem. 2004 47 1079 1080
64. C. Sangma D. Chuakheaw N. Jongkon K. Saenbandit P. Nunrium P. Uthayopas S. Hannongbua Comb. Chem. High T. Scr. 2005 8 417 429
65. G. Cozza P. Bonvini E. Zorzi G. Poletto M. A. Pagano S. Sarno A. Donella-Deana G. Zagotto A. Rosolen L. A. Pinna F. Meggio S. Moro J. Med. Chem. 2006 49 2363 2366
66. D.-H. Fu W. Jiang J.-T. Zheng G.-Y. Zhao Y. Li H. Yi Z.-R. Li J.-D. Jiang K.-Q. Yang Y. Wang S.-Y. Si Mol. Cancer Ther. 2008 7 2386 2393
67. C.-H. Leung D. S.-H. Chan H. Yang R. Abagyan S. M.-Y. Lee D.-L. Ma Chem. Commun. 2011 47 2511 2513
68. T. A. Soucy P. G. Smith M. A. Milhollen A. J. Berger J. M. Gavin S. Adhikari J. E. Brownell K. E. Burke D. P. Cardin S. Critchley C. A. Cullis A. Doucette J. J. Garnsey J. L. Gaulin R. E. Gershman A. R. Lublinsky A. McDonald H. Mizutani U. Narayanan E. J. Olhava S. Peluso M. Rezaei M. D. Sintchak T. Talreja M. P. Thomas T. Traore S. Vyskocil G. S. Weatherhead J. Yu J. Zhang L. R. Dick C. F. Claiborne M. Rolfe J. B. Bolen S. P. Langston Nature 2009 458 732 736
69. M. C. Monti A. Casapullo C. N. Cavasotto A. Napolitano R. Riccio ChemBioChem 2007 8 1585 1591
70. M. C. Monti A. Casapullo C. N. Cavasotto A. Tosco P. F. Dal A. Ziemys L. Margarucci R. Riccio Chem.-Eur. J. 2009 15 1155 1163
71. H. Liu Y. Li M. Song X. Tan F. Cheng S. Zheng J. Shen X. Luo R. Ji J. Yue G. Hu H. Jiang K. Chen Chem. Biol. 2003 10 1103 1113
72. L. Zhao R. D. Brinton J. Med. Chem. 2005 48 3463 3466
73. J.-Å. Gustafsson Curr. Opin. Chem. Biol. 1998 2 508 511
74. M. Ricote A. C. Li T. M. Willson C. J. Kelly C. K. Glass Nature 1998 391 79 82
75. N. K. Salam T. H. W. Huang B. P. Kota M. S. Kim Y. Li D. E. Hibbs Chem. Biol. Drug Des. 2008 71 57 70
76. N. Triballeau E. Van Name G. Laslier D. Cai G. Paillard P. W. Sorensen R. Hoffmann H.-O. Bertrand J. Ngai F. C. Acher Neuron 2008 60 767 774
77. J. A. Wells C. L. McClendon Nature 2007 450 1001 1009
78. D. S.-H. Chan, H.-M. Lee, F. Yang, C.-M. Che, C. C. L. Wong, R. Abagyan, C.-H. Leung and D.-L. Ma, Angew. Chem. Int. Ed., 49, pp. 2860-2864
79. B. B. Aggarwal Nat. Rev. Immunol. 2003 3 745 756
80. S. T. Crooke W. T. Bradner Cancer Treat. Rev. 1976 3 121 139
81. R. P. Perry D. E. Kelley J. Cell. Physiol. 1970 76 127 139
82. H. J. Lipps D. Rhodes Trends Cell Biol. 2009 19 414 422
83. A. Arola R. Vilar Curr. Top. Med. Chem. 2008 8 1405 1415
84. J.-L. Mergny C. Helene Nat. Med. 1998 4 1366 1367
85. M.-Y. Kim H. Vankayalapati K. Shin-ya K. Wierzba L. H. Hurley J. Am. Chem. Soc. 2002 124 2098 2099
86. H.-M. Lee D. S.-H. Chan F. Yang H.-Y. Lam S.-C. Yan C.-M. Che D.-L. Ma C.-H. Leung Chem. Commun. 2010 46 4680 4682