A method for creating a non-equilibrium NT(P1 - P2) ensemble in molecular dynamics simulation

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 46, 2011, Pages 20750-20759

  Huang, Cunkui ^a   Choi, Phillip Y K ^b   Kostiuk, Larry W ^b  

^a ALBERTA INNOVATES TECHNOLOGY FUTURES   (Canada)

^b UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 81355123421     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp21492f     Document Type: Article

References (43)

1. M. Muthukumar Phys. Rev. Lett. 2001 86 3188
2. A. Aksimentiev K. Schulten Biophys. J. 2005 88 3745
3. M. Akeson D. Branton J. J. Kasianowicz E. Brandin D. W. Deamer Biophys. J. 1999 77 3227
4. I.-C. Yeh G. Hummer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 12177
5. S. E. Henrickson M. Misakian B. Robertson J. Kasianowicz Phys. Rev. Lett. 2000 85 3057
6. E. A. Marzio J. J. Kasianowicz J. Chem. Phys. 2002 117 4063
7. W. Sung P. J. Park Phys. Rev. Lett. 1996 77 783
8. E. Slonkina A. B. Kolomeisky J. Chem. Phys. 2003 118 7112
9. Q. Zhang J. Zheng A. Shevade L. Zhang S. H. Gehrke G. S. Heffelfinger S. Jiang J. Chem. Phys. 2002 117 808
10. P. Keblinski W. Ma A. Maritan J. Koplik J. R. Banavar Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1993 47 R2265
11. J. Koplik J. R. Banavar J. F. Willemsen Phys. Fluids A 1989 5 781
12. M. Cieplak J. Koplik J. R. Bavanar Phys. A 2000 287 153
13. J. L. Barrat L. Bocquet Phys. Rev. Lett. 1999 82 4671
14. K. P. Travis D. J. Evans Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1997 55 1566
15. K. P. Travis K. Gubbins J. Chem. Phys. 2000 112 1984
16. V. P. Sokhan D. Nicholson N. Quirke J. Chem. Phys. 2002 117 8531
17. M. Lisal W. R. Brennan F. R. Siperstein J. Chem. Phys. 2004 121 4901
18. M. Firouzi K. M. Nezhad T. T. Tsotsis M. Sahimi J. Chem. Phys. 2004 120 8172
19. G. Arya H. C. Chang E. J. Maginn J. Chem. Phys. 2001 115 8112
20. G. S. Heffelfinger F. Swol J. Chem. Phys. 1994 100 7548
21. R. F. Cracknell D. Nicholson N. Quirke Phys. Rev. Lett. 1995 74 2463
22. A. P. Thompson D. M. Ford G. S. Heffelfinger J. Chem. Phys. 1998 109 6406
23. G. S. Heffelfinger F. V. Swol J. Chem. Phys. 1994 100 7548
24. L. Xu M. G. Sedig M. Sahimi T. T. Tsotsis Phys. Rev. Lett. 1998 80 3511
25. F. Zhu E. Tajkhorshid K. Schulten Biophys. J. 2002 83 154
26. X. J. Fan N. Phan-Thien N. T. Yong X. Diao Phys. Fluids 2002 14 1146
27. J. Dzubiella R. J. Allen J. P. Hansen J. Chem. Phys. 2004 120 5001
28. C. Huang K. Nandakumar P. Choi L. W. Kostiuk J. Chem. Phys. 2006 124 234701
29. M. E. Suk A. V. Raghunathan N. R. Aluru Appl. Phys. Lett. 2008 92 133120
30. C. Huang P. Choi K. Nandakumar L. W. Kostiuk Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 186
31. M. E. Suk N. R. Aluru Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 8614
32. C. Huang P. Choi K. Nandakumar L. W. Kostiuk J. Nanosci. Nanotechnol. 2009 9 793
33. M. E. Suk N. R. Aluru J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 1590
34. C. Huang C. Li P. Choi K. Nandakumar L. W. Kostiuk Mol. Phys. 2011 109 191
35. C. Huang C. Li P. Choi K. Nandakumar L. W. Kostiuk Mol. Simul. 2010 36 856
36. L. Verlet Phys. Rev. 1968 165 201
37. J. Koplik J. R. Banavar J. F. Willemsen Phys. Rev. Lett. 1988 60 1282
38. G. Drazer J. Koplik A. Acrivos Phys. Rev. Lett. 2002 89 244501
39. J. Weng S. Park J. R. Lukes C. Tien J. Chem. Phys. 2000 113 5917
40. A. Jabbarzadeh J. D. Atkinson R. I. Tanner J. Non-Newtonian Fluid Mech. 1997 69 169
41. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNila J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
42. J. H. Irving J. G. Kirkwood J. Chem. Phys. 1950 18 817
43. C. Huang P. Choi K. Nandakumar L. W. Kostiuk J. Chem. Phys. 2007 126 224702