Proteomic comparison of colorectal tumours and non-neoplastic mucosa from paired patient samples using iTRAQ mass spectrometry

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 11, 2011, Pages 2997-3005

  Jankova, Lucy ^a   Chan, Charles ^b   Fung, Caroline L S ^b   Song, Xiaomin ^c   Kwun, Sun Y ^b   Cowley, Mark J ^d   Kaplan, Warren ^d   Dent, Owen F ^a   Bokey, Elie L ^a   Chapuis, Pierre H ^a   Baker, Mark S ^c   Robertson, Graham R ^a   Clarke, Stephen J ^a   Molloy, Mark P ^c  

^a UNIVERSITY OF SYDNEY   (Australia)

^b Department of Microbiology and Infectious Diseases   (Australia)

^c MACQUARIE UNIVERSITY   (Australia)

^d GARVAN INSTITUTE OF MEDICAL RESEARCH   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80054018665     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05236e     Document Type: Article

References (47)

1. A. Jemal R. C. Tiwari T. Murray A. Ghafoor A. Samuels E. Ward E. J. Feuer M. J. Thun Ca-Cancer J. Clin. 2004 54 8 29
2. B. Vogelstein E. R. Fearon S. R. Hamilton S. E. Kern A. C. Preisinger M. Leppert Y. Nakamura R. White A. M. Smits J. L. Bos N. Engl. J. Med. 1988 319 525 532
3. J. Stulik K. Koupilova J. Osterreicher J. Knizek A. Macela J. Bures P. Jandik F. Langr K. Dedic P. R. Jungblut Electrophoresis 1999 20 3638 3646
4. J. Stulik L. Hernychova S. Porkertova J. Knizek A. Macela J. Bures P. Jandik J. I. Langridge P. R. Jungblut Electrophoresis 2001 22 3019 3025
5. D. B. Friedman S. Hill J. W. Keller N. B. Merchant S. E. Levy R. J. Coffey R. M. Caprioli Proteomics 2004 4 793 811
6. U. J. Roblick D. Hirschberg J. K. Habermann C. Palmberg S. Becker S. Kruger M. Gustafsson H. P. Bruch B. Franzen T. Ried T. Bergmann G. Auer H. Jornvall Cell. Mol. Life Sci. 2004 61 1246 1255
7. T. Tomonaga K. Matsushita S. Yamaguchi M. Oh-Ishi Y. Kodera T. Maeda H. Shimada T. Ochiai F. Nomura Clin. Cancer Res. 2004 10 2007 2014
8. P. Alfonso A. Nunez J. Madoz-Gurpide L. Lombardia L. Sanchez J. I. Casal Proteomics 2005 5 2602 2611
9. X. Bi Q. Lin T. W. Foo S. Joshi T. You H. M. Shen C. N. Ong P. Y. Cheah K. W. Eu C. L. Hew Mol. Cell. Proteomics 2006 5 1119 1130
10. R. Mazzanti M. Solazzo O. Fantappie S. Elfering P. Pantaleo P. Bechi F. Cianchi A. Ettl C. Giulivi Am. J. Physiol.: Gastrointest. Liver Physiol. 2006 290 G1329 G1338
11. Y. Ma J. Peng W. Liu P. Zhang L. Huang B. Gao T. Shen Y. Zhou H. Chen Z. Chu M. Zhang H. Qin Mol. Cell. Proteomics 2009 8 1878 1890
12. D. Chen F. Chen X. Lu X. Yang Z. Xu J. Pan Y. Huang H. Lin P. Chi Int. J. Oncol. 2010 37 355 365
13. L. Zhao H. Wang X. Sun Y. Ding FEBS J. 2010 277 4195 4204
14. L. V. DeSouza J. Grigull S. Ghanny V. Dube A. D. Romaschin T. J. Colgan K. W. Siu Mol. Cell. Proteomics 2007 6 1170 1182
15. A. Matta L. V. DeSouza N. K. Shukla S. D. Gupta R. Ralhan K. W. Siu J. Proteome Res. 2008 7 2078 2087
16. P. Bouchal T. Roumeliotis R. Hrstka R. Nenutil B. Vojtesek S. D. Garbis J. Proteome Res. 2009 8 362 373
17. S. D. Garbis S. I. Tyritzis T. Roumeliotis P. Zerefos E. G. Giannopoulou A. Vlahou S. Kossida J. Diaz S. Vourekas C. Tamvakopoulos K. Pavlakis D. Sanoudou C. A. Constantinides J. Proteome Res. 2008 7 3146 3158
18. R. Chaerkady H. C. Harsha A. Nalli M. Gucek P. Vivekanandan J. Akhtar R. N. Cole J. Simmers R. D. Schulick S. Singh M. Torbenson A. Pandey P. J. Thuluvath J. Proteome Res. 2008 7 4289 4298
19. G. K. Smyth Stat. Appl. Genet. Mol. Biol. 2004 3
20. J. D. Storey R. Tibshirani Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 9440 9445
21. M. Ashburner C. A. Ball J. A. Blake D. Botstein H. Butler J. M. Cherry A. P. Davis K. Dolinski S. S. Dwight J. T. Eppig M. A. Harris D. P. Hill L. Issel-Tarver A. Kasarskis S. Lewis J. C. Matese J. E. Richardson M. Ringwald G. M. Rubin G. Sherlock Nat. Genet. 2000 25 25 29
22. L. Ting M. J. Cowley S. L. Hoon M. Guilhaus M. J. Raftery R. Cavicchioli Mol. Cell. Proteomics 2009 8 2227 2242
23. S. Y. Ow M. Salim J. Noirel C. Evans I. Rehman P. C. Wright J. Proteome Res. 2009 8 5347 5355
24. C. M. Frederiksen S. Knudsen S. Laurberg T. F. Orntoft J. Cancer Res. Clin. Oncol. 2003 129 263 271
25. A. Koehler F. Bataille C. Schmid P. Ruemmele A. Waldeck H. Blaszyk A. Hartmann F. Hofstaedter W. Dietmaier J. Pathol. 2004 204 65 74
26. J. Friederichs R. Rosenberg J. Mages K. P. Janssen C. Maeckl H. Nekarda B. Holzmann J. R. Siewert Int. J. Colorectal Dis. 2005 20 391 402
27. A. Pierce R. D. Unwin C. A. Evans S. Griffiths L. Carney L. Zhang E. Jaworska C. F. Lee D. Blinco M. J. Okoniewski C. J. Miller D. A. Bitton E. Spooncer A. D. Whetton Mol. Cell. Proteomics 2008 7 853 863
28. H. Kita Y. Hikichi K. Hikami K. Tsuneyama Z. G. Cui H. Osawa H. Ohnishi H. Mutoh H. Hoshino C. L. Bowlus H. Yamamoto K. Sugano J. Gastroenterol. 2006 41 1053 1063
29. F. Lam L. Jankova O. F. Dent M. P. Molloy S. Y. Kwun C. Clarke P. Chapuis G. Robertson P. Beale S. Clarke E. L. Bokey C. Chan Proteomics: Clin. Appl. 2010 4 60 70
30. Y. Naito K. Saito K. Shiiba A. Ohuchi K. Saigenji H. Nagura H. Ohtani Cancer Res. 1998 58 3491 3494
31. J. Galon A. Costes F. Sanchez-Cabo A. Kirilovsky B. Mlecnik C. Lagorce-Pages M. Tosolini M. Camus A. Berger P. Wind F. Zinzindohoue P. Bruneval P. H. Cugnenc Z. Trajanoski W. H. Fridman F. Pages Science 2006 313 1960 1964
32. S. A. Rajasekaran W. J. Ball, Jr. N. H. Bander H. Liu J. D. Pardee A. K. Rajasekaran J. Urol. 1999 162 574 580
33. C. Espineda D. B. Seligson W. J. Ball, Jr. J. Rao A. Palotie S. Horvath Y. Huang T. Shi A. K. Rajasekaran Cancer (N. Y.) 2003 97 1859 1868
34. T. Seya N. Tanaka S. Shinji K. Yokoi M. Koizumi N. Teranishi K. Yamashita T. Tajiri T. Ishiwata Z. Naito Oncol. Rep. 2006 16 1225 1230
35. Y. Wang Y. Ma B. Lu E. Xu Q. Huang M. Lai Exp. Biol. Med. (Maywood, NJ, U. S.) 2007 232 1152 1159
36. J. G. Steele C. Rowlatt J. K. Sandall L. M. Franks Int. J. Cancer 1983 32 769 779
37. J. W. Dennis S. Laferte M. Fukuda A. Dell J. P. Carver Eur. J. Biochem. 1986 161 359 373
38. E. Gorelik U. Galili A. Raz Cancer Metastasis Rev. 2001 20 245 277
39. X. Song J. Bandow J. Sherman J. D. Baker P. W. Brown M. T. McDowell M. P. Molloy J. Proteome Res. 2008 7 2952 2958
40. R. C. Newland P. H. Chapuis M. T. Pheils J. G. MacPherson Cancer (N. Y.) 1981 47 1424 1429
41. R. C. Newland P. H. Chapuis E. J. Smyth Cancer (N. Y.) 1987 60 852 857
42. E. L. Bokey P. H. Chapuis O. F. Dent B. J. Mander I. P. Bissett R. C. Newland Dis. Colon Rectum 2003 46 860 866
43. N. C. Davis R. C. Newland Aust. N. Z. J. Surg. 1983 53 211 221
44. L. P. Fielding P. A. Arsenault P. H. Chapuis O. Dent B. Gathright J. D. Hardcastle P. Hermanek J. R. Jass R. C. Newland J. Gastroenterol. Hepatol. 1991 6 325 344
45. I. V. Shilov S. L. Seymour A. A. Patel A. Loboda W. H. Tang S. P. Keating C. L. Hunter L. M. Nuwaysir D. A. Schaeffer Mol. Cell. Proteomics 2007 6 1638 1655
46. R. C. Gentleman V. J. Carey D. M. Bates B. Bolstad M. Dettling S. Dudoit B. Ellis L. Gautier Y. Ge J. Gentry K. Hornik T. Hothorn W. Huber S. Iacus R. Irizarry F. Leisch C. Li M. Maechler A. J. Rossini G. Sawitzki C. Smith G. Smyth L. Tierney J. Y. Yang J. Zhang Genome Biol. 2004 5 R80
47. B. R. Zeeberg H. Qin S. Narasimhan M. Sunshine H. Cao D. W. Kane M. Reimers R. M. Stephens D. Bryant S. K. Burt E. Elnekave D. M. Hari T. A. Wynn C. Cunningham-Rundles D. M. Stewart D. Nelson J. N. Weinstein BMC Bioinf. 2005 6 168