Guidelines for visualizing and annotating rule-based models

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 10, 2011, Pages 2779-2795

  Chylek, Lily A ^a   Hu, Bin ^a,b   Blinov, Michael L ^c   Emonet, Thierry ^d   Faeder, James R ^e   Goldstein, Byron ^a   Gutenkunst, Ryan N ^f   Haugh, Jason M ^g   Lipniacki, Tomasz ^h   Posner, Richard G ⁱ   Yang, Jin ^j   Hlavacek, William S ^a,b,i  

^a LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b UNIVERSITY OF NEW MEXICO   (United States)

^c UNIVERSITY OF CONNECTICUT HEALTH CENTER   (United States)

^d YALE UNIVERSITY   (United States)

^e UNIVERSITY OF PITTSBURGH SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^f University of Arizona   (United States)

^g North Carolina State University   (United States)

^h INSTITUTE OF FUNDAMENTAL TECHNOLOGICAL RESEARCH   (Poland)

ⁱ TRANSLATIONAL GENOMICS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^j INSTITUTE OF GEOLOGY AND GEOPHYSICS   (China)

more..

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALLOSTERISM; ARTICLE; SIGNAL TRANSDUCTION; THEORETICAL MODEL;

ALLOSTERIC REGULATION; MODELS, THEORETICAL; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 80052771333     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05077j     Document Type: Article

References (100)

1. J. M. Bradshaw Cell Signalling 2010 22 1175 1184
2. M. A. Lemmon J. Schlessinger Cell 2010 141 1117 1134
3. T. Pawson P. Nash Science 2003 300 445 452
4. C. M. Gould F. Diella A. Via P. Puntervoll C. Gemünd S. Chabanis-Davidson S. Michael A. Sayadi J. C. Bryne C. Chica M. Seiler N. E. Davey N. Haslam R. J. Weatheritt A. Budd T. Hughes J. Pas L. Rychlewski G. Travé R. Aasland M. Helmer-Citterich R. Linding T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 2010 38 D167 D180
5. C. T. Walsh S. Garneau-Tsodikova G. J. Gatto Jr. Angew Chem., Int. Ed. 2005 44 7342 7372
6. T. Hunter Curr. Opin. Cell Biol. 2009 21 140 146
7. B. N. Kholodenko Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006 7 165 176
8. B. N. Kholodenko J. F. Hancock W. Kolch Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010 11 414 426
9. V. Danos J. Feret W. Fontana J. Krivine Lect. Notes Comput. Sci. 2007 4807 139 157
10. J. Yang M. I. Monine J. R. Faeder W. S. Hlavacek Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 78 031910
11. J. Colvin M. I. Monine J. R. Faeder W. S. Hlavacek D. D. Von Hoff R. G. Posner Bioinformatics 2009 25 910 917
12. J. Colvin M. I. Monine R. N. Gutenkunst W. S. Hlavacek D. D. Von Hoff R. G. Posner BMC Bioinf. 2010 11 404
13. M. W. Sneddon J. R. Faeder T. Emonet Nat. Methods 2011 8 177 183
14. W. S. Hlavacek J. R. Faeder M. L. Blinov R. G. Posner M. Hucka W. Fontana Sci. STKE 2006 2006 re6
15. J. R. Faeder M. L. Blinov W. S. Hlavacek Methods Mol. Biol. 2009 500 113 167
16. M. L. Blinov J. R. Faeder B. Goldstein W. S. Hlavacek Bioinformatics 2006 20 3289 3291
17. J. R. Faeder M. L. Blinov B. Goldstein W. S. Hlavacek Complexity 2005 10 22 41
18. D. Endy R. Brent Nature 2001 409 391 395
19. W. S. Hlavacek J. R. Faeder M. L. Blinov A. S. Perelson B. Goldstein Biotechnol. Bioeng. 2003 84 783 794
20. B. N. Kholodenko Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006 7 165 176
21. B. J. Mayer M. L. Blinov L. M. Loew J. Biol. 2009 8 81
22. B. Goldstein J. R. Faeder W. S. Hlavacek M. L. Blinov A. Redondo C. Wofsy Mol. Immunol. 2002 38 1213 1219
23. J. R. Faeder W. S. Hlavacek I. Reischl M. L. Blinov H. Metzger A. Redondo C. Wofsy B. Goldstein J. Immunol. 2003 170 3769 3781
24. M. L. Blinov J. R. Faeder B. Goldstein W. S. Hlavacek Biosystems 2006 83 136 151
25. J. R. Faeder M. L. Blinov B. Goldstein W. S. Hlavacek Syst. Biol. 2005 2 5 15
26. D. Barua J. R. Faeder J. M. Haugh Biophys. J. 2007 92 2290 2300
27. D. Barua J. R. Faeder J. M. Haugh J. Biol. Chem. 2008 283 7338 7345
28. D. Barua J. R. Faeder J. M. Haugh PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000364
29. L. M. Heiser N. J. Wang C. L. Talcott K. R. Laderoute M. Knapp Y. Guan Z. Hu S. Ziyad B. L. Weber S. Laquerre J. R. Jackson R. F. Wooster W. L. Kuo J. W. Gray P. T. Spellman Genome Biol. 2009 10 R31
30. A. Nag M. I. Monine J. R. Faeder B. Goldstein Biophys. J. 2009 96 2604 2623
31. A. Nag M. I. Monine M. L. Blinov B. Goldstein J. Immunol. 2010 185 3268 3276
32. A. Nag J. R. Faeder B. Goldstein IET Syst. Biol. 2010 4 334 347
33. M. K. Malleshaiah V. Shahrezaei P. S. Swain S. W. Michnick Nature 2010 465 101 105
34. M. I. Monine R. G. Posner P. B. Savage J. R. Faeder W. S. Hlavacek Biophys. J. 2010 98 48 56
35. J. C. J. Ray O. A. Igoshin PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000676
36. G. R. Smith D. P. Shanley PLoS One 2010 5 e11092
37. L. Lok R. Brent Nat. Biotechnol. 2005 23 131 136
38. S. S. Andrews N. J. Addy R. Brent A. P. Arkin PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000705
39. M. Meier-Schellersheim X. Xu B. Angermann E. J. Kunkel T. Jin R. N. Germain PLoS Comput. Biol. 2006 2 e82
40. M. Koschorreck E. D. Gilles BMC Syst. Biol. 2008 2 91
41. I. I. Moraru J. C. Schaff B. M. Slepchenko B. M. L. F. Morgan A. Lakshminarayana F. Gao Y. Li L. M. Loew IET Syst. Biol. 2008 2 352 362
42. A. Mallavarapu M. Thomson B. Ullian J. Gunawardena J. R. Soc., Interface 2009 6 257 270
43. M. Lis M. N. Artyomov S. Devadas A. K. Chakraborty Bioinformatics 2009 25 2289 2291
44. J. Feret V. Danos J. Krivine R. Harmer W. Fontana Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 6453 6458
45. G. Gruenert B. Ibrahim T. Lenser M. Lohel T. Hinze P. Dittrich BMC Bioinf. 2010 11 307
46. J. F. Ollivier V. Shahrezaei P. S. Swain PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000975
47. R. Harmer V. Danos J. Feret J. Krivine W. Fontana Chaos 2010 20 037108
48. J. R. Faeder, M. L. Blinov and W. S. Hlavacek, Proceedings of the 2005 ACM Symposium on Applied Computing, Santa Fe, NM, 2005, pp. 133-140
49. M. L. Blinov J. Yang J. R. Faeder W. S. Hlavacek Lect. Notes Comput. Sci. 2006 4230 89 106
50. B. Hu G. M. Fricke J. R. Faeder R. G. Posner W. S. Hlavacek Bioinformatics 2009 25 1457 1460
51. L. A. Harris, J. S. Hogg and J. M. Faeder, Proceedings of the 2009 Winter Simulation Conference, 2009, pp. 908-919
52. M. D. Jacobs S. C. Harrison Cell 1998 11 749 758
53. E. O'Dea A. Hoffmann Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2010 2 a000216
54. S. C. Garman B. A. Wurzburg S. S. Tarchevskaya J. P. Kinet T. S. Jardetzky Nature 2000 406 259 266
55. A. Kulczycki Jr. H. Metzger J. Exp. Med. 1974 140 1676 1695
56. J. C. Cambier J. Immunol. 1995 155 3281 3285
57. N. Le Novère M. Hucka H. Mi S. Moodie F. Schreiber A. Sorokin E. Demir K. Wegner M. I. Aladjem S. M. Wimalaratne F. T. Bergman R. Gauges P. Ghazal H. Kawaji L. Li Y. Matsuoka A. Villeger S. E. Boyd L. Calzone M. Courtot U. Dogrusoz T. C. Freeman A. Funahashi S. Ghosh A. Jouraku S. Kim F. Kolpakov A. Luna S. Sahle E. Schmidt S. Watterson G. Wu I. Goryanin D. B. Kell C. Sander H. Sauro J. L. Snoep K. Kohn H. Kitano Nat. Biotechnol. 2009 27 735 741
58. H. Kitano A. Funahashi Y. Matsuoka K. Oda Nat. Biotechnol. 2005 23 961 966
59. K. Oda Y. Matsuoka A. Funahashi H. Kitano Mol. Syst. Biol. 2005 1 2006.0010
60. K. Oda H. Kitano Mol. Syst. Biol. 2006 2 2006.0015
61. E. Caron S. Ghosh Y. Matsuoka D. Ashton-Beaucage M. Therrien S. Lemieux C. Perreault P. P. Roux H. Kitano Mol. Syst. Biol. 2010 6 453
62. V. Danos J. Feret W. Fontana R. Harmer J. Krivine Lect. Notes Comput. Sci. 2007 4703 17 41
63. M. L. Blinov J. Yang J. R. Faeder W. S. Hlavacek Nat. Biotechnol. 2006 24 137 138
64. L. Holm C. Sander Science 1996 273 595 603
65. N. W. Lemons B. Hu W. S. Hlavacek BMC Bioinf. 2011 12 45
66. K. W. Kohn M. I. Aladjem S. Kim J. N. Weinstein Y. Pommier Mol. Syst. Biol. 2006 2 51
67. M. L. van Iersel T. Kelder A. R. Pic K. Hanspers S. Coort B. R. Conklin C. Evelo BMC Bioinf. 2008 9 399
68. K. W. Kohn M. I. Aladjem J. N. Weinstein Y. Pommier Mol. Biol. Cell 2006 17 1 13
69. A. Luna E. I. Karac M. Sunshine L. Chang R. Nussinov M. I. Aladjem K. W. Kohn BMC Bioinf. 2011 12 167
70. K. W. Kohn M. I. Aladjem J. N. Weinstein Y. Pommier Cell Cycle 2009 8 2281 2299
71. J. Yang X. Meng W. S. Hlavacek IET Syst. Biol. 2010 4 453 466
72. S. Kim M. I. Aladjem G. B. McFadden K. W. Kohn PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000665
73. Y. L. Deribe T. Pawson I. Dikic Nat. Struct. Mol. Biol. 2010 17 666 672
74. J. Krivine V. Danos A. Benecke Lect. Notes Comput. Sci. 2009 5643 17 32
75. J. A. P. Sekar J. R. Faeder Methods Mol. Biol
76. D. L. Nelson and M. M. Cox, Lehninger Principles of Biochemistry, 5th Edition, W.H. Freeman, 2008
77. R. C. Taylor S. P. Cullen S. J. Martin Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008 9 231 241
78. S. K. Law A. W. Dodds Protein Sci. 1997 6 263 274
79. A. Sahu J. D. Lambris Immunol. Rev. 2001 180 35 48
80. B. J. Janssen E. G. Huizinga H. C. Raaijmakers A. Roos M. R. Daha K. Nilsson-Ekdahl B. Nilsson P. Gros Nature 2005 437 505 511
81. G. G. Chiang B. M. Sefton J. Biol. Chem. 2001 276 23173 23178
82. F. Vasquez P. Devreotes Cell Cycle 2006 5 1523 1527
83. B. Miao I. Skidan J. Yang A. Lugovsky M. Reibarkh K. Long T. Brazell K. A. Durugkar J. Maki C. V. Ramana B. Schaffhausen G. Wagner V. Torchilin J. Yuan A. Degterev Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 20126 20131
84. J. D. Schnell L. Hicke J. Biol. Chem. 2003 278 48 56
85. D. Hoeller N. Crosetto B. Blagoev C. Raiborg R. Tikkanen S. Wagner K. Kowanetz R. Breitling M. Mann H. Stenmark I. Dikic Nat. Cell Biol. 2006 8 163 169
86. R. J. Deshaies C. A. Joazeiro Annu. Rev. Biochem. 2009 78 399 434
87. Z. Yang D. J. Klionsky Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2009 335 1 32
88. J. Colicelli Sci. STKE 2004 2004 re13
89. J. Gureasko O. Kuchment D. L. Makino H. Sondermann D. Bar-Sagi J. Kuriyan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 3430 3435
90. X. F. Zhang J. Settleman J. M. Kyrakis E. Takeuchi-Suzuki S. J. Elledge M. S. Marshall J. T. Bruder U. R. Rapp J. Avruch Nature 1993 364 308 312
91. J. A. Pesin T. L. Orr-Weaver Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2008 24 475 499
92. E. Nicolas C. Roumillac D. Trouche Mol. Cell Biol. 2003 23 1614 1622
93. A. W. Burgess H. S. Cho C. Eigenbrot K. M. Ferguson T. P. Garrett D. J. Leahy M. A. Lemmon M. X. Sliwkowski C. W. Ward S. Yokoyama Mol. Cell 2003 12 541 552
94. T. Kesti A. Ruppelt J. H. Wang M. Liss R. Wagner K. Tasken K. Saksela J. Immunol. 2007 179 878 885
95. P. C. Weber D. H. Ohlendorf J. J. Wendoloski F. R. Salemme Science 1989 243 85 88
96. E. Jain A. Bairoch S. Duvaud I. Phan N. Redaschi B. E. Suzek M. J. Martin P. McGarvey E. Gasteiger BMC Bioinf. 2009 10 136
97. R. D. Finn J. Mistry J. Tate P. Coggill A. Heger J. E. Pollington O. L. Gavin P. Gunasekaran G. Ceric K. Forslund L. Holm E. L. Sonnhammer S. R. Eddy A. Bateman Nucleic Acids Res. 2010 38 D211 D222
98. J. Ren L. Wen X. Gao C. Jin Y. Xue X. Yao Cell Res. 2009 19 271 273
99. J. Rivera N. A. Fierro A. Olivera R. Suzuk Adv. Immunol. 2008 98 85 120
100. P. K. Kreeger D. A. Lauffenburger Carcinogenesis 2010 31 2 8