Quantitative and sensitive detection of rare mutations using droplet-based microfluidics

Lab on a Chip

Volumn 11, Issue 13, 2011, Pages 2156-2166

  Pekin, Deniz ^a   Skhiri, Yousr ^a   Baret, Jean Christophe ^a,c   Le Corre, Delphine ^b   Mazutis, Linas ^a   Ben Salem, Chaouki ^a   Millot, Florian ^a   El Harrak, Abdeslam ^d   Hutchison, J Brian ^e   Larson, Jonathan W ^e   Link, Darren R ^e   Laurent Puig, Pierre ^b   Griffiths, Andrew D ^a   Taly, Valérie ^a  

^a UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

^b UNIVERSITÉ PARIS DESCARTES   (France)

^c MAX PLANCK INSTITUTE FOR DYNAMICS AND SELF ORGANIZATION   (Germany)

^d RainDance Technologies France   (France)

^e RainDance Technologies   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; GENOMIC DNA;

ACCURACY; ALLELE; ARTICLE; CANCER CELL CULTURE; CODON; CONCENTRATION (PARAMETERS); DNA DETERMINATION; DNA PROBE; EXPERIMENT; GENE MUTATION; GENOME; HUMAN; MICROFLUIDICS; MUTANT; MUTATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; ONCOGENE K RAS; PRIORITY JOURNAL; PYROSEQUENCING; QUANTITATIVE ANALYSIS; SENSITIVITY ANALYSIS; THERMAL ANALYSIS; WILD TYPE;

EID: 79958842027     PISSN: 14730197     EISSN: 14730189     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1lc20128j     Document Type: Article

References (75)

1. B. Vogelstein K. W. Kinzler Nat. Med. 2004 10 789 799
2. M. R. Stratton P. J. Campbell P. A. Futreal Nature 2009 458 719 724
3. F. Diehl L. A. Diaz, Jr Curr. Opin. Oncol. 2007 19 36 42
4. C. L. Sawyers Nature 2008 452 548 552
5. T. Lecomte A. Berger F. Zinzindohoue S. Micard B. Landi H. Blons P. Beaune P. H. Cugnenc P. Laurent-Puig Int. J. Cancer 2002 100 542 548
6. J. Li L. Wang H. Mamon M. H. Kulke R. Berbeco G. M. Makrigiorgos Nat. Med. 2008 14 579 584
7. C. A. Milbury J. Li G. M. Makrigiorgos Clin. Chem. 2009 55 632 640
8. C. M. Strom Mutat. Res. 2005 573 160 167
9. C. A. Foy H. C. Parkes Clin. Chem. 2001 47 990 1000
10. D. Whitcombe C. R. Newton S. Little Curr. Opin. Biotechnol. 1998 9 602 608
11. G. Mike Makrigiorgos Hum. Mutat. 2004 23 406 412
12. P. Carotenuto C. Roma A. M. Rachiglio F. Tatangelo C. Pinto F. Ciardiello O. Nappi R. V. Iaffaioli G. Botti N. Normanno Pharmacogenomics 2010 11 1169 1179
13. S. Dufort M. J. Richard F. de Fraipont Anal. Biochem. 2009 391 166 168
14. S. Ogino T. Kawasaki M. Brahmandam L. Yan M. Cantor C. Namgyal M. Mino-Kenudson G. Y. Lauwers M. Loda C. S. Fuchs J. Mol. Diagn. 2005 7 413 421
15. A. Lievre J. B. Bachet V. Boige A. Cayre D. Le Corre E. Buc M. Ychou O. Bouche B. Landi C. Louvet T. Andre F. Bibeau M. D. Diebold P. Rougier M. Ducreux G. Tomasic J. F. Emile F. Penault-Llorca P. Laurent-Puig J. Clin. Oncol. 2008 26 374 379
16. B. Angulo E. Garcia-Garcia R. Martinez A. Suarez-Gauthier E. Conde M. Hidalgo F. Lopez-Rios J. Mol. Diagn. 2010 12 292 299
17. A. C. Tsiatis A. Norris-Kirby R. G. Rich M. J. Hafez C. D. Gocke J. R. Eshleman K. M. Murphy J. Mol. Diagn. 2010 12 425 432
18. P. J. Sykes S. H. Neoh M. J. Brisco E. Hughes J. Condon A. A. Morley BioTechniques 1992 13 444 449
19. B. Vogelstein K. W. Kinzler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9236 9241
20. F. Diehl K. Schmidt K. H. Durkee K. J. Moore S. N. Goodman A. P. Shuber K. W. Kinzler B. Vogelstein Gastroenterology 2008 135 489 498
21. S. M. Dong G. Traverso C. Johnson L. Geng R. Favis K. Boynton K. Hibi S. N. Goodman M. D'Allessio P. Paty S. R. Hamilton D. Sidransky F. Barany B. Levin A. Shuber K. W. Kinzler B. Vogelstein J. Jen J. Natl. Cancer Inst. 2001 93 858 865
22. G. Singer R. Oldt, 3rd Y. Cohen B. G. Wang D. Sidransky R. J. Kurman M. Shih Ie J. Natl. Cancer Inst. 2003 95 484 486
23. I. M. Shih H. Yan D. Speyrer B. M. Shmookler P. H. Sugarbaker B. M. Ronnett Am. J. Surg. Pathol. 2001 25 1095 1099
24. R. D. Mitra G. M. Church Nucleic Acids Res. 1999 27 e34
25. J. H. Leamon W. L. Lee K. R. Tartaro J. R. Lanza G. J. Sarkis A. D. deWinter J. Berka M. Weiner J. M. Rothberg K. L. Lohman Electrophoresis 2003 24 3769 3777
26. D. Dressman H. Yan G. Traverso K. W. Kinzler B. Vogelstein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 8817 8822
27. M. Nakano J. Komatsu S. Matsuura K. Takashima S. Katsura A. Mizuno J. Biotechnol. 2003 102 117 124
28. M. Li F. Diehl D. Dressman B. Vogelstein K. W. Kinzler Nat. Methods 2006 3 95 97
29. M. Nakano N. Nakai H. Kurita J. Komatsu K. Takashima S. Katsura A. Mizuno J. Biosci. Bioeng. 2005 99 293 295
30. F. Diehl M. Li D. Dressman Y. He D. Shen S. Szabo L. A. Diaz, Jr S. N. Goodman K. A. David H. Juhl K. W. Kinzler B. Vogelstein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 16368 16373
31. H. L. Li G. Xue E. S. Yeung Anal. Chem. 2001 73 1537 1543
32. E. A. Ottesen J. W. Hong S. R. Quake J. R. Leadbetter Science 2006 314 1464 1467
33. H. C. Fan S. R. Quake Anal. Chem. 2007 79 7576 7579
34. S. L. Spurgeon R. C. Jones R. Ramakrishnan PLoS One 2008 3 e1662
35. J. Qin R. C. Jones R. Ramakrishnan Nucleic Acids Res. 2008 36 e116
36. T. K. F. Yung K. C. A. Chan T. S. K. Mok J. Tong K. F. To Y. M. D. Lo Clin. Cancer Res. 2009 15 2076 2084
37. V. G. Oehler J. Qin R. Ramakrishnan G. Facer S. Ananthnarayan C. Cummings M. Deininger N. Shah F. McCormick S. Willis A. Daridon M. Unger J. P. Radich Leukemia 2009 23 396 399
38. N. R. Beer B. J. Hindson E. K. Wheeler S. B. Hall K. A. Rose I. M. Kennedy B. W. Colston Anal. Chem. 2007 79 8471 8475
39. M. M. Kiss L. Ortoleva-Donnelly N. R. Beer J. Warner C. G. Bailey B. W. Colston J. M. Rothberg D. R. Link J. H. Leamon Anal. Chem. 2008 80 8975 8981
40. J. Pipper M. Inoue L. F. Ng P. Neuzil Y. Zhang L. Novak Nat. Med. 2007 13 1259 1263
41. Y. Schaerli R. C. Wootton T. Robinson V. Stein C. Dunsby M. A. Neil P. M. French A. J. Demello C. Abell F. Hollfelder Anal. Chem. 2009 81 302 306
42. A. B. Theberge F. Courtois Y. Schaerli M. Fischlechner C. Abell F. Hollfelder W. T. S. Huck Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 5846 5868
43. M. Curcio J. Roeraade Anal. Chem. 2003 75 1 7
44. K. D. Dorfman M. Chabert J. H. Codarbox G. Rousseau P. de Cremoux J. L. Viovy Anal. Chem. 2005 77 3700 3704
45. F. Shen W. Du J. E. Kreutz A. Fok R. F. Ismagilov Lab Chip 2010 10 2666 2672
46. F. Wang M. A. Burns Biomed. Microdevices 2009 11 1071 1080
47. N. R. Beer E. K. Wheeler L. Lee-Houghton N. Watkins S. Nasarabadi N. Hebert P. Leung D. W. Arnold C. G. Bailey B. W. Colston Anal. Chem. 2008 80 1854 1858
48. L. Mazutis A. F. Araghi O. J. Miller J. C. Baret L. Frenz A. Janoshazi V. Taly B. J. Miller J. B. Hutchison D. Link A. D. Griffiths M. Ryckelynck Anal. Chem. 2009 81 4813 4821
49. P. Kumaresan C. J. Yang S. A. Cronier R. G. Blazej R. A. Mathies Anal. Chem. 2008 80 3522 3529
50. A. Russo V. Bazan V. Agnese V. Rodolico N. Gebbia Ann. Oncol. 2005 16 suppl. 4 iv44 iv49
51. H. L. Wang J. Lopategui M. B. Amin S. D. Patterson Adv. Anat. Pathol. 2010 17 23 32
52. J. Soh N. Okumura W. W. Lockwood H. Yamamoto H. Shigematsu W. Zhang R. Chari D. S. Shames X. Tang C. MacAulay M. Varella-Garcia T. Vooder Wistuba, II S. Lam R. Brekken S. Toyooka J. D. Minna W. L. Lam A. F. Gazdar PLoS One 2009 4 e7464
53. M. Li W. D. Chen N. Papadopoulos S. N. Goodman N. C. Bjerregaard S. Laurberg B. Levin H. Juhl N. Arber H. Moinova K. Durkee K. Schmidt Y. He F. Diehl V. E. Velculescu S. Zhou L. A. Diaz, Jr K. W. Kinzler S. D. Markowitz B. Vogelstein Nat. Biotechnol. 2009 27 858 863
54. A. Lievre J. B. Bachet D. Le Corre V. Boige B. Landi J. F. Emile J. F. Cote G. Tomasic C. Penna M. Ducreux P. Rougier F. Penault-Llorca P. Laurent-Puig Cancer Res. 2006 66 3992 3995
55. L. Mazutis J. C. Baret A. D. Griffiths Lab Chip 2009 9 2665 2672
56. J. Clausell-Tormos D. Lieber J. C. Baret A. El-Harrak O. J. Miller L. Frenz J. Blouwolff K. J. Humphry S. Koster H. Duan C. Holtze D. A. Weitz A. D. Griffiths C. A. Merten Chem. Biol. 2008 15 427 437
57. P. Laurent-Puig A. Lievre H. Blons Eur. J. Cancer 2009 45 398 399
58. A. Lievre P. Laurent-Puig Nat. Rev. Clin. Oncol. 2009 6 306 307
59. E. Schonbrun A. R. Abate P. E. Steinvurzel D. A. Weitz K. B. Crozier Lab Chip 2010 10 852 856
60. S. A. Leon B. Shapiro D. M. Sklaroff M. J. Yaros Cancer Res. 1977 37 646 650
61. S. Jahr H. Hentze S. Englisch D. Hardt F. O. Fackelmayer R. D. Hesch R. Knippers Cancer Res. 2001 61 1659 1665
62. T. Lecomte N. Ceze E. Dorval P. Laurent-Puig Gastroenterol. Clin. Biol. 2010 34 662 681
63. F. Diehl M. Li Y. He K. W. Kinzler B. Vogelstein D. Dressman Nat. Methods 2006 3 551 559
64. E. Brouzes M. Medkova N. Savenelli D. Marran M. Twardowski J. B. Hutchison J. M. Rothberg D. R. Link N. Perrimon M. L. Samuels Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 14195 14200
65. R. Tewhey J. B. Warner M. Nakano B. Libby M. Medkova P. H. David S. K. Kotsopoulos M. L. Samuels J. B. Hutchison J. W. Larson E. J. Topol M. P. Weiner O. Harismendy J. Olson D. R. Link K. A. Frazer Nat. Biotechnol. 2009 27 1025 1031
66. Q. Zhong S. Bhattacharya S. Kotsopoulos J. Olson V. Taly A. D. Griffiths D. R. Link J. W. Larson Lab Chip 2011 10.1039/c1lc20126c
67. D. Santini S. Galluzzo L. Gaeta A. Zoccoli E. Riva A. Ruzzo B. Vincenzi F. Graziano F. Loupakis A. Falcone A. Onetti Muda G. Tonini J. Clin. Oncol. 2011 e206 e207
68. L. Benhaim K. Maley D. Le Corre H. Blons V. Taly F. Bibeau J.-F. Emile P. Laurent-Puig J. Clin. Oncol. 2011 29 e208 e209
69. J. Li G. M. Makrigiorgos Biochem. Soc. Trans. 2009 37 427 432
70. B. G. Zimmermann S. Grill W. Holzgreve X. Y. Zhong L. G. Jackson S. Hahn Prenatal Diagn. 2008 28 1087 1093
71. J. Gandhi J. Zhang Y. Xie J. Soh H. Shigematsu W. Zhang H. Yamamoto M. Peyton L. Girard W. W. Lockwood W. L. Lam M. Varella-Garcia J. D. Minna A. F. Gazdar PLoS One 2009 4 e4576
72. Y. N. Xia G. M. Whitesides Angew. Chem., Int. Ed. 1998 37 551 575
73. C. Holtze A. C. Rowat J. J. Agresti J. B. Hutchison F. E. Angile C. H. Schmitz S. Koster H. Duan K. J. Humphry R. A. Scanga J. S. Johnson D. Pisignano D. A. Weitz Lab Chip 2008 8 1632 1639
74. S. L. Anna N. Bontoux H. A. Stone Appl. Phys. Lett. 2003 82 364 366
75. L. Mazutis J. C. Baret P. Treacy Y. Skhiri A. F. Araghi M. Ryckelynck V. Taly A. D. Griffiths Lab Chip 2009 9 2902 2908