Infrared linear dichroism spectroscopy on amyloid fibrils aligned by molecular combing

Biomacromolecules

Volumn 12, Issue 5, 2011, Pages 1810-1821

  Rodríguez Pérez, José C ^a   Hamley, Ian W ^a   Squires, Adam M ^a  

^a UNIVERSITY OF READING   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALIGNMENT METHODS; AMYLOID FIBRIL; CORE STRUCTURE; HEN EGG WHITE LYSOZYME; INFRARED LINEAR DICHROISMS; ISOTROPIC SAMPLES; MOLECULAR COMBING; PLANAR SURFACE; POLARIZED INFRARED SPECTROSCOPY; SIDE-CHAIN ORIENTATION; STRAIGHT-FORWARD METHOD; STRUCTURAL INFORMATION;

AMINO ACIDS; DICHROISM; INFRARED SPECTROSCOPY;

GLYCOPROTEINS;

AMYLOID; LYSOZYME; OCTAPEPTIDE;

ARTICLE; INFRARED SPECTROSCOPY; LINEAR DICHROISM; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN STRUCTURE;

AMINO ACID SEQUENCE; AMYLOID; SPECTRUM ANALYSIS; X-RAY DIFFRACTION;

EID: 79955851393     PISSN: 15257797     EISSN: 15264602     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/bm200167n     Document Type: Article

References (73)

1. Luheshi, L. M.; Tartaglia, G. G.; Crorsson, A.-C.; Pawar, A. P.; Watson, I. E.; Chiti, F.; Vendruscolo, M.; Lomas, D. A.; Dobson, C. M.; Crowther, D. C. PLoS Biol. 2007, 5, 2493-2500
2. Hamley, I. Angew. Chem. 2007, 46, 8128-8147
3. Chiti, F.; Stefani, M.; Taddei, N.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Nature 2003, 424, 805-808
4. Knowles, T. P. J.; Oppenheim, T. W.; Buell, A. K.; Chirgadze, D. Y.; Welland, M. E. Nature Nanotechnol. 2010, 5, 204-207
5. Gras, S. L. Adv. Chem. Eng. 2009, 35, 161-209
6. Makin, S. O.; Serpell, L. C. FEBS J. 2005, 272, 5950-5961
7. Marshall, K. E.; Serpell, L. C. Biochem. Soc. Trans. 2009, 37, 671-676
8. Makin, O. S.; Serpell, L. C. FEBS J. 2005, 272, 5950-5961
9. Bouchard, M.; Zurdo, J.; Nettleton, E. J.; Dobson, C. M. Protein Sci. 2000, 9, 1960-1967
10. Sunde, M.; Serpell, L. C.; Bartlam, M.; Fraser, P. E.; Pepys, M. B.; Blake, C. F. J. Mol. Biol. 1997, 273, 729-739
11. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature 2005, 435, 773-778
12. Sambashivan, S.; Liu, Y.; Sawaya, M. R.; Gingery, M.; Eisenberg, D. Nature 2005, 437, 266-269
13. Sawaya, M. R.; Sambashivan, S.; Nelson, R.; Ivanova, M. I.; Sievers, S. A.; Apostol, M. I.; Thompson, M. J.; Balbirnie, M.; Wiltzius, J. J. W.; McFarlane, H. T.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Eisenberg, D. Nature 2007, 447, 453-457
14. Buffeteau, T.; Pézolet, M. In Handbook of Vibrational Spectroscopy; Chalmers, J.; Griffiths, P., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, U.K., 2002; Vol. 1; pp 693 ? 710.
15. Ambrose, E. J.; Elliott, E. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 208, 75-90
16. Burke, M. J.; Rougvie, M. A. Biochemistry 1972, 11, 2435-2439
17. Kim, H. S.; Hartgerink, J. D.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4417-4424
18. Paramonov, S. E.; H-W., J.; Hartgerink, J. D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7291-7298
19. Castelletto, V.; Hamley, I.; F., H. P. J.; Olsson, U.; Spencer, N. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9978-9987
20. Hiramatsu, H.; Goto, Y.; Naiki, H.; Kitagawa, T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3008-3009
21. Hiramatsu, H.; Lu, M.; Goto, Y.; Kitagawa, T. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2010, 83, 495-504
22. Hiramatsu, H.; Lu, M.; Matsuo, K.; Gekko, K.; Goto, Y.; Kitagawa, T. Biochemistry 2010, 49, 743-751
23. Lanfer, B.; Hermann, A.; Kirsh, M.; Freudenberg, U.; Reuner, U.; Werner, C.; Storch, A. Tissue Eng., Part A 2009, 16, 1103-1113
24. Gras, S. L.; Tickler, A. K.; Squires, A. M.; Devlin, G., L.; Horton, M. A.; Dobson, C. M.; MacPhee, C. E. Biomaterials 2008, 29, 1553-1562
25. Arnold, C. Chem. Eng. News 2008, 86, 48-50
26. Kim, J. H.; Shi, W.-X.; Larson, R. G. Langmuir 2007, 23, 755-764
27. Dafforn, T. R.; Rajendra, J.; Halsall, D. J.; Serpell, L. C.; Rodger, A. Biophys. J. 2004, 86, 404-410
28. Adachi, R.; Yamaguchi, K.; Yagi, H.; Sakurai, K.; Naiki, H.; Goto, Y. J. Biol. Chem. 2007, 282, 8979-8983
29. Hamley, I. W.; Castelletto, V.; Moulton, C. M.; Rodríguez- Pérez, J. C.; Squires, A. M.; Eralp, T.; Held, G.; Hicks, M.; Rodger, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8244-8254
30. Tsukruk, V. V.; Ko, H.; Peleshanko, S. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 065502/1-065502/4
31. Structure and Properties of Oriented Polymers, 2 nd ed.; Ward, I. M., Ed.; Chapman & Hall: London, 1997,.
32. Li, J.; Bai, C.; Wang, C.; Zhi, C.; Lin, Z.; Li, W.; Cao, E. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 4785-4786
33. Jing, J.; Reed, J.; Huang, J.; Hu, X.; Clarke, V.; Edington, J.; Housman, D.; Anantharaman, T. S.; Huff, E. J.; Mishra, B.; Porter, B.; Shenker, A.; Wolfson, E.; Hiort, C.; Kantor, R.; Aston, C.; Schwartz, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 8046-8051
34. Yokota, H.; Sunwoo, J.; Sarikaya, M.; Engh, G. V. D.; Aebersold, R. Anal. Chem. 1999, 71, 4418-4422
35. Bensimon, A.; Simon, A.; Chiffaudel, A.; Croquette, V.; F., H.; D., B. Science 1994, 265, 2095-2098
36. Lebofsky, R.; Bensimon, A. Briefings Funct. Genomics Proteomics 2003, 1, 385-396
37. Deng, Z.; Mao, C. Nano Lett. 2003, 3, 1545-1548
38. Yokota, H.; Johnson, F.; Lu, H.; Robinson, R. M.; Belu, A. M.; Garrison, M. D.; Ratner, B. D.; Trask, B. J.; Miller, D. L. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1064-1070
39. Otobe, K.; Ohtani, T. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 109
40. Nakao, H.; Gad, M.; Sugiyama, S.; Otobe, K.; Ohtani, T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7162-7163
41. Nakao, H.; Taguchi, T.; Shiigi, H.; Miki, K. Chem. Commun. 2009, 1858-1860
42. Guan, J.; Lee, L. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 18321-18325
43. Squires, A. M.; Devlin, G. L.; Gras, S. L.; Tickler, A. K.; MacPhee, C. E.; Dobson, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11738-11739
44. Maurstad, G.; Prass, M.; Serpell, L.; Sikorski, P. Eur. Biophys. J. 2009, 38, 1135-1140
45. Herland, A.; Björk, P.; Hania, R.; Scheblykin, I. G.; Inganäs, O. Small 2007, 3, 318-325
46. Herland, A.; Thomsson, D.; Mirzov, O.; Scheblykin, I. G.; Inganäs, O. J. Mater. Chem. 2008, 126, 126-132
47. Corrigan, A. M.; Müller, C.; Krebs, M. R. H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14740-14741
48. Hamley, I. W.; Castelletto, V.; Moulton, C. M.; Myatt, D.; Siligardi, G.; Oliveira, C. L. P.; Pedersen, J. S.; Gavish, J. S.; Danino, D. Macromol. Biosci. 2010, 10, 40-48
49. Eaton, J. W. GNU Octave Manual; Network Theory Limited, 2002.
50. Marsh, D. Biophys. J. 1997, 72, 2710-2718
51. Barth, A. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1073-1101
52. Kajava, A. V.; Squire, J. M.; Parry, D. A. D. Adv. Protein Chem. 2006, 73, 1-15
53. Vass, E.; Holloósi, M.; Besson, F.; Buchet, R. Chem. Rev. 2003, 103, 1917-1954
54. Kim, J.; Kapitàn, J.; Lakhani, A.; BouX, P.; Keiderling, T. A. Theor. Chem. Acc. 2008, 119, 81-97
55. Hilario, J.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7562-7574
56. Kim, J.; Huang, R.; Kubelka, J.; BouX, P.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 23590-23602
57. Lührs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Döbeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17342-17347
58. Chen, M.; Margittai, M.; Chen, J.; Langen, R. J. Biol. Chem. 2007, 282, 24970-24979
59. Torii, H. J. Phys. Chem. B 2008, 8737-8743
60. Miyazawa, T.; Blout, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1960, 83, 712-719
61. Miyazawa, T. J. Chem. Phys. 1960, 32, 1647-1652
62. Strasfeld, D. B.; Ling, Y. L.; Gupta, R.; Raleigh, D. P.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 15679-15691
63. Cheatum, C. M.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8201-8215
64. Ikeda, R.; Chase, B.; Everall, N. J. In Handbook of Vibrational Spectroscopy; Chalmers, J.; Griffiths, P., Eds.; John Wiley & Sons, Inc.: Chichester, U.K., 2002; Vol. 1, pp 781 ? 738.
65. Ward, I. M. Adv. Polym. Sci. 1985, 66, 81-115
66. Pauling, L.; Corey, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1953, 39, 253-256
67. Lipsitz, R. S.; Sharma, Y.; Brooks, B. R.; Tjandra, N. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10621-10626
68. Fabiola, G. F.; Krishnaswamy, S.; Nagarajan, V.; Pattabhi, V. Acta Crystallogr. 1997, D53, 316-320
69. Buffeteau, R.; Calvez, E. L.; Castano, S.; Desbat, B.; Blaudez, D.; Dufourcq, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4537-4544
70. Grace, L. I.; Cohen, R.; Dunn, T. M.; Lubman, D. M.; de Vries, M. S. J. Mol. Spectrosc. 2002, 215, 204-219
71. Chan, T.-F.; Ha, C.; Phong, A.; Cai, D.; Wan, E.; Leung, L.; Kwok, P.-Y.; Xiao, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e113
72. Lee, C. F. Phys. Rev. E 2009, 80, 031902
73. Krebs, M.; Wilkins, D.; Chung, E.; Pitkeathly, M.; Chamberlain, A. J. Mol. Biol. 2000, 300, 541-549