Performance enhancements for GROMACS nonbonded interactions on BlueGene

Journal of Computational Chemistry

Volumn 32, Issue 9, 2011, Pages 2041-2046

  Abraham, Mark J ^a  

^a Australian National University   (Australia)

Author keywords

BlueGene; GROMACS; PowerPC; rounding; SIMD optimization; table lookups

Indexed keywords

BLUEGENE; GROMACS; POWERPC; ROUNDING; SIMD OPTIMIZATION;

MOLECULAR DYNAMICS; TABLE LOOKUP;

OPTIMIZATION;

ARTICLE; COMPUTER PROGRAM; MOLECULAR DYNAMICS;

MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; SOFTWARE;

EID: 79955473704     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21766     Document Type: Article

References (13)

1. Ewald, P. P., Ann Phys 1921, 369, 253.
2. Kolafa, J., and, Perram, J. W., Mol Sim 1992, 9, 351.
3. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G., J Chem Phys 1995, 103, 8577.
4. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J., J Comput Chem 2005, 26, 1701.
5. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D., and, Lindahl, E., J Chem Theory Comput 2008, 4, 435.
6. Abraham, M. J.; Gready, J. E., J Comput Chem (in press).
7. Allsopp, N.; Follows, F.; Hennecke, H.; Ishibashi, F.; Paolini, M.; Quintero, D.; Tabary, A.; Vezolle, P.; Reddy, H.; Sosa, C.; Prakash, S.; Lascu, O., Unfolding the IBM eServer Blue Gene Solution. 2005.
8. Wait, C. D., IBM J Res Dev 2005, 49, 249.
9. Chatterjee, S.; Bachega, L. R.; Bergner, P.; Dockser, K. A.; Gunnels, J. A.; Gupta, M.; Gustavson, F. G.; Lapkowski, C. A.; Liu, G. K.; Mendell, M.; Nair, R.; Wait, C. D.; Ward, T. J.; Wu, P., IBM J Res Dev 2005, 49, 377.
10. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; van Buuren, A. R.; Apol, E.; Meulenhoff, P. J.; Tieleman, D. P.; Sijbers, A. L.; Feenstra, K. A.; van Drunen, R.; Berendsen, H. J., GROMACS User Manual, version 4.0. 2005.
11. IBM. Assembler Language Reference, IBM Corp, Austin 2001.
12. Enenkel, R. F.; Fitch, B. G.; Germain, R. S.; Gustavson, F. G.; Martin, A.; Mendell, M.; Pitera, J. W.; Pitman, M. C.; Rayshubskiy, A.; Suits, F.; Swope, W. C.; Ward, T. J., IBM J Res Dev 2005, 49, 465.
13. Almasi, G.; Asaad, S.; Bellofatto, R. E.; Bickford, H. R.; Blumrich, M. A.; Brezzo, B.; Bright, A. A.; Brunheroto, J. R.; Castanos, J. G.; Chen, D.; Chiu, G. L. T.; Coteus, P. W.; Dombrowa, M. B.; Dozsa, G.; Eichenberger, A. E.; Gara, A.; Giampapa, M. E.; Giordano, F. P.; Gunnels, J. A.; Hall, S. A.; Haring, R. A.; Heidelberger, P.; Hoenicke, D.; Kochte, M.; Kopcsay, G. V.; Kumar, S.; Lanzetta, A. P.; Lieber, D.; Nathanson, B. J.; O'brien, K.; Ohmacht, A. S.; Ohmacht, M.; Rand, R. A.; Salapura, V.; Sexton, J. C.; Stemmacher-Burow, B. D.; Stunkel, C.; Sugavanam, K.; Swetz, R. A.; Takken, T.; Tian, S.; Trager, B. M.; Tremaine, R. B.; Vranas, P.; Walkup, R. E.; Wazlowski, M. E.; Winograd, S.; Wisniewski, R. W.; Wu, P.; Busche, D. R.; Douskey, S. M.; Ellavsky, M. R.; Flynn, W. T.; Germann, P. R.; Hamilton, M. J.; Hehenberger, L.; Hruby, B. J.; Jeanson, M. J.; Kasemkhani, F.; Lembach, R. F.; Liebsch, T. A.; Lyndgaard, K. C.; Lytle, R. W.; Marcella, J. A.; Marroquin, C. M.; Mathiowetz, C. H., Maurice, M. D.; Nelson, E.; Rickert, D. M.; Sellers, G. W.; Sheets, J. E.; Strissel, S. A.; Wait, C. D.; Winter, B. B.; Wood, C. J.; Zumbrunnen, L. M.; Rangarajan, M.; Allen, P. V.; Archer, C. J.; Blocksome, M.; Budnik, T. A.; Ellis, S. D.; Good, M. P.; Gooding, T. M.; Inglett, T. A.; Kaliszewski, K. T.; Knudson, B. L.; Lappi, C.; Leckband, G. S.; Lee, S.; Megerian, M. G.; Miller, S. J.; Mundy, M. B.; Musselman, R. G.; Musta, T. E.; Nelson, M. T.; Obert, C. F.; van Oosten, J. L.; Orbeck, J. P.; Parker, J. J.; Poole, R. J.; Rodakowski, H. L.; Reed, D. D.; Scheel, J. J.; Sell, F. W.; Shok, R. M.; Solie, K. M.; Stewart, G. G.; Stockdell, W. M.; Tauferner, A. T.; Thomas, J.; Sharrar, R. H.; Schwartz, S.; Satterfield, D. L.; Archambault, R. G.; Martin, A. R.; Mendell, M. P.; Zhang, G.; Zhao, P. P.; Mani, I.; Nair, R.; Bendale, R. D.; Curioni, A.; Sabharwal, Y.; Doi, J.; Negishi, Y., IBM J Res Dev 2008, 52, 199.