Theoretical study on the mechanism of the DNA repair protein Fpg

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 111, Issue 10, 2011, Pages 2454-2463

  Zheng, Jun Hua ^a   Tan, Hong Wei ^a   Chen, Guang Ju ^a  

^a BEIJING NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

DFT; fpg catalytic mechanism; ONION

Indexed keywords

ACTIVATION BARRIERS; CATALYTIC MECHANISMS; DFT; DNA REPAIR PROTEINS; ELECTROSTATIC INTERACTIONS; GLYCOSYLASE; ONION; POSITIVELY CHARGED; THEORETICAL STUDY;

EID: 79955432707     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.22447     Document Type: Article

References (42)

1. Grollman, A. P.; Moriya, M., Trends Genet 1993, 9, 246.
2. Michaelis, M. L.; Miller, J., J Bacteriol 1992, 174, 6321.
3. Nelson, D. L.; Cox, M. M., Eds. Lehninger Principles of Biochemistry, 3rd ed.; Worth Publishers: New York, 2000.
4. Bjelland, S.; Seeberg, E., Mutat Res 2003, 531, 37.
5. Friedberg, E.; Walker, G.; Siede, W., DNA Repair and Mutagenesis; ASM Press: Washington, DC, 1995.
6. Fromme, J. C.; Banerjee, A.; Verdine, G. L., Curr Opin Struct Biol 2004, 14, 43.
7. Stivers, J. T.; Jiang, Y. L., Chem Rev 2003, 103, 2729.
8. Krokan, H. K.; Standal, R.; Slupphaug, G., Biochem J 1997, 325, 1.
9. Tchou, J.; Grollman, A. P., Mutat Res 1993, 299, 277.
10. Michaels, M. L.; Miller, J. H., J Bacteriol 1992, 174, 6321.
11. McCullough, A. K.; Dodson, M. L.; Lloyd, R. S., Annu Rev Biochem 1999, 68, 255.
12. Zharkov, D. O.; Rieger, R. A.; Iden, C. R.; Grollman, A. P., J Biol Chem 1997, 272, 5335.
13. Zharkov, D. O.; Shoham, G.; Grollman, A. P., DNA Repair 2003, 2, 839.
14. Sugahara, M.; Mikawa, T.; Kumasaka, T.; Yamamoto, M.; Kato, R.; Fukuyama, K.; Inoue, Y.; Kuramitsu, S., EMBO J 2000, 19, 3857.
15. Fromme, J. C.; Verdine, G. L., Nat Struct Biol 2002, 9, 544.
16. Fromme, J. C.; Verdine, G. L., J Biol Chem 2003, 278, 51543.
17. Gilboa, R.; Zharkov, D. O.; Golan, G., J Biol Chem 2002, 277, 19811.
18. Serre, L.; de Jesus, K. P.; Boiteux, S.; Zelwer, C.; Castaing, B., EMBO J 2002, 21, 2854.
19. Francis, A. W.; Helquist, S. A.; Kool, E. T.; David, S. S., J Am Chem Soc 2003, 125, 16235.
20. Duwat, P.; de Oliveira, R.; Ehrlich, S. D.; Boiteux, S., Microbiology 1995, 141, 411.
21. Tchou, J.; Grollman, A. P., J Biol Chem 1995, 270, 11671.
22. Zharkov, D. O.; Grollman, P., J Biol Chem 1997, 272, 5335.
23. Tchou, J.; Bodepudi, V., J Biol Chem 1994, 269, 15318.
24. Song, K.; Hornak, V., Biochemistry 2006, 45, 10886.
25. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr. ; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J., J Comput Chem 2005, 26, 1668.
26. Becke, A. D., Phys Rev A 1988, 38, 3098.
27. Perdew, J. P., Phys Rev B 1986, 33, 8822.
28. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G., Phys Rev B 1988, 37, 785.
29. Vosko, S.; Wilk, L.; Nussair, M., Can J Phys 1980, 58, 1200.
30. Bakowies, D.; Thiel, W., J Phys Chem B 1996, 100, 10580.
31. Dapprich, S.; Komaromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J., J Mol Struct Theor Chem 1999, 461, 1.
32. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K., J Phys Chem 1996, 100, 19357.
33. Torrent, M.; Vreven, T.; Musaev, D. G.; Morokuma, K.; Farkas, O.; Schlegel, H. B., J Am Chem Soc 2002, 124, 192.
34. Duarte, V.; Gasparutto, D.; Jaquinod, M., Chem Res Toxicol 2001, 14, 47.
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr. ; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A., Gaussian 03, Revision C. 02, Gaussian: Wallingford, CT, 2004.
36. McLean, A. D.; Chandler, G. S., J Chem Phys 1980, 72, 5639.
37. Raghavachari, K.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A., J Chem Phys 1980, 72 650.
38. Dunning, T. H., Jr; Hay, P. J., Modern Theoretical Chemistry; Plenum Press: New York, 1976; Vol. 3, p 1.
39. Sidorkina, O. M.; Laval, J., Nucleic Acids Res 1998, 26, 5351.
40. Duarte, V.; Gasparutto, D.; Jaquinod, M., Chem Res Toxicol 2001, 14, 47.
41. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F., J Am Chem Soc 1985, 107, 3902.
42. Datta, S. N.; Sudhamsu, J.; Pandey, A., J Phys Chem B 2004, 108, 8011.