Structural properties of carboxylic acid dimers confined within the urea tunnel structure: An MD simulation study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 12, 2011, Pages 2791-2800

  Ilott, Andrew J ^a   Palucha, Sebastian ^a   Batsanov, Andrei S ^a   Harris, Kenneth D M ^b   Hodgkinson, Paul ^a   Wilson, Mark R ^a  

^a DURHAM UNIVERSITY   (United Kingdom)

^b CARDIFF UNIVERSITY   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBOXYLIC ACIDS; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PARAFFINS; SATURATED FATTY ACIDS; STEREOCHEMISTRY; STRUCTURAL PROPERTIES; UREA;

ALKYL CHAIN; CARBOXYLIC ACID DIMERS; DIFFUSION COEFFICIENTS; DODECANE; DODECANOIC ACID; EXPERIMENTAL MEASUREMENTS; GUEST MOLECULES; HOST STRUCTURE; INCLUSION COMPOUNDS; LARGE-SCALE MOLECULAR DYNAMICS; MD SIMULATION; MOLECULAR-LEVEL INSIGHTS; NANO SCALE; SIMPLIFYING ASSUMPTIONS; SUPRAMOLECULAR ORDERING; TUNNEL AXIS; TUNNEL STRUCTURES; UREA INCLUSION COMPOUNDS;

DIMERS;

EID: 79953037293     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp110137h     Document Type: Article

References (56)

1. Fetterly, L. C. Non-Stoichiometric Compounds; Academic Press: New York, 1964; p 491.
2. Takemoto, K.; Sonoda, N. Inclusion Compounds; Academic Press: New York, 1984; Vol. 2, p 47.
3. Harris, K. D. M. J. Solid State Chem. 1993, 106, 83-98
4. Harris, K. D. M. Chem. Soc. Rev. 1997, 26, 279
5. Guillaume, F. J. Chim. Phys. PCB 1999, 96, 1295-1315
6. Harris, K. D. M. Supramol. Chem. 2007, 19, 47-53
7. Smith, A. E. Acta Crystallogr. 1952, 5, 224-235
8. Harris, K. D. M.; Thomas, J. M. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1990, 86, 2985-2996
9. George, A. R.; Harris, K. D. M. J. Mol. Graphics 1995, 13, 138-141
10. Rennie, A. J. O.; Harris, K. D. M. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1990, 430, 615-640
11. Rennie, A. J. O.; Harris, K. D. M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 7117
12. Harris, K. D. M.; Hollingsworth, M. D. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1990, 431, 245-269
13. Lefort, R.; Etrillard, J.; Toudic, B.; Guillaume, F.; Breczewski, T.; Bourges, P. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 4027-4030
14. Weber, T.; Boysen, H.; Frey, F.; Neder, R. Acta Crystallogr., Sect. B 1997, 53, 544-552
15. Parsonage, N. G.; Pemberton, R. C. Trans. Faraday Soc. 1967, 63, 311-328
16. Chatani, Y.; Taki, Y.; Tadokoro, H. Acta Crystallogr., Sect. B 1977, 33, 309-311
17. Fukao, K. J. Chem. Phys. 1990, 92, 6867
18. Lynden-Bell, R. M. Mol. Phys. 1993, 79, 313-321
19. Yeo, L.; Kariuki, B. M.; Serrano-Gonzalez, H.; Harris, K. D. M. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9926-9931
20. Le Lann, H.; Odin, C.; Toudic, B.; Ameline, J. C.; Gallier, J.; Guillaume, F.; Breczewski, T. Phys. Rev. B 2000, 62, 5442-5451
21. Casal, H. L. J. Phys. Chem. 1990, 96, 2232-2234
22. Harris, K. D. M.; Jonsen, P. Chem. Phys. Lett. 1989, 154, 593-598
23. El Baghdadi, A.; Dufourc, E. J.; Guillaume, F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1746-1752
24. Guillaume, F.; Sourisseau, C.; Dianoux, A. J. Chim. Phys. 1991, 88, 1721-1739
25. Guillaume, F.; Smart, S. P.; Harris, K. D. M.; Dianoux, A. J. J Phys.:Condens. Matter 1994, 6, 2169
26. Girard, P.; Aliev, A. E.; Guillaume, F.; Harris, K. D. M.; Hollingsworth, M. D.; Dianoux, A. J.; Jonsen, P. J. Chem. Phys. 1998, 109, 4078
27. Hollingsworth, M. D.; Cyr, N. Mol. Cryst. Liq. Cryst. 1990, 187, 135-144
28. Khan, A. A.; Bramwell, S. T.; Harris, K. D. M.; Kariuki, B. M.; Truter, M. R. Chem. Phys. Lett. 1999, 307, 320-326
29. Chao, M. H.; Harris, K. D. M.; Kariuki, B. M.; Bauer, C. L.; Foxman, B. M. J. Phys. Chem B 2002, 106, 4032-4035
30. Takemoto, K.; Sonoda, N. Inclusion Compounds; Academic Press: New York, 1984; Vol. 2, p 263.
31. Yeo, L.; Harris, K. D. M. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998, 94, 1633-1639
32. Brown, M. E.; Hollingsworth, M. D. Nature 1995, 376, 323-327
33. Hollingsworth, M. D.; Peterson, M. L.; Rush, J. R.; Brown, M. E.; Abel, M. J.; Black, A. A.; Dudley, M.; Raghothamachar, B.; Werner-Zwanziger, U.; Still, E. J. Cryst. Growth Des. 2005, 5, 2100-2116
34. Marti-Rujas, J.; Desmedt, A.; Harris, K. D. M.; Guillaume, F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11124-11125
35. Martí-Rujas, J.; Desmedt, A.; Harris, K. D. M.; Guillaume, F. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 12339-12344
36. Marti-Rujas, J.; Desmedt, A.; Harris, K. D. M.; Guillaume, F. J. Phys. Chem. C 2008, 113, 736-743
37. Souaille, M.; Guillaume, F.; Smith, J. C. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1516-1528
38. Souaille, M.; Guillaume, F.; Smith, J. C. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1529-1536
39. Souaille, M.; Smith, J. C.; Guillaume, F. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 6753-6757
40. Vold, R. L.; Hoatson, G. L.; Subramanian, R. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7305
41. Lee, K. J.; Mattice, W. L.; Snyder, R. G. J. Chem. Phys. 1992, 96, 9138-9143
42. Menziani, M. C.; Benedetti, P. G.; Brustolon, M. Mol. Phys. 1997, 92, 903-912
43. George, A. R.; Harris, K. D. M. J. Mater. Chem. 1994, 4, 1731-1735
44. Brustolon, M.; Maniero, A. L.; Marcomini, A.; Segre, U. J.Mater. Chem 1996, 6, 1723-1729
45. Davies, J. E. D.; Tabner, V. A. J. Inclusion Phenom. Macrocyclic Chem. 1998, 31, 99-107
46. Antonioli, G.; McMillan, D. E.; Hodgkinson, P. Chem. Phys. Lett. 2001, 344, 68-74
47. Shannon, I. J.; Harris, K. D. M.; Rennie, A. J. O.; Webster, M. B. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1993, 89, 2023-2029
48. Smith, W.; Forester, T. J. Mol. Graphics 1996, 14, 136
49. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487
50. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
51. Schmider, J.; Muller, K. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1181-1193
52. Kim, S.; Kuroki, S.; Ando, I. J. Chem. Phys. 2006, 323, 545-552
53. Smart, S. P.; Baghdadi, A. E.; Guillaume, F.; Harris, K. D. M. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1994, 90, 1313-1322
54. El Baghdadi, A.; Guillaume, F. J. Raman Spectrosc. 1995, 26, 155-166
55. Neal, M. P.; Solymosi, M.; Wilson, M. R.; Earl, D. J. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3567
56. Harris, K. D. M.; Smart, S. P.; Hollingsworth, M. D. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1991, 87, 3423-3429