Toward clinical proteomics on a next-generation sequencing platform

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 3, 2011, Pages 666-670

  Turner, Daniel J ^a,d   Tuytten, Robin ^b   Janssen, Kris P F ^c   Lammertyn, Jeroen ^c   Wuyts, Jan ^b   Pollet, Jeroen ^c   Eyckerman, Sven ^b,e   Brown, Clive ^b,d   Kas, Koen ^b  

^a WELLCOME TRUST SANGER INSTITUTE   (United Kingdom)

^b Pronota NV   (Belgium)

^c UNIVERSITY OF LEUVEN   (Belgium)

^d Oxford Nanopore Technologies Ltd   (United Kingdom)

^e DEPARTMENT OF PLANT SYSTEMS BIOLOGY   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APTAMERS; DIRECT CONVERSION; DNA SEQUENCING; PROTEIN DETECTION; PROTEOMICS; SERUM PROTEINS;

GENE ENCODING; MOLECULAR BIOLOGY;

PROTEINS;

IMMUNOGLOBULIN E;

ARTICLE; BLOOD; DNA SEQUENCE; HUMAN; METHODOLOGY; PROTEIN DATABASE; PROTEOMICS;

DATABASES, PROTEIN; HUMANS; IMMUNOGLOBULIN E; PROTEOMICS; SEQUENCE ANALYSIS, DNA;

EID: 79952126796     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac102666n     Document Type: Article

References (34)

1. Wheeler, D. A.; Srinivasan, M.; Egholm, M.; Shen, Y.; Chen, L.; McGuire, A.; He, W.; Chen, Y. J.; Makhijani, V.; Roth, G. T.; Gomes, X.; Tartaro, K.; Niazi, F.; Turcotte, C. L.; Irzyk, G. P.; Lupski, J. R.; Chinault, C.; Song, X. Z.; Liu, Y.; Yuan, Y.; Nazareth, L.; Qin, X.; Muzny, D. M.; Margulies, M.; Weinstock, G. M.; Gibbs, R A.; Rothberg J. M. Nature 2008, 452, 872-877.
2. Van Tassell, C. P.; Smith, T. P. L.; Matukumalli, L. K.; Taylor, J. F.; Schnabel, R. D.; Lawley, C. T.; Haudenschild, C. D.; Moore, S. S.; Warren, W. C.; Sonstegard, T. S. Nat. Methods 2008, 5, 247-252.
3. Ordway, J. M.; Budiman, M. A.; Korshunova, Y.; Maloney, R. K.; Bedell, J. A.; Citek, R. W.; Bacher, B.; Peterson, S.; Rohlfing T.; Hall, J.; Brown, R.; Lakey, N.; Doerge, R. W.; Martienssen, R. A.; Leon, J.; McPherson, J. D.; Jeddeloh, J. A. PLoS ONE 2007, 2, e1314.
4. Wang, Z.; Gerstein, M.; Snyder, M. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 57-63.
5. Shendure, J.; Ji, H. L. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1135-1145.
6. Mortazavi, A.; Williams, B. A.; Mccue, K.; Schaeffer, L.; Wold, B. Nat. Methods 2008, 5, 621-628.
7. Ellington, A. D.; Szostak, J. W. Nature 1990, 346, 818-822.
8. Tuerk, C.; Gold, L. Science 1990, 249, 505-510.
9. Wilson, D. S.; Szostak, J. W. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 611-647.
10. Meyer, M.; Stenzel, U.; Hofreiter, M. Nat. Protoc. 2008, 3, 267-278.
11. Berezovski, M.; Musheev, M.; Drabovich, A.; Krylov, S. N. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1410-1411.
12. Voelkerding, K. V.; Dames, S. A.; Durtschi, J. D. Clin Chem 2009, 55, 641-658.
13. Drabovich, A. P.; Okhonin, V.; Berezovski, M.; Krylov, S. N. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7260-7261.
14. Fischer, N. O.; Tarasow, T. M.; Tok, J. B. H. Anal. Biochem. 2008, 373, 121-128.
15. Berezovski, M.; Krylov, S. N. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13674-75.
16. Wu, S.; Manber, U. Commun. ACM 1992, 35, 83-91.
17. Wiegand, T. W.; Williams, P. B.; Dreskin, S. C.; Jouvin, M. H.; Kinet, J. P.; Tasset, D. J. Immunol. 1996, 157, 221-230.
18. Bock, L. C.; Griffin, L. C.; Latham, J. A.; Vermaas, E. H.; Toole, J. J. Nature 1992, 355, 564-566.
19. Yang, C. J.; Jockusch, S.; Vicens, M.; Turro, N. J.; Tan, W. H. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005, 102, 17278-17283.
20. Zhang, H. Q.; Li, X. F.; Le, X. C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 34-35.
21. Dohm, J. C.; Lottaz, C.; Borodina, T.; Himmelbauer, H. Nucleic Acids Res. 2008, 36, e105.
22. Bentley, D. R.; Balasubramanian, S.; Swerdlow, H. P.; Smith, G. P.; Milton, J.; Brown, C. G.; Hall, K. P.; Evers, D. J.; Barnes, C. L.; Bignell, H. R.; Boutell, J. M.; Bryant, J.; Carter, R. J.; Cheetham, R. K.; Cox, A. J.; Ellis, D. J.; Flatbush, M. R.; Gormley, N. A.; Humphray, S. J.; Irving, L. J.; Karbelashvili, M. S.; Kirk, S. M.; Li, H.; Liu, X. H.; Maisinger, K. S.; Murray, L. J.; Obradovic, B.; Ost, T.; Parkinson, M. L.; Pratt, M. R.; Rasolonjatovo, I. M. J.; Reed, M. T.; Rigatti, R.; Rodighiero, C.; Ross, M. T.; Sabot, A.; Sankar, S. V.; Scally, A.; Schroth, G. P.; Smith, M. E.; Smith, V. P.; Spiridou, A.; Torrance, P. E.; Tzonev, S. S.; Vermaas, E. H.; Walter, K.; Wu, X. L.; Zhang, L.; Alam, M. D.; Anastasi, C.; Aniebo, I. C.; Bailey, D. M. D.; Bancarz, I. R.; Banerjee, S.; Barbour, S. G.; Baybayan, P. A.; Benoit, V. A.; Benson, K. F.; Bevis, C.; Black, P. J.; Boodhun, A.; Brennan, J. S.; Bridgham, J. A.; Brown, R. C.; Brown, A. A.; Buermann, D. H.; Bundu, A. A.; Burrows, J. C.; Carter, N. P.; Castillo, N.; Catenazzi, M. C. E.; Chang, S.; Cooley, R. N.; Crake, N. R.; Dada, O. O.; Diakoumakos, K. D.; Dominguez-Fernandez, B.; Earnshaw, D. J.; Egbujor, U. C.; Elmore, D. W.; Etchin, S. S.; Ewan, M. R.; Fedurco, M.; Fraser, L. J.; Fajardo, K. V. F.; Furey, W. S.; George, D.; Gietzen, K. J.; Goddard, C. P.; Golda, G. S.; Granieri, P. A.; Green, D. E.; Gustafson, D. L.; Hansen, N. F.; Harnish, K.; Haudenschild, C. D.; Heyer, N. I.; Hims, M. M.; Ho, J. T.; Horgan, A. M.; Hoschler, K.; Hurwitz, S.; Ivanov, D. V.; Johnson, M. Q.; James, T.; Jones, T. A. H.; Kang, G. D.; Kerelska, T. H.; Kersey, A. D.; Khrebtukova, I.; Kindwall, A. P.; Kingsbury, Z.; Kokko-Gonzales, P. I.; Kumar, A.; Laurent, M. A.; Lawley, C. T.; Lee, S. E.; Lee, X.; Liao, A. K.; Loch, J. A.; Lok, M.; Luo, S. J.; Mammen, R. M.; Martin, J. W.; McCauley, P. G.; McNitt, P.; Mehta, P.; Moon, K W.; Mullens, J. W.; Newington, T.; Ning Z. M.; Ng, B. L.; Novo, S. M.; O'Neill, M. J.; Osborne, M. A.; Osnowski, A.; Ostadan, O.; Paraschos, L. L.; Pickering, L.; Pike, A. C.; Pike, A. C.; Pinkard, D. C.; Pliskin, D. P.; Podhasky, J.; Quijano, V. J.; Raczy, C.; Rae, V. H.; Rawlings, S. R.; Rodriguez, A. C.; Roe, P. M.; Rogers, J.; Bacigalupo, M. C. R.; Romanov, N.; Romieu, A.; Roth, R. K.; Rourke, N. J.; Ruediger, S. T.; Rusman, E.; Sanches-Kuiper, R. M.; Schenker, M. R.; Seoane, J. M.; Shaw, R. J.; Shiver, M. K.; Short, S. W.; Sizto, N. L.; Sluis, J. P.; Smith, M. A.; Sohna, J. E. S.; Spence, E. J.; Stevens, K.; Sutton, N.; Szajkowski, L.; Tregidgo, C. L.; Turcatti, G.; vandeVondele, S.; Verhovsky, Y.; Virk, S. M.; Wakelin, S.; Walcott, G. C.; Wang, J. W.; Worsley, G. J.; Yan, J. Y.; Yau, L.; Zuerlein, M.; Rogers, J.; Mullikin, J. C.; Hurles, M. E.; McCooke, N. J.; West, J. S.; Oaks, F. L.; Lundberg, P. L.; Klenerman, D.; Durbin, R.; Smith, A. J. Nature 2008, 456, 53-59.
23. Polz, M. F.; Cavanaugh, C. M. Appl. Environ. Microbiol. 1998, 64, 3724-3730.
24. Kozarewa, I.; Ning, Z. M.; Quail, M. A.; Sanders, M. J.; Berriman, M.; Turner, D. J. Nat. Methods 2009, 6, 291-295.
25. Mamanova, L.; Andrews, R. M.; James, K. D.; Sheridan, E. M.; Ellis, P. D.; Langford, C. F.; Ost, T. W. B.; Collins, J. E.; Turner, D. J. Nat. Methods 2010, 7, 130-U63.
26. Corry, D. B.; Kheradmand, F. Nature 1999, 402, B18-B23.
27. Branton, D.; Deamer, D. W.; Marziali, A.; Bayley, H.; Benner, S. A.; Butler, T.; Di Ventra, M.; Garaj, S.; Hibbs, A.; Huang, X. H.; Jovanovich, S. B.; Krstic, P. S.; Lindsay, S.; Ling, X. S. S.; Mastrangelo, C. H.; Meller, A.; Oliver, J. S.; Pershin, Y. V.; Ramsey, J. M.; Riehn, R.; Soni, G. V.; Tabard-Cossa, V.; Wanunu, M.; Wiggin, M.; Schloss, J. A. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1146-1153.
28. Berezovski, M. V.; Musheev, M. U.; Drabovich, A. P.; Jitkova, J. V.; Krylov, S. N. Nat. Protoc. 2006, 1, 1359-1369.
29. Knight, C. G.; Platt, M.; Rowe, W.; Wedge, D. C.; Khan, F.; Day, P. J. R.; McShea, A.; Knowles, J.; Kell, D. B. Nucleic Acids Res. 2009, 37, e6.
30. Cho, M.; Xiao, Y.; Nie, J.; Stewart, R.; Csordas, A. T.; Oh, S. S.; Thomson, J. A.; Soh, H. T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010, 107, 15373-15378.
31. Gold, L.; Ayers, D.; Bertino, J.; Bock, C.; Bock, A.; Brody, E.; Carter, J.; Cunningham, V.; Dalby, A.; Eaton, B.; Fitzwater, T.; Flather, D.; Forbes, A.; Foreman, T.; Fowler, C.; Gawande, B.; Goss, M.; Gunn, M.; Gupta, S.; Halladay, D.; Heil, J.; Heilig, J.; Hicke, B.; Husar, G.; Janjic, N.; Jarvis, T.; Jennings, S.; Katilius, E.; Keeney, T.; Kim, N.; Kaske, T.; Koch, T.; Kraemer, S.; Kroiss, L.; Le, N.; Levine, D.; Lindsey, W.; Lollo, B.; Mayfield, W.; Mehan, M.; Mehler, R.; Nelson, M.; Nelson, S.; Nieuwlandt, D.; Nikrad, M.; Ochsner, U.; Ostroff, R.; Otis, M.; Parker, T.; Pietrasiewicz, S.; Resnicow, D.; Rohloff, J.; Sanders, G.; Sattin, S.; Schneider, D.; Singer, B.; Stanton, M.; Sterkel, A.; Stewart, A.; Stratford, S.; Vaught, J.; Vrkljan, M.; Walker, J.; Watrobka, M.; Waugh, S.; Weiss, A.; Wilcox, S.; Wolfson, A.; Wolk, S.; Zhang, C.; Zichi, D. Nature Precedings 2010, http://hdl.handle.net/10101/npre.2010. 4538.1.
32. Drabovich, A. P.; Berezovski, M.; Okhonin, V.; Krylov, S. N. Anal. Chem. 2006, 78, 3171-3178.
33. Mukhopadhyay, R. Anal. Chem. 2009, 81, 1736-1740.
34. Blow, N. Nat. Methods 2008, 5, 267-273.