MetaXCMS: Second-order analysis of untargeted metabolomics data

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 3, 2011, Pages 696-700

  Tautenhahn, Ralf ^a   Patti, Gary J ^a   Kalisiak, Ewa ^a   Miyamoto, Takashi ^a   Schmidt, Manuela ^a   Lo, Fang Yin ^b   McBee, Joshua ^b   Baliga, Nitin S ^b   Siuzdak, Gary ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b INSTITUTE FOR SYSTEMS BIOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

META-ANALYSIS; METABOLOMICS; METABOLOMICS DATA; MULTIPLE SAMPLES; NUMBER OF SAMPLES; PRIORITIZATION; SECOND ORDER ANALYSIS; SECOND ORDERS;

BIOMOLECULES; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; UTILITY PROGRAMS;

METABOLITES;

ANIMAL; ARTICLE; COMPUTER PROGRAM; META ANALYSIS; METABOLOMICS; METHODOLOGY; MOUSE;

ANIMALS; METABOLOMICS; MICE; SOFTWARE;

EID: 79952124278     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac102980g     Document Type: Article

References (33)

1. Dunn, W. B. Phys. Biol. 2008, 5, 011001.
2. Want, E. J.; Nordström, A.; Morita, H.; Siuzdak, G. J. Proteome Res. 2007, 6, 459-468.
3. Smith, C.; Want, E.; O'Maille, G.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Anal Chem. 2006, 78, 779-787.
4. Tautenhahn, R.; Böttcher, C.; Neumann, S. BMC Bioinf. 2008, 9, 504.
5. Katajamaa, M.; Oresic, M. J. Chromatogr, A 2007, 1158, 318-328.
6. Pluskal, T.; Castillo, S.; Villar-Briones, A.; Oresic, M. BMC Bioinf. 2010, 11, 395.
7. Baran, R.; Kochi, H.; Saito, N.; Suematsu, M.; Soga, T.; Nishioka, T.; Robert, M.; Tomita, M. BMC Bioinf. 2006, 7, 530.
8. Wikoff, W. R.; Gangoiti, J. A.; Barshop, B. A.; Siuzdak, G. Clin. Chem. 2007, 53, 2169-2176.
9. Kalisiak, J.; Trauger, S. A.; Kalisiak, E.; Morita, H.; Fokin, V. V.; Adams, M. W. W.; Sharpless, K. B.; Siuzdak, G. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 378-386.
10. Wikoff, W. R.; Kalisak, E.; Trauger, S.; Manchester, M.; Siuzdak, G. J. Proteome Res. 2009, 8, 3578-3587.
11. Jia, W.; Li, H.; Zhao, L.; Nicholson, J. K. Nat. Rev. Drug Discovery 2008, 7, 123-129.
12. Wikoff, W. R.; Anfora, AT.; Liu, J.; Schultz, P. G.; Lesley, S. A; Peters, E. C.; Siuzdak, G. Proc. Natl. Acad. Sci. US A. 2009, 106, 3698-3703.
13. Yanes, O.; Clark, J.; Wong, D. M.; Patti, G. J.; Sánchez-Ruiz, A.; Benton, H. P.; Trauger, S. A.; Desponts, C.; Ding, S.; Siuzdak, G. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 411-417.
14. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Tanaka, K.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703-714.
15. Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M. A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; Macinnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521-526.
16. Kalisiak, J.; Trauger, S. A.; Kalisiak, E.; Morita, H.; Fokin, V. V.; Adams, M. W. W.; Sharpless, K. B.; Siuzdak, G. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 378-386. (Pubitemid 44391729)
17. Prince, J. T.; Marcotte, E. M. Anal. Chem. 2006, 78, 6140-6152.
18. Chu, Y.-C.; Guan, Y.; Skinner, J.; Raja, S. N.; Johns, R. A.; Tao, Y.-X. Pain 2005, 119, 113-123.
19. Bölcskei, K.; Petho, G.; Szolcsányi, J. Methods Mol. Biol. 2010, 617, 57-66.
20. Kyburz, D.; Corr, M. Springer Sem. Immunopathol. 2003, 25, 79-90.
21. Goo, Y. A.; Yi, E. C.; Baliga, N. S.; Tao, W. A.; Pan, M.; Aebersold, R.; Goodlett, D. R.; Hood, L.; Ng, W. V. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 506-524.
22. Kaur, A.; Pan, M.; Meislin, M.; Facciotti, M. T.; El-Gewely, R.; Baliga, N. S. Genome Res. 2006, 16, 841-854.
23. Kajihara, Y.; Murakami, M.; Imagawa, T.; Otsuguro, K.; Ito, S.; Ohta, T. Neuroscience 2010, 166, 292-304.
24. Yoshida, A.; Mobarakeh, J. I.; Sakurai, E.; Sakurada, S.; Orito, T.; Kuramasu, A.; Kato, M.; Yanai, K. Eur. J. Pharmacol. 2005, 522, 55-62.
25. Rosenthal, S. R.; Minard, D. J. Exp. Med. 1939, 70, 415-425.
26. Rosenthal, S. R.; Sonnenschein, R. R. Am. J. Physiol. 1948, 155, 186-190.
27. Hough, L.; Rice, F. L. J. Pharmacol. Exp. Ther. 2011, 336, 30-37.
28. Aarmstrong, D.; Dry, R. M. L.; Keele, C. A.; Markham, J. W. J. Physiol. 1953, 120, 326-351.
29. Fjallbrant, N.; Iggo, A. J. Physiol. 1961, 156, 578-590.
30. Cantor, R. M.; Lange, K.; Sinsheimer, J. S. Am. J. Hum. Genet. 2010, 86, 6-22.
31. Borges, F.; Gomes, G.; Gardner, R.; Moreno, N.; McCormick, S.; Feijó, J. A.; Becker, J. D. Plant Physiol. 2008, 148, 1168-81.
32. Güuimil, S.; Chang, H.-S.; Zhu, T.; Sesma, A.; Osbourn, A.; Roux, C.; Ioannidis, V.; Oakeley, E. J.; Docquier, M.; Descombes, P.; Briggs, S. P.; Paszkowski, U. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005, 102, 8066-8070.
33. Higdon, R.; Haynes, W.; Kolker, E. OMICS 2010, 14, 309-314.