Two-dimensional ultraviolet (2DUV) spectroscopic tools for identifying fibrillation propensity of protein residue sequences

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 49, Issue 50, 2010, Pages 9666-9669

  Jiang, Jun ^a   Mukamel, Shaul ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

2DUV spectroscopy; amyloid peptides; fibrillation propensity; protein folding

Indexed keywords

2DUV SPECTROSCOPY; AMYLOID-LIKE FIBRIL; DIAGONAL PEAKS; DISTINCTIVE FEATURES; FIBRILLATION PROPENSITY; PROTEIN RESIDUES; PROTEIN SEQUENCES; ROSETTA; SPECTROSCOPIC TOOL;

PEPTIDES; PROTEIN FOLDING; TWO DIMENSIONAL;

GLYCOPROTEINS;

AMYLOID BETA PROTEIN; PANCREATIC RIBONUCLEASE;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; ARTICLE; CHEMISTRY; METABOLISM; METHODOLOGY; ULTRAVIOLET SPECTROPHOTOMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; AMYLOID BETA-PEPTIDES; ANIMALS; RIBONUCLEASE, PANCREATIC; SPECTROPHOTOMETRY, ULTRAVIOLET;

EID: 78650154823     PISSN: 14337851     EISSN: 15213773     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.201005093     Document Type: Article

References (39)

1. R. Tycko, Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 96.
2. B. Caughey, P. T. Lansbury, Annu. Rev. Neurosci. 2003, 26, 267.
3. N. E. Lester-Coll, E. J. Riviera, S. J. Soscia, K. Doiron, J. R. Wands, S. M. de La Monte, J. Alzheimers Dis. 2006, 9, 13.
4. G. M. Rishton, Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 159.
5. B. Y. Feng, B. H. Toyama, H. Wille, D. W. Colby, S. R. Collins, B. C. H. May, S. B. Prusiner, J. Weissman, B. K. Shoichet, Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 197.
6. F. Chiti, C. M. Dobson, Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 15.
7. N. L. Fawzi, E. H. Yap, Y. Okabe, K. L. Kohlstedt, S. P. Brown, T. Head-Gordon, Acc. Chem. Res. 2008, 41, 1037.
8. G. M. Shankar, S. Li, T. H. Mehta, A. G.-M. and N. E. Shepardson, I. Smith, F. M. Brett, M. A. Farrell, M. J. Rowan, C. A. Lemere, C. M. Regan, D. M. Walsh, B. L. Sabatini, D. J. Selkoe, Nat. Med. 2008, 14, 837.
9. M. Sunde, C. C. F. Blake, Q. Rev. Biophys. 1998, 31, 1.
10. C. M. Dobson, Nature 2003, 426, 884.
11. S. Maurer-Stroh, M. Debulpaep, N. Kuemmerer, M. L. de La Paz, I. C. Martins, J. Reumers, K. L. Morris, A. Copland, L. Serpell, L. Serrano, J. W. H. Schymkowitz, F. Rousseau, Nat. Methods 2010, 7, 237.
12. L. Goldschmidt, P. K. Teng, R. Riek, D. Eisenberg, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107, 3487.
13. M. J. Thompson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 4074.
14. A. M. Fernandez-Escamilla, F. Rousseau, J. Schymkowitz, L. Serrano, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1302.
15. G. G. Tartaglia, A. P. Pawar, S. Campioni, C. M. Dobson, F. Chiti, M. Vendruscolo, J. Mol. Biol. 2008, 380, 425.
16. A. Trovato, F. Chiti, A. Maritan, F. Seno, PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e 170.
17. H. S. Chung, Z. Ganim, K. C. Jones, A. Tokmakoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 14237.
18. Y. S. Kim, L. Liu, P. H. Axelsen, R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 7720.
19. W. Zhuang, T. Hayashi, S. Mukamel, Angew. Chem. 2009, 121, 3804
20. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 3750.
21. S. Mukamel, Y. Tanimura, P. Hamm, Acc. Chem. Res. 2009, 42, 1207.
22. S. H. Shim, R. Gupta, Y. L. Ling, D. B. Strasfeld, D. P. Raleigh, M. T. Zanni, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 6614.
23. D. B. Strasfeld, Y. L. Ling, S. H. Shim, M. T. Zanni, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6698.
24. W. Zhuang, D. Abramavicius, D. V. Voronine, S. Mukamel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 14233.
25. J. Jiang, D. Abramavicius, C. Falvo, B. M. Bulheller, J. D. Hirst, S. Mukamel, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12150.
26. M. T. Zanni, N. H. Ge, Y. S. Kim, R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 11265.
27. W. Zhuang, N. G. Sgourakis, Z. Y. Li, A. E. Garcia, S. Mukamel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107, 15687.
28. P. Corkum, S. D. Silvestri, K. A. Nelson, E. Riedle, R. W. Schoenlein, Ultrafast Phenomena XVI, Springer, Heidelberg, 2009.
29. A. A. Oskouei, O. Bram, A. Cannizzo, F. van Mourik, A. Tortschanoff, M. Chergui, J. Mol. Liq. 2008, 141, 118.
30. A. A. Oskouei, O. Bram, A. Cannizzo, F. van Mourik, A. Tortschanoff, M. Chergui, Chem. Phys. 2008, 350, 104.
31. C. Tseng, S. Matsika, T. C. Weinacht, Opt. Express 2009, 17, 18788.
32. M. Beutler, M. Ghotbi, F. Noack, D. Brida, C. Manzoni, G. Cerullo, Opt. Lett. 2009, 34, 710.
33. D. Abramavicius, J. Jiang, B. M. Bulheller, J. D. Hirst, S. Mukamel, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7769.
34. B. Kuhlman, D. Baker, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 10383.
35. B. K. Y. Liu, Nucleic Acids Res. 2006, 34, W 235.
36. K. W. Kaufmann, G. H. Lemmon, S. L. DeLuca, J. H. Sheehan, J. Meiler, Biochemistry 2010, 49, 2987.
37. J. Jiang, D. Abramavicius, B. M. Bulheller, J. D. Hirst, S. Mukamel, J. Phys. Chem. B 2010, 114.
38. A. Mikhonin, S. Bykov, N. Myshakina, S. A. Asher, J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1928.
39. I. K. Lednev, V. A. Shashilov, M. Xu, Current Science 2009, 97, 180.