A comparative analysis of the role of water in the binding pockets of ionotropic glutamate receptors

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 42, 2010, Pages 14057-14066

  Vijayan, Ranjit ^a   Sahai, Michelle A ^a   Czajkowski, Thomas ^a   Biggin, Philip C ^a  

^a UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

IONOTROPIC RECEPTOR; LIGAND; WATER;

ARTICLE; BINDING SITE; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; MOVEMENT (PHYSIOLOGY); PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

BINDING SITES; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; LIGANDS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MOVEMENT; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; RECEPTORS, IONOTROPIC GLUTAMATE; WATER;

EID: 77958568546     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c004336b     Document Type: Article

References (66)

1. S. W. Homans Drug Discovery Today, 2007, 12, 534-539
2. Y. Lu, R. Wang, C.-Y. Yang, S. Wang J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 668-675
3. J. Michel, J. Tirado-Rives, W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc., 2009, 131, 15403-15411
4. R. Abel, T. Young, R. Farid, B. J. Berne, R. A. Friesner J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 2817-2831
5. C. Barillari, J. Taylor, R. Viner, J. W. Essex J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 2577-2587
6. C. R. Corbeil, P. Englebienne, N. Moitessier J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 435-449
7. R. A. Friesner, R. B. Murphy, M. P. Repasky, L. L. Frye, J. R. Greenwood, T. A. Halgren, P. C. Sanschagrin, D. T. Mainz J. Med. Chem., 2006, 49, 6177-6196
8. F. Österberg, G. M. Morris, M. F. Sanner, A. J. Olson, D. S. Goodsell Proteins: Struct., Funct., Genet., 2002, 46, 34-40
9. M. L. Verdonk, G. Chessari, J. C. Cole, M. J. Hartshorn, C. W. Murray, J. W. M. Nissink, R. D. Taylor, R. Taylor J. Med. Chem., 2005, 48, 6504-6515
10. N. Huang, B. K. Shoichet J. Med. Chem., 2008, 51, 4862-4865
11. R. Thilagavathi, R. L. Mancera J. Chem. Inf. Model., 2010, 50, 415-421
12. A. Pang, Y. Arinaminpathy, M. S. P. Sansom, P. C. Biggin Proteins: Struct., Funct., Bioinf., 2005, 61, 809-822
13. R. Dingledine, K. Borges, D. Bowie, S. F. Traynelis Pharmacol. Rev., 1999, 51, 7-61
14. G. N. Barnes, J. T. Slevin Curr. Med. Chem., 2003, 10, 2059-2072
15. B. Meldrum, J. Garthwaite Trends Pharmacol. Sci., 1990, 11, 379-387
16. E. A. Waxman, D. R. Lynch Neuroscientist, 2005, 11, 37-49
17. H. Lomeli, R. Sprengel, D. J. Laurie, G. Köhr, A. Herb, P. H. Seeburg, W. Wisden FEBS Lett., 1993, 315, 318-322
18. M. Hollmann, S. Heinemann Annu. Rev. Neurosci., 1994, 17, 31-108
19. B. Bettler, C. Mulle Neuropharmacology, 1995, 34, 123-139
20. M. L. Mayer Neuron, 2005, 45, 539-552
21. A. I. Sobolevsky, M. P. Rosconi, E. Gouaux Nature, 2009, 462, 745-756
22. D. R. Madden Nat. Rev. Neurosci., 2002, 3, 91-101
23. M. L. Mayer Nature, 2006, 440, 456-462
24. C. Rosenmund, Y. Stern-Bach, C. F. Stevens Science, 1998, 280, 1596-1599
25. T. Kuner, P. H. Seeburg, H. R. Guy Trends Neurosci., 2003, 26, 27-32
26. R. L. McFeeters, R. E. Oswald FASEB J., 2004, 18, 428-438
27. G. Q. Chen, E. Gouaux Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1997, 94, 13431-13436
28. N. Armstrong, E. Gouaux Neuron, 2000, 28, 165-181
29. H. Furukawa, E. Gouaux EMBO J., 2003, 22, 2873-2885
30. E. Karakas, N. Simorowski, H. Furukawa EMBO J., 2009, 28, 3910-3920
31. C. Kasper, K. Frydenvang, P. Naur, M. Gajhede, D. S. Pickering, J. S. Kastrup FEBS Lett., 2008, 582, 4089-4094
32. M. L. Mayer Neuron, 2005, 45, 539-552
33. M. L. Mayer, R. Olson, E. Gouaux J. Mol. Biol., 2001, 311, 815-836
34. M. H. Nanao, T. Green, Y. Stern-Bach, S. F. Heinemann, S. Choe Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2005, 102, 1708-1713
35. P. Naur, B. Vestergaard, L. K. Skov, J. Egebjerg, M. Gajhede, J. S. Kastrup FEBS Lett., 2005, 579, 1154-1160
36. L. S. Kaye, M. S. P. Sansom, P. C. Biggin J. Biol. Chem., 2006, 281, 12736-12742
37. T. G. Banke, J. R. Greenwood, J. K. Christensen, T. Liljefors, A. Schousboe, D. S. Pickering J. Neurosci., 2001, 21, 3052-3062
38. Y. Arinaminpathy, M. S. P. Sansom, P. C. Biggin Mol. Pharm., 2006, 69, 11-18
39. M. L. Mayer, A. Ghosal, N. P. Dolman, D. E. Jane J. Neurosci., 2006, 26, 2852-2861
40. S. L. Kaye, M. S. P. Sansom, P. C. Biggin Biochemistry, 2007, 46, 2136-2145
41. Y. Arinaminpathy, P. C. Biggin, I. H. Shrivastava, M. S. P. Sansom FEBS Lett., 2003, 553, 321-327
42. Y. Arinaminpathy, M. S. P. Sansom, P. C. Biggin Biophys. J., 2002, 82, 676-683
43. T. Mamonova, M. J. Yonkunas, M. G. Kurnikova Biochemistry, 2008, 47, 11077-11085
44. J. Mendieta, F. Gago, G. Ramirez Biochemistry, 2005, 44, 14470-14476
45. J. Mendieta, G. Ramirez, F. Gago Proteins: Struct., Funct., Genet., 2001, 44, 460-469
46. K. Speranskiy, M. Kurnikova Biochemistry, 2005, 44, 11508-11517
47. H. Furukawa, S. K. Singh, R. Mancusso, E. Gouaux Nature, 2005, 438, 185-192
48. C. Gille, C. Frommel Bioinformatics, 2001, 17, 377-378
49. A. Sali, T. L. Blundell J. Mol. Biol., 1993, 234, 779-815
50. E. Lindahl, B. Hess, D. van der Spoel J. Mol. Model., 2001, 7, 306-317
51. W. L. Jorgensen, D. S. Maxwell, J. TiradoRives J. Am. Chem. Soc., 1996, 118, 11225-11236
52. G. A. Kaminski, R. A. Friesner, J. Tirado-Rives, W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. B, 2001, 105, 6474-6487
53. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. Vangunsteren, A. Dinola, J. R. Haak J. Chem. Phys., 1984, 81, 3684-3690
54. U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, L. G. Pedersen J. Chem. Phys., 1995, 103, 8577-8593
55. B. Hess, H. Bekker, H. J. C. Berendsen, J. Fraaije J. Comput. Chem., 1997, 18, 1463-1472
56. S. Miyamoto, P. A. Kollman J. Comput. Chem., 1992, 13, 952-962
57. W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten J. Mol. Graphics, 1996, 14, 33-38
58. W. L. DeLano, DeLano Scientific LLC, San Carlos, CA, USA, 2002, http:// www.pymol.org
59. G. Schaftenaar, J. H. Noordik J. Comput.-Aided Mol. Des., 2000, 14, 123-134
60. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. J. A. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, H. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukada, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Maliek, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople, GAUSSIAN, B. Revision, Gaussian Inc., Wallingford CT, 2004
61. S. F. Boys, F. Bernardi Mol. Phys., 1970, 19, 553-566
62. A. D. Becke J. Chem. Phys., 1993, 98, 5648-5652
63. C. T. Lee, W. T. Yang, R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter, 1988, 37, 785-789
64. S. Grimme J. Comput. Chem., 2006, 27, 1787-1799
65. R. L. McFeeters, R. E. Oswald Biochemistry, 2002, 41, 10472-10481
66. N. Armstrong, E. Gouaux Neuron, 2000, 28, 165-181