Force field parameters for the simulation of modified histone tails

Journal of Computational Chemistry

Volumn 31, Issue 13, 2010, Pages 2434-2451

  Grauffel, Cédric ^a   Stote, Roland H ^a   Dejaegere, Annick ^a  

^a INSTITUT DE GÉNÉTIQUE ET DE BIOLOGIE MOLÉCULAIRE ET CELLULAIRE   (France)

Author keywords

Force field; Histone; Molecular dynamics; docking; Post translational modifications

Indexed keywords

AB INITIO; ALL-ATOM FORCE FIELD; COMPUTATIONAL PREDICTIONS; DOCKING METHODS; FORCE FIELD PARAMETERS; FORCE FIELDS; HISTONE; MODEL COMPOUND; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; QUANTUM MECHANICS; SIDE CHAINS; TARGET PROTEINS;

AMINO ACIDS; ATOMS; COMPUTER SIMULATION; DOCKING; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS; QUANTUM THEORY;

DYNAMICS;

HISTONE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY;

HISTONES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MOLECULAR STRUCTURE; QUANTUM THEORY;

EID: 77957566752     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21536     Document Type: Article

References (63)

1. Arents, G.; Burlingame, R.W.;Wang, B. C.; Love,W. E.; Moudrianakis, E. N. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 10148.
2. Luger, K.; Rechsteiner, T. J.; Flaus, A. J.;Waye, M. M.; Richmond, T. J. J Mol Biol 1997, 272, 301.
3. Wysocka, J.; Swigut, T.; Milne, T. A.; Dou, Y.; Zhang, X.; Burlingame, A. L.; Roeder, R. G.; Brivanlou, A. H.; Allis, C. D. Cell 2005, 121, 859.
4. Wysocka, J.; Swigut, T.; Xiao, H.; Milne, T. A.; Kwon, S. Y.; Landry, J.; Kauer, M.; Tackett, A. J.; Chait, B. T.; Badenhorst, P.;Wu, C.; Allis, C. D. Nature 2006, 442, 86.
5. Hassan, A. H.; Awad, S.; Al-Natour, Z.; Othman, S.; Mustafa, F.; Rizvi, T. A. Biochem J 2007, 402, 125.
6. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res 2000, 28, 235.
7. Flanagan, J.; Mi, L.; Chruszcz, M.; Cymborowski, M.; Clines, K.; Kim, Y.; Minor, W.; Rastinejad, F.; Khorasanizadeh, S. Nature 2005, 438, 1181.
8. Jacobs, S. A.; Khorasanizadeh, S. Science 2002, 295, 2080.
9. Li, H.; Ilin, S.; Wang, W.; Duncan, E. M.; Wysocka, J.; Allis, C. D.; Patel, D. J. Nature 2006, 442, 91.
10. Huang, Y.; Fang, J.; Bedford, M.; Zhang, Y.; Rui-Ming, X. Science 2006, 312, 748.
11. Lee, J.; Thompson, J.; Botuyan, M.; Mer, G. Nature 2008, 15, 109.
12. Min, J.; Allali-Hassani, A.; Nady, N.; Qi, C.; Ouyang, H.; Liu, Y.; Mackenzie, F.; Vedadi, M.; Arrowsmith, C. H. Nat Struct Mol Biol 2007, 14, 1229.
13. Botuyan, M. V.; Lee, J.;Ward, I. M.; Kim, J. E.; Thompson, J. R.; Chen, J.; Mer, G. Cell 2006, 127, 1361.
14. Ng, S. S.; Kavanagh, K. L.; McDonough, M. A.; Butler, D.; Pilka, E. S.; Lienard, B. M.; Bray, J. E.; Savitsky, P.; Gileadi, O.; von Delft, F.; Rose, N. R.; Offer, J.; Scheinost, J. C.; Borowski,T.; Sundstrom, M.; Schofield, C. J.; Oppermann, U. Nature 2007, 448, 87.
15. Chen, Z.; Zang, J.; Kappler, J.; Hong, X.; Crawford, F.;Wang, Q.; Lan, F.; Jiang, C.; Whetstine, J.; Dai, S.; Hansen, K.; Shi, Y.; Zhang, G. Proc Natl Acad Sci USA 2007, 104, 10818.
16. Taverna, S. D.; Li, H.; Ruthenburg, A. J.; Allis, C. D.; Patel, D. J. Nat Struct Mol Biol 2007, 14, 1025.
17. Korolev, N.; Nordenskiold, L. Biopolymers 2007, 86, 409.
18. Korolev, N.; Lyubartsev, A. P.; Nordenskiold, L. Biophys J 2006, 90, 4305.
19. La Penna, G.; Furlan, S.; Perico, A. Biopolymers 2006, 83, 135.
20. Roccatano, D.; Barthel, A.; Zacharias, M. Biopolymers 2007, 85, 407.
21. Bishop, T. J Biomol Struct Dyn 2005, 6, 673.
22. Sharma, S.; Ding, F.; Dokholyan, N. V. Biophys J 2007, 92, 1457.
23. Grigoryev, S. A.; Arya, G.; Correll, S.; Woodcock, C. L.; Schlick, T. Proc Natl Acad Sci USA 2009, 106, 13317.
24. Arya, G.; Schlick, T. J Phys Chem A, 2009, 113, 4045.
25. Liu, H.; Duan, Y. Biophys J 2008, 94, 4579.
26. MacKerell, A. D. J.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack R. L. Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher,W. E. I.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.;Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem B, 1998, 102, 3586.
27. Sirockin, F.; Sich, C.; Improta, S.; Schaefer,M.; Saudek, V.; Froloff, N.; Karplus, M.; Dejaegere, A. J Am Chem Soc 2002, 124, 11073.
28. Schechner,M.; Sirockin, F.; Stote, R.; Dejaegere, A. JMed Chem 2004, 47, 4373.
29. Neria, E.; Fischer, S.; Karplus, M. J Chem Phys 1996, 105, 1902.
30. Frisch, M.; Trucks, G.; Schlegel, H.; Scuseria, G.; Cheeseman, J.; Montgomery, J. T. V.; Kudin, K.; Burant, J.; Millam, J.; Iyengar, S.; Tomasi, J.; Barone, V.;Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida,M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J.; Hratchian, H.; Cross, J.; Bakken,V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R.; Yazyev, O.; Austin, A.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J.; Ayala, P.; Morokuma, K.; Voth, G.; Salvador, P.; Dannenberg, J.; Zakrzewski, V.; Dapprich, S.; Daniels, A.; Strain, M.; Farkas, O.; Malick, D.; Rabuck, A.; Raghavachari, K.; Foresman, J.; Ortiz, J.; Cui, Q.; Baboul, A.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R.; Fox, D.; Keith, T.; Al-Laham, M.; Peng, C.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M.; Gonzalez, C.; Pople J. Gaussian 03, 2004.
31. Vaiana, A.; Cournia, Z.; Costescu, I.; Smith, J. Comput Phys Com 2005, 167, 34.
32. Schechner, M.; Dejaegere, A.; Stote, R. Intern J Quant Chem 2004, 98, 378.
33. Davis, M.;Madura, J.; Luty, B.; McCammon, J. Comp Phys Com 1991, 62, 187.
34. Schaefer, M.; Sommer, M.; Karplus, M. J Phys Chem B 1997, 101, 1663.
35. Brunger, A. T.; Karplus, M. Proteins 1988, 4, 148.
36. Lafont, V.; Schaefer, M.; Stote, R. H.; Altschuh, D.; Dejaegere, A. Proteins 2007, 67, 418.
37. MacKerell, A.; Karplus, M. J Phys Chem 1991, 95, 10559.
38. Fischle, W.; Wang, Y.; Jacobs, S. A.; Kim, Y.; Allis, C. D.; Khorasanizadeh, S. Genes Dev 2003, 17, 1870.
39. Li, H.; Fischle, W.; Wang, W.; Duncan, E. M.; Liang, L.; Murakami- Ishibe, S.; Allis, C. D.; Patel, D. J. Mol Cell 2007, 28, 677.
40. Kleywegt, G.; Jones, T. Acta Cryst D50 1994, 178.
41. Ruthenburg, A. J.; Wang, W.; Graybosch, D. M.; Li, H.; Allis, C. D.; Patel, D. J.; Verdine, G. L. Nat Struct Mol Biol 2006, 13, 704.
42. Couture, J. F.; Collazo, E.; Trievel, R. C. Nat Struct Mol Biol 2006, 13, 698.
43. Han, Z.; Guo, L.; Wang, H.; Shen, Y.; Deng, X. W.; Chai, J. Mol Cell 2006, 22, 137.
44. Schuetz, A.; Allali-Hassani, A.; Martin, F.; Loppnau, P.; Vedadi, M.; Bochkarev, A.; Plotnikov, A. N.; Arrowsmith, C. H.; Min, J. EMBO J 2006, 25, 4245.
45. He, F.; Umehara, T.; Tsuda, K.; Inoue, M.; Kigawa, T.; Matsuda, T.; Yabuki, T.; Aoki, M.; Seki, E.; Terada, T.; Shirouzu, M.; Tanaka, A.; Sugano, S.; Muto, Y.; Yokoyama, S. Protein Sci 2007, 16, 1577.
46. Pena, P. V.; Davrazou, F.; Shi, X.; Walter, K. L.; Verkhusha, V. V.; Gozani, O.; Zhao, R.; Kutateladze, T. G. Nature 2006, 442, 100.
47. Pena, P. V.; Hom, R. A.; Hung, T.; Lin, H.; Kuo, A. J.; Wong, R. P.; Subach, O. M.; Champagne, K. S.; Zhao, R.; Verkhusha, V. V.; Li, G.; Gozani, O.; Kutateladze, T. G. J Mol Biol 2008, 380, 303.
48. Palacios, A.; Munoz, I. G.; Pantoja-Uceda, D.; Marcaida, M. J.; Torres, D.; Martin-Garcia, J. M.; Luque, I.; Montoya, G.; Blanco, F. J. J Biol Chem 2008, 283, 15956.
49. Champagne, K. S.; Saksouk, N.; Pena, P. V.; Johnson, K.; Ullah, M.; Yang, X. J.; Cote, J.; Kutateladze, T. G. Proteins 2008, 72, 1371.
50. Ramon-Maiques, S.;Kuo, A. J.; Carney, D.; Matthews, A. G.; Oettinger, M. A.; Gozani, O.; Yang,W. Proc Natl Acad Sci USA 2007, 104, 18993.
51. Fiedler, M.; Sanchez-Barrena, M. J.; Nekrasov, M.; Mieszczanek, J.; Rybin, V.; Muller, J.; Evans, P.; Bienz, M. Mol Cell 2008, 30, 507.
52. Couture, J. F.; Collazo, E.; Ortiz-Tello, P. A.; Brunzelle, J. S.; Trievel, R. C. Nat Struct Mol Biol 2007, 14, 689.
53. Burley, S. K.; Petsko, G. A. FEBS Lett 1986, 203, 139.
54. Luhmer, M.; Bartik, K.; Dejaegere, A.; Bovy, P.; Reisse, J. Bull Soc Chim Fr 1994, 131, 606.
55. Dougherty, D. A. Science 1996, 271, 163.
56. Gallivan, J. P.; Dougherty, D. A. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 9459.
57. Meyer, E. A.; Castellano, R. K.; Diederich, F. Angew Chem Int Ed Engl 2003, 42, 1210.
58. Wintgens, R.; Biot, C.; Rooman, M.; Livin, J. J Phys Chem A 2003, 107, 6249.
59. Zhao, Y.; Truhlar, D. J Chem Theory Comput 2007, 3, 289.
60. Sherrill, C.; Sumpter, B.; Sinnokrot, M.; Marshall, M.; Hohenstein, E.; Walker, R.; Gould, I. J Comput Chem 2009, 30, 2187.
61. Biot, C.; Buisine, E.; Rooman, M. J Am Chem Soc 2003, 125, 13988.
62. Macias, A.; MacKerell, A. J Comp Chem 2005, 26, 1452.
63. Min, J.; Zhang, Y.; Xu, R. M. Genes Dev 2003, 17, 1823.