Experimental and theoretical investigation of effect of spacer arm and support matrix of synthetic affinity chromatographic materials for the purification of monoclonal antibodies

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 29, 2010, Pages 9367-9380

  Zamolo, Laura ^a   Salvalaglio, Matteo ^a   Cavallotti, Carlo ^a   Galarza, Benedict ^b   Sadler, Chris ^b   Williams, Sharon ^b   Hofer, Stefan ^c   Horak, Jeannie ^c   Lindner, Wolfgang ^c  

^a POLITECNICO DI MILANO   (Italy)

^b ProMetic Life Sciences Inc   (Canada)

^c UNIVERSITY OF VIENNA   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADSORPTION; AFFINITY CHROMATOGRAPHY; BINDING ENERGY; BINDING SITES; BIOMIMETICS; CELL CULTURE; CHEMICAL MODIFICATION; COMPUTER CRIME; ETHERS; EXPERIMENTS; FUNCTIONAL GROUPS; LIGANDS; MATERIALS; MOLECULAR DYNAMICS; MONOCLONAL ANTIBODIES; OXYGEN; PURIFICATION; RESINS; SILICA; SURFACE CHEMISTRY;

AFFINITY LIGANDS; AGAROSE; AMINO GROUP; CHEMICAL STRUCTURE; COMPUTER MODELING; DIAMINOETHANE; DYNAMIC BINDING; DYNAMIC BINDING CAPACITY; EXPERIMENTAL EVALUATION; FEED SOLUTION; FIXED POINTS; HYDROPHOBIC GROUPS; IMMUNOGLOBULIN G; INTERMOLECULAR INTERACTIONS; LIGAND DENSITY; MATERIAL COMPONENTS; MATERIAL PERFORMANCE; MATERIAL PROPERTY; MODEL SURFACE; OCTANEDITHIOL; PLURONIC-F68; POLYMETHACRYLATES; POROUS SILICA; PROTEIN-LIGAND BINDING SITES; SIGNIFICANT IMPACTS; SPACER ARMS; STANDARD SOLUTIONS; SUPPORT MATRIX; SUPPORT MEDIA; THEORETICAL INVESTIGATIONS;

SURFACES;

EID: 77954902030     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1017168     Document Type: Article

References (53)

1. Waldmann, T. A.; Levy, R.; Coller, B. S. Hematology 2000, 2000, 394
2. Saphire, E. O.; Parren, P.; Pantophlet, R.; Zwick, M. B.; Morris, G. M.; Rudd, P. M.; Dwek, R. A.; Stanfield, R. L.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Science 2001, 293, 1155
3. Scallon, B. J.; Snyder, L. A.; Anderson, G. M.; Chen, Q. M.; Yan, L.; Weiner, L. M.; Nakada, M. T. J. Immunother. 2006, 29, 351
4. MacConnachie, A. M. Intensive Crit. Care Nurs. 2000, 16, 123
5. Keller, K.; Friedmann, T.; Boxman, A. Trends Biotechnol. 2001, 19, 438
6. Roque, A. C. A.; Lowe, C. R.; Taipa, M. A. Biotechnol. Prog. 2004, 20, 639
7. Lowe, C. R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 248
8. Labrou, N. E. J. Chromatogr. B 2003, 790, 67
9. Clonis, Y. D. J. Chromatogr. A 2006, 1101, 1
10. Hahn, R.; Shimahara, K.; Steindl, F.; Jungbauer, A. J. Chromatogr. A 2006, 1102, 224
11. Hahn, R.; Bauerhansl, P.; Shimahara, K.; Wizniewski, C.; Tscheliessnig, A.; Jungbauer, A. J. Chromatogr. A 2005, 1093, 98
12. Roque, A. C. A.; Silva, C. S. O.; Taipa, M. A. J. Chromatogr. A 2007, 1160, 44
13. Hober, S.; Nord, K.; Linhult, M. J. Chromatogr. B 2007, 848, 40
14. Fassina, G.; Ruvo, M.; Palombo, G.; Verdoliva, A.; Marino, M. J. Biochem. Biophys. Methods 2001, 49, 481
15. Fassina, G.; Verdoliva, A.; Odierna, M. R.; Ruvo, M.; Cassini, G. J. Mol. Recognit. 1996, 9, 564
16. Braisted, A. C.; Wells, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 1996, 93, 5688
17. Dias, R. L. A.; Fasan, R.; Moehle, K.; Renard, A.; Obrecht, D.; Robinson, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2726
18. Yang, H. G. P. V.; Carbonell, R. G. J. Pept. Res. 2005, 66, 120
19. Li, R. X.; Dowd, V.; Stewart, D. J.; Burton, S. J.; Lowe, C. R. Nat. Biotechnol. 1998, 16, 190
20. Teng, S. F.; Sproule, K.; Hussain, A.; Lowe, C. R. J. Mol. Recognit. 1999, 12, 67
21. Teng, S. F.; Sproule, K.; Husain, A.; Lowe, C. R. J. Chromatogr. B 2000, 740, 1
22. Newcombe, A. R.; Cresswell, C.; Davies, S.; Watson, K.; Harris, G.; ODonovan, K.; Francis, R. J. Chromatogr. B 2005, 814, 209
23. Feng, H. L. J.; Li, H.; Wang, X. Biomed. Chromatogr. 2006, 20, 1109
24. Busini, V.; Moiani, D.; Moscatelli, D.; Zamolo, L.; Cavallotti, C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 23564
25. DeLano, W. L.; Ultsch, M. H.; de Vos, A. M.; Wells, J. A. Science 2000, 287, 1279
26. Mateo, C.; Abian, O.; Ernedo, M. B.; Cuenca, E.; Fuentes, M.; Fernandez-Lorente, G.; Palomo, J. M.; Grazu, V.; Pessela, B. C. C.; Giacomini, C.; Irazoqui, G.; Villarino, A.; Ovsejevi, K.; Batista-Viera, F.; Fernandez-Lafuente, R.; Guisan, J. M. Enzyme Microb. Technol. 2005, 37, 456
27. Guisan, J. M. Enzyme Microb. Technol. 1988, 10, 375
28. Fernandez-Lafuente, R.; Rosell, C. M.; Rodriguez, V.; Santana, C.; Soler, G.; Bastida, A.; Guisán, J. M. Enzyme Microb. Technol. 1993, 15, 546
29. Fuentes, M.; Mateo, C.; Fernandez-Lafuente, R.; Guisan, J. M. Biomacromolecules 2006, 7, 540
30. Moses, J. E.; Moorhouse, A. D. Chem. Soc. Rev. 2007, 36, 1249
31. Binder, W. H.; Sachsenhofer, R. Macromol. Rapid Commun. 2007, 28, 15
32. Tornoe, C. W.; Christensen, C.; Meldal, M. J. Org. Chem. 2002, 67, 3057
33. Cuatrecasas, P.; Wilchek, M.; Anfinsen, C. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1968, 61, 636
34. Wilchek, M.; Miron, T. React. Funct. Polym. 1999, 41, 263
35. Zamolo, L.; Busini, V.; Moiani, D.; Moscatelli, D.; Cavallotti, C. Biotechnol. Prog. 2008, 24, 527
36. Arnott, S.; Fulmer, A.; Scott, W. E.; Dea, I. C. M.; Moorhouse, R.; Rees, D. A. J. Mol. Biol. 1974, 90, 269
37. Kirschner, K. N.; Woods, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10541
38. Kirschner, K. N.; Woods, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4150
39. Basma, M.; Sundara, S.; Calgan, D.; Vernali, T.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1125
40. Kirschner, K. N.; Tschampel, S.; Woods, R. GLYCAM04 force field, 2004.
41. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, Jr., K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179
42. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, III, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, H.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
43. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
44. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639
45. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
46. Schaftenaar, G.; Noordik, J. H. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2000, 14, 123
47. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 33
48. DeLano, W. L. The PyMOL Molecula Graphics System, on world wide web http://www.pymol.org 2002.
49. Chhatre, S.; Titchener-Hooker, N. J.; Newcombe, A. R.; Keshavarz-Moore, E. Nat. Protoc. 2007, 2, 1763
50. Yang, H.; Gurgel, P. V.; Carbonell, R. G. J. Chromatogr., A 2009, 1216, 910
51. Horak, J.; Hofer, S.; Lindner, W. J. Chromatogr. B, 2010, to be submitted.
52. Carlsson, J.; Ander, M.; Nervall, M.; Aqvist, J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 12034
53. Aqvist, J.; Hansson, T. J. Phys. Chem. 1996, 100, 9512