Modelling the influence of hydrogen bond network on chemical shielding tensors description. GIAO-DFT study of WALP23 transmembrane α-helix as a test case

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 26, 2010, Pages 6999-7008

  Rougier, Léa ^a,b,c   Milon, Alain ^b,c   Réat, Valérie ^b,c   Jolibois, Franck ^a,c  

^a INSA   (France)

^b UNIVERSITÉ PAUL SABATIER   (France)

^c INSTITUT DE PHARMACOLOGIE ET DE BIOLOGIE STRUCTURALE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALANINE; CARBON; LEUCINE; NITROGEN; PEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; QUANTUM THEORY;

ALANINE; AMINO ACID SEQUENCE; CARBON ISOTOPES; HYDROGEN BONDING; LEUCINE; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NITROGEN ISOTOPES; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; QUANTUM THEORY;

EID: 77953948948     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b923883b     Document Type: Article

References (74)

1. B. J. Wylie C. M. Rienstra J. Chem. Phys. 2008 128 052207
2. A. C. Dedios J. G. Pearson E. Oldfield Science 1993 260 1491 1496
3. O. Soubias F. Jolibois S. Massou A. Milon V. Reat Biophys. J. 2005 89 1120 1131
4. S. Spera A. Bax J. Am. Chem. Soc. 1991 113 5490 5492
5. E. G. Paul D. M. Grant J. Am. Chem. Soc. 1963 85 1701
6. N. Tjandra A. Bax J. Am. Chem. Soc. 1997 119 9576 9577
7. D. A. Case Curr. Opin. Struct. Biol. 1998 8 624 630
8. T. Kameda N. Takeda S. Kuroki H. Kurosu S. Ando I. Ando A. Shoji T. Ozaki J. Mol. Struct. 1996 384 17 23
9. Y. F. Wei D. K. Lee A. Ramamoorthy J. Am. Chem. Soc. 2001 123 6118 6126
10. B. J. Wylie L. J. Sperling H. L. Frericks G. J. Shah W. T. Franks C. M. Rienstra J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5318
11. K. W. Waddell E. Y. Chekmenev R. J. Wittebort J. Am. Chem. Soc. 2005 127 9030 9035
12. E. Y. Chekmenev Q. W. Zhang K. W. Waddell M. S. Mashuta R. J. Wittebort J. Am. Chem. Soc. 2004 126 379 384
13. C. J. Hartzell M. Whitfield T. G. Oas G. P. Drobny J. Am. Chem. Soc. 1987 109 5966 5969
14. G. S. Harbison L. W. Jelinski R. E. Stark D. A. Torchia J. Herzfeld R. G. Griffin J. Magn. Reson. 1984 60 79 82
15. T. A. Cross S. J. Opella Curr. Opin. Struct. Biol. 1994 4 574 581
16. S. D. Cady C. Goodman C. D. Tatko W. F. DeGrado M. Hong J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5719 5729
17. A. Holt L. Rougier V. Reat F. Jolibois O. Saurel J. Czaplicki J. A. Killian A. Milon Biophys. J. 2010 10.1016/j.bpj.2010.01.016
18. W. Mai W. Hu C. Wang T. A. Cross Protein Sci. 1993 2 532 542
19. H. B. Le E. Oldfield J. Phys. Chem. 1996 100 16423 16428
20. H. B. Le E. Oldfield J. Biomol. NMR 1994 4 341 348
21. A. Poon J. Birn A. Ramamoorthy J. Phys. Chem. B 2004 108 16577 16585
22. J. R. Brender D. M. Taylor A. Ramamoorthy J. Am. Chem. Soc. 2001 123 914 922
23. A. E. Walling R. E. Pargas A. C. deDios J. Phys. Chem. A 1997 101 7299 7303
24. C. Scheurer N. R. Skrynnikov S. F. Lienin S. K. Straus R. Bruschweiler R. R. Ernst J. Am. Chem. Soc. 1999 121 4242 4251
25. M. Mirzaei N. L. Hadipour Struct. Chem. 2008 19 225 232
26. A. C. Dedios E. Oldfield J. Am. Chem. Soc. 1994 116 5307 5314
27. X. Chen C.-G. Zhan Theochem-J. Mol. Struct. 2004 682 73 82
28. J. Bim A. Poon Y. Mao A. Ramamoorthy J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8529 8534
29. E. Czinki A. G. Csaszar G. Magyarfalvi P. R. Schreiner W. D. Allen J. Am. Chem. Soc. 2007 129 1568 1577
30. S. Wi H. H. Sun E. Oldfield M. Hong J. Am. Chem. Soc. 2005 127 6451 6458
31. H. H. Sun L. K. Sanders E. Oldfield J. Am. Chem. Soc. 2002 124 5486 5495
32. E. Oldfield Annu. Rev. Phys. Chem. 2002 53 349 378
33. J. G. Pearson H. B. Le L. K. Sanders N. Godbout R. H. Havlin E. Oldfield J. Am. Chem. Soc. 1997 119 11941 11950
34. R. H. Havlin D. D. Laws H. M. L. Bitter L. K. Sanders H. H. Sun J. S. Grimley D. E. Wemmer A. Pines E. Oldfield J. Am. Chem. Soc. 2001 123 10362 10369
35. R. H. Havlin H. B. Le D. D. Laws A. C. deDios E. Oldfield J. Am. Chem. Soc. 1997 119 11951 11958
36. J. Heller D. D. Laws M. Tomaselli D. S. King D. E. Wemmer A. Pines R. H. Havlin E. Oldfield J. Am. Chem. Soc. 1997 119 7827 7831
37. O. Soubias F. Jolibois V. Reat A. Milon Chem.-Eur. J. 2004 10 6005 6014
38. J. A. Killian T. K. M. Nyholm Curr. Opin. Struct. Biol. 2006 16 473 479
39. L. Cai D. Fushman D. S. Kosov J. Biomol. NMR 2009 45 245 253
40. U. Haeberlen, ed., J. S. Waugh, Academic Press, New York, 1976, vol. Suppl. 1
41. M. Mehring, Principles of High Resolution NMR in Solids, Springer Verlag, Berlin, 2nd edn, 1983
42. H. W. Spiess, ed., P. Diehl, E. Fluck, and, R. Kosfeld, Springer Verlag, Berlin, 1978, vol. 15
43. M. J. Frisch, et al., GAUSSIAN 03, Revision E.01.1, Gaussian Inc., Wallingford CT, 2004
44. F. Maseras K. Morokuma J. Comput. Chem. 1995 16 1170 1179
45. T. Vreven K. Morokuma J. Comput. Chem. 2000 21 1419 1432
46. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
47. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter 1988 37 785
48. A. E. Foresman, Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, Gaussian Inc., Pittsburgh, 1998
49. M. J. S. Dewar M. L. McKee S. Rzepa J. Am. Chem. Soc. 1978 100 3607
50. M. J. S. Dewar W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 1977 99 2338
51. E. Anders R. Koch P. Freunscht J. Comput. Chem. 1993 14 1301 1312
52. K. Wolinski A. J. Sadlej Mol. Phys. 1980 41 1419
53. K. Wolinski J. F. Hinton P. Pulay J. Am. Chem. Soc. 1990 112 8251 8260
54. F. J. London J. Phys. Radium 1937 8 397
55. R. McWeeny Phys. Rev. 1962 126 1028
56. R. Ditchfield Mol. Phys. 1974 27 789
57. J. L. Dodds R. McWeeny A. J. Sadlej Mol. Phys. 1977 34 1779 1791
58. N. Asakawa S. Kuroki H. Kurosu I. Ando A. Shoji T. Ozaki J. Am. Chem. Soc. 1992 114 3261 3265
59. N. Asakawa M. Takenoiri D. Sato M. Sakurai Y. Inoue Magn. Reson. Chem. 1999 37 303 311
60. E. Salnikov P. Bertani J. Raap B. Bechinger J. Biomol. NMR 2009 45 373 387
61. A. E. Reed R. B. Weinstock F. Weinhold J. Chem. Phys. 1985 83 735 746
62. U. C. Singh P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1984 5 129 145
63. H. Torii J. Am. Chem. Soc. 2002 124 9272 9277
64. M. A. S. Hass M. R. Jensen J. J. Led Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 72 333 343
65. P. E. Hansen J. Abildgaard A. E. Hansen Chem. Phys. Lett. 1994 224 275 282
66. J. Augspurger J. G. Pearson E. Oldfield C. E. Dykstra K. D. Park D. Schwartz J. Magn. Reson. 1992 100 342 357
67. J. Boyd C. Domene C. Redfield M. B. Ferraro P. Lazzeretti J. Am. Chem. Soc. 2003 125 9556 9557
68. A. D. Buckingham Can. J. Chem. 1960 38 300 307
69. M. P. Williamson T. Asakura J. Magn. Reson., Ser. B 1993 101 63 71
70. W. T. Raynes R. Ratcliffe Mol. Phys. 1979 37 571 578
71. D. Sengupta R. N. Behera J. C. Smith G. M. Ullmann Structure 2005 13 849 855
72. Y. D. Wu Y. L. Zhao J. Am. Chem. Soc. 2001 123 5313 5319
73. F. M. Marassi Concepts Magn. Reson. 2002 14 212 224
74. C. H. Wu A. Ramamoorthy L. M. Gierasch S. J. Opella J. Am. Chem. Soc. 1995 117 6148 6149