-
1
-
-
36449009053
-
-
Tuckerman, M.; Berne, B.; Rossi, A. J. Chem. Phys. 1991, 94, 1465
-
(1991)
J. Chem. Phys.
, vol.94
, pp. 1465
-
-
Tuckerman, M.1
Berne, B.2
Rossi, A.3
-
2
-
-
0000173007
-
-
Tuckerman, M.; Martyna, G.; Berne, B. J. Chem. Phys. 1990, 93, 1287
-
(1990)
J. Chem. Phys.
, vol.93
, pp. 1287
-
-
Tuckerman, M.1
Martyna, G.2
Berne, B.3
-
4
-
-
36449001478
-
-
Tuckerman, M.; Berne, B.; Martyna, G. J. Chem. Phys. 1991, 94, 6811
-
(1991)
J. Chem. Phys.
, vol.94
, pp. 6811
-
-
Tuckerman, M.1
Berne, B.2
Martyna, G.3
-
5
-
-
84963146276
-
-
Grubmuller, H.; Heller, H.; Windemuth, A.; Schulten, K. Mol. Simul. 1991, 6, 121
-
(1991)
Mol. Simul.
, vol.6
, pp. 121
-
-
Grubmuller, H.1
Heller, H.2
Windemuth, A.3
Schulten, K.4
-
6
-
-
33646650705
-
-
Tuckerman, M.; Berne, B.; Martyna, G. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990
-
(1992)
J. Chem. Phys.
, vol.97
, pp. 1990
-
-
Tuckerman, M.1
Berne, B.2
Martyna, G.3
-
8
-
-
25144517646
-
-
Banks, J.; Beard, H.; Cao, Y.; Cho, A.; Damm, W.; Farid, R.; Felts, A.; Halgren, T.; Mainz, D.; Maple, J.; Murphy, R.; Philipp, D.; Repasky, M.; Zhang, L.; Berne, B.; Friesner, R.; Gallicchio, E.; Levy, R. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1752
-
(2005)
J. Comput. Chem.
, vol.26
, pp. 1752
-
-
Banks, J.1
Beard, H.2
Cao, Y.3
Cho, A.4
Damm, W.5
Farid, R.6
Felts, A.7
Halgren, T.8
Mainz, D.9
Maple, J.10
Murphy, R.11
Philipp, D.12
Repasky, M.13
Zhang, L.14
Berne, B.15
Friesner, R.16
Gallicchio, E.17
Levy, R.18
-
9
-
-
27344436659
-
-
Phillips, J.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 2, 1781
-
(2005)
J. Comput. Chem.
, vol.2
, pp. 1781
-
-
Phillips, J.1
Braun, R.2
Wang, W.3
Gumbart, J.4
Tajkhorshid, E.5
Villa, E.6
Chipot, C.7
Skeel, R.8
Kale, L.9
Schulten, K.10
-
10
-
-
58049201323
-
-
University of California: San Francisco
-
Case, D.; Darden, T.; Cheatham, I.; Simmerling, C.; Wang, J.; Duke, R.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R.; Zhang, W.; Merz, K.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D.; Seetin, M.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. AMBER 10; University of California: San Francisco, 2008.
-
(2008)
AMBER 10
-
-
Case, D.1
Darden, T.2
Cheatham, I.3
Simmerling, C.4
Wang, J.5
Duke, R.6
Luo, R.7
Crowley, M.8
Walker, R.9
Zhang, W.10
Merz, K.11
Wang, B.12
Hayik, S.13
Roitberg, A.14
Seabra, G.15
Kolossváry, I.16
Wong, K.F.17
Paesani, F.18
Vanicek, J.19
Wu, X.20
Brozell, S.21
Steinbrecher, T.22
Gohlke, H.23
Yang, L.24
Tan, C.25
Mongan, J.26
Hornak, V.27
Cui, G.28
Mathews, D.29
Seetin, M.30
Sagui, C.31
Babin, V.32
Kollman, P.33
more..
-
11
-
-
34548283148
-
Scalable algorithms for molecular dynamics simulations on commondity clusters
-
Tampa, FL
-
Bowers, K.; Chow, E.; Xu, H.; Dror, R.; Eastwood, M.; Kolossvary, B.; Moraes, M.; Sacerdoti, F.; Salmon, J.; Shan, Y.; Shaw, D. Scalable Algorithms for Molecular Dynamics Simulations on Commondity Clusters. Proceedings of the ACM/IEEE Conference on Supercomputing (SC06), Tampa, FL, 2006.
-
(2006)
Proceedings of the ACM/IEEE Conference on Supercomputing (SC06)
-
-
Bowers, K.1
Chow, E.2
Xu, H.3
Dror, R.4
Eastwood, M.5
Kolossvary, B.6
Moraes, M.7
Sacerdoti, F.8
Salmon, J.9
Shan, Y.10
Shaw, D.11
-
12
-
-
33846386224
-
-
Han, G.; Deng, Y.; Glimm, J.; Martyna, G. Comput. Phys. Commun. 2007, 176, 271
-
(2007)
Comput. Phys. Commun
, vol.176
, pp. 271
-
-
Han, G.1
Deng, Y.2
Glimm, J.3
Martyna, G.4
-
13
-
-
0030621830
-
-
Skeel, R.; Zhang, G.; Schlick, T. Siam J. Sci. Comput. 1997, 18, 203
-
(1997)
Siam J. Sci. Comput.
, vol.18
, pp. 203
-
-
Skeel, R.1
Zhang, G.2
Schlick, T.3
-
16
-
-
18144377695
-
-
Engle, R.; Skeel, R.; Drees, M. J. Comput. Phys. 2005, 206, 432
-
(2005)
J. Comput. Phys.
, vol.206
, pp. 432
-
-
Engle, R.1
Skeel, R.2
Drees, M.3
-
18
-
-
0001310692
-
-
Schlick, T.; Mandziuk, M.; Skeel, R.; Srinivas, K. J. Comput. Phys. 1998, 140, 1
-
(1998)
J. Comput. Phys.
, vol.140
, pp. 1
-
-
Schlick, T.1
Mandziuk, M.2
Skeel, R.3
Srinivas, K.4
-
19
-
-
0346946971
-
-
Ma, Q.; Izaguirre, J.; Skeel, R. Siam J. Sci. Comput. 2003, 24, 1951
-
(2003)
Siam J. Sci. Comput.
, vol.24
, pp. 1951
-
-
Ma, Q.1
Izaguirre, J.2
Skeel, R.3
-
22
-
-
0000921742
-
-
Izaguirre, J.; Reich, S.; Skeel, R. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9853
-
(1999)
J. Chem. Phys.
, vol.110
, pp. 9853
-
-
Izaguirre, J.1
Reich, S.2
Skeel, R.3
-
23
-
-
0034817509
-
-
Izaguirre, J.; Catarello, D.; Wozniak, J.; Skeel, R. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2090
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.114
, pp. 2090
-
-
Izaguirre, J.1
Catarello, D.2
Wozniak, J.3
Skeel, R.4
-
26
-
-
19644401067
-
-
Minary, P.; Tuckerman, M.; Martyna, G. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 150201
-
(2004)
Phys. Rev. Lett.
, vol.93
, pp. 150201
-
-
Minary, P.1
Tuckerman, M.2
Martyna, G.3
-
27
-
-
42349111182
-
-
Sweet, C.; Petrone, P.; Pande, V.; Izaguirre, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 145101
-
(2008)
J. Chem. Phys.
, vol.128
, pp. 145101
-
-
Sweet, C.1
Petrone, P.2
Pande, V.3
Izaguirre, J.4
-
28
-
-
0001388416
-
-
Stuart, S.; Zhou, R.; Berne, B. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1426
-
(1996)
J. Chem. Phys.
, vol.105
, pp. 1426
-
-
Stuart, S.1
Zhou, R.2
Berne, B.3
-
29
-
-
0035424713
-
-
Zhou, R.; Harder, E.; Xu, H.; Berne, B. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2348
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.115
, pp. 2348
-
-
Zhou, R.1
Harder, E.2
Xu, H.3
Berne, B.4
-
32
-
-
33846823909
-
-
Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
-
(1993)
J. Chem. Phys.
, vol.98
, pp. 10089
-
-
Darden, T.1
York, D.2
Pedersen, L.3
-
33
-
-
33645961739
-
-
Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
-
(1995)
J. Chem. Phys.
, vol.103
, pp. 8577
-
-
Essmann, U.1
Perera, L.2
Berkowitz, M.3
Darden, T.4
Lee, H.5
Pedersen, L.6
-
34
-
-
0000642278
-
-
Luty, B.; Tironi, I.; van Gunsteren, W. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3014
-
(1995)
J. Chem. Phys.
, vol.103
, pp. 3014
-
-
Luty, B.1
Tironi, I.2
Van Gunsteren, W.3
-
37
-
-
0031168817
-
-
Figueirido, F.; Levy, R.; Zhou, R.; Berne, B. J. Chem. Phys. 1997, 106, 9835
-
(1997)
J. Chem. Phys.
, vol.106
, pp. 9835
-
-
Figueirido, F.1
Levy, R.2
Zhou, R.3
Berne, B.4
-
38
-
-
24844474730
-
-
Procacci, P.; Darden, T.; Marchi, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10464
-
(1996)
J. Phys. Chem.
, vol.100
, pp. 10464
-
-
Procacci, P.1
Darden, T.2
Marchi, M.3
-
40
-
-
0001545051
-
-
Procacci, P.; Marchi, M.; Martyna, G. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8799
-
(1998)
J. Chem. Phys.
, vol.108
, pp. 8799
-
-
Procacci, P.1
Marchi, M.2
Martyna, G.3
-
42
-
-
0003084640
-
-
Lau, K.; Alper, H.; Thacher, T.; Stouch, T. J. Phys. Chem. 1994, 98, 8785
-
(1994)
J. Phys. Chem.
, vol.98
, pp. 8785
-
-
Lau, K.1
Alper, H.2
Thacher, T.3
Stouch, T.4
-
43
-
-
0034625286
-
-
Tuckerman, M.; Yarne, D.; Samuelson, S.; Hughes, A.; Martyna, G. Comput. Phys. Commun. 2000, 128, 333
-
(2000)
Comput. Phys. Commun.
, vol.128
, pp. 333
-
-
Tuckerman, M.1
Yarne, D.2
Samuelson, S.3
Hughes, A.4
Martyna, G.5
-
44
-
-
0004016501
-
-
Jorgensen, W.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
-
(1983)
J. Chem. Phys.
, vol.79
, pp. 926
-
-
Jorgensen, W.1
Chandrasekhar, J.2
Madura, J.3
Impey, R.4
Klein, M.5
-
45
-
-
33646940952
-
-
Rychaert, J.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
-
(1977)
J. Comput. Phys.
, vol.23
, pp. 327
-
-
Rychaert, J.1
Ciccotti, G.2
Berendsen, H.3
-
47
-
-
0041784950
-
-
MacKerell, A.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R.; Evanseck, J.; Field, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D.; Prodhom, B.; Reiher, W.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Chem. Phys. B 1998, 102, 3586
-
(1998)
J. Chem. Phys. B
, vol.102
, pp. 3586
-
-
MacKerell, A.1
Bashford, D.2
Bellott, M.3
Dunbrack, R.4
Evanseck, J.5
Field, M.6
Fischer, S.7
Gao, J.8
Guo, H.9
Ha, S.10
Joseph-Mccarthy, D.11
Kuchnir, L.12
Kuczera, K.13
Lau, F.14
Mattos, C.15
Michnick, S.16
Ngo, T.17
Nguyen, D.18
Prodhom, B.19
Reiher, W.20
Roux, B.21
Schlenkrich, M.22
Smith, J.23
Stote, R.24
Straub, J.25
Watanabe, M.26
Wiorkiewicz-Kuczera, J.27
Yin, D.28
Karplus, M.29
more..
-
50
-
-
0000504254
-
-
Humphreys, D.; Friesner, R.; Berne, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 6885
-
(1994)
J. Phys. Chem.
, vol.98
, pp. 6885
-
-
Humphreys, D.1
Friesner, R.2
Berne, B.3
|