MPI/OpenMP hybrid parallel algorithm for Hartree-Fock calculations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 4, 2010, Pages 1075-1080

  Ishimura, Kazuya ^a   Kuramoto, Kei ^a   Ikuta, Yasuhiro ^a   Hyodo, Shi Aki ^a  

^a Rd Management Section   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77951099083     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100083w     Document Type: Article

References (39)

1. Warshel, A.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 5612-5625
2. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249
3. Maseras, F.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1170-1179
4. Dapprich, S.; Komaromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1999, 461, 1-21
5. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701-706
6. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6832-6840
7. Chen, Z.; Nagase, S.; Hirsch, A.; Haddon, R. C.; Thiel, W.; Schleyer, P. v. R. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2004, 43, 1552-1554
8. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2004, 389, 129-134
9. Anderson, A. G.; Goddard, W. A., III; Schroder, P. Comput. Phys. Commun. 2007, 177, 298-306
10. Yasuda, K. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1230-1236
11. Yasuda, K. J. Comput. Chem. 2008, 29, 334-342
12. Vogt, L.; Olivares-Amaya, R.; Kermes, S.; Shao, Y.; Amador-Bedolla, C.; Aspuru-Guzik, A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 2049-2057
13. Ufimtsev, I. S.; Martinez, T. J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 222-231
14. Ufimtsev, I. S.; Martinez, T. J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1004-1015
15. Brown, P.; Woods, C.; McIntosh-Smith, S.; Manby, F. R. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1620-1626
16. Whitten, J. L. J. Chem. Phys. 1973, 58, 4496-4501
17. TOP500 Supercomputing Sites; http://www.top500.org (accessed Mar 19, 2010).
18. Nieplocha, J.; Harrison, R. J.; Littlefield, R. J. Proceedings of the 1994 ACM/IEEE conference on Supercomputing, 1994, pp 340-349
19. Nieplocha, J.; Harrison, R. J.; Littlefield, R. J. J. Supercomput. 1996, 10, 197-220
20. Fletcher, G. D.; Schmidt, M. W.; Bode, B. M.; Gordon, M. S. Comput. Phys. Commun. 2000, 128, 190-200
21. Sosa, C. P.; Scalmani, G.; Gomperts, R.; Frisch, M. J. Parallel Comput. 2000, 26, 843-856
22. Woods, C. J.; Brown, P.; Manby, F. R. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1776-1784
23. Bolding, B.; Baldridge, K. Comput. Phys. Commun. 2000, 128, 55-66
24. Smith, L.; Kent, P. Concurrency: Pract. Exper. 2000, 12, 1121-1129
25. Shellman, S. D.; Lewis, J. P.; Glaesemann, K. R.; Sikorski, K.; Voth, G. A. J. Comput. Phys. 2003, 188, 1-15
26. Medvedev, D. M.; Goldfield, E. M.; Gray, S. K. Comput. Phys. Commun. 2005, 166, 94-108
27. Hutter, J.; Curioni, A. Parallel Comput. 2005, 31, 1-17
28. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, Jr. J. A.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision A.1; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
29. Nielsen, I. M. B.; Janssen, C. L. Comput. Phys. Commun. 2000, 128, 238-244
30. Janssen, C. L.; Nielsen, I. M. B.; Leininger, M. L.; Valeev, E. F.; Kenny, J. P.; Seidl, E. T. The Massively Parallel Quantum Chemistry Program (MPQC); Sandia National Laboratories: Livemore, CA, 2008.
31. Alexeev, Y.; Kendall, R. A.; Gordon, M. S. Comput. Phys. Commun. 2002, 143, 69-82
32. Takashima, H.; Yamada, S.; Obara, S.; Kitamura, K.; Inabata, S.; Miyakawa, N.; Tanabe, K.; Nagashima, U. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1337-1346
33. Cremer, D.; Gauss, J. J. Comput. Chem. 1986, 7, 274-282
34. Baker, J.; Wolinski, K.; Malagoli, M.; Kinghorn, D.; Wolinski, P.; Magyarfalvi, G.; Saebo, S.; Janowski, T.; Pulay, P. J. Comput. Chem. 2009, 30, 317-335
35. Fischer, T. H.; Almlof, J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 9768-9774
36. Chaban, G.; Schmidt, M. W.; Gordon, M. S. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 88-95
37. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363
38. Hua, Q. X.; Shoelson, S. E.; Kochoyan, M.; Weiss, M. A. Nature 1991, 354, 238-241
39. Cuppen, J. J. M. Numer. Math. 1981, 36, 177-195