Coiled-coil conformation of a pentamidine-DNA complex

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 66, Issue 3, 2010, Pages 251-257

  Moreno, Tadeo ^a   Pous, Joan ^b   Subirana, Juan A ^a   Campos, J Lourdes ^a,b  

^a UNIVERSITAT POLITÈCNICA DE CATALUNYA   (Spain)

^b CSIC   (Spain)

Author keywords

Coiled coils; D(ATATATATAT); Hoogsteen base pairs; Pentamidine

Indexed keywords

DNA; PENTAMIDINE;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; NUCLEOTIDE SEQUENCE; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

BASE PAIRING; BASE SEQUENCE; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DNA; MODELS, MOLECULAR; PENTAMIDINE;

EUKARYOTA;

EID: 77649158379     PISSN: 09074449     EISSN: 13990047     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444909055693     Document Type: Article

References (33)

1. Abrescia, N. G. A., Malinina, L., Fernandez, L., Huynh-Dinh, T., Neidle, S. & Subirana, J. A. (1999). Nucleic Acids Res. 27, 1593-1599.
2. Abrescia, N. G. A., Malinina, L. & Subirana, J. A. (1999). J. Mol. Biol. 294, 657-666.
3. Abrescia, N. G. A., Thompson, A., Huynh-Dinh, T. & Subirana, J. A. (2002). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 99, 2806-2811.
4. Abu-Daya, A. & Fox, K. R. (1997). Nucleic Acids Res. 25, 4962-4969.
5. Baraldi, P. G., Bovero, A., Fruttarolo, F., Preti, D., Tabrizi, M. A., Pavani, M. G. & Romagnoli, R. (2004). Med. Res. Rev. 24, 475-528.
6. Bazhulina, N. P., Nikitin, A. M., Rodin, S. A., Surovaya, A. N., Kravatsky, Y. V., Pismensky, V. F., Archipova, V. S., Martin, R. & Gursky, G. V. (2009). J. Biomol. Struct. Dyn. 26, 701-718.
7. Campos, J. L., Urpí, L., Sanmartín, T., Gouyette, C. & Subirana, J. A. (2005). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 102, 3663-3666.
8. Chaires, J. B. (1997). Biopolymers, 44, 201-215.
9. Charpentier, T. H., Wilder, P. T., Liriano, M. A., Varney, K. M., Pozharski, E., MacKerell, A. D. Jr, Coop, A., Toth, E. A. & Weber, D. J. (2008). J. Mol. Biol. 382, 56-73.
10. Collaborative Computational Project, Number 4 (1994). Acta Cryst. D50, 760-763.
11. De Luchi, D., Tereshko, V., Gouyette, C. & Subirana, J. A. (2006). Chembiochem, 7, 585-587.
12. Edwards, K. J., Jenkins, T. C. & Neidle, S. (2003). Biochemistry, 31, 7104-7109.
13. Hampshire, A. J. & Fox, K. R. (2008). Biochimie, 90, 988-998.
14. Klug, A., Jack, A., Viswamitra, M. A., Kennard, O., Shakked, Z. & Steitz, T. A. (1979). J. Mol. Biol. 131, 669-680.
15. Lee, M. S., Johansen, L., Zhang, Y., Wilson, A., Keegan, M., Avery, W., Elliot, P., Borisy, A. A. & Keith, C. T. (2007). Cancer Res. 67, 11359-11367.
16. Leonard, G. A., McAuley-Hecht, K., Brown, T. & Hunter, W. N. (1995). Acta Cryst. D51, 136-139.
17. Liu, Y., Collar, C. J., Kumar, A., Stephens, C. E., Boykin, D. W. & Wilson, W. D. (2008). J. Phys. Chem. B, 112, 11809-11818.
18. Lu, X. J. & Olson, W. K. (2003). Nucleic Acids Res. 31, 5108-5121.
19. Mendel, D. & Dervan, P. B. (1987). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 84, 910-914.
20. Mitra, S. N., Wahl, M. C. & Sundaralingam, M. (1999). Acta Cryst. D55, 602-609.
21. Murshudov, G. N., Vagin, A. A. & Dodson, E. J. (1997). Acta Cryst. D53, 240-255.
22. Navaza, J. (1994). Acta Cryst. A50, 157-163.
23. Nguyen, B., Lee, M. P. H., Hamelberg, D., Joubert, A., Bally, C., Brun, R., Neidle, S. & Wilson, W. D. (2002). J. Am. Chem. Soc. 124, 13680-13681.
24. Nguyen, B., Neidle, S. & Wilson, W. D. (2009). Acc. Chem. Res. 42, 11-21.
25. Otwinowski, Z. & Minor, W. (1997). Methods Enzymol. 276, 307-326.
26. Pous, J., Urpí, L., Subirana, J. A., Gouyette, C., Navaza, J. & Campos, J. L. (2008). J. Am. Chem. Soc. 130, 6755-6760.
27. Subirana, J. A. & Messeguer, X. (2008). Gene, 408, 124-132.
28. Sun, T. & Zhang, Y. (2008). Nucleic Acids Res. 36, 1654-1664.
29. Suto, R. K., Edayathumangalam, R. S., White, C. L., Melander, C., Gottesfeld, J. M., Dervan, P. B. & Luger, K. (2003). J. Mol. Biol. 326, 371-380.
30. Tidwell, R. R. & Boykin, D. W. (2003). Small Molecule DNA and RNA Binders, edited by M. Demeunynck, C. Bailly & W. D. Wilson, pp. 414-460. Weinheim: Wiley-VCH.
31. Valls, N., Santaolalla, A., Campos, J. L. & Subirana, J. A. (2007). J. Biomol. Struct. Dyn. 24, 547-551.
32. Wilson, W. D., Tanious, F. A., Mathis, A., Tevis, D., Hall, J. E. & Boykin, D. W. (2008). Biochimie, 90, 999-1014.
33. Yuan, H., Quintana, J. & Dickerson, R. E. (1992). Biochemistry, 31, 8009-8021.