Low-frequency intra- and intermolecular vibration modes of H-bonded nucleobases in oligonucleotide double helixes and hydrated nucleotide duplex: Application of the PM3 method

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 100, Issue 4 SPEC. ISS., 2004, Pages 595-609

  Kabanov, Artem V ^a   Komarov, Vladislav M ^a   Yakushevich, Ludmila V ^a   Teplukhin, Alexander V ^b  

^a INSTITUTE OF CELL BIOPHYSICS   (Russian Federation)

^b INSTITUTE OF MATHEMATICAL PROBLEMS OF BIOLOGY   (Russian Federation)

Author keywords

DNA; Hydrate effect; Intra and intermolecular vibrations; Normal modes; Oligonucleotide duplexes; PM3 calculations

Indexed keywords

COMPLEXATION; FREQUENCIES; HYDRATION; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR VIBRATIONS; WATER;

HYDRATE EFFECTS; INTRA- AND INTERMOLECULAR VIBRATIONS; NORMAL MODES; OLIGONUCLEOTIDES DUPLEXES; PM3 CALCULATIONS;

DNA;

EID: 7544243745     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.20065     Document Type: Conference Paper

References (68)

1. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; SpringerVerlag: New York, 1984.
2. Markelz, A. G.; Roitberg, A.; Heilwiel, E. F. Chem Phys Lett 2000, 320, 42; Woolard, D. L.; Globus, T. R.; Gelmont, B. L.; Bykovskaja, M.; Samuels, A. C.; Cookmeyer, D.; Hesler, J. L.; Crowe, T. W.; Jensen, J. O.; Jensen, J. L.; Loerop, W. R. Phys Rev 2002, E65, 051903; Globus, T. R.; Woolard, D. L.; Samuels, A. C.; Gelmont, B. L.; Hesler, J. L.; Crowe, T. W.; Bykovskaja, M. J. Appl Phys 2002, 91, 6105; Fischer, B. M.; Walther, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807.
3. Markelz, A. G.; Roitberg, A.; Heilwiel, E. F. Chem Phys Lett 2000, 320, 42; Woolard, D. L.; Globus, T. R.; Gelmont, B. L.; Bykovskaja, M.; Samuels, A. C.; Cookmeyer, D.; Hesler, J. L.; Crowe, T. W.; Jensen, J. O.; Jensen, J. L.; Loerop, W. R. Phys Rev 2002, E65, 051903; Globus, T. R.; Woolard, D. L.; Samuels, A. C.; Gelmont, B. L.; Hesler, J. L.; Crowe, T. W.; Bykovskaja, M. J. Appl Phys 2002, 91, 6105; Fischer, B. M.; Walther, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807.
4. Markelz, A. G.; Roitberg, A.; Heilwiel, E. F. Chem Phys Lett 2000, 320, 42; Woolard, D. L.; Globus, T. R.; Gelmont, B. L.; Bykovskaja, M.; Samuels, A. C.; Cookmeyer, D.; Hesler, J. L.; Crowe, T. W.; Jensen, J. O.; Jensen, J. L.; Loerop, W. R. Phys Rev 2002, E65, 051903; Globus, T. R.; Woolard, D. L.; Samuels, A. C.; Gelmont, B. L.; Hesler, J. L.; Crowe, T. W.; Bykovskaja, M. J. Appl Phys 2002, 91, 6105; Fischer, B. M.; Walther, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807.
5. Markelz, A. G.; Roitberg, A.; Heilwiel, E. F. Chem Phys Lett 2000, 320, 42; Woolard, D. L.; Globus, T. R.; Gelmont, B. L.; Bykovskaja, M.; Samuels, A. C.; Cookmeyer, D.; Hesler, J. L.; Crowe, T. W.; Jensen, J. O.; Jensen, J. L.; Loerop, W. R. Phys Rev 2002, E65, 051903; Globus, T. R.; Woolard, D. L.; Samuels, A. C.; Gelmont, B. L.; Hesler, J. L.; Crowe, T. W.; Bykovskaja, M. J. Appl Phys 2002, 91, 6105; Fischer, B. M.; Walther, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807.
6. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
7. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
8. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
9. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
10. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
11. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
12. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
13. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
14. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
15. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
16. Tao, N. J.; Lindsay, S. M.; Rupprecht, A. Biopolymers 1989, 28, 1019; Dugaid, J.; Bloomfild, V. A.; Benevides, J.; Thomas, C. J. Jr. Bophys J 1993, 65, 1916; Urabe, H.; Hayshi, H.; Tominaga, Y.; Nisimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J Chem Phys 1985, 82, 531; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem Phys 1991, 95, 5519; Urabe, H.; Sugawara, Y.; Ataka, M.; Rupprecht, A. Biophys J 1998, 74, 1533; Auffinger, P.; Westhof, E. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 693; Fisher, B. M.; Walter, M.; Jepsen, P. U. Phys Med Biol 2002, 47, 3807; Lamba, O. P.; Wang, A. H.; Thomas, G. J., Jr. Biopolymers 1989, 28, 667; Falk, M.; Poole, A. G.; Goymour, C. G. Can J Chem 1970, 48, 1536; Maleev, V. Ya. Biofizika 1993, 38, 789 [in Russian]; Westhof, E. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 125.
17. Muller-Dethlefs, K.; Hobza, P. Chem Rev 2000, 100, 143.
18. Gorb, L.; Leszczynsky, J. In Computational Molecular Biology; Theoretical Chemistry Book Series; Elsevier: New York, 1999; Vol. 8, p 167-209.
19. Chou, K. C.; Maggiora, G. M.; Mao, B. Biophys J 1989, 35, 573.
20. Chen, Y. Z.; Prohofsky, E. W. Biopolymers 1995, 35, 573.
21. Lisy, V.; Miskovsky, P.; Brutovsky, B.; Chinsky, L. J Biomol Struct Dyn 1997, 14, 517; Volkov, S. N.; Kosevich, A. M. J Biomol Struct Dyn 1991, 8, 1069.
22. Lisy, V.; Miskovsky, P.; Brutovsky, B.; Chinsky, L. J Biomol Struct Dyn 1997, 14, 517; Volkov, S. N.; Kosevich, A. M. J Biomol Struct Dyn 1991, 8, 1069.
23. Cocco, S.; Monasson, R. J Chem Phys 2000, 112, 10017.
24. Saxena, V. K.; Van Zandt, L. L. J Biomol Struct Dyn 1992, 10, 227; Van Zandt, L. L.; Saxena, V. K. J Biomol Struct Dyn 1994, 11, 1149.
25. Saxena, V. K.; Van Zandt, L. L. J Biomol Struct Dyn 1992, 10, 227; Van Zandt, L. L.; Saxena, V. K. J Biomol Struct Dyn 1994, 11, 1149.
26. Hroda, V.; Florian, J.; Hobza, P. J Phys Chem 1993, 97, 1542.
27. Hobza, P.; Sponer, J. Chem Rev 1999, 99, 3247.
28. Spirko, V.; Sponer, J.; Hobza, P. J Phys Chem 1997, 106, 1472-1479.
29. Florian, J.; Lezsczynski, J. Int J Quant Chem Quant Biol Symp 1995, 22, 207-225.
30. Santamaria, R.; Charro, E.; Zakarias, A.; Castro, M. Int J Quant Chem 1999, 20, 511.
31. Florian, J.; Leszczynski, J.; Johnson, B. G. J Mol Struct 1995, 349, 421.
32. Muller, A.; Talbot, F.; Leutwyler, S. J Chem Phys 2000, 112, 3117.
33. Kabelac, M.; Kratochvil, M.; Sponer, J.; Hobza, P. J Biomol Struct Dyn 2000, 17, 1077.
34. Komarov, V. M. J Biol Phys 1999, 24, 167.
35. Kabanov, A. V.; Komarov, V. M. Int J Quant Chem 2002, 88, 579.
36. Lively, T. N.; Jurema, M. W.; Shields, G. Int J Quant Chem Quant Biol Symp 1994, 21, 95; Barone, G.; Ramusino, M. C.; Barbieri, R.; La Manna, G. J Mol Struct (Theochem) 1999, 469, 143.
37. Lively, T. N.; Jurema, M. W.; Shields, G. Int J Quant Chem Quant Biol Symp 1994, 21, 95; Barone, G.; Ramusino, M. C.; Barbieri, R.; La Manna, G. J Mol Struct (Theochem) 1999, 469, 143.
38. Stewart, J. J. P. J Comput Chem 1989, 10, 209, 221.
39. Teplukhin, A. V.; Zhurkin, V. B.; Jernigan, R. L.; Poltev, V. I. Mol Biol 1996, 30, 75.
40. Zhurkin, V. B.; Ulyanov, N. B.; Gorkin, A. A.; Jernigan, R. L. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 7046.
41. Teplukhin, A. V.; Malenkov, G. G.; Poltev, V. I. J Biomol Struct Dyn 1998, 16, 289.
42. Atlas of Nucleic Acid Containing Structures; data-base of nucleic acids (NDB) Atlas, where initial coordinates of duplexes were obtained: http://ndb.sdsc.edu/NDB/NDBATLAS/.
43. Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Plokhotnichenko, A. M.; Blagoj, Yu. P. Biofizika 1988, 33, 741 [in Russian]; Ivanov, A. Yu.; Plokhotnichenko, A. M.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoj, Yu. P. J Mol Struct 1995, 372, 91; Nowak, M. J. J Mol Struct 1989, 193, 35; Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. Spectrochim Acta 1991, 47A, 87; Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; KuBulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319; Florian, J. J Phys Chem 1993, 97, 10649; Gould, I. R.; Vincent, M. A.; Hiller, I. H.; Lapinski, L.; Nowak, M. J. Spectrochim Acta 1992, 48A, 811; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J Phys Chem 1996, 100, 941.
44. Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Plokhotnichenko, A. M.; Blagoj, Yu. P. Biofizika 1988, 33, 741 [in Russian]; Ivanov, A. Yu.; Plokhotnichenko, A. M.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoj, Yu. P. J Mol Struct 1995, 372, 91; Nowak, M. J. J Mol Struct 1989, 193, 35; Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. Spectrochim Acta 1991, 47A, 87; Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; KuBulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319; Florian, J. J Phys Chem 1993, 97, 10649; Gould, I. R.; Vincent, M. A.; Hiller, I. H.; Lapinski, L.; Nowak, M. J. Spectrochim Acta 1992, 48A, 811; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J Phys Chem 1996, 100, 941.
45. Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Plokhotnichenko, A. M.; Blagoj, Yu. P. Biofizika 1988, 33, 741 [in Russian]; Ivanov, A. Yu.; Plokhotnichenko, A. M.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoj, Yu. P. J Mol Struct 1995, 372, 91; Nowak, M. J. J Mol Struct 1989, 193, 35; Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. Spectrochim Acta 1991, 47A, 87; Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; KuBulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319; Florian, J. J Phys Chem 1993, 97, 10649; Gould, I. R.; Vincent, M. A.; Hiller, I. H.; Lapinski, L.; Nowak, M. J. Spectrochim Acta 1992, 48A, 811; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J Phys Chem 1996, 100, 941.
46. Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Plokhotnichenko, A. M.; Blagoj, Yu. P. Biofizika 1988, 33, 741 [in Russian]; Ivanov, A. Yu.; Plokhotnichenko, A. M.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoj, Yu. P. J Mol Struct 1995, 372, 91; Nowak, M. J. J Mol Struct 1989, 193, 35; Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. Spectrochim Acta 1991, 47A, 87; Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; KuBulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319; Florian, J. J Phys Chem 1993, 97, 10649; Gould, I. R.; Vincent, M. A.; Hiller, I. H.; Lapinski, L.; Nowak, M. J. Spectrochim Acta 1992, 48A, 811; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J Phys Chem 1996, 100, 941.
47. Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Plokhotnichenko, A. M.; Blagoj, Yu. P. Biofizika 1988, 33, 741 [in Russian]; Ivanov, A. Yu.; Plokhotnichenko, A. M.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoj, Yu. P. J Mol Struct 1995, 372, 91; Nowak, M. J. J Mol Struct 1989, 193, 35; Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. Spectrochim Acta 1991, 47A, 87; Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; KuBulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319; Florian, J. J Phys Chem 1993, 97, 10649; Gould, I. R.; Vincent, M. A.; Hiller, I. H.; Lapinski, L.; Nowak, M. J. Spectrochim Acta 1992, 48A, 811; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J Phys Chem 1996, 100, 941.
48. Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Plokhotnichenko, A. M.; Blagoj, Yu. P. Biofizika 1988, 33, 741 [in Russian]; Ivanov, A. Yu.; Plokhotnichenko, A. M.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoj, Yu. P. J Mol Struct 1995, 372, 91; Nowak, M. J. J Mol Struct 1989, 193, 35; Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. Spectrochim Acta 1991, 47A, 87; Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; KuBulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319; Florian, J. J Phys Chem 1993, 97, 10649; Gould, I. R.; Vincent, M. A.; Hiller, I. H.; Lapinski, L.; Nowak, M. J. Spectrochim Acta 1992, 48A, 811; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J Phys Chem 1996, 100, 941.
49. Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Plokhotnichenko, A. M.; Blagoj, Yu. P. Biofizika 1988, 33, 741 [in Russian]; Ivanov, A. Yu.; Plokhotnichenko, A. M.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoj, Yu. P. J Mol Struct 1995, 372, 91; Nowak, M. J. J Mol Struct 1989, 193, 35; Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. Spectrochim Acta 1991, 47A, 87; Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; KuBulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319; Florian, J. J Phys Chem 1993, 97, 10649; Gould, I. R.; Vincent, M. A.; Hiller, I. H.; Lapinski, L.; Nowak, M. J. Spectrochim Acta 1992, 48A, 811; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J Phys Chem 1996, 100, 941.
50. Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Plokhotnichenko, A. M.; Blagoj, Yu. P. Biofizika 1988, 33, 741 [in Russian]; Ivanov, A. Yu.; Plokhotnichenko, A. M.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoj, Yu. P. J Mol Struct 1995, 372, 91; Nowak, M. J. J Mol Struct 1989, 193, 35; Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. Spectrochim Acta 1991, 47A, 87; Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; KuBulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319; Florian, J. J Phys Chem 1993, 97, 10649; Gould, I. R.; Vincent, M. A.; Hiller, I. H.; Lapinski, L.; Nowak, M. J. Spectrochim Acta 1992, 48A, 811; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J Phys Chem 1996, 100, 941.
51. Wilson, C. C. Nucleic Acids Res 1987, 15, 8577; El Hassan, M. A.; Calladine, C. R. J Mol Biol 1996, 259, 95; Heineman, U.; Alings, C.; Hahn, M. Biophys Chem 1994, 50, 157; Jursa, J.; Kypr, J. Gen Physiol Biophys 1993, 12, 401.
52. Wilson, C. C. Nucleic Acids Res 1987, 15, 8577; El Hassan, M. A.; Calladine, C. R. J Mol Biol 1996, 259, 95; Heineman, U.; Alings, C.; Hahn, M. Biophys Chem 1994, 50, 157; Jursa, J.; Kypr, J. Gen Physiol Biophys 1993, 12, 401.
53. Wilson, C. C. Nucleic Acids Res 1987, 15, 8577; El Hassan, M. A.; Calladine, C. R. J Mol Biol 1996, 259, 95; Heineman, U.; Alings, C.; Hahn, M. Biophys Chem 1994, 50, 157; Jursa, J.; Kypr, J. Gen Physiol Biophys 1993, 12, 401.
54. Wilson, C. C. Nucleic Acids Res 1987, 15, 8577; El Hassan, M. A.; Calladine, C. R. J Mol Biol 1996, 259, 95; Heineman, U.; Alings, C.; Hahn, M. Biophys Chem 1994, 50, 157; Jursa, J.; Kypr, J. Gen Physiol Biophys 1993, 12, 401.
55. Yakushevich, L. V. Math Computer Educ 2003, 10, 195.
56. Yakushevich, L. V.; Savin, A. V.; Manevitch, L. I. Phys Rev E 2002, 66, 016614.
57. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem Rev 1998, 99, 2161; Florian, J.; Warshel, A. J Phys Chem 1997, B101, 5583.
58. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem Rev 1998, 99, 2161; Florian, J.; Warshel, A. J Phys Chem 1997, B101, 5583.
59. Boyd, J. E.; Briskman, A.; Sayes, C. M.; Mittleman, D.; Colvin, V. J Phys Chem 2002, B106, 6346; Kindt, J. T.; Schmuttenmaer, C. A. J Phys Chem 1996, 100, 10373; Thrane, L.; Jacobsen, R. H.; Uhd Jepsen, P.; Keiding, S. R. Chem Phys Lett 1995, 240, 330.
60. Boyd, J. E.; Briskman, A.; Sayes, C. M.; Mittleman, D.; Colvin, V. J Phys Chem 2002, B106, 6346; Kindt, J. T.; Schmuttenmaer, C. A. J Phys Chem 1996, 100, 10373; Thrane, L.; Jacobsen, R. H.; Uhd Jepsen, P.; Keiding, S. R. Chem Phys Lett 1995, 240, 330.
61. Boyd, J. E.; Briskman, A.; Sayes, C. M.; Mittleman, D.; Colvin, V. J Phys Chem 2002, B106, 6346; Kindt, J. T.; Schmuttenmaer, C. A. J Phys Chem 1996, 100, 10373; Thrane, L.; Jacobsen, R. H.; Uhd Jepsen, P.; Keiding, S. R. Chem Phys Lett 1995, 240, 330.
62. Cho, M.; Fleming, G. R.; Sato, S.; Ohmine, I.; Stratt, R. M. J Chem Phys 1994, 100, 6672; Ohmine, I.; Saito, S. Acc Chem Res 1999, 32, 741; Li, J. C. J Chem Phys 1996, 105, 6733.
63. Cho, M.; Fleming, G. R.; Sato, S.; Ohmine, I.; Stratt, R. M. J Chem Phys 1994, 100, 6672; Ohmine, I.; Saito, S. Acc Chem Res 1999, 32, 741; Li, J. C. J Chem Phys 1996, 105, 6733.
64. Cho, M.; Fleming, G. R.; Sato, S.; Ohmine, I.; Stratt, R. M. J Chem Phys 1994, 100, 6672; Ohmine, I.; Saito, S. Acc Chem Res 1999, 32, 741; Li, J. C. J Chem Phys 1996, 105, 6733.
65. Shpolsky, E. V.; Iljina, A.; Klimova, L. A. Dokl Akad Nauk SSSR 1952, 87, 935 [in Russian].
66. Sukhorukov, B. I.; Kozlova, L. A.; Shabarchina, L. I. Biofizika 1975, 20, 360 [in Russian]; Semenov, M. A.; Sukhorukov, B. I.; Maleev, V. Ya. Biofizika 1981, 26, 979 [in Russian].
67. Sukhorukov, B. I.; Kozlova, L. A.; Shabarchina, L. I. Biofizika 1975, 20, 360 [in Russian]; Semenov, M. A.; Sukhorukov, B. I.; Maleev, V. Ya. Biofizika 1981, 26, 979 [in Russian].
68. MOPAC6.0. QCPE 455, Indiana University: Bloomington, IN.