Prediction of conditional gene essentiality through graph theoretical analysis of genome-wide functional linkages

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 12, 2009, Pages 1936-1942

  Manimaran, P ^a   Hegde, Shubhada R ^a   Mande, Shekhar C ^a  

^a CENTRE FOR DNA FINGERPRINTING AND DIAGNOSTICS   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ESCHERICHIA COLI PROTEIN;

ALGORITHM; ARTICLE; BACTERIAL GENOME; BIOLOGICAL MODEL; ESCHERICHIA COLI; GENE; GENETICS; REGRESSION ANALYSIS; STATISTICAL MODEL;

ALGORITHMS; ESCHERICHIA COLI; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; GENES; GENOME, BACTERIAL; MODELS, GENETIC; MODELS, STATISTICAL; REGRESSION ANALYSIS;

EID: 72949111817     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b905264j     Document Type: Article

References (37)

1. R. Albert A.-L. Barabási Rev. Mod. Phys. 2002 74 47 97
2. M. E. J. Newman SIAM Rev. 2003 45 167 256
3. P. Erdos A. Renyi Publ. Math. Debrecen. 1959 6 290 297
4. D. J. Watts S. H. Strogatz Nature 1998 393 440 442
5. A. L. Barabási R. Albert Science 1999 286 509 511
6. M. E. J. Newman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 8577 8582
7. A. Bavelas Human Organization 1948 7 16 30
8. L. C. Freeman Social Networks 1978 1 215 239
9. V. Latora M. Marchiori New J. Phys. 2007 9 188 198
10. S. B. Roberts A. J. Mazurie G. A. Buck Chem. Biodiversity 2007 4 2618 2630
11. M. P. Joy A. Brock D. E. Ingbor S. Huang J. Biomed. Biotechnol. 2005 2 96 103
12. D. Gómez E. González-Arangüena C. Manuel G. Owen M. del Pozo J. Tejada Math. Soc. Sci. 2003 46 27 54
13. M. W. Hahn A. D. Kern Mol. Biol. Evol. 2005 22 803 806
14. V. Latora M. Marchiori Chaos, Solitons & Fractals 2004 20 69 75
15. H. Jeong S. P. Mason A.-L. Barabási Z. N. Oltvai Nature 2001 411 41 42
16. H. Yu D. Greenbaum H. X. Lu X. Zhu M. Gerstein Trends Genet. 2004 20 227 231
17. M. P. H. Stumpf C. Wiuf R. M. May Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 4221 4224
18. A. Clauset C. Moore Phys. Rev. Lett. 2005 94 18701 18704
19. H. Jeong Z. N. Oltvai A.-L. Barabasi ComPlexUs 2003 1 19 28
20. Y. Chen D. Xu Bioinformatics 2004 21 575 581
21. S. Saha S. Heber Genet. Mol. Res. 2006 5 224 232
22. E. W. Dijkstra Numerische Math. 1959 1 269 271
23. S. Yellaboina K. Goyal S. C. Mande Genome Res. 2007 17 527 535
24. T. Baba T. Ara M. Hasegawa Y. Takai Y. Okumura M. Baba K. A. Datsenko M. Tomita B. L. Wanner H. Mori Mol. Syst. Biol. 2006 2 E1 E11
25. G. Pósfai G. Plunkett, 3rd T. Fehér D. Frisch G. M. Keil K. Umenhoffer V. Kolisnychenko B. Stahl S. S. Sharma M. de Arruda V. Burland S. W. Harcum F. R. Blattner Science 2006 312 1044 1046
26. A. R. Joyce J. L. Reed A. White R. Edwards A. Osterman T. Baba H. Mori S. A. Lesely B. Ø. Palsson S. Agarwalla J. Bacteriol. 2006 188 8259 8271
27. B. Papp C. Pál L. D. Hurst Nature 2004 429 661 664
28. S. Y. Gerdes M. D. Scholle J. W. Campbell G. Balázsi E. Ravasz M. D. Daugherty A. L. Somera N. C. Kyrpides I. Anderson M. S. Gelfand A. Bhattacharya V. Kapatral M. D'Souza M. V. Baev Y. Grechkin F. Mseeh M. Y. Fonstein R. Overbeek A. L. Barabási Z. N. Oltvai A. L. Osterman J. Bacteriol. 2003 185 5673 5684
29. N. R. Salama B. Shepherd S. Falkow J. Bacteriol. 2004 186 7926 7935
30. K. Kobayashi S. D. Ehrlich A. Albertini G. Amati K. K. Andersen M. Arnaud K. Asai S. Ashikaga S. Aymerich P. Bessieres F. Boland S. C. Brignell S. Bron K. Bunai J. Chapuis L. C. Christiansen A. Danchin M. Débarbouille E. Dervyn E. Deuerling K. Devine S. K. Devine O. Dreesen J. Errington S. Fillinger S. J. Foster Y. Fujita A. Galizzi R. Gardan C. Eschevins T. Fukushima K. Haga C. R. Harwood M. Hecker D. Hosoya M. F. Hullo H. Kakeshita D. Karamata Y. Kasahara F. Kawamura K. Koga P. Koski R. Kuwana D. Imamura M. Ishimaru S. Ishikawa I. Ishio D. Le Coq A. Masson C. Mauël R. Meima R. P. Mellado A. Moir S. Moriya E. Nagakawa H. Nanamiya S. Nakai P. Nygaard M. Ogura T. Ohanan M. O'Reilly M. O'Rourke Z. Pragai H. M. Pooley G. Rapoport J. P. Rawlins L. A. Rivas C. Rivolta A. Sadaie Y. Sadaie M. Sarvas T. Sato H. H. Saxild E. Scanlan W. Schumann J. F. Seegers J. Sekiguchi A. Sekowska S. J. Séror M. Simon P. Stragier R. Studer H. Takamatsu T. Tanaka M. Takeuchi H. B. Thomaides V. Vagner J. M. van Dijl K. Watabe A. Wipat H. Yamamoto M. Yamamoto Y. Yamamoto K. Yamane K. Yata K. Yoshida H. Yoshikawa U. Zuber N. Ogasawara Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 4678 4683
31. G. Giaever A. M. Chu L. Ni C. Connelly L. Riles S. Véronneau S. Dow A. Lucau-Danila K. Anderson B. André A. P. Arkin A. Astromoff M. El-Bakkoury R. Bangham R. Benito S. Brachat S. Campanaro M. Curtiss K. Davis A. Deutschbauer K. D. Entian P. Flaherty F. Foury D. J. Garfinkel M. Gerstein D. Gotte U. Güldener J. H. Hegemann S. Hempel Z. Herman D. F. Jaramillo D. E. Kelly S. L. Kelly P. Kötter D. LaBonte D. C. Lamb N. Lan H. Liang H. Liao L. Liu C. Luo M. Lussier R. Mao P. Menard S. L. Ooi J. L. Revuelta C. J. Roberts M. Rose P. Ross-Macdonald B. Scherens G. Schimmack B. Shafer D. D. Shoemaker S. Sookhai-Mahadeo R. K. Storms J. N. Strathern G. Valle M. Voet G. Volckaert C. Y. Wang T. R. Ward J. Wilhelmy E. A. Winzeler Y. Yang G. Yen E. Youngman K. Yu H. Bussey J. D. Boeke M. Snyder P. Philippsen R. W. Davis M. Johnston Nature 2002 418 387 391
32. H. Izu O. Adachi M. Yamada J. Mol. Biol. 1997 267 778 793
33. B. F. Horazdovsky R. W. Hogg J. Bacteriol. 1989 171 3053 3059
34. M. T. Pellicer J. Badia J. Aguilar L. Baldoma J. Bacteriol. 1996 178 2051 2059
35. C. C. Chang and C. J. Lin, 2001, http://www.csie.ntu.edu.tw/∼cjlin/ libsvm
36. S. R. Hegde P. Manimaran S. C. Mande PLoS Comput. Biol. 2008 4 11 e1000237
37. J. Demeter C. Beauheim J. Gollub T. Hernandez-Boussard H. Jin D. Maier J. C. Matese M. Nitzberg F. Wymore Z. K. Zachariah P. O. Brown G. Sherlock C. A. Ball Nucleic Acids Res. 2007 35 D766 D770