Mechanistic aspects and novel biomarkers of responder and non-responder phenotypes in galactosamine-induced hepatitis

Journal of Proteome Research

Volumn 8, Issue 11, 2009, Pages 5175-5187

  Coen, Muireann ^a   Want, Elizabeth J ^a   Clayton, T Andrew ^a   Rhode, Cynthia M ^b,e   Young, Shick Hong ^c   Keun, Hector C ^a   Cantor, Glenn H ^d   Metz, Alan L ^b,f   Robertson, Donald G ^b,d   Reily, Michael D ^b,d   Holmes, Elaine ^a   Lindon, John C ^a   Nicholson, Jeremy K ^a  

^a IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^b PFIZER INC   (United States)

^c Korea University   (South Korea)

^d BRISTOL MYERS SQUIBB   (United States)

^e Wyeth Pharmaceuticals   (United States)

^f North American Science Associates   (United States)

Author keywords

Biomarkers; Galactosamine; Hepatitis; Mechanistic; Metabolic profiling; NMR spectroscopy; Variability in toxic response

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER; GALACTOSAMINE; URIDINE DIPHOSPHATE GLUCOSE;

ANIMAL EXPERIMENT; ANIMAL MODEL; ANIMAL TISSUE; ARTICLE; CLINICAL CHEMISTRY; CONTROLLED STUDY; FECES; HEPATITIS; HISTOPATHOLOGY; INTESTINE FLORA; LIVER; MALE; NONHUMAN; PHENOTYPE; PRIORITY JOURNAL; RAT; SERUM; URINE;

ANIMALS; BIOLOGICAL MARKERS; DRUG-INDUCED LIVER INJURY; FECES; GALACTOSAMINE; HUMANS; LIVER; MALE; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PHENOTYPE; RATS; RATS, SPRAGUE-DAWLEY; URINE;

RATTUS;

EID: 70449436364     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr9005266     Document Type: Article

References (78)

1. DiMasi, J. A.; Hansen, R. W.; Grabowski, H. G. J. Health Econ. 2003, 22, 151-185.
2. Kola, I.; Landis, J. Nat. Rev. Drug Discovery 2004, 3, 711-715.
3. So, P. W. Ph.D. Thesis, University of London, 1996.
4. Beckwith-Hall, B. M. Ph.D. Thesis, University of London, 1998.
5. Beckwith-Hall, B. M.; Nicholson, J. K.; Nicholls, A. W.; Foxall, P. J.; Lindon, J. C.; Connor, S. C.; Abdi, M.; Connelly, J.; Holmes, E. Chem. Res. Toxicol. 1998, 11, 260-272.
6. Clayton, T. A. Ph.D. Thesis, University of London, 2001.
7. Lindon, J. C.; Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Antti, H.; Bollard, M. E.; Keun, H.; Beckonert, O.; Ebbels, T. M.; Reily, M. D.; Robertson, D.; Stevens, G. J.; Luke, P.; Breau, A. P.; Cantor, G. H.; Bible, R. H.; Niederhauser, U.; Senn, H.; Schlotterbeck, G.; Sidelmann, U. G.; Laursen, S. M.; Tymiak, A.; Car, B. D.; Lehman-McKeeman, L.; Colet, J. M.; Loukaci, A.; Thomas, C. Toxicol. Appl. Pharmacol. 2003, 187, 137-146.
8. Lindon, J. C.; Keun, H. C.; Ebbels, T. M.; Pearce, J. M.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Pharmacogenomics 2005, 6, 691-699.
9. Decker, K.; Keppler, D. Rev. Physiol Biochem. Pharmacol. 1974, 77-106.
10. Keppler, D. O.; Rudigier, J. F.; Bischoff, E.; Decker, K. F. Eur. J. Biochem. 1970, 17, 246-253.
11. Keppler, D. O.; Pausch, J.; Decker, K. J. Biol. Chem. 1974, 249, 211-216.
12. Maley, F.; Tarentino, A. L.; McGarrahan, J. F.; Delgiacco, R. Biochem. J. 1968, 107, 637-644.
13. Weckbecker, G.; Keppler, D. O. Eur. J. Biochem. 1982, 128, 163-168.
14. Leloir, L. F. Arch. Biochem. 1951, 33, 186-190.
15. Frey, P. A. FASEB J. 1996, 10, 461-470.
16. Meszaros, K.; Antoni, F.; Hrabak, A.; Szikla, C.; Garzo, T.; Tompa, A.; Lapis, K. FEBS Lett. 1973, 35, 1-3.
17. van Vugt, H.; van Gool, J.; Thomas, L. L. Hepatology 1983, 3, 236-240.
18. Ballard, F. J. Biochem. J. 1966, 98, 347-352.
19. Walker, D. G.; Khan, H. H. Biochem. J. 1968, 108, 169-175.
20. Abdul-Hussain, S. K.; Mehendale, H. M. Toxicol. Appl. Pharmacol. 1991, 107, 504-513.
21. Abdul-Hussain, S. K.; Mehendale, H. M. Arch. Toxicol. 1992, 66, 729-742.
22. Reutter, W.; Bauer, C.; Lesch, R. Naturwissenschaften 1970, 57, 674-675.
23. Kmiec, Z.; Smolenski, R. T.; Zych, M.; Mysliwski, A. Acta Biochim. Pol. 2000, 47, 349-353.
24. Waters, N. J.; Holmes, E.; Williams, A.; Waterfield, C. J.; Farrant, R. D.; Nicholson, J. K. Chem. Res. Toxicol. 2001, 14, 1401-1412.
25. Coen, M.; Lenz, E. M.; Nicholson, J. K.; Wilson, I. D.; Pognan, F.; Lindon, J. C. Chem. Res. Toxicol. 2003, 16, 295-303.
26. Garrod, S.; Bollard, M. E.; Nicholls, A. W.; Connor, S. C.; Connelly, J.; Nicholson, J. K.; Holmes, E. Chem. Res. Toxicol. 2005, 18, 115-122.
27. Waters, N. J.; Waterfield, C. J.; Farrant, R. D.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2006, 5, 1448-1459.
28. Yap, I. K.; Clayton, T. A.; Tang, H.; Everett, J. R.; Hanton, G.; Provost, J. P.; Le Net, J. L.; Charuel, C.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2006, 5, 2675-2684.
29. Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Xenobiotica 1999, 29, 1181-1189.
30. Nicholson, J. K.; Connelly, J.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 153-161.
31. Robertson, D. G.; Reily, M. D.; Baker, J. D. Expert Opin. Drug Metab. Toxicol. 2005, 1, 363-376.
32. Holmes, E.; Wilson, I. D.; Nicholson, J. K. Cell 2008, 134, 714-717.
33. Ebbels, T. M.; Keun, H. C.; Beckonert, O. P.; Bollard, M. E.; Lindon, J. C.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2007, 6, 4407-4422.
34. Coen, M.; Hong, Y. S.; Clayton, T. A.; Rohde, C. M.; Pearce, J. T.; Reily, M. D.; Robertson, D. G.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2007, 6, 2711-2719.
35. Coen, M.; Hong, Y. S.; Cloarec, O.; Rhode, C. M.; Reily, M. D.; Robertson, D. G.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2007, 79, 8956-8966.
36. Coen, M.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Chem. Res. Toxicol. 2008, 21, 9-27.
37. Plumb, R.; Castro-Perez, J.; Granger, J.; Beattie, I.; Joncour, K.; Wright, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 18, 2331-2337.
38. Wilson, I. D.; Nicholson, J. K.; Castro-Perez, J.; Granger, J. H.; Johnson, K. A.; Smith, B. W.; Plumb, R. S. J. Proteome Res. 2005, 4, 591-598.
39. Cloarec, O.; Dumas, M. E.; Trygg, J.; Craig, A.; Barton, R. H.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K.; Holmes, E. Anal. Chem. 2005, 77, 517-526.
40. Trygg, J.; Wold, S. J. Chemom. 2003, 17 (1), 53-64.
41. Trygg, J.; Holmes, E.; Lundstedt, T. J. Proteome Res. 2007, 6, 469-479.
42. Cloarec, O.; Dumas, M. E.; Craig, A.; Barton, R. H.; Trygg, J.; Hudson, J.; Blancher, C.; Gauguier, D.; Lindon, J. C.; Holmes, E.; Nicholson, J. Anal. Chem. 2005, 77, 1282-1289.
43. Beckonert, O.; Keun, H. C.; Ebbels, T. M.; Bundy, J.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Nat. Protoc. 2007, 2, 2692-2703.
44. Plumb, R. S.; Johnson, K. A.; Rainville, P.; Smith, B. W.; Wilson, I. D.; Castro-Perez, J. M.; Nicholson, J. K. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 1989-1994.
45. Smith, C. A.; Want, E. J.; O'Maille, G.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 779-787.
46. Ledl, F.; Beck, J.; Sengl, M.; Osiander, H.; Estendorfer, S.; Severin, T.; Huber, B. Prog. Clin. Biol. Res. 1989, 304, 23-42.
47. Horowitz, M. I. Arch. Biochem. Biophys. 1991, 288, 317-323.
48. Keppler, D.; Decker, K. Eur. J. Biochem. 1969, 10, 219-225.
49. Mersmann, H. J.; Segal, H. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1967, 58, 1688-1695.
50. De Oliveira, J. R.; Rosa, J. L.; Ambrosio, S.; Bartrons, R. Hepatology 1992, 15, 1147-1153.
51. Clayton, T. A.; Lindon, J. C.; Everett, J. R.; Charuel, C.; Hanton, G.; Net, J. L.; Provost, J. P.; Nicholson, J. K. Arch. Toxicol. 2007, 81, 201-210
52. Reutter, W.; Reynolds, R. Hoppe-Seyler's Z. Physiol. Chem. 1972, 353, 1561.
53. Reynolds, R. D.; Reutter, W. J. Biol. Chem. 1973, 248, 1562-1567.
54. Skordi, E.; Yap, I. K.; Claus, S. P.; Martin, F. P.; Cloarec, O.; Lindberg, J.; Schuppe-Koistinen, I.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2007, 6, 4572-4581.
55. Bauer, C.; Bachmann, W.; Reutter, W. Hoppe-Seyler's Z. Physiol. Chem. 1972, 353, 1053-1058.
56. Perlman, M. E.; Davis, D. G.; Gabel, S. A.; London, R. E. Biochemistry 1990, 29 (18), 4318-4325.
57. Chou, T. C.; Soodak, M. J. Biol. Chem. 1952, 196, 105-109.
58. Delgiacco, R.; Maley, F. J. Biol. Chem. 1964, 239, C2400-C2402.
59. Phipps, A. N.; Stewart, J.; Wright, B.; Wilson, I. D. Xenobiotica 1998, 28, 527-537.
60. Williams, R. E.; Eyton-Jones, H. W.; Farnworth, M. J.; Gallagher, R.; Provan, W. M. Xenobiotica 2002, 32, 783-794.
61. Lesaffer, G.; De Smet, R.; Belpaire, F. M.; Van Vlem, B.; Van Hulle, M.; Cornelis, R.; Lameire, N.; Vanholder, R. Nephrol., Dial., Transplant. 2003, 18, 1299-1306.
62. Smith, E. A.; Macfarlane, G. T. J. Appl. Bacteriol. 1996, 81, 288-302.
63. Bohus, E.; Coen, M.; Keun, H. C.; Ebbels, T. M.; Beckonert, O.; Lindon, J. C.; Holmes, E.; Noszal, B.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2008, 7, 4435-4445.
64. Robosky, L. C.; Wells, D. F.; Egnash, L. A.; Manning, M. L.; Reily, M. D.; Robertson, D. G. Toxicol. Sci. 2005, 87, 277-284.
65. Brinkkotter, A.; Kloss, H.; Alpert, C.; Lengeler, J. W. Mol. Microbiol. 2000, 37, 125-135.
66. Kasravi, F. B.; Wang, L.; Wang, X. D.; Molin, G.; Bengmark, S.; Jeppsson, B. Hepatology 1996, 23, 97-103.
67. Li, L. J.; Wu, Z. W.; Xiao, D. S.; Sheng, J. F. World J. Gastroenterol. 2004, 10, 2087-2090.
68. Galanos, C.; Freudenberg, M. A.; Reutter, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 5939-5943.
69. Silverstein, R. J. Endotoxin. Res. 2004, 10, 147-162.
70. Zhao, J.; Kim, K. D.; Yang, X.; Auh, S.; Fu, Y. X.; Tang, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 7528-7533.
71. Endo, Y.; Shibazaki, M.; Yamaguchi, K.; Kai, K.; Sugawara, S.; Takada, H.; Kikuchi, H.; Kumagai, K. Br. J. Pharmacol. 1999, 128, 5-12.
72. Adawi, D.; Ahrne, S.; Molin, G. Int. J. Food Microbiol. 2001, 70, 213-220.
73. Kasravi, F. B.; Adawi, D.; Molin, G.; Bengmark, S.; Jeppsson, B. J. Hepatol. 1997, 26, 417-424.
74. Ewaschuk, J.; Endersby, R.; Thiel, D.; Diaz, H.; Backer, J.; Ma, M.; Churchill, T.; Madsen, K. Hepatology 2007, 46, 841-850.
75. Osman, N.; Adawi, D.; Ahrne, S.; Jeppsson, B.; Molin, G. Dig. Liver Dis. 2007, 39, 849-856.
76. Nicholson, J. K.; Wilson, I. D. Nat. Rev. Drug Discovery 2003, 2, 668-676.
77. Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Wilson, I. D. Nat. Rev. Microbiol. 2005, 3, 431-438.
78. Clayton, T. A.; Baker, D.; Lindon, J. C.; Everett, J. R.; Nicholson, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 14728-14733.