Kinetics of proteolytic reactions in nanoporous materials

Journal of Proteome Research

Volumn 8, Issue 10, 2009, Pages 4685-4692

  Bi, Hongyan ^a   Qiao, Liang ^b   Busnel, Jean Marc ^a   Liu, Baohong ^b   Girault, Hubert H ^a  

^a EPFL   (Switzerland)

^b FUDAN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Kinectics simulation; Nanoconfinement effect; Nanoporous material; Proteolysis

Indexed keywords

ANGIOTENSIN I; CORTICOTROPIN; MYOGLOBIN; NANOMATERIAL; PEPTIDE; TRYPSIN;

ARTICLE; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; CONTROLLED STUDY; DATA ANALYSIS; ENZYME KINETICS; ENZYME MECHANISM; ENZYME SUBSTRATE; MASS SPECTROMETRY; NANOPORE; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DEGRADATION; SIMULATION;

ADRENOCORTICOTROPIC HORMONE; ALGORITHMS; ANGIOTENSIN I; ANIMALS; COMPUTER SIMULATION; ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; MASS SPECTROMETRY; MODELS, CHEMICAL; MYOGLOBIN; NANOSTRUCTURES; NANOTECHNOLOGY; PEPTIDE FRAGMENTS; PEPTIDES; POROSITY; PROTEINS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TRYPSIN;

EID: 70349976975     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr9003954     Document Type: Article

References (35)

1. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
2. Ptacek, J.; Devgan, G.; Michaud, G.; Zhu, H.; Zhu, X. W.; Fasolo, J.; Guo, H.; Jona, G.; Breitkreutz, A.; Sopko, R.; McCartney, R. R.; Schmidt, M. C.; Rachidi, N.; Lee, S. J.; Mah, A. S.; Meng, L.; Stark, M. J. R.; Stern, D. F.; De Virgilio, C.; Tyers, M.; Andrews, B.; Gerstein, M.; Schweitzer, B.; Predki, P. F.; Snyder, M. Nature 2005, 438, 679-684.
3. Rual, J. F.; Venkatesan, K.; Hao, T.; Hirozane-Kishikawa, T.; Dricot, A.; Li, N.; Berriz, G. F.; Gibbons, F. D.; Dreze, M.; Ayivi-Guedehoussou, N.; Klitgord, N.; Simon, C.; Boxem, M.; Milstein, S.; Rosenberg, J.; Goldberg, D. S.; Zhang, L. V.; Wong, S. L.; Franklin, G.; Li, S. M.; Albala, J. S.; Lim, J. H.; Fraughton, C.; Llamosas, E.; Cevik, S.; Bex, C.; Lamesch, P.; Sikorski, R. S.; Vandenhaute, J.; Zoghbi, H. Y.; Smolyar, A.; Bosak, S.; Sequerra, R.; Doucette-Stamm, L.; Cusick, M. E.; Hill, D. E.; Roth, F. P.; Vidal, M. Nature 2005, 437, 1173-1178.
4. Doucette, A.; Craft, D.; Li, L. Anal. Chem. 2000, 72, 3355-3362.
5. Craft, D.; Doucette, A.; Li, L. J. Proteome Res. 2002, 1, 537-547.
6. Peterson, D. S.; Rohr, T.; Svec, F.; Frechet, J. M. J. J. Proteome Res. 2002, 1, 563-568.
7. Peterson, D. S.; Rohr, T.; Svec, F.; Frechet, J. M. J. Anal. Chem. 2002, 74, 4081-4088.
8. Kato, M.; Sakai-Kato, K.; Jin, H. M.; Kubota, K.; Miyano, H.; Toyo'oka, T.; Dulay, M. T.; Zare, R. N. Anal. Chem. 2004, 76, 1896-1902.
9. Li, Y.; Yan, B.; Deng, C. H.; Yu, W. J.; Xu, X. Q.; Yang, P. Y.; Zhang, X. M. Proteomics 2007, 7, 2330-2339.
10. Liu, Y.; Qu, H. Y.; Xue, Y.; Wu, Z. L.; Yang, P. Y.; Liu, B. H. Proteomics 2007, 7, 1373-1378.
11. Liu, Y.; Xue, Y.; Ji, J.; Chen, X.; Kong, J.; Yang, P. Y.; Girault, H. H.; Liu, B. H. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1428-1436.
12. Zhang, Y. H.; Liu, Y.; Kong, J. L.; Yang, P. Y.; Tang, Y.; Liu, B. H. Small 2006, 2, 1170-1173.
13. Liu, Y.; Zhong, W.; Meng, S.; Kong, J. L.; Lu, H. J.; Yang, P. Y.; Girault, H. H.; Liu, B. H. Chem.-Eur. J. 2006, 12, 6585-6591.
14. Liu, Y.; Lu, H. J.; Zhong, W.; Song, P.; Kong, J.; Yang, P.; Girault, H. H.; Liu, B. H. Anal. Chem. 2006, 78, 801-808.
15. Jarzebski, A. B.; Szymanska, K.; Bryjak, J.; Mrowiec-Bialon, J. Catal. Today 2007, 124, 2-10.
16. Fan, J.; Lei, J.; Wang, L. M.; Yu, C. Z.; Tu, B.; Zhao, D. Y. Chem. Commun. 2003, 2140-2141.
17. Fan, J.; Yu, C. Z.; Gao, T.; Lei, J.; Tian, B. Z.; Wang, L. M.; Luo, Q.; Tu, B.; Zhou, W. Z.; Zhao, D. Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 3146-3150.
18. Lei, J.; Fan, J.; Yu, C. Z.; Zhang, L. Y.; Jiang, S. Y.; Tu, B.; Zhao, D. Y. Microporous Mesoporous Mater. 2004, 73, 121-128.
19. Qiao, S. Z.; Yu, C. Z.; Xing, W.; Hu, Q. H.; Djojoputro, H.; Lu, G. Q. Chem. Mater. 2005, 17, 6172-6176.
20. Goradia, D.; Cooney, J.; Hodnett, B. K.; Magner, E. J. Mol. Catal. B: Enzym. 2005, 32, 231-239.
21. Hudson, S.; Magner, E.; Cooney, J.; Hodnett, B. K. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 19496-19506.
22. Deere, J.; Magner, E.; Wall, J. G.; Hodnett, B. K. Chem. Commun. 2001, 5, 465-466.
23. Hudson, S.; Cooney, J.; Hodnett, B. K.; Magner, E. Chem. Mater. 2007, 19, 2049-2055.
24. Shui, W. Q.; Fan, J.; Yang, P. Y.; Liu, C. L.; Zhai, J. J.; Lei, J.; Yan, Y.; Zhao, D. Y.; Chen, X. Anal. Chem. 2006, 78, 4811-4819.
25. Fan, J.; Shui, W. Q.; Yang, P. Y.; Wang, X. Y.; Xu, Y. M.; Wang, H. H.; Chen, X.; Zhao, D. Y. Chem.-Eur. J. 2005, 11, 5391-5396.
26. Qiao, L.; Liu, Y.; Hudson, S. P.; Yang, P. Y.; Magner, E.; Liu, B. H. Chem.-Eur. J. 2008, 14, 151-157.
27. Qian, K.; Wan, J. J.; Qiao, L.; Huang, X. D.; Tang, J. W.; Wang, Y. H.; Kong, J. L.; Yang, P. Y.; Yu, C. Z.; Liu, B. H. Anal. Chem. 2009, 81, 5749-5756.
28. Wang, H. N.; Zhou, X. F.; Yu, M. H.; Wang, Y. H.; Han, L.; Zhang, J.; Yuan, P.; Auchterlonie, G.; Zou, J.; Yu, C. Z. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15992-15993.
29. Srividhya, J.; Schnell, S. Comput. Biol. Chem. 2006, 30, 209-214.
30. Hollands, T. R.; Fruton, J. S. Biochemistry 1968, 7, 2045-2053.
31. Bull, H. B.; Currie, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1949, 71, 2758-2760.
32. Sachdev, G. P.; Fruton, J. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1975, 72, 3424-3427.
33. Shen, Y. F.; Smith, R. D. J. Microcolumn Sep. 2000, 12, 135-141.
34. Busnel, J.; Josserand, J.; Lion, N.; Girault, H. H. Anal. Chem. 2009, 81, 3867-3872.
35. Shuler, M. L.; Kargi, F. Bioprocess Engineering: Basic Concepts; Prentice Hall: Upper Saddle River, NJ, 2002.