Proteome analysis of Sorangium cellulosum employing 2D-HPLC-MS/MS and improved database searching strategies for CID and ETD fragment spectra

Journal of Proteome Research

Volumn 8, Issue 9, 2009, Pages 4350-4361

  Leinenbach, Andreas ^a,b   Hartmer, Ralf ^c   Lubeck, Markus ^c   Kneissl, Benny ^a   Elnakady, Yasser A ^a,d   Baessmann, Carsten ^c   Müller, Rolf ^a   Huber, Christian G ^b  

^a SAARLAND UNIVERSITY   (Germany)

^b UNIVERSITY OF SALZBURG   (Austria)

^c BRUKER DALTONIK GMBH   (Germany)

^d KING SAUD UNIVERSITY   (Saudi Arabia)

Author keywords

Collision induced dissociation; Database search algorithm; Electron transfer dissociation; Mascot; Shotgun proteome analysis; Sorangium cellulosum; Two dimensional separation

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BACTERIAL STRAIN; COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; CONTROLLED STUDY; DATA BASE; DNA FINGERPRINTING; ELECTRON TRANSFER DISSOCIATION; ELECTRON TRANSPORT; FRAGMENTATION REACTION; GENE SEQUENCE; GRAM NEGATIVE BACTERIUM; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS FRAGMENTOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; SORANGIUM CELLULOSUM; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TWO DIMENSIONAL ELECTROPHORESIS; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS;

ALGORITHMS; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; DATABASES, PROTEIN; INFORMATION STORAGE AND RETRIEVAL; MYXOCOCCALES; PEPTIDE MAPPING; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

MYXOCOCCALES; POLYANGIUM CELLULOSUM;

EID: 70349921489     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr9004647     Document Type: Article

References (65)

1. Newman, D. J.; Cragg, G. M.; Snader, K. M. J. Nat. Prod. 2003, 66, 1022-1037
2. Gerth, K.; Pradella, S.; Perlova, O.; Beyer, S.; Müller, R. J. Biotechnol. 2003, 106, 233-253
3. Wenzel, S. C.; Müller, R. Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2009, 12, 220-230
4. Bollag, D. M.; McQueney, P. A.; Zhu, J.; Hensens, O.; Koupal, L.; Liesch, J.; Goetz, M.; Lazarides, E.; Woods, C. M. Cancer Res. 1995, 55, 2325-2333
5. Gerth, K.; Bedorf, N.; Hofle, G.; Irschik, H.; Reichenbach, H. J. Antibiot. 1996, 49, 560-563
6. Knauber, T.; Doss, S. D.; Gerth, K.; Perlova, O.; Müller, R.; Treuner-Lange, A. Mol. Microbiol. 2008, 69, 254-266
7. Müller, R.; Gerth, K. J. Biotechnol. 2006, 121, 192-200.
8. Rachid, S.; Gerth, K.; Kochems, I.; Müller, R. Mol. Microbiol. 2007, 63, 1783-1796
9. Perlova, O.; Gerth, K.; Kaiser, O.; Hans, A.; Müller, R. J. Biotechnol. 2006, 121, 174-191
10. Gaitatzis, N.; Kunze, B.; Müller, R. ChemBioChem 2005, 6, 365-374
11. Schneiker, S.; Perlova, O.; Kaiser, O.; Gerth, K.; Alici, A.; Altmeyer, M. O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Beyer, S.; Bode, E.; Bode, H. B.; Bolten, C. J.; Choudhuri, J. V.; Doss, S.; Elnakady, Y. A.; Frank, B.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Groeger, C.; Gross, F.; Jelsbak, L.; Jelsbak, L.; Kalinowski, J.; Kegler, C.; Knauber, T.; Konietzny, S.; Kopp, M.; Krause, L.; Krug, D.; Linke, B.; Mahmud, T.; Martinez-Arias, R.; McHardy, A. C.; Merai, M.; Meyer, F.; Mormann, S.; Munoz-Dorado, J.; Perez, J.; Pradella, S.; Rachid, S.; Raddatz, G.; Rosenau, F.; Ruckert, C.; Sasse, F.; Scharfe, M.; Schuster, S. C.; Suen, G.; Treuner-Lange, A.; Velicer, G. J.; Vorholter, F. J.; Weissman, K. J.; Welch, R. D.; Wenzel, S. C.; Whitworth, D. E.; Wilhelm, S.; Wittmann, C.; Blocker, H.; Pühler, A.; Müller, R. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 1281-1289
12. Wenzel, S. C.; Müller, R. Mol. BioSyst. 2009, 5 (6), 567-574
13. Biemann, K. Annu. Rev. Biochem. 1992, 61, 977-1010.
14. Hunt, D. F.; Yates III, J. R.; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233-6237
15. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989
16. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690
17. Roepstorff, P.; Hojrup, P.; Moller, J. Biomed. Mass Spectrom. 1985, 12, 181-189
18. Reid, G. E.; Wu, J.; Chrisman, P. A.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2001, 73, 3274-3281
19. Reid, G. E.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 663-675
20. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
21. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
22. Hartmer, R.; Ledertheil, T.; Brekenfeld, A. Proceedings of the 53rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics; San Antonio, TX, 2005.
23. Phanstiel, D.; Zhang, Y.; Marto, J. A.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1255-1262
24. Mikesh, L. M.; Ueberheide, B.; Chi, A.; Coon, J. J.; Syka, J. E.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1811-1822
25. Wiesner, J.; Premsler, T.; Sickmann, A. Proteomics 2008, 8, 4466-4483
26. Bunger, M. K.; Cargile, B. J.; Ngunjiri, A.; Bundy, J. L.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 2008, 80, 1459-1467
27. Horn, D. M.; Ge, Y.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 4778-4784
28. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J. H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678
29. Breuker, K.; Oh, H.; Lin, C.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14011-14016
30. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573
31. Chi, A.; Bai, D. L.; Geer, L. Y.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 259, 197-203.
32. Wuhrer, M.; Catalina, M. I.; Deelder, A. M.; Hokke, C. H. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2007, 849, 115-128
33. Wu, S. L.; Huhmer, A. F.; Hao, Z.; Karger, B. L. J. Proteome Res. 2007, 6, 4230-4244
34. Chi, A.; Huttenhower, C.; Geer, L. Y.; Coon, J. J.; Syka, J. E.; Bai, D. L.; Shabanowitz, J.; Burke, D. J.; Troyanskaya, O. G.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2193-2198
35. Molina, H.; Matthiesen, R.; Kandasamy, K.; Pandey, A. Anal. Chem. 2008, 80, 4825-4835
36. McLafferty, F. W.; Horn, D. M.; Breuker, K.; Ge, Y.; Lewis, M. A.; Cerda, B.; Zubarev, R. A.; Carpenter, B. K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 245-249
37. Roepstorff, P.; Fohlman, J. Biomed. Mass Spectrom. 1984, 11, 601.
38. Hubler, S. L.; Jue, A.; Keith, J.; McAlister, G. C.; Craciun, G.; Coon, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6388-6394
39. Zubarev, R. A.; Zubarev, A. R.; Savitski, M. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 753-761
40. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. J. Am.Soc. Mass. Spectrom. 2007, 18, 113-120
41. O'Connor, P. B.; Lin, C.; Cournoyer, J. J.; Pittman, J. L.; Belyayev, M.; Budnik, B. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 576-585
42. Ben Hamidane, H.; Chiappe, D.; Hartmer, R.; Vorobyev, A.; Moniatte, M.; Tsybin, Y. O. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 567-575
43. Xia, Y.; Gunawardena, H. P.; Erickson, D. E.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 12232-12243
44. Srikanth, R.; Wilson, J.; Vachet, R. W. J. Mass Spectrom. 2009, 44, 755-762
45. Turecek, F.; Jones, J. W.; Towle, T.; Panja, S.; Nielsen, S. B.; Hvelplund, P.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14584-14596
46. Good, D. M.; Wirtala, M.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1942-1951
47. Bradford, M. M. Anal. Biochem. 1976, 72, 248-254
48. Premstaller, A.; Oberacher, H.; Huber, C. G. Anal. Chem. 2000, 72, 4386-4393
49. Toll, H.; Oberacher, H.; Swart, R.; Huber, C. G. J. Chromatogr., A 2005, 1079, 274-286
50. Hartmer, R.; Kaplan, D. A.; Gebhardt, C. R.; Ledertheil, T.; Brekenfeld, A. Int. J. Mass Spectrom. 2008, 276, 82-90.
51. March, R. E.; Todd, F. J. Quadrupole Ion Trap Mass Spectrometry, Second ed.; Wiley: Hoboken, NJ, 2005.
52. Hartmer, R.; Lubeck, M.; Kiehne; A., Baessmann, C. Proceedings of the 54th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Seattle, WA, 2006.
53. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Wirtala, M.; Schwartz, J. C.; Syka, J. E.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477-485
54. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567
55. Delmotte, N.; Lasaosa, M.; Tholey, A.; Heinzle, E.; Huber, C. G. J. Proteome Res. 2007, 6, 4363-4373
56. Craig, R.; Beavis, R. C. Bioinformatics 2004, 20, 1466-1467
57. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X.; Shi, W.; Bryant, S. H. J. Proteome Res. 2004, 3, 958-964
58. Delmotte, N.; Lasaosa, M.; Tholey, A.; Heinzle, E.; van Dorsselaer, A.; Huber, C. G. J. Sep. Sci. 2009, 32, 1156-1164
59. Bolten, C. J.; Heinzle, E.; Müller, R.; Wittmann, C. J. Microbiol. Biotechnol. 2009, 19, 23-36.
60. Perez, J.; Castaneda-Garcia, A.; Jenke-Kodama, H.; Müller, R.; Munoz-Dorado, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 15950-15955
61. Kjeldsen, F.; Giessing, A. M.; Ingrell, C. R.; Jensen, O. N. Anal. Chem. 2007, 79, 9243-9252
62. Nielsen, M. L.; Savitski, M. M.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 835-845
63. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 2348-2354
64. Bertsch, A.; Leinenbach, A.; Pervukhin, A.; Lubeck, M.; Hartmer, R.; Baessmann, C.; Elnakady, Y. A.; Müller, R.; Böcker, S.; Huber, C. G.; Kohlbacher, O. Electrophoresis, in press, 2009.
65. Nielsen, P. A.; Olsen, J. V.; Podtelejnikov, A. V.; Andersen, J. R.; Mann, M.; Wisniewski, J. R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 402-408