The 559-to-600 nm shift observed in red fluorescent protein eqFP611 is attributed to cis-trans isomerization of the chromophore in an anionic protein pocket

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 29, 2009, Pages 6042-6050

  Yan, Weizhong ^a   Xie, Daiqian ^a   Zeng, Jun ^b,c  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

^b SICHUAN UNIVERSITY   (China)

^c MedChemSoft Solutions   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PHOTOPROTEIN; RED FLUORESCENT PROTEIN;

ANIMAL; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; ISOMERISM; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; SEA ANEMONE; SPECTROFLUOROMETRY; SPECTROPHOTOMETRY;

ANIMALS; COMPUTER SIMULATION; ISOMERISM; LUMINESCENT PROTEINS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; SEA ANEMONES; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE; SPECTROPHOTOMETRY;

EID: 70349252321     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b903544c     Document Type: Article

References (65)

1. M. V. Matz A. F. Fradkov Y. A. Labas A. P. Savitsky A. G. Zaraisky M. L. Markelov S. A. Lukyanov Nat. Biotechnol. 1999 17 969
2. L. A. Gross G. S. Baird R. C. Hoffman K. K. Baldridge R. Y. Tsien Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 11990
3. J. Petersen P. G. Wilmann T. Beddoe A. J. Oakley R. J. Devenish M. Prescott J. Rossjohn J. Biol. Chem. 2003 278 44626
4. M. Prescott M. Ling T. Beddoe A. J. Oakley S. Dove O. Hoegh-Guldberg R. J. Devenish J. Rossjohn Structure 2003 11 275
5. P. G. Wilmann J. Petersen A. Pettikiriarachchi A. M. Buckle S. C. Smith S. Olsen M. A. Perugini R. J. Devenish M. Prescott J. Rossjohn J. Mol. Biol. 2005 349 223
6. A. Schenk S. Ivanchenko C. Rocker J. R. Wiedenmann G. U. Nienhaus Biophys. J. 2004 86 384
7. V. V. Verkhusha K. A. Lukyanov Nat. Biotechnol. 2004 22 289
8. W. W. Ward H. J. Prentice A. F. Roth C. W. Cody S. C. Reeves Photochem. Photobiol. 1982 35 803
9. G. S. Baird D. A. Zacharias R. Y. Tsien Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 11984
10. D. Q. Xie J. Zeng J. Comput. Chem. 2005 26 1487
11. J. L. Tubbs J. A. Tainer E. D. Getzoff Biochemistry 2005 44 9833
12. A. F. Bell X. He R. M. Wachter P. J. Tonge Biochemistry 2000 39 4423
13. A. A. Voityuk A. D. Kummer M. E. Michel-Beyerle N. Rosch Chem. Phys. 2001 269 83
14. V. Helms C. Winstead P. W. Langhoff J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000 506 179
15. A. K. Das J. Y. Hasegawa T. Miyahara M. Ehara H. Nakatsuji J. Comput. Chem. 2003 24 1421
16. M. A. L. Marques X. Lopez D. Varsano A. Castro A. Rubio Phys. Rev. Lett. 2003 90 258101
17. J. El Yazal F. G. Prendergast D. E. Shaw Y.-P. Pang J. Am. Chem. Soc. 2000 122 11411
18. L. V. Schafer G. Groenhof M. Boggio-Pasqua M. A. Robb H. Grubmuller PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000034
19. X. He A. F. Bell P. J. Tonge Org. Lett. 2002 4 1523
20. S. Boye H. Krogh I. B. Nielsen S. B. Nielsen S. U. Pedersen U. V. Pedersen L. H. Andersen A. F. Bell X. He P. J. Tonge Phys. Rev. Lett. 2003 90 118103
21. S. Olsen M. Prescott P. Wilmann J. Battad J. Rossjohn S. C. Smith Chem. Phys. Lett. 2006 420 507
22. K. A. Lukyanov D. M. Chudakov S. Lukyanov V. V. Verkhusha Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005 6 885
23. R. Ando H. Mizuno A. Miyawaki Science 2004 306 1370
24. D. C. Loos S. Habuchi C. Flors J. I. Hotta J. R. Wiedenmann G. U. Nienhaus J. Hofkens J. Am. Chem. Soc. 2006 128 6270
25. L. V. Schafer G. Groenhof A. R. Klingen G. M. Ullmann M. Boggio-Pasqua M. A. Robb H. Grubmuller Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 530
26. F. Masera K. Morokuma J. Comput. Chem. 1995 16 1170
27. D. Yarbrough R. M. Wachter K. Kallio M. V. Matz S. J. Remington Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 462
28. K. Nienhaus H. Nar R. Heilker J. Wiedenmann G. U. Nienhaus J. Am. Chem. Soc. 2008 130 12578
29. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. J. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179
30. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785
31. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098
32. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
33. W. J. Hehre R. Ditchfield J. A. Pople J. Chem. Phys. 1972 56 2257
34. M. M. Francl W. J. Pietro W. J. Hehre J. S. Binkley M. S. Gordon D. J. DeFrees J. A. Pople J. Chem. Phys. 1982 77 3654
35. V. A. Rassolov J. A. Pople M. A. Ratner T. L. Windus J. Chem. Phys. 1998 109 1223
36. A. D. McLean G. S. Chandler J. Chem. Phys. 1980 72 5639
37. R. Krishnan J. S. Binkley R. Seeger J. A. Pople J. Chem. Phys. 1980 72 650
38. J. P. Perdew J. A. Chevary S. H. Vosko K. A. Jackson M. R. Pederson D. J. Singh C. Fiolhais Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1992 46 6671
39. J. P. Perdew J. A. Chevary S. H. Vosko K. A. Jackson M. R. Pederson D. J. Singh C. Fiolhais Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1993 48 4978
40. J. P. Perdew K. Burke Y. Wang Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1996 54 16533
41. J. P. Perdew Y. Wang Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1992 45 13244
42. M. Head-Gordon J. A. Pople M. J. Frisch Chem. Phys. Lett. 1988 153 503
43. M. J. Frisch M. Head-Gordon J. A. Pople Chem. Phys. Lett. 1990 166 275
44. M. J. Frisch M. Head-Gordon J. A. Pople Chem. Phys. Lett. 1990 166 281
45. M. E. Casida C. Jamorski K. C. Casida D. R. Salahub J. Chem. Phys. 1998 108 4439
46. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865
47. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1997 78 1396
48. D. Bakowies W. Thiel J. Phys. Chem. 1996 100 10580
49. L. D. Zhang D. Q. Xie J. Zeng J. Theor. Comput. Chem. 2006 5 375
50. S. C. Olsen, PhD Thesis, University of Illinois at Urbana-Champaign, 2004
51. W. Z. Yan L. D. Zhang D. Q. Xie J. Zeng J. Phys. Chem. B 2007 111 14055
52. S. Olsen S. C. Smith J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2054
53. M. E. Martin F. Negri M. Olivucci J. Am. Chem. Soc. 2004 126 5452
54. P. Altoe F. Bernardi M. Garavelli G. Orlandi F. Negri J. Am. Chem. Soc. 2005 127 3952
55. D. Shcherbin K. Ruud Chem. Phys. 2008 349 234
56. T. Yanai D. P. Tew N. C. Handy Chem. Phys. Lett. 2004 393 51
57. J. A. Gascon S. S. F. Leung E. R. Batista V. S. Batista J. Chem. Theory Comput. 2006 2 175
58. J. A. Gascon V. S. Batista Biophys. J. 2004 87 2931
59. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision D.01), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
60. S. Boye S. B. Nielsen H. Krogh I. B. Nielsen U. V. Pedersen A. F. Bell X. He P. J. Tonge L. H. Andersen Phys. Chem. Chem. Phys. 2003 5 3021
61. J. A. Sniegowski M. E. Phail R. M. Wachter Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005 332 657
62. R. Y. Tsien Annu. Rev. Biochem. 1998 67 509
63. D. P. Barondeau C. D. Putnam C. J. Kassmann J. A. Tainer E. D. Getzoff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12111
64. B. Grigorenko A. Savitsky I. Topol S. Burt A. Nemukhin Chem. Phys. Lett. 2006 424 184
65. B. Grigorenko A. Savitsky I. Topol S. Burt A. Nemukhin J. Phys. Chem. B 2006 110 18635