Optimizing the detergent concentration conditions for immunoprecipitation (IP) coupled with LC-MS/MS identification of interacting proteins

Analyst

Volumn 134, Issue 4, 2009, Pages 755-762

  Yang, Li ^a   Zhang, Haizhen ^a   Bruce, James E ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DETERGENT;

ARTICLE; CONCENTRATION (PARAMETERS); IMMUNOPRECIPITATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; SALAMANDER;

EID: 67149114973     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b813335b     Document Type: Article

References (38)

1. L. Giot J. S. Bader C. Brouwer A. Chaudhuri B. Kuang Y. Li Y. L. Hao C. E. Ooi B. Godwin E. Vitols G. Vijayadamodar P. Pochart H. Machineni M. Welsh Y. Kong B. Zerhusen R. Malcolm Z. Varrone A. Collis M. Minto S. Burgess L. McDaniel E. Stimpson F. Spriggs J. Williams K. Neurath N. Ioime M. Agee E. Voss K. Furtak R. Renzulli N. Aanensen S. Carrolla E. Bickelhaupt Y. Lazovatsky A. DaSilva J. Zhong C. A. Stanyon R. L. Finley, Jr. K. P. White M. Braverman T. Jarvie S. Gold M. Leach J. Knight R. A. Shimkets M. P. McKenna J. Chant J. M. Rothberg Science (New York, NY) 2003 302 1727 1736
2. S. Li C. M. Armstrong N. Bertin H. Ge S. Milstein M. Boxem P. O. Vidalain J. D. Han A. Chesneau T. Hao D. S. Goldberg N. Li M. Martinez J. F. Rual P. Lamesch L. Xu M. Tewari S. L. Wong L. V. Zhang G. F. Berriz L. Jacotot P. Vaglio J. Reboul T. Hirozane-Kishikawa Q. Li H. W. Gabel A. Elewa B. Baumgartner D. J. Rose H. Yu S. Bosak R. Sequerra A. Fraser S. E. Mango W. M. Saxton S. Strome S. Van Den Heuvel F. Piano J. Vandenhaute C. Sardet M. Gerstein L. Doucette-Stamm K. C. Gunsalus J. W. Harper M. E. Cusick F. P. Roth D. E. Hill M. Vidal Science (New York, NY) 2004 303 540 543
3. N. J. Krogan G. Cagney H. Yu G. Zhong X. Guo A. Ignatchenko J. Li S. Pu N. Datta A. P. Tikuisis T. Punna J. M. Peregrin-Alvarez M. Shales X. Zhang M. Davey M. D. Robinson A. Paccanaro J. E. Bray A. Sheung B. Beattie D. P. Richards V. Canadien A. Lalev F. Mena P. Wong A. Starostine M. M. Canete J. Vlasblom S. Wu C. Orsi S. R. Collins S. Chandran R. Haw J. J. Rilstone K. Gandi N. J. Thompson G. Musso P. St Onge S. Ghanny M. H. Lam G. Butland A. M. Altaf-Ul S. Kanaya A. Shilatifard E. O'Shea J. S. Weissman C. J. Ingles T. R. Hughes J. Parkinson M. Gerstein S. J. Wodak A. Emili J. F. Greenblatt Nature 2006 440 637 643
4. A. C. Gavin P. Aloy P. Grandi R. Krause M. Boesche M. Marzioch C. Rau L. J. Jensen S. Bastuck B. Dumpelfeld A. Edelmann M. A. Heurtier V. Hoffman C. Hoefert K. Klein M. Hudak A. M. Michon M. Schelder M. Schirle M. Remor T. Rudi S. Hooper A. Bauer T. Bouwmeester G. Casari G. Drewes G. Neubauer J. M. Rick B. Kuster P. Bork R. B. Russell G. Superti-Furga Nature 2006 440 631 636
5. E. M. Marcotte M. Pellegrini H. L. Ng D. W. Rice T. O. Yeates D. Eisenberg Science (New York, NY) 1999 285 751 753
6. E. M. Phizicky S. Fields Microbiological reviews 1995 59 94 123
7. A. C. Gingras M. Gstaiger B. Raught R. Aebersold Nature reviews 2007 8 645 654
8. I. Goncalves T. Quintela G. Baltazar M. R. Almeida M. J. Saraiva C. R. Santos Biochemistry 2008
9. S. L. Cousins M. Papadakis A. R. Rutter F. A. Stephenson Journal of neurochemistry 2008 104 903 913
10. M. Kypriotou G. Beauchef C. Chadjichristos R. Widom E. Renard S. A. Jimenez J. Korn F. X. Maquart T. Oddos O. Von Stetten J. P. Pujol P. Galera The Journal of biological chemistry 2007 282 32000 32014
11. J. Lennartsson P. Wardega U. Engstrom U. Hellman C. H. Heldin The Journal of biological chemistry 2006 281 39152 39158
12. A. Calzolari C. Raggi S. Deaglio N. M. Sposi M. Stafsnes K. Fecchi I. Parolini F. Malavasi C. Peschle M. Sargiacomo U. Testa Journal of cell science 2006 119 4486 4498
13. A. Vazquez A. Flammini A. Maritan A. Vespignani Nature biotechnology 2003 21 697 700
14. A. J. M. Walhout S. J. Boulton M. Vidal Yeast 2000 17 88 94
15. T. Ito K. Tashiro S. Muta R. Ozawa T. Chiba M. Nishizawa K. Yamamoto S. Kuhara Y. Sakaki Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2000 97 1143 1147
16. L. Guillaud R. Wong N. Hirokawa Nature cell biology 2008 10 19 29
17. E. Richler S. Chaumont E. Shigetomi A. Sagasti B. S. Khakh Nature methods 2008 5 87 93
18. R. M. de Wildt C. R. Mundy B. D. Gorick I. M. Tomlinson Nature biotechnology 2000 18 989 994
19. T. Xia C. Dimitropoulou J. Zeng G. N. Antonova C. Snead R. C. Venema D. Fulton S. Qian C. Patterson A. Papapetropoulos J. D. Catravas American journal of physiology 2007 293 H3080 3087
20. A. Cote-Martin C. Moody A. Fradet-Turcotte C. M. D'Abramo M. Lehoux S. Joubert G. G. Poirier B. Coulombe L. A. Laimins J. Archambault Journal of virology 2008 82 1271 1283
21. I. W. McKinnell J. Ishibashi F. Le Grand V. G. Punch G. C. Addicks J. F. Greenblatt F. J. Dilworth M. A. Rudnicki Nature cell biology 2008 10 77 84
22. X. Guan A. Madabushi D. Y. Chang M. E. Fitzgerald G. Shi A. C. Drohat A. L. Lu Nucleic acids research 2007 35 6207 6218
23. H. A. Lu T. X. Sun T. Matsuzaki X. H. Yi J. Eswara R. Bouley M. McKee D. Brown The Journal of biological chemistry 2007 282 28721 28732
24. C. D. Venkatakrishanan K. Dunsmore H. Wong S. Roy C. K. P. Sen A. Wani J. L. Zweier G. P. Ilangovan American journal of physiology 2008
25. I. H. Cukier Y. Li J. M. Lee FEBS letters 2007 581 1661 1672
26. X. Tang G. R. Munske W. F. Siems J. E. Bruce Analytical chemistry 2005 77 311 318
27. G. Lemercier S. Gendreizig M. Kindermann K. Johnsson Angewandte Chemie (International ed) 2007 46 4281 4284
28. H. Zhang X. Tang G. R. Munske N. Zakharova L. Yang C. Zheng M. A. Wolff N. Tolic G. A. Anderson L. Shi M. J. Marshall J. K. Fredrickson J. E. Bruce Journal of proteome research 2008
29. M. H. Kuo C. D. Allis Methods (San Diego, CA 1999 19 425 433
30. M. H. Doolittle O. Ben-Zeev Methods in molecular biology (Clifton, NJ) 1999 109 215 237
31. O. J. Bjerrum Biochimica et biophysica acta 1977 472 135 195
32. E. Portelius A. J. Tran U. Andreasson R. Persson G. Brinkmalm H. Zetterberg K. Blennow A. Westman-Brinkmalm J Proteome Res 2007
33. B. K. Phee D. H. Shin J. H. Cho S. H. Kim J. I. Kim Y. H. Lee J. S. Jeon S. H. Bhoo T. R. Hahn Proteomics 2006 6 3671 3680
34. J. S. Bonifacino, E. C. Dell'Angelica and T. A. Springer, Current protocols in molecular biology, 2001, ch. 10, unit 10.16
35. N. E. Williams Methods Cell Biol 2000 62 449 453
36. H. Everberg T. Leiding A. Schioth F. Tjerneld N. Gustavsson Journal of chromatography 2006 1122 35 46
37. G. Zhang T. A. Neubert Proteomics 2006 6 571 578
38. X. Tang W. Yi G. R. Munske D. P. Adhikari N. L. Zakharova J. E. Bruce Journal of proteome research 2007 6 724 734