Coarse-grained molecular dynamics study of cyclic peptide nanotube insertion into a lipid bilayer

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 113, Issue 16, 2009, Pages 4780-4787

  Hwang, Hyonseok ^a   Schatz, George C ^b   Ratner, Mark A ^b  

^a Kangwon National University   (South Korea)

^b NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIBACTERIAL AGENT; BILAYER PLANE; COARSE-GRAINED; COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS; CYCLIC PEPTIDES; ION CHANNEL; LIPID MOLECULES; LONG AXIS; MD SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; STATIC AND DYNAMIC; WATER TRANSPORT;

AMINES; CELL MEMBRANES; CYTOLOGY; DYNAMICS; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS; NANOTUBES; PEPTIDES;

SIMULATORS;

CYCLOPEPTIDE; DIPALMITOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; N,N' DIPHENYL 4 PHENYLENEDIAMINE; N,N'-DIPHENYL-4-PHENYLENEDIAMINE; NANOTUBE; PHENYLENEDIAMINE DERIVATIVE; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; LIPID BILAYER; METABOLISM; TIME;

1,2-DIPALMITOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; LIPID BILAYERS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; NANOTUBES; PEPTIDES, CYCLIC; PHENYLENEDIAMINES; TIME FACTORS; WATER;

EID: 65649116526     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8080657     Document Type: Article

References (40)

1. Ghadiri, M. R.; Granja, J. R.; Milligan, R. A.; McRee, D. E.; Khazanovich, N. Nature 1993, 366, 324.
2. Ghadiri, M. R.; Granja, J. R.; Buehler, L. K. Nature 1994, 369. 301.
3. Ghadiri, M. R.; Kobayashi, K.; Granja, J. R.; Chadha, R. K.; McRee, D. E. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1995, 34, 93.
4. Motesharei, K.; Ghadiri, M. R. J. Am Chem. Soc. 1997, 119,11306.
5. Kim, H. S.; Hartgerink, J. D.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4417.
6. Hartgerink, J. D.; Clark, T. D.; Ghadiri, M. R. Chem. Eur. J. 1998, 4, 1367.
7. Sanchez-Quesada, J.; Kim, H. S.; Ghadiri, M. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 2503.
8. Fernadez-Lopez, S.; Kim, H. S.; Choi, E. C.; Delgado, M.; Granja, J. R.; Khasanov, A.; Kraehenbuehl, K.; Long, G.; Weinberger, D. A.; Wilcoxen, K. M.; Ghadiri, M. R. Nature 2001, 412, 452.
9. Horne, W. S.; Wiethoff, C. M.; Cui, C. L.; Wilcoxen, K. M.; Amorin, M.; Ghadiri, M. R.; Nemerow, G. R. Bioorg. Med. Chem. 2005, 13, 5145.
10. Engels, M.; Bashford, D.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9151.
11. Smith, G. R.; Sansom, S. P. Biophys. J. 1998, 75, 2767.
12. Allen, T. W.; Kuyucak, S.; Chung, S.-H. Biophys. J. 1999, 77, 2502.
13. Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 117.
14. Hwang, H.; Schatz, G. C.; Ratner, M. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6999.
15. Shelly, J. C.; Shelly, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4464.
16. Shelly, J. C.; Shelly, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Moore, P. B.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 9785.
17. Stevens, M. J. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 188102.
18. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750.
19. Nielsen, S. O.; Lopez, C. F.; Srinivas, G.; Klein, M. L. J. Phys.: Condens. Matter 2004, 16, R481.
20. Nielsen, S. O.; Ensing, B.; Ortiz, V.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Biophys. J. 2005, 88, 3822.
21. Lopez, C. F.; Nielsen, S. O.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. 2004, 101, 4431.
22. Lopez, C. F.; Nielsen, S. O.; Ensing, B.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Biophys. J. 2005, 88, 3083.
23. Markvoort, A. J.; Pieterse, K.; Steijaert, M. N.; Spijker, P.; Hilbers, P. A. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 22649.
24. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B. 2005, 109, 2469.
25. Shi, Q.; Voth, G. A. Biophys. J. 2005, 89, 2385.
26. Venturoli, M.; Smit, B.; Sperotto, M. Biophys. J. 2005, 88, 1778.
27. Venturoli, M.; Sperotto, M. M.; Kranenburg, M.; Smit, B. Phys. Rep. 2006, 437,1.
28. Lee, H.; Larson, R. G. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18204.
29. Shih, A. Y.; Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3674.
30. Shih, A. Y.; Freddolino, P. L.; Arkhipov, A.; Schulten, K. J. Struct. Biol. 2007, 157, 579.
31. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2697.
32. Smeijers, A. F.; Pieterse, K.; Markvoort, A. J.; Hilbers, P. A. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13614.
33. Shi, Q.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15045.
34. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819.
35. Treptow, W.; Marrink, S.-J.; Tarek, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3277.
36. Tarek, M.; Maigret, B.; Chipot, C. Biophys. J. 2003, 85, 2287.
37. Brovchenko, I.; Geiger, A.; Oleinikova, A.; Paschek, D. Eur. Phys. J. E 2003, 12, 69.
38. Kol, M. A.; van Laak, A. N. C.; Rijkers, D. T. S.; Killian, J. A.; de Kroon, A. I. P. M.; de Kruijff, B. Biochemistry 2003, 42, 231.
39. Kandasamy, S. K.; Larson, R. G. Biophys. J. 2006, 90, 2326.
40. Lee, J.; Im, W. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 018103.