Protein influence on electronic spectra modeled by multipoles and polarizabilities

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 3, 2009, Pages 649-658

  Söderhjelm, Pär ^a   Husberg, Charlotte ^a   Strambi, Angela ^b   Olivucci, Massimo ^b   Ryde, Ulf ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

^b UNIVERSITY OF SIENA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 65349179259     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct800459t     Document Type: Article

References (52)

1. Öhrn, A.; Karlström, G. Mol. Phys. 2006, 104, 3087-3099.
2. Pierloot, K.; De Kerpel, J. O. A.; Ryde, U.; Roos, B. O. J. Am. Chem. Soc. 1997, 199, 218-226.
3. Rajamani, R.; Gao, J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 96-105.
4. Yamada, A.; Kakitani, T.; Yamamoto, S.; Yamato, T. Chem. Phys. Lett. 2002, 366, 670-675.
5. Hayashi, S.; Ohime, I. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10678- 10691.
6. Hayashi, S.; Tajkhorshid, E.; Pebay-Peyroula, E.; Royant, A.; Landau, E. M.; Navarro, J.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 10124-10131.
7. Hayashi, S.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Biophys. J. 2002, 83, 1281-1297.
8. Fujimoto, K.; Jun-ya, H.; Hayashi, S.; Shigeki, K.; Nakatsuji, H. Chem. Phys. Lett. 2005, 414, 239-242.
9. Hoffmann, M.; Wanko, M.; Strodel, P.; König, P. H.; Frauenhiem, T.; Schulten, K.; Thiel, W.; Tajkhorshid, E.; Elstner, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10808-10818.
10. Coto, P. B.; Strambi, A.; Ferré, N.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 17154-17159.
11. Strambi, A.; Coto, P. B.; Ferré, N.; Olivucci, M. Theor. Chem. Acc. 2007, 118, 185-191.
12. Bravaya, K.; Bochenkova, A.; Granovsky, A.; Nemukhin, A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13035-13042.
13. Warshel, A.; Chu, Z. T.; Hwang, J.-K. Chem. Phys. 1991, 158, 303-314.
14. Warshel, A.; Chu, Z. T. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9857- 9871.
15. Thompson, M. A.; Schenter, G. K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6374-6386.
16. Houjou, H.; Inoue, Y.; Sakurai, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 867-879.
17. Matsuura, A.; Sato, H.; Houjou, H.; Saito, S.; Hyashi, T.; Sakurai, M. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1623-1630.
18. Ren, L.; Martin, C. H.; Wise, K. J.; Gillespie, N. B.; Luecke, H.; Lanyi, J.; Spudich, J. L.; Birge, R. R. Biochemistry 2001, 40, 13906-13914.
19. Houjou, H.; Inoue, Y.; Sakurai, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4459-4470.
20. Luzhkov, V.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4491-4499.
21. Krauss, M. Comput. Chem. 1995, 19, 199-204.
22. Wanko, M.; Hoffmann, M.; Strodel, P.; Kozlowski, A.; Thiel, W.; Neese, F.; Frauenheim, T.; Elstner, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3606-3615.
23. Kochendoerfer, G. G.; Lin, S. W.; Sakmar, T. T.; Mathies, R. A. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 300-305.
24. Sakmar, T. P.; Franke, R. R.; Khorana, H. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8309-8313.
25. Han, W.; Lin, S. W.; Smith, S. O.; Sakmar, T. P. J. Biol. Chem. 1996, 271, 32330-32336.
26. Hurley, J. B.; Ebrey, T. G.; Honig, B.; Ottolenghi, M. Nature 1977, 270, 540-542.
27. Teller, D. C.; Okada, T.; Behnke, C. A.; Palczewski, K.; Stenkamp, R. E. Biochemistry 2001, 40, 7761-7772.
28. Okada, T.; Sugihara, M.; Bondar, A. N.; Elstner, M.; Entel, P.; Buss, V. J. Mol. Biol. 2004, 342, 571-583.
29. Andruniów, T.; Ferré, N.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 52, 17908-17913.
30. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620-9631.
31. Fahmy, K.; Jager, F.; Beck, M.; Zvyaga, T. A.; Sakmar, T. P.; Siebert, F. Proc. Natnl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 10206- 10210.
32. Roos, B. O.; Taylor, P. R. Chem. Phys. 1980, 48, 157-173.
33. Andersson, K.; Malmqvist, P.-Å.; Roos, B. O.; Sadlej, A. J.; Wolinski, K. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5483-5488.
34. Andersson, K.; Malmqvist, P.-Å.; Roos, B. O. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1218-1226.
35. Ghigo, G.; Roos, B. O.; Malmqvist, P.-Å. Chem. Phys. Lett. 2004, 396, 142-149.
36. Karlström, G.; Lindh, R.; Malmqvist, P.-Å.; Roos, B. O.; Ryde, U.; Veryazov, V.; Widmark, P.-O.; Cossi, M.; Schimmelpfennig, B.; Neogrady, P.; Seijo, L. Comput. Mater. Sci. 2003, 28, 222-239.
37. Luzhkov, V.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4491-4499.
38. Gao, J.; Byun, K. Theor. Chem. Acc. 1997, 96, 151-156.
39. Poulsen, T. D.; Kongsted, J.; Osted, A.; Ogilby, P. R.; Mikkelsen, K. V. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2393-2400.
40. Gagliardi, L.; Lindh, R.; Karlström, G. J. Chem. Phys. 2004, 121, 4494-4450.
41. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213-222.
42. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372-1377.
43. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023.
44. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599-3605.
45. Söderhjelm, P.; Ryde, U. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 617- 627.
46. Kandori, H.; Schichida, Y.; Yoshisawa, T. Biochemistry
47. (Moscow) 2001, 66, 1197-1209.
48. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012.
49. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
50. Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1048-1057.
51. Giese, T. J.; York, D. M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9903- 9906.
52. Söderhjelm, P.; Krogh, J. W.; Karlström, G.; Ryde, U.; Lindh, R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1083-1090.