Molecular basis for the ph dependent structural transition of nitrophorin 4

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 7, 2009, Pages 2135-2142

  Martí, Marcelo A ^a   Estrin, Dario A ^a   Roitberg, Adrián E ^b  

^a UNIVERSIDAD DE BUENOS AIRES   (Argentina)

^b Departamento De Química Biológica Facultad de Ciencias Exactas Y Naturales UniVersidad De Buenos Aires ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PH; PORPHYRINS;

ACTIVATED CONFORMATIONS; ALLOSTERIC TRANSITIONS; ALLOSTERY; CONFORMATIONAL CHANGES; CONFORMATIONAL ENSEMBLES; CONFORMATIONAL FREE ENERGIES; EQUILIBRIUM STATE; FREE ENERGY LANDSCAPES; HEME PROTEINS; MD SIMULATIONS; MOLECULAR BASIS; NITROPHORIN-4; PH CONDITIONS; PH DEPENDENTS; PROTONATION STATE; STABLE STATE; STRUCTURAL CHANGES; STRUCTURAL TRANSITIONS; THEORETICAL FRAMEWORKS;

FREE ENERGY;

HEMOPROTEIN; NITROPHORIN; SALIVA PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; PH; PROTEIN CONFORMATION;

COMPUTER SIMULATION; HEMEPROTEINS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; MODELS, CHEMICAL; PROTEIN CONFORMATION; SALIVARY PROTEINS AND PEPTIDES;

EID: 65349143130     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp808055e     Document Type: Article

References (41)

1. Formaneck, M. S.; Ma, L.; Cui, Q. Proteins 2006, 63, 846.
2. Ma, L.; Cui, Q. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10261.
3. Szabo, A.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1972, 72, 163.
4. Monod, J.; Wyman, J.; Changeux, J. P. J. Mol. Biol. 1965, 12, 88.
5. Perutz, M. F. Nature 1970, 228, 726.
6. Yu, E. W.; Koshland, D. E. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 9517.
7. Kern, D.; Zuiderweg, E. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 748.
8. Swain, J. F.; Gierasch, L. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 102.
9. Xu, C.; Tobi, D.; Bahar, I. J. Mol. Biol. 2003, 333, 153.
10. Tama, F.; Sanejouand, Y. H. Protein Eng. 2001, 14, 1.
11. Tousignant, A.; Pelletier, J. N. Chem. Biol. 2004, 11, 1037.
12. Yang, L.-W.; Bahar, I. Structure (London) 2005, 13, 893.
13. Frauenfelder, H.; Fenimore, P. W.; Young, R. D. IUBMB Life 2007, 59, 506.
14. Bahar, I.; Atilgan, A. R.; Erman, B. Folding Des. 1997, 2, 173.
15. Yang, L.-W.; Eyal, E.; Chennubhotla, C.; Jee, J.; Gronenborn, A. M.; Bahar, I. Structure 2007, 15, 741.
16. Go, N.; Noguti, T.; Nishikawa, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 3696.
17. Levitt, M.; Sander, C.; Stern, P. S. J. Mol. Biol. 1985, 181, 423.
18. Andrea Amadei, A. B. M. L. H. J. C. B. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1993, 17, 412.
19. Rueda, M.; Ferrer-Costa, C.; Meyer, T.; Pérez, A.; Camps, J.; Hospital, A.; GelpÍ, J. L.; Orozco, M. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 796.
20. Montfort, W. R.; Weichsel, A.; Andersen, J. F. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1482, 110.
21. Ribeiro, J. M. C.; Hazzard, J. M. H.; Nussenzveig, R. H.; Champagne, D. E.; Walker, F. A. Science 1993, 260, 539.
22. Champagne, D. E.; Nussenzveig, R. H.; Ribeiro, J. M. C. J. Biol. Chem. 1995, 270, 8691.
23. Andersen, J. F.; Ding, X. D.; Balfour, C.; Shokhireva, T. K.; Champagne, D. E.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2000, 39, 10118.
24. Andersen, J. F.; Montfort, W. R. J. Biol. Chem. 2000, 275, 30496.
25. Andersen, J. F.; Weichsel, A.; Balfour, C. A.; Champagne, D. E.; Montfort, W. R. Structure 1998, 6, 1315.
26. Weichsel, A.; Andersen, J. F.; Champagne, D. E.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 304.
27. Andersen, J. F.; Champagne, D. E.; Weichsel, A.; Ribeiro, J. M. C.; Balfour, C. A.; Dress, V.; Montfort, W. R. Biochemistry 1997, 36, 4423.
28. Ribeiro, J. M. C.; Nussenzveig, R. H. FEBS Lett. 1993, 330, 165.
29. Flower, D. R.; North, A. C. T.; Sansom, C. E. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1482, 9.
30. Kondrashov, D. A.; Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2004, 43, 13637.
31. Maes, E. M.; Weichsel, A.; Andersen, J. F.; Shepley, D.; Montfort, W. R. Biochemistry 2004, 43, 6679.
32. Kondrashov, D. A.; Montfort, W. R. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9244.
33. Marti, M. A.; Lebrero, M. C. G.; Roitberg, A. E.; Estrin, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 1611.
34. Maes, E. M.; Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2005, 44, 12690.
35. Menyhárd, D. K.; Keserü, G. M. FEBS Lett. 2005, 579, 5392.
36. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
37. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
38. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2006, 65, 712.
39. Marti, M. A.; Crespo, A.; Capece, L.; Boechi, L.; Bikiel, D. E.; Scherlis, D. A.; Estrin, D. A. J. Inorg. Biochem. 2006, 100, 761.
40. Bikiel, D. E.; Boechi, L.; Capece, L.; Crespo, A.; De Biase, P. M.; Di Lella, S.; Gonzalez Lebrero, M. C.; Marti, M. A.; Nadra, A. D.; Perissinotti, L. L.; Scherlis, D. A.; Estrin, D. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 5611.
41. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham Iii, T. E.; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.