Degradation of chitosans with chitinase G from streptomyces coelicolor A3(2): Production of chito-oligosaccharides and insight into subsite specificities

Biomacromolecules

Volumn 10, Issue 4, 2009, Pages 892-899

  Heggset, Ellinor B ^a   Hoell, Ingunn A ^b   Kristoffersen, Marius ^a   Eijsink, Vincent G H ^b   Vårum, Kjell M ^a  

^a NORWEGIAN UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Norway)

^b NORWEGIAN UNIVERSITY OF LIFE SCIENCES   (Norway)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLATION; BACTERIOLOGY; BIOLOGICAL MEMBRANES; CHITIN; CHITOSAN; DEGRADATION; GELATION; HYDROGELS; OLIGOMERS; OLIGOSACCHARIDES; POLYMERS; SUGAR (SUCROSE);

ACETYLATED CHITOSANS; CHITINASE; CHITINASES; DEGREES OF ACETYLATIONS; GEL FILTRATIONS; GLYCOSIDIC LINKAGES; KINETIC PHASE; MAXIMUM DEGREES; MODE OF ACTIONS; NEAREST NEIGHBORS; REDUCING ENDS; STREPTOMYCES COELICOLOR A3(2); SUBSITES; SUGAR UNITS;

MULTILAYERS;

CHITINASE; CHITOSAN; OLIGOMER; OLIGOSACCHARIDE; SUGAR; BIOMATERIAL;

ACETYLATION; BACTERIAL STRAIN; CARBOHYDRATE ANALYSIS; CARBOHYDRATE METABOLISM; CARBOHYDRATE SYNTHESIS; CONFERENCE PAPER; CONTROLLED STUDY; DEACETYLATION; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYME ACTIVITY; ENZYME BINDING; ENZYME SPECIFICITY; GEL FILTRATION; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN CLEAVAGE; REDUCTION; STREPTOMYCES COELICOLOR; ANIMAL; CHEMISTRY; DECAPODA (CRUSTACEA); ENZYMOLOGY; GEL CHROMATOGRAPHY; ISOLATION AND PURIFICATION; METABOLISM; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

BACTERIA (MICROORGANISMS); STREPTOMYCES COELICOLOR;

ACETYLATION; ANIMALS; BIOCOMPATIBLE MATERIALS; CHITINASE; CHITOSAN; CHROMATOGRAPHY, GEL; DECAPODA (CRUSTACEA); MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; OLIGOSACCHARIDES; STREPTOMYCES COELICOLOR; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 65249175634     PISSN: 15257797     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/bm801418p     Document Type: Conference Paper

References (59)

1. Vårum, K. M.; Smidsr0d, O. In Polysaccharides: Structural Diversity and Functional Versatility; Dumitriu, S., Ed.; Marcel Dekker: New York, 2005; pp 625-642.
2. Einbu, A.; Vårum, K. M. Biomacromolecules 2008, 9, 1870-1875.
3. Roberts, G. A. F. Chitin Chemistry; The Macmillan Press: Houndmills, U.K., 1992.
4. Vårum, K. M.; Ott0y, M. H.; Smidsr0d, O. Carbohydr. Polym. 1994, 25, 65-70.
5. Kristiansen, A.; Vårum, K. M.; Grasdalen, H. Carbohydr. Res. 1996, 289, 143-150.
6. Nordtveit, R. J.; Vårum, K. M.; Smidsrød, O. Carbohydr. Polym. 1994, 23, 253-260.
7. Vårum, K. M.; Holme, H. K.; Izume, M.; Stokke, B. T.; Smidsrød, ø. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1291, 5-15.
8. Schipper, N. G. M.; Vårum, K. M.; Artursson, P. Pharm. Res. 1996, 13, 1686-1692.
9. Schipper, N. G.; Olsson, S.; Hoogstraate, J. A.; deBoer, A. G.; Vårum, K. M.; Artursson, P. Pharm. Res. 1997, 14, 923-929.
10. Strand, S. P.; Danielsen, S.; Christensen, B. E.; Vårum, K. M. Biomacromolecules 2005, 6, 3357-3366.
11. Strand, S. P.; Issa, M. M.; Christensen, B. E.; Vårum, K. M.; Artursson, P. Biomacromolecules 2008, 9, 3268-3276.
12. Köping-Höggård, M.; Vårum, K. M.; Issa, M.; Danielsen, S.; Chris- tensen, B. E.; Stokke, B. T.; Artursson, P. Gene Ther. 2004, 11, 1441-1452.
13. Köping-Höggård, M.; Tubulekas, I.; Guan, H.; Edwards, K.; Nilsson, M.; Vårum, K. M.; Artursson, P. Gene Ther. 2001, 8, 1108-1121.
14. Kurita, K.; Sannan, T.; Iwakura, Y. Macromol. Chem. 1977, 178, 3197-3202.
15. Vårum, K. M.; Anthonsen, M. W.; Grasdalen, H.; Smidsrød, O. Carbohydr. Res. 1991, 211, 17-23.
16. Vårum, K. M.; Anthonsen, M. W.; Grasdalen, H.; Smidsrød, O. Carbohydr. Res. 1991, 217, 19-27.
17. Coutinho, P. M.; Henrissat, B. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 1999, 1, 307-308.
18. Davies, G.; Henrissat, B. Structure 1995, 3, 853-859.
19. Cantarel, B. L.; Coutinho, P. M.; Rancurel, C.; Bernard, T.; Lombard, V.; Henrissat, B. Nucleic Acids Res. 2009, 37, D0233-238.
20. Tews, I.; Terwisscha van Scheltinga, A. C.; Perrakis, A.; Wilson, K. S.; Dijkstra, B. W. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7954-7959.
21. Iseli, B.; Armand, S.; Boller, T.; Neuhaus, J. M.; Henrissat, B. FEBS Lett. 1996, 382, 186-188.
22. Terwisscha van Scheltinga, A. C.; Armand, S.; Kalk, K. H.; Isogai, A.; Henrissat, B.; Dijkstra, B. W. Biochemistry1995, 34, 15619-15623.
23. Sørbotten, A.; Horn, S. J.; Eijsink, V. G.; Vårum, K. M. FEBS J. 2005, 272, 538-549.
24. Eijsink, V. G.; Vaaje-Kolstad, G.; Vårum, K. M.; Horn, S. J. Trends Biotechnol. 2008, 26, 228-235.
25. Horn, S. J.; Sørbotten, A.; Synstad, B.; Sikorski, P.; Sørlie, M.; Vårum, K. M.; Eijsink, V. G. FEBS J. 2006, 273, 491-503.
26. Sikorski, P.; Sørbotten, A.; Horn, S. J.; Eijsink, V. G.; Vårum, K. M. Biochemistry 2006, 45, 9566-9574.
27. Sikorski, P.; Stokke, B. T.; Sorbotten, A.; Vårum, K. M.; Horn, S. J.; Eijsink, V. G. Biopolymers 2005, 77, 273-85.
28. Vander, P.; Vårum, K. M.; Domard, A.; Eddine El Gueddari, N.; Moerschbacher, B. M. Plant Physiol. 1998, 118, 1353-1359.
29. Bakkers, J.; Kijne, J. W.; Spaink, H. P., In Exs- Chitin andChitinases; Jolles, P., Muzzarelli, R. A. A., Eds.; Birkhauser Verlag: Basel, 1999; Vol. 87, pp 71-83.
30. Umemura, K.; Ogawa, N.; Koga, J.; Iwata, M.; Usami, H. Plant Cell Physiol. 2002, 43, 778-784.
31. Akiyama, K.; Kawazu, K.; Kobayashi, A. Z. Naturforsch., C: J. Biosci. 1995, 50, 391-397.
32. dos Santos, A. L. W.; El Gueddari, N. E.; Trombotto, S. p.; Moerschbacher, B. M. Biomacromolecules 2008, 9, 3411-3415.
33. Rubin, B. R.; Talent, J. M.; Kongtawelert, P.; Pertusi, R. M.; Forman, M. D.; Gracy, R. W. J. Am. Osteopath. Assoc. 2001, 101, 339-344.
34. Lee, H. W.; Park, Y. S.; Jung, J. S.; Shin, W. S. Anaerobe 2002, 8, 319-324.
35. Rahman, M. A.; Kumar, S. G.; Kim, S. W.; Hwang, H. J.; Baek, Y. M.; Lee, S. H.; Hwang, H. S.; Shon, Y. H.; Nam, K. S.; Yun, J. W. Proteomics 2008, 8, 569-581.
36. Shon, Y. H.; Park, I. K.; Moon, I. S.; Chang, H. W.; Park, I. K.; Nam, K. S. Biol. Pharm. Bull. 2002, 25, 1161-1164.
37. Fernandes, J. C.; Eaton, P.; Nascimento, H.; Belo, L. s.; Rocha, S.; Vitorino, R.; Amado, F.; Gomes, J.; Santos-Silva, A.; Pintado, M. E.; Malcata, F. X. Biomacromolecules 2008, 9, 3346-3352.
38. Ohno, T.; Armand, S.; Hata, T.; Nikaidou, N.; Henrissat, B.; Mitsutomi, M.; Watanabe, T. J. Bacteriol. 1996, 178, 5065-5070.
39. Saito, A.; Fujii, T.; Yoneyama, T.; Redenbach, M.; Ohno, T.; Watanabe, T.; Miyashita, K. Biosci., Biotechnol., Biochem. 1999, 63, 710-718.
40. Saito, A.; Ishizaka, M.; Francisco, P. B.; Fujii, T.; Miyashita, K. Microbiology 2000, 146, 2937-2946.
41. Bentley, S. D.; Chater, K. F.; Cerdeno-Tarraga, A. M.; Challis, G. L.; Thomson, N. R.; James, K. D.; Harris, D. E.; Quail, M. A.; Kieser, H.; Harper, D.; Bateman, A.; Brown, S.; Chandra, G.; Chen, C. W.; Collins, M.; Cronin, A.; Fraser, A.; Goble, A.; Hidalgo, J.; Hornsby, T.; Howarth, S.; Huang, C. H.; Kieser, T.; Larke, L.; Murphy, L.; Oliver, K.; O'Neil, S.; Rabbinowitsch, E.; Rajandream, M. A.; Rutherford, K.; Rutter, S.; Seeger, K.; Saunders, D.; Sharp, S.; Squares, R.; Squares, S.; Taylor, K.; Warren, T.; Wietzorrek, A.; Woodward, J.; Barrell, B. G.; Parkhill, J.; Hopwood, D. A. Nature 2002, 417, 141-147.
42. Watanabe, T.; Kanai, R.; Kawase, T.; Tanabe, T.; Mitsutomi, M.; Sakuda, S.; Miyashita, K. Microbiology 1999, 145 (Pt 12), 3353-3363.
43. Kezuka, Y.; Ohishi, M.; Itoh, Y.; Watanabe, J.; Mitsutomi, M.; Watanabe, T.; Nonaka, T. J. Mol. Biol. 2006, 358, 472-484.
44. Hoell, I. A.; Dalhus, B.; Heggset, E. B.; Aspmo, S. I.; Eijsink, V. G. FEBS J. 2006, 273, 4889-4900.
45. Hackman, R. H. Aust. J. Biol. Sci. 1954, 7, 168-178.
46. Sannan, T.; Kurita, K.; Iwakura, Y. Macromol. Chem. 1976, 177, 3589-3600.
47. Bradford, M. M. Anal. Biochem. 1976, 72, 248-254.
48. Mitsutomi, M.; Hata, T.; Kuwahara, T. J. Ferment. Bioeng. 1995, 80, 153-158.
49. Sasaki, C.; Vårum, K. M.; Itoh, Y.; Tamoi, M.; Fukamizo, T. Glycobiology 2006, 16, 1242-1250.
50. Huet, J.; Rucktooa, P.; Clantin, B.; Azarkan, M.; Looze, Y.; Villeret, V.; Wintjens, R. Biochemistry 2008, 47, 8283-8291.
51. Horn, S. J.; Sikorski, P.; Cederkvist, J. B.; Vaaje-Kolstad, G.; Sørlie, M.; Synstad, B.; Vriend, G.; Vårum, K. M.; Eijsink, V. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 18089-18094.
52. van Aalten, D. M.; Komander, D.; Synstad, B.; Gaseidnes, S.; Peter, M. G.; Eijsink, V. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 8979-8984.
53. Vaaje-Kolstad, G.; Horn, S. J.; van Aalten, D. M.; Synstad, B.; Eijsink, V. G. J. Biol. Chem. 2005, 280, 28492-28497.
54. Kawase, T.; Yokokawa, S.; Saito, A.; Fujii, T.; Nikaidou, N.; Miyashita, K.; Watanabe, T. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2006, 70, 988-998.
55. Seidl, V.; Huemer, B.; Seiboth, B.; Kubicek, C. P. FEBS J. 2005, 272, 5923-5939.
56. Itoh, Y.; Watanabe, J.; Fukada, H.; Mizuno, R.; Kezuka, Y.; Nonaka, T.; Watanabe, T. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2006.
57. Vårum, K. M.; Ott0y, M. H.; Smidsrød, O. Carbohydr. Polym. 2001, 46, 89-98.
58. Ishiguro, K.; Yoshie, N.; Sakurai, M.; Inoue, Y. Carbohydr. Res. 1992, 237, 333-338.
59. Davies, G. J.; Wilson, K. S.; Henrissat, B. Biochem. J. 1997, 321, 557-559.