Genome-scale reconstruction of the metabolic network in Yersinia pestis, strain 91001

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 4, 2009, Pages 368-375

  Navid, Ali ^a   Almaas, Eivind ^a  

^a LAWRENCE LIVERMORE NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; BACTERIAL GENE; BACTERIAL GENOME; CLASSIFICATION; GENETICS; METABOLISM; PHENOTYPE; THEORETICAL MODEL; YERSINIA PESTIS;

GENES, BACTERIAL; GENOME, BACTERIAL; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MODELS, THEORETICAL; PHENOTYPE; YERSINIA PESTIS;

NEGIBACTERIA; YERSINIA PESTIS;

EID: 62949176320     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b818710j     Document Type: Article

References (60)

1. R. Devignat Bull. W. H. O. 1951 4 247 263
2. A. Guiyoule F. Grimont I. Iteman P. A. Grimont M. Lefevre E. Carniel J. Clin. Microbiol. 1994 32 634 641
3. R. W. Titball S. E. Leary Br. Med. Bull. 1998 54 625 633
4. N. C. Stenseth B. B. Atshabar M. Begon S. R. Belmain E. Bertherat E. Carniel K. L. Gage H. Leirs L. Rahalison PLoS Med. 2008 5 e3
5. D. T. Dennis, in Emerging Infections, ed., W. M. C. Scheld, W. A. Hughes, and, J. M., ASM Press, Washington, DC, editon edn, 1998, vol. 2, pp. 169-183
6. M. Galimand A. Guiyoule G. Gerbaud B. Rasoamanana S. Chanteau E. Carniel P. Courvalin N. Engl. J. Med. 1997 337 677 680
7. A. Guiyoule G. Gerbaud C. Buchrieser M. Galimand L. Rahalison S. Chanteau P. Courvalin E. Carniel Emerg. Infect. Dis. 2001 7 43 48
8. L. E. Lindler W. Fan N. Jahan J. Clin. Microbiol. 2001 39 3649 3655
9. R. Schuetz L. Kuepfer U. Sauer Mol. Syst. Biol. 2007 3 119
10. A. M. Feist C. S. Henry J. L. Reed M. Krummenacker A. R. Joyce P. D. Karp L. J. Broadbelt V. Hatzimanikatis B. O. Palsson Mol. Syst. Biol. 2007 3 121
11. J. L. Reed T. D. Vo C. H. Schilling B. O. Palsson Genome Biol. 2003 4 R54
12. N. C. Duarte M. J. Herrgard B. O. Palsson Genome Res. 2004 14 1298 1309
13. R. Mahadevan D. R. Bond J. E. Butler A. Esteve-Nunez M. V. Coppi B. O. Palsson C. H. Schilling D. R. Lovley Appl. Environ. Microbiol. 2006 72 1558 1568
14. Y. K. Oh B. O. Palsson S. M. Park C. H. Schilling R. Mahadevan J. Biol. Chem. 2007 282 28791 28799
15. E. Almaas B. Kovacs T. Vicsek Z. N. Oltvai A. L. Barabasi Nature 2004 427 839 843
16. S. S. Fong B. O. Palsson Nat. Genet. 2004 36 1056 1058
17. M. J. Herrgard B. S. Lee V. Portnoy B. O. Palsson Genome Res. 2006 16 627 635
18. Y. Song Z. Tong J. Wang L. Wang Z. Guo Y. Han J. Zhang D. Pei D. Zhou H. Qin X. Pang Y. Han J. Zhai M. Li B. Cui Z. Qi L. Jin R. Dai F. Chen S. Li C. Ye Z. Du W. Lin J. Wang J. Yu H. Yang J. Wang P. Huang R. Yang DNA Res. 2004 11 179 197
19. K. Kawahara H. Tsukano H. Watanabe B. Lindner M. Matsuura Infect. Immun. 2002 70 4092 4098
20. Y. A. Knirel S. V. Dentovskaya S. N. Senchenkova R. Z. Shaikhutdinova N. A. Kocharova A. P. Anisimov J. Endotoxin. Res. 2006 12 3 9
21. Y. A. Knirel B. Lindner E. Vinogradov R. Z. Shaikhutdinova S. N. Senchenkova N. A. Kocharova O. Holst G. B. Pier A. P. Anisimov Carbohydr. Res. 2005 340 1625 1630
22. Y. A. Knirel B. Lindner E. V. Vinogradov N. A. Kocharova S. N. Senchenkova R. Z. Shaikhutdinova S. V. Dentovskaya N. K. Fursova I. V. Bakhteeva G. M. Titareva S. V. Balakhonov O. Holst T. A. Gremyakova G. B. Pier A. P. Anisimov Biochemistry 2005 44 1731 1743
23. E. Englesberg L. Ingraham Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1957 43 369 372
24. B. G. Hall Genome 1989 31 265 271
25. B. G. Hall S. Yokoyama D. H. Calhoun Mol. Biol. Evol. 1983 1 109 124
26. W. H. Li Mol. Biol. Evol. 1984 1 213 219
27. S. Schaeffler L. Mintzer J. Bacteriol. 1959 159 163
28. S. Schaefler I. Schenkein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1968 59 285 292
29. A. E. Reynolds J. Felton A. Wright Nature 1981 293 625 629
30. R. P. Lawther D. H. Calhoun J. Gray C. W. Adams C. A. Hauser G. W. Hatfield J. Bacteriol. 1982 149 294 298
31. D. G. Fraenkel S. Banerjee J. Mol. Biol. 1971 56 183 194
32. T. W. Burrows W. A. Gillett J. Gen. Microbiol. 1966 45 333 345
33. R. R. Brubaker A. Sulen Infect. Immun. 1971 3 580 588
34. R. R. Brubaker, in The Prokaryotes, ed., M. Dworkin, Springer, New York, editon edn, 2006, vol. 6, Proteobacteria: Gamma subclass, pp. 399-442
35. R. Pollitzer, Plague, World Health Organization, Geneva, 1954
36. E. Englesberg J. Bacteriol. 1957 73 641 648
37. F. Sebbane A. Devalckenaere J. Foulon E. Carniel M. Simonet Infect. Immun. 2001 69 170 176
38. B. W. Wren Nat. Rev. Microbiol. 2003 1 55 64
39. E. Englesberg J. Bacteriol. 1957 74 8 11
40. L. A. Dreyfus R. R. Brubaker J. Bacteriol. 1978 136 757 764
41. R. J. Zahorchak W. T. Charnetzky R. V. Little R. R. Brubaker J. Bacteriol. 1979 139 792 799
42. S. C. Straley W. S. Bowmer Infect. Immun. 1986 51 445 454
43. E. Englesberg A. Gibor J. B. Levy J. Bacteriol. 1954 68 146 151
44. A. Mira R. Pushker Mol. Biol. Evol. 2005 22 2135 2138
45. R. R. Brubaker Clin. Microbiol. Rev. 1991 4 309 324
46. R. Mahadevan C. H. Schilling Metab. Eng. 2003 5 264 276
47. T. Yagi, S. Di Bernardo, E. Nakamaru-Ogiso and M. C. Kao, in Respiration in Archaea and Bacteria: Diversity of Prokaryotic Electron Transport Carriers, ed., D. Zannoni, Springer, Boston, 2004, pp. 15-40
48. R. R. Brubaker M. J. Surgalla J. Infect. Dis. 1964 114 13 25
49. R. P. Mortlock J. Bacteriol. 1962 84 53 59
50. C. L. Baugh J. W. Lanham M. J. Surgalla J. Bacteriol. 1964 88 553
51. P. S. Chain P. Hu S. A. Malfatti L. Radnedge F. Larimer L. M. Vergez P. Worsham M. C. Chu G. L. Andersen J. Bacteriol. 2006 188 4453 4463
52. P. S. Chain E. Carniel F. W. Larimer J. Lamerdin P. O. Stoutland W. M. Regala A. M. Georgescu L. M. Vergez M. L. Land V. L. Motin R. R. Brubaker J. Fowler J. Hinnebusch M. Marceau C. Medigue M. Simonet V. Chenal-Francisque B. Souza D. Dacheux J. M. Elliott A. Derbise L. J. Hauser E. Garcia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 13826 13831
53. F. Tekaia E. Yeramian B. Dujon Gene 2002 297 51 60
54. L. Aussel H. Therisod D. Karibian M. B. Perry M. Bruneteau M. Caroff FEBS Lett. 2000 465 87 92
55. A. Leclercq A. Guiyoule M. El Lioui E. Carniel J. Decallonne J. Clin. Microbiol. 2000 38 1545 1551
56. R. Rebeil R. K. Ernst B. B. Gowen S. I. Miller B. J. Hinnebusch Mol. Microbiol. 2004 52 1363 1373
57. J. L. Reed B. O. Palsson Genome Res. 2004 14 1797 1805
58. F. C. Neidhardt and H. E. Umbarger, in Escherichia coli and Salmonella Cellular and Molecular Biology, Am. Soc. Microbiol., Washington, DC, editon edn, 1996, vol. 1, pp. 13-16
59. V. L. Motin A. M. Georgescu J. P. Fitch P. P. Gu D. O. Nelson S. L. Mabery J. B. Garnham B. A. Sokhansanj L. L. Ott M. A. Coleman J. M. Elliott L. M. Kegelmeyer A. J. Wyrobek T. R. Slezak R. R. Brubaker E. Garcia J. Bacteriol. 2004 186 6298 6305
60. J. S. Edwards B. O. Palsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 5528 5533