Density functional study on core ionization spectra of cytidine and its fragments

Bulletin of the Chemical Society of Japan

Volumn 82, Issue 2, 2009, Pages 187-195

  Thompson, Alexander ^a   Saha, Saumitra ^a   Wang, Feng ^a   Tsuehimoehi, Takashi ^b,c   Nakata, Ayako ^b,d   Imamura, Yutaka ^b   Nakai, Hiromi ^b  

^a SWINBURNE UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Australia)

^b WASEDA UNIVERSITY   (Japan)

^c RICE UNIVERSITY   (United States)

^d UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AROMATIC RINGS; BASIS SETS; BLUE SHIFTS; CORE IONIZATIONS; CYTIDINE; DENSITY-FUNCTIONAL STUDIES; DENSITY-FUNCTIONAL THEORIES; GAUSSIAN; INNER-SHELL IONIZATIONS; PYRIMIDINE RINGS; RED SHIFTS; STRUCTURAL INFORMATIONS; SUGAR RINGS;

AROMATIC COMPOUNDS; IONIZATION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SUGAR (SUCROSE); SUGARS;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

EID: 62549162215     PISSN: 00092673     EISSN: 13480634     Source Type: Journal    
DOI: 10.1246/bcsj.82.187     Document Type: Article

References (51)

1. C. Fares, T. Carlomagno, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9856.
2. Y. Harada, T. Takeuchi, H. Kino, A. Fukushima, K. Takakura, K. Hieda, A. Nakao, S. Shin, H. Fukuyama, J. Phys. Chem. A 2006, 110, 13227.
3. C. J. Torrance, V. Agrawal, B. Vogelstein, K. W. Kinzler, Nat. Biotechnol. 2001, 19, 940.
4. J. Magulick, M. M. Beerbom, B. Lägel, R. Schlaf, J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2692.
5. R. J. Levis, G. M. Menkir, H. Rabitz, Science 2001, 292, 709.
6. S. Svensson, J. Phys. B: At, Mol. Opt. Phys. 2005, 38, S821.
7. T. Karlsen, K. J. Børve, L. J. Sæhre, K. Wiesner, M. Bassler, S. Svensson, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7866.
8. F. Wang, THEOCHEM 2005, 728, 31.
9. K. Siegbahn, C. Nordling, G. Johansson, J. Hedman, R F. Heden, K. Hamrin, U. Gelius, T. Bergmark, L. O. Werme, R. Manne, Y. Baer, ESCA Applied to Free Molecules, North-Holland Pub. Co., Amsterdam-London, 1969.
10. J. Stohr, NEXAFS Spectroscopy, Springer-Verlag, Berlin, 1992.
11. CT. Falzon, F. Wang, W. Pang, J. Phys. Chem. B 2006, 7/0,9713.
12. M. Yoshiya, 1. Tanaka, K. Kaneko, H. Adachi, J. Phys.: Condens. Matter 1999, 11, 3217.
13. J. MacNaughton, A. Moewes, E. Z. Kurmaev, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7749.
14. O. Plekan, V. Feyer, R. Richter, M. Coreno, M. de Simone, K. C. Prince, A. B. Trofimov, E. V. Gromov, 1. L. Zaytseva, J. Schirmer, Chem. Phys. 2008, 347, 360.
15. N. Usami, K. Kobayashi, H. Maezawa, K. Hieda, S. Ishizaka, Int. J. Radiat Biol. 1991, 60, 757.
16. S. M. Kirtley, O. C. Mullins, J. Chen, J. van Elp, S. J. George, C. T. Chen, T. OΉhalloran, S. P. Cramer, Biochim. Biophys. Acta 1992, 1132, 249.
17. J. J. Rehr, A. L. Ankudinov, J. Synchrotron Radiat. 2001, 8, 61.
18. O. Takahashi, K. Saito, M. Mitani, H. Yoshida, F. Tahara, T. Sunami, K. Waki, Y. Senba, A. Hiraya, L. G. M. Pettersson, J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2005, 142, 113.
19. M. Nyberg, M. Odelius, A. Nilsson, L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys. 2003, 119, 12577.
20. H. Öström, L. Triguero, K. Weiss, H. Ogasawara, M. G. Garnier, D. Nordlund, M. Nyberg, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, J. Chem. Phys. 2003, 118, 3782.
21. V. Carravetta, O. Plashkevych, H. Agren, J. Chem. Phys. 1998, 109, 1456.
22. O. Takahashi, L, G. M. Pettersson, J. Chem. Phys. 2004, 121, 10339.
23. Y Imamura, H. Nakai, Int. J. Quantum Chem. 2007, 107, 23.
24. L. G. M. Pettersson, H. Agren, B. L. Schürmann, A. Lippitz, W. E. S. Unger, Int. J. Qunatum Chem. 1997, 63, 749.
25. R. van Leeuwen, E. J. Baerends, Phys. Rev. A: At, Mol., Opt Phys. 1994, 49, 2421.
26. A. Nakata, Y. Imamura, T. Otsuka, H. Nakai, J. Chem. Phys. 2006, 124, 094105.
27. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
28. R. Krishnan, J. S. Binkley, R. Seeger, J. A. Pople, J. Chem. Phys. 1980, 72, 650.
29. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A, Voth, P. Salvador, J, J, Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian 03 Revision C.02, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.
30. M. W. Schmidt, K. K. Baldridge, J. A. Boatz, S. T. Elbert, M. S. Gordon, J. H. Jensen, S. Koseki, N. Matsunaga, K. A. Nguyen, S. Su, T. L. Windus, M. Dupuis, J. A. Montgomery, Jr., J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
31. ADF2005.01, SCM, Theoretical Chemistry, Vrije Universiteit, Amsterdam, 2005.
32. D. P. Chong, O. V. Gritsenko, E. J. Baerends, J. Chem. Phys. 2002, 116, 1760.
33. R. R. da Silva, T. C. Ramalho, J. M. Santos, J. D. Figueroa-Villar, J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1031.
34. S. Saha, F. Wang, J. B. MacNaughton, A. Moewes, D. P. Chong, J. Synchrotron Radiat. 2008, 15, 151.
35. F. L. Hirshfeld, Theor. Chim. Acta 1977, 44, 129.
36. L. Chen, B. M. Craven, Acta Crystallogr., Sect. B 1995, 51, 1081.
37. G. Sun, J. H. Voigt, V. E. Marquez, M. C. Nicklaus, Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2005, 24, 1029.
38. F. Wang, M. T. Downton, N. Kidwani, J. Theor. Comput. Chem. 2005, 4, 247.
39. S. Saha, F. Wang, C. F. Guerra, F. M. Bickelhaupt, J. Comput. Meth. Sci. Eng 2006, 6, 251.
40. F. De Proft, C. Van Alsenoy, A. Peeters, W. Langenaeker, P. Geerlings, J. Comput. Chem. 2002, 23, 1198.
41. F. De Proft, R. Vivas-Reyes, A. Peeters, C. Van Alsenoy, P. Geerlings, J. Comput. Chem. 2003, 24, 463.
42. R. G. Parr, P. W. Ayers, R. F. Nalewajski, J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3957.
43. A. A. Bakke, H.-W. Chen, W. L. Jolly, J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1980, 20, 333.
44. G. Tu, V. Carravetta, O. Vahtras, H. Ågren, J. Chem. Phys. 2007, 127, 174110.
45. F. Wang, Micro Nano Lett. 2006, 1, 23.
46. A. Nakata, Y. Imamura, H. Nakai, J. Chem. Phys. 2006, 125, 064109.
47. Y. Imamura, H. Nakai, Chem. Phys. Lett. 2006, 419, 297.
48. Y. Imamura, T. Ostuka, H. Nakai, J. Comput. Chem. 2007, 28, 2067.
49. A. Nakata, Y. Imamura, H. Nakai, J. Chem. Theor. Comput. 2007, 3, 1295.
50. T. Tsuchimochi, M. Kobayashi, A. Nakata, Y. Imamura, H. Nakai, J. Comput. Chem. 2008, 29, 2311.
51. D. P. Chong, J. Chem. Phys. 1995, 103, 1842.