Effective force coarse-graining

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 12, 2009, Pages 2002-2015

  Wang, Yanting ^a,b   Noid, W G ^a,c   Liu, Pu ^a   Voth, Gregory A ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

^b IDAHO NATIONAL LABORATORY   (United States)

^c PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; COMPUTER SIMULATION; THERMODYNAMICS;

COMPUTER SIMULATION; MODELS, CHEMICAL; THERMODYNAMICS;

EID: 62349083556     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b819182d     Document Type: Article

References (35)

1. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179
2. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225
3. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187
4. Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, ed., G. A. Voth, CRC Press, Boca Raton, 2009
5. G. S. Ayton W. G. Noid G. A. Voth Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 192 198
6. F. Müller-Plathe ChemPhysChem 2002 3 754
7. S. O. Nielsen C. F. Lopez G. Srinivas M. L. Klein J. Phys.: Condens. Matter 2004 16 R481
8. V. Tozzini Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 144
9. A. P. Lyubartsev M. Karttunen I. Vattulainen A. Laaksonen Soft Mater. 2003 1 121
10. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E 1995 52 3730
11. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469
12. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Phys. 2005 123 134105
13. S. Izvekov M. Parrinello C. J. Burnham G. A. Voth J. Chem. Phys. 2004 120 10896
14. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 6573
15. Y. Wang S. Izvekov T. Yan G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2006 110 3564
16. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Theory Comput. 2006 2 637
17. J. Zhou I. F. Thorpe S. Izvekov G. A. Voth Biophys J. 2007 92 4289 4303
18. I. F. Thorpe J. Zhou G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2008 112 13079 13090
19. Q. Shi S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2006 110 15045
20. W. G. Noid J.-W. Chu G. S. Ayton V. Krishna S. Izvekov G. A. Voth A. Das H. C. Andersen J. Chem. Phys. 2008 128 244114
21. W. G. Noid P. Liu Y. Wang J.-W. Chu G. S. Ayton S. Izvekov H. C. Andersen G. A. Voth J. Chem. Phys. 2008 128 244115
22. W. G. Noid J.-W. Chu G. S. Ayton G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2007 111 4116 4127
23. J.-P. Hansen and I. R. McDonald, The Theory of Simple Liquids, Academic Press, San Diego, 1986
24. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Clarendon Press, Oxford, 1987
25. G. S. Ayton H. L. Tepper D. T. Mirijanian G. A. Voth J. Chem. Phys. 2004 120 4074
26. T. R. Forester and W. Smith, DL-POLY user manual, CCLRC, Daresbury Laboratory, Daresbury, Warrington UK, 1995
27. W. G. Hoover Phys. Rev. A 1985 31 1695
28. S. Melchionna G. Ciccotti B. L. Holian Mol. Phys. 1993 78 533
29. P. Wasserscheid W. Keim Angew. Chem., Int. Ed. 2000 39 3772
30. T. Welton Chem. Rev. 1999 99 2071
31. R. D. Rogers K. R. Seddon Science 2003 302 792
32. R. P. Singh R. D. Verma D. T. Meshri J. M. Shreeve Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 3584
33. T. Yan C. J. Burnham M. G. D. Pópolo G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2004 108 11877
34. Y. Wang S. Feng G. A. Voth J. Chem. Theory Comput. 2009
35. H.-Y. Kim J. O. Sofo D. Velegol M. W. Cole A. Lucas Langmuir 2007 23 1735 1740