Dye-free gene expression detection by sequence-tagged reverse-transcription polymerase chain reaction coupled with pyrosequencing

Analytical Chemistry

Volumn 81, Issue 1, 2009, Pages 273-281

  Zhang, Xiaodan ^a   Wu, Haiping ^a   Chen, Zhiyao ^b   Zhou, Guohua ^a,b   Kajiyama, Tomoharu ^c   Kambara, Hideki ^c  

^a HUADONG RESEARCH INSTITUTE FOR MEDICINE AND BIOTECHNICS   (China)

^b NANJING UNIVERSITY   (China)

^c HITACHI LTD   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMPLICONS; DYE LABELS; EXPRESSION LEVELS; GENE EXPRESSION ANALYSIS; GENE EXPRESSION DETECTIONS; HEART TISSUES; LASER SOURCES; LOW COSTS; NOVEL METHODS; PCR AMPLIFICATIONS; POLYMERASE CHAIN REACTIONS; PYROSEQUENCING; REVERSE TRANSCRIPTIONS; SIGNAL RATIOS; SPECIFIC SEQUENCES; THREE STEPS;

AMPLIFICATION; BIOACTIVITY; COSMIC RAYS; DECODING; ELECTROPHORESIS; GENE EXPRESSION; HISTOLOGY;

TRANSCRIPTION;

ANIMALS; CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4; DNA, COMPLEMENTARY; GENE EXPRESSION; MICE; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION; RNA; RNA, MESSENGER; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SEQUENCE ANALYSIS, RNA;

EID: 58149490903     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac801964a     Document Type: Article

References (27)

1. Chin, D.; Boyle, G. M.; Theile, D. R.; Parsons, P. G.; Coman, W. B. J. Plast. Reconstr. Aesthet. Surg. 2006, 59, 902-911.
2. van't Veer, L. J.; Dai, H.; van de Vijver, M. J.; He, Y. D.; Hart, A. A.; Mao, M.; Peterse, H. L.; van der Kooy, K.; Marton, M. J.; Witteveen, A. T.; Schreiber, G. J.; Kerkhoven, R. M.; Roberts, C.; Linsley, P. S.; Bernards, R.; Friend, S. H. Nature 2002, 415, 530-536.
3. Morris, S. R.; Carey, L. A. Curr. Opin. Oncol. 2007, 19, 547-551.
4. Velculescu, V. E.; Zhang, L.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Science 1995, 270, 484-487.
5. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. Science 1995, 270, 467-470.
6. Fu, G. K.; Stuve, L. L. Biotechniques 2003, 34, 758762, 764, 766.
7. Lockhart, D. J.; Dong, H.; Byrne, M. C.; Follettie, M. T.; Gallo, M. V.; Chee, M. S.; Mittmann, M.; Wang, C.; Kobayashi, M.; Horton, H.; Brown, E. L. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1675-1680.
8. Liang, P.; Pardee, A. B. Science 1992, 257, 967-971.
9. White, B. A.; Bancroft, F. C. J. Biol. Chem. 1982, 257, 8569-8572.
10. Heid, C. A.; Stevens, J.; Livak, K. J.; Williams, P. M. Genome Res. 1996, 6, 986-994.
11. Wong, M. L.; Medrano, J. F. Biotechniques 2005, 39, 75-85.
12. Berggren, W. T.; Takova, T.; Olson, M. C.; Eis, P. S.; Kwiatkowski, R. W.; Smith, L. M. Anal. Chem. 2002, 74, 1745-1750.
13. Weidenhammer, E. M.; Kahl, B. F.; Wang, L.; Wang, L.; Duhon, M.; Jackson, J. A.; Slater, M.; Xu, X. Clin. Chem. 2002, 48, 1873-1882.
14. Ronaghi, M. Genome Res. 2001, 11, 3-11.
15. Ronaghi, M.; Uhlen, M.; Nyren, P. Science 1998, 281, 363-365.
16. Schouten, J. P.; McElgunn, C. J.; Waaijer, R.; Zwijnenburg, D.; Diepvens, F.; Pals, G. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e57.
17. Elahi, E.; Ronaghi, M. Methods Mol. Biol. 2004, 255, 211-219.
18. Zhou, G.-H.; Kamahori, M.; Okano, K.; Harada, K.; Kambara, H. Electrophoresis 2001, 22, 3497-3504.
19. Zhou, G.-H.; Gotou, M.; Kajiyama, T.; Kambara, H. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e133.
20. Margulies, M.; Egholm, M.; Altman, W. E.; Attiya, S.; Bader, J. S.; Bemben, L. A.; Berka, J.; Braverman, M. S.; Chen, Y. J.; Chen, Z.; Dewell, S. B.; Du, L.; Fierro, J. M.; Gomes, X. V.; Godwin, B. C.; He, W.; Helgesen, S.; Ho, C. H.; Irzyk, G. P.; Jando, S. C.; Alenquer, M. L.; Jarvie, T. P.; Jirage, K. B.; Kim, J. B.; Knight, J. R.; Lanza, J. R.; Leamon, J. H.; Lefkowitz, S. M.; Lei, M.; Li, J.; Lohman, K. L.; Lu, H.; Makhijani, V. B.; McDade, K. E.; McKenna, M. P.; Myers, E. W.; Nickerson, E.; Nobile, J. R.; Plant, R.; Puc, B. P.; Ronan, M. T.; Roth, G. T.; Sarkis, G. J.; Simons, J. F.; Simpson, J. W.; Srinivasan, M.; Tartaro, K. R.; Tomasz, A.; Vogt, K. A.; Volkmer, G. A.; Wang, S. H.; Wang, Y.; Weiner, M. P.; Yu, P.; Begley, R. F.; Rothberg, J. M. Nature 2005, 437, 376-380.
21. Hardenbol, P.; Baner, J.; Jain, M.; Nilsson, M.; Namsaraev, E. A.; Karlin-Neumann, G. A.; Fakhrai-Rad, H.; Ronaghi, M.; Willis, T. D.; Landegren, U.; Davis, R. W. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 673-678.
22. Wang, W. P.; Ni, K. Y.; Zhou, G. H. Anal. Biochem. 2006, 355, 240-248.
23. Langan, J. E.; Rowbottom, L.; Liloglou, T.; Field, J. K.; Risk, J. M. Biotechniques 2002, 33, 276, 278-280.
24. Rice, J. E.; Sanchez, J. A.; Pierce, K. E.; Reis, A. H., Jr.; Osborne, A.; Wangh, L. J. Nat. Protoc. 2007, 2, 2429-2438.
25. Pierce, K. E.; Sanchez, J. A.; Rice, J. E.; Wangh, L. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8609-8614.
26. Sanchez, J. A.; Pierce, K. E.; Rice, J. E.; Wangh, L. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 1933-1938.
27. Zhou, G.-H.; Kajiyama, T.; Gotou, M.; Kishimoto, A.; Suzuki, S.; Kambara, H. Anal. Chem. 2006, 78, 4482-4489.