SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 8, 2008, Pages 1386-1400

Implementation of a serial replica exchange method in a Physics-Based United-Residue (UNRES) force field

(4) Shen, Hujun a Czaplewski, Cezary a Liwo, Adam a Scheraga, Harold A a

a Department of Obstetrics Gynecology

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 58149145466 PISSN: 15499618 EISSN: None Source Type: Journal
DOI: 10.1021/ct800063d Document Type: Article

Times cited : (6)

References (40)

1
- 0028924552
- Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N.; Thirumalai, D. Science 1995, 267, 1619-1620.
- (1995) Science , vol.267 , pp. 1619-1620
- Wolynes, P.G.¹ Onuchic, J.N.² Thirumalai, D.³

2
- 0142013225
- Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. J. Comput. Chem. 1997, 18, 920-933.
- (1997) J. Comput. Chem , vol.18 , pp. 920-933
- Hansmann, U.H.E.¹ Okamoto, Y.²

3
- 35949020425
- Swendsen, R. H.; Wang, J.-S. Phys. Rev. Lett. 1986, 57, 2607-2609.
- (1986) Phys. Rev. Lett , vol.57 , pp. 2607-2609
- Swendsen, R.H.¹ Wang, J.-S.²

4
- 84950437936
- Geyer, C. J.; Thompson, E. A. J. Am. Stat. Assoc. 1995, 90, 909-920.
- (1995) J. Am. Stat. Assoc , vol.90 , pp. 909-920
- Geyer, C.J.¹ Thompson, E.A.²

5
- 0030516672
- Hukushima, K.; Nemoto, K. J. Phys. Soc Jpn. 1996, 65, 1604-1608.
- (1996) J. Phys. Soc Jpn , vol.65 , pp. 1604-1608
- Hukushima, K.¹ Nemoto, K.²

6
- 0039924671
- Tesi, M. C.; van Rensburg, E. J. J.; Orlandini, E.; Whittington, S. G. J. Stat. Phys. 1996, 82, 155-181.
- (1996) J. Stat. Phys , vol.82 , pp. 155-181
- Tesi, M.C.¹ van Rensburg, E.J.J.² Orlandini, E.³ Whittington, S.G.⁴

7
- 0003975020
- Young, A. P, Ed, World Scientific: Singapore
- Marinari, E.; Parisi, G.; Ruiz-Lorenzo, J. J. In Spin Glasses and Random Fields; Young, A. P., Ed.; World Scientific: Singapore, 1998; pp 58-98.
- (1998) Spin Glasses and Random Fields , pp. 58-98
- Marinari, E.¹ Parisi, G.² Ruiz-Lorenzo, J.J.³

8
- 0031578972
- Hansmann, U. H. E. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 140-150.
- (1997) Chem. Phys. Lett , vol.281 , pp. 140-150
- Hansmann, U.H.E.¹

9
- 0001616080
- Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151.
- (1999) Chem. Phys. Lett , vol.314 , pp. 141-151
- Sugita, Y.¹ Okamoto, Y.²

10
- 0035865992
- García, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proteins 2001, 42, 345-354.
- (2001) Proteins , vol.42 , pp. 345-354
- García, A.E.¹ Sanbonmatsu, K.Y.²

11
- 25444481354
- Liu, P.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13749-13754.
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A , vol.102 , pp. 13749-13754
- Liu, P.¹ Kim, B.² Friesner, R.A.³ Berne, B.J.⁴

12
- 0037305918
- Rhee, Y. M.; Pandé, V. S. Biophys. J. 2003, 84, 775-786.
- (2003) Biophys. J , vol.84 , pp. 775-786
- Rhee, Y.M.¹ Pandé, V.S.²

13
- 33846202602
- Rodinger, T.; Howell, P. L.; Pomes, R. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 725-731.
- (2006) J. Chem. Theory Comput , vol.2 , pp. 725-731
- Rodinger, T.¹ Howell, P.L.² Pomes, R.³

14
- 33847357757
- Hagen, M.; Kim, B.; Liu, P.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1416-1423.
- (2007) J. Phys. Chem. B , vol.111 , pp. 1416-1423
- Hagen, M.¹ Kim, B.² Liu, P.³ Friesner, R.A.⁴ Berne, B.J.⁵

15
- 0027524668
- Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 1993, 2, 1697-1714.
- (1993) Protein Sci , vol.2 , pp. 1697-1714
- Liwo, A.¹ Pincus, M.R.² Wawak, R.J.³ Rackovsky, S.⁴ Scheraga, H.A.⁵

16
- 0027435091
- Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 1993, 2, 1715-1731.
- (1993) Protein Sci , vol.2 , pp. 1715-1731
- Liwo, A.¹ Pincus, M.R.² Wawak, R.J.³ Rackovsky, S.⁴ Scheraga, H.A.⁵

17
- 0000095892
- Liwo, A.; Oldziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849-873.
- (1997) J. Comput. Chem , vol.18 , pp. 849-873
- Liwo, A.¹ Oldziej, S.² Pincus, M.R.³ Wawak, R.J.⁴ Rackovsky, S.⁵ Scheraga, H.A.⁶

18
- 0000095890
- Liwo, A.; Oldziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 874-887.
- (1997) J. Comput. Chem , vol.18 , pp. 874-887
- Liwo, A.¹ Oldziej, S.² Pincus, M.R.³ Wawak, R.J.⁴ Rackovsky, S.⁵ Scheraga, H.A.⁶

19
- 0001181898
- Liwo, A.; Kazmierkiewicz, R.; Czaplewski, C.; Groth, M.; Oldziej, S.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1998, 19, 259-276.
- (1998) J. Comput. Chem , vol.19 , pp. 259-276
- Liwo, A.¹ Kazmierkiewicz, R.² Czaplewski, C.³ Groth, M.⁴ Oldziej, S.⁵ Wawak, R.J.⁶ Rackovsky, S.⁷ Pincus, M.R.⁸ Scheraga, H.A.⁹

20
- 0035424584
- Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2323-2347.
- (2001) J. Chem. Phys , vol.115 , pp. 2323-2347
- Liwo, A.¹ Czaplewski, C.² Pillardy, J.³ Scheraga, H.A.⁴

21
- 0037133165
- Liwo, A.; Arlukowicz, P.; Czaplewski, C.; Ołdziej, S.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1937-1942.
- (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A , vol.99 , pp. 1937-1942
- Liwo, A.¹ Arlukowicz, P.² Czaplewski, C.³ Ołdziej, S.⁴ Pillardy, J.⁵ Scheraga, H.A.⁶

22
- 33847123661
- Liwo, A.; Khalili, M.; Czaplewski, C.; Kalinowski, S.; Oldziej, S.; Wachucik, K.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 260-285.
- (2007) J. Phys. Chem. B , vol.111 , pp. 260-285
- Liwo, A.¹ Khalili, M.² Czaplewski, C.³ Kalinowski, S.⁴ Oldziej, S.⁵ Wachucik, K.⁶ Scheraga, H.A.⁷

23
- 84962446557
- Oldziej, S.; Kozlowska, U.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8035-8046.
- (2003) J. Phys. Chem. A , vol.107 , pp. 8035-8046
- Oldziej, S.¹ Kozlowska, U.² Liwo, A.³ Scheraga, H.A.⁴

24
- 3142681595
- Liwo, A.; Ołdziej, S.; Czaplewski, C.; Kozłowska, U.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9421-9438.
- (2004) J. Phys. Chem. B , vol.108 , pp. 9421-9438
- Liwo, A.¹ Ołdziej, S.² Czaplewski, C.³ Kozłowska, U.⁴ Scheraga, H.A.⁵

25
- 8344277888
- Oldziej, S.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16934-16949.
- (2004) J. Phys. Chem. B , vol.108 , pp. 16934-16949
- Oldziej, S.¹ Liwo, A.² Czaplewski, C.³ Pillardy, J.⁴ Scheraga, H.A.⁵

26
- 8344262957
- Oldziej, S.; Lagiewka, J.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Chinchio, M.; Nanias, M.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16950-16959.
- (2004) J. Phys. Chem. B , vol.108 , pp. 16950-16959
- Oldziej, S.¹ Lagiewka, J.² Liwo, A.³ Czaplewski, C.⁴ Chinchio, M.⁵ Nanias, M.⁶ Scheraga, H.A.⁷

27
- 21144442648
- Oldziej, S.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Chinchio, M.; Nanias, M.; Vila, J. A.; Khalili, M.; Arnautova, Y. A.; Jagielska, A.; Makowski, M.; Schafroth, H. D.; Kazmierkiewicz, R.; Ripoll, D. R.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7547-7552.
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A , vol.102 , pp. 7547-7552
- Oldziej, S.¹ Czaplewski, C.² Liwo, A.³ Chinchio, M.⁴ Nanias, M.⁵ Vila, J.A.⁶ Khalili, M.⁷ Arnautova, Y.A.⁸ Jagielska, A.⁹ Makowski, M.¹⁰ Schafroth, H.D.¹¹ Kazmierkiewicz, R.¹² Ripoll, D.R.¹³ Pillardy, J.¹⁴ Scheraga, H.A.¹⁵

28
- 23144450194
- Khalili, M.; Liwo, A.; Rakowski, F.; Grochowski, P.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13785-13797.
- (2005) J. Phys. Chem. B , vol.109 , pp. 13785-13797
- Khalili, M.¹ Liwo, A.² Rakowski, F.³ Grochowski, P.⁴ Scheraga, H.A.⁵

29
- 64849113583
- Kubo, R. J. Phys. Soc. Jpn. 1962, 17, 1100-1120.
- (1962) J. Phys. Soc. Jpn , vol.17 , pp. 1100-1120
- Kubo, R.¹

30
- 0001194908
- Kolinski, A.; Skolnick, J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 9412-9426.
- (1992) J. Chem. Phys , vol.97 , pp. 9412-9426
- Kolinski, A.¹ Skolnick, J.²

31
- 36048993418
- Chinchio, M.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1236-1248.
- (2007) J. Chem. Theory Comput , vol.3 , pp. 1236-1248
- Chinchio, M.¹ Czaplewski, C.² Liwo, A.³ Oldziej, S.⁴ Scheraga, H.A.⁵

32
- 85014666005
- Monte Carlo Integration
- Springer: New York
- Robert, C. P. and Casella, G. Monte Carlo Integration. In Monte Carlo Statistical Methods; Springer: New York, 1999; pp 92-96
- (1999) Monte Carlo Statistical Methods , pp. 92-96
- Robert, C.P.¹ Casella, G.²

33
- 84986519238
- Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
- (1992) J. Comput. Chem , vol.13 , pp. 1011-1021
- Kumar, S.¹ Bouzida, D.² Swendsen, R.H.³ Kollman, P.A.⁴ Rosenberg, J.M.⁵

34
- 33750587438
- Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
- (1984) J. Chem. Phys , vol.81 , pp. 3684-3690
- Berendsen, H.J.C.¹ Postma, J.P.M.² van Gunsteren, W.F.³ DiNola, A.⁴ Haak, J.R.⁵

35
- 23144463330
- Khalili, M.; Liwo, A.; Jagielska, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13798-13810.
- (2005) J. Phys. Chem. B , vol.109 , pp. 13798-13810
- Khalili, M.¹ Liwo, A.² Jagielska, A.³ Scheraga, H.A.⁴

36
- 14044266389
- Liwo, A.; Khalili, M.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2362-2367.
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A , vol.102 , pp. 2362-2367
- Liwo, A.¹ Khalili, M.² Scheraga, H.A.³

37
- 36749110571
- Swope, W. C.; Andersen, H. C.; Berens, P. H.; Wilson, K. R. J. Chem. Phys. 1982, 76, 637-649.
- (1982) J. Chem. Phys , vol.76 , pp. 637-649
- Swope, W.C.¹ Andersen, H.C.² Berens, P.H.³ Wilson, K.R.⁴

38
- 0029881007
- Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 51-55.
- (1996) J. Mol. Graph , vol.14 , pp. 51-55
- Koradi, R.¹ Billeter, M.² Wüthrich, K.³

39
- 0034061258
- Macias, M. J.; Gervais, V.; Civera, C.; Oschkinat, H. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 375-379.
- (2000) Nat. Struct. Biol , vol.7 , pp. 375-379
- Macias, M.J.¹ Gervais, V.² Civera, C.³ Oschkinat, H.⁴

40
- 0031567139
- Johansson, M. U.; de Chateau, M.; Wikstrom, M.; Forsen, S.; Drakenberg, T.; Bjorck, L. J. Mol. Biol. 1997, 266, 859-865.
- (1997) J. Mol. Biol , vol.266 , pp. 859-865
- Johansson, M.U.¹ de Chateau, M.² Wikstrom, M.³ Forsen, S.⁴ Drakenberg, T.⁵ Bjorck, L.⁶

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.