Two-laser, large-field hyperspectral microarray scanner for the analysis of multicolor microarrays

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 20, 2008, Pages 7706-7713

  Erfurth, Florian ^b   Tretyakov, Alexander ^a   Nyuyki, Berla ^b   Mrotzek, Grit ^a   Schmidt, Wolf Dieter ^b   Fassler, Dieter ^b   Saluz, Hans Peter ^a  

^a HANS KNÖLL INSTITUTE   (Germany)

^b Association for Medical Biological and Environmental Technologies

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BAND-PASS FILTERS; COLOR CALIBRATIONS; FLUORESCENT LABELS; GENOTYPING; HYPERSPECTRAL; INFRARED SPECTRAL REGIONS; MICROARRAY SCANNERS; PHOTOMULTIPLIER DETECTORS; POSITIONING; SPECTRAL PROPERTIES; VISIBLE EMISSIONS; WAVELENGTH SELECTIVITIES;

BIOASSAY; EMISSION SPECTROSCOPY; LASERS; MICROARRAYS; OPTICAL FILTERS; WAVE FILTERS;

SCANNING;

FLUORESCENT DYE;

ARTICLE; CALIBRATION; FILTER; GENOTYPE; ILLUMINATION; LASER; MICROARRAY ANALYSIS;

CALIBRATION; COLOR; FLUORESCENCE; FLUORESCENT DYES; GENOTYPE; LASERS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; SURFACE PROPERTIES;

EID: 54349096786     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac801014m     Document Type: Article

References (58)

1. Steemers, F. J.; Chang, W.; Lee, G.; Barker, D. L.; Shen, R.; Gunderson, K. L. Nat. Methods 2006, 3, 31-33.
2. Steemers, F. J.; Gunderson, K. L. Biotechnol. J. 2007, 2, 41-49.
3. Hirschhorn, J. N.; Sklar, P.; Lindblad-Toh, K.; Lim, Y. M.; Ruiz-Gutierrez, M.; Bolk, S.; Langhorst, B.; Schaffner, S.; Winchester, E.; Lander, E. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12164-12169.
4. Lindroos, K.; Sigurdsson, S.; Johansson, K.; Rönnblom, L.; Syvänen, A. C. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e70.
5. Gemignani, F.; Perra, C.; Landi, S.; Canzian, F.; Kurg, A.; Tõnisson, N.; Galanello, R.; Cao, A.; Metspalu, A.; Romeo, G. Clin. Chem. 2002, 48, 2051-2054.
6. Gheit, T.; Billoud, G.; de Koning, M. N.; Gemignani, F.; Forslund, O.; Sylla, B. S.; Vaccarella, S.; Franceschi, S.; Landi, S.; Quint, W. G.; Canzian, F.; Tommasino, M. J. Clin. Microbiol. 2007, 45, 2537-2544.
7. Schanné, M.; Bodem, J.; Gerhold-Ay, A.; Jacob, A.; Fellenberg, K.; Kräusslich, H. G.; Hoheisel, J. D. Anal. Bioanal. Chem. In press.
8. Berget, I.; Heir, E.; Petcovic, J.; Rudi, K. J. AOAC Int. 2007, 90, 802-809.
9. Campa, D.; Tavanti, A.; Gemignani, F.; Mogavero, C. S.; Bellini, I.; Bottari, F.; Barale, R.; Landi, S.; Senesi, S. J. Clin. Microbiol. 2007, 46, 909-915.
10. Bogus,M.; Sobrino, B.; Bender, K.; Carracedo, A.; Schneider, P. M. In Progress in Forensic Genetics 11: Proceedings of the 21st International ISFG Congress;Amorim, F. C. R. A., Morling, N., Eds.;. Ponta Delgada, The Azores, Portugal, September 13-16, 2005, International Congress Series 1288, 2006; pp 37-39.
11. Kurg, A.; Tõnisson, N.; Georgiou, I.; Shumaker, J.; Tollett, J.; Metspalu, A. Genet. Test. 2000, 4, 1-7.
12. Cozza, A.; Morandin, F.; Galfrè, S. G.; Mariotti, V.; Marangoni, R.; Pellegrini, S. BMC Genomics 2007, 8, 10.
13. Huang, C. Y.; Studebaker, J.; Yuryev, A.; Huang, J.; Scott, K. E.; Kuebler, J.; Varde, S.; Alfisi, S.; Gelfand, C. A.; Pohl, M.; Boyce-Jacino, M. T. BMC Bioinformatics 2004, 5, 36.
14. Fan, J. B.; Chen, X.; Halushka, M. K.; Berno, A.; Huang, X.; Ryder, T.; Lipshutz, R. J.; Lockhart, D. J.; Chakravarti, A. Genome Res. 2000, 10, 853-860.
15. Pastinen, T.; Raitio, M.; Lindroos, K.; Tainola, P.; Peltonen, L.; Syvänen, A. C. Genome Res. 2000, 10, 1031-1042.
16. Bender, K. Methods Mol. Biol. 2005, 297, 243-252.
17. Bouakaze, C.; Keyser, C.; Amory, S.; Crubézy, E.; Ludes, B. Int. J. Leg, Med. 2007, 121, 493-499.
18. Lee, L. G.; Spurgeon, S. L.; Heiner, C. R.; Benson, S. C.; Rosenblum, B. B.; Menchen, S. M.; Graham, R. J.; Constantinescu, A.; Upadhya, K. G.; Cassel, J. M. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 2816-2822.
19. Rosenblum, B. B.; Lee, L. G.; Spurgeon, S. L.; Khan, S. H.; Menchen, S. M.; Heiner, C. R.; Chen, S. M. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4500-4504.
20. Milani, L.; Gupta, M.; Andersen, M.; Dhar, S.; Fryknäs, M.; Isaksson, A.; Larsson, R.; Syvänen, A. C. Nucleic Acids Res. 2007, 35, e34.
21. Alaverdian, L.; Alaverdian, S.; Bilenko, O.; Bogdanov, I.; Filippova, E.; Gavrilov, D.; Gorbovitski, B.; Gouzman, M.; Gudkov, G.; Domratchev, S.; Kosobokova, O.; Lifshitz, N.; Luryi, S.; Ruskovoloshin, V.; Stepoukhovitch, A.; Tcherevishnick, M.; Tyshko, G.; Gorfinkel, V. Electrophoresis 2002, 23, 2804-2817.
22. Guo, Z.; Guilfoyle, R. A.; Thiel, A. J.; Wang, R.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 5456-5465.
23. Luby-Phelps, K.; Mujumdar, S.; Mujumdar, R. B.; Ernst, L. A.; Galbraith, W.; Waggoner, A. S. Biophys. J. 1993, 65, 236-242.
24. Branham, W. S.; Melvin, C. D.; Han, T.; Desai, V. G.; Moland, C. L.; Scully, A. T.; Fuscoe, J. BMC Biotechnol. 2007, 7, 8.
25. Bozinov, D.; Rahnenführer, J. Bioinformatics 2002, 18, 747-756.
26. Li, Q.; Fraley, C.; Bumgarner, R. E.; Yeung, K. Y.; Raftery, A. E. Bioinformatics 2005, 21, 2875-2882.
27. Martinez, M. J.; Aragon, A. D.; Rodriguez, A. L.; Weber, J. M.; Timlin, J. A.; Sinclair, M. B.; Haaland, D. M.; Werner-Washburne, M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, e18.
28. Nuwaysir, E. F.; Huang, W.; Albert, T. J.; Singh, J.; Nuwaysir, K.; Pitas, A.; Richmond, T.; Gorski, T.; Berg, J. P.; Ballin, J.; McCormick, M.; Norton, J.; Pollock, T.; Sumwalt, T.; Butcher, L.; Porter, D.; Molla, M.; Hall, C.; Blattner, F.; Sussman, M. R.; Wallace, R. L.; Cerrina, F.; Green, R. D. Genome Res. 2002, 12, 1749-1755.
29. Yang, Y. H.; Dudoit, S.; Luu, P.; Lin, D. M.; Peng, V.; Ngai, J.; Speed, T. P. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e15.
30. Workman, C.; Jensen, L. J.; Jarmer, H.; Berka, R.; Gautier, L.; Nielser, H. B.; Saxild, H. H.; Nielsen, C.; Brunak, S.; Knudsen, S. Genome Biol. 2002, 3, research 0048.
31. Lyng, H.; Badiee, A.; Svendsrud, D. H.; Hovig, E.; Myklebost, O.; Stokke, T. BMC Genomics 2004, 5, 10.
32. Shi, L.; Tong, W.; Su, Z.; Han, T.; Han, J.; Puri, R. K.; Fang, H.; Frueh, F. W.; Goodsaid, F. M.; Guo, L.; Branham, W. S.; Chen, J. J.; Xu, Z. A.; Harris, S. C.; Hong, H.; Xie, Q.; Perkins, R. G.; Fuscoe, J. C. BMC Bioinformatics 2005, 6, S11 Suppl 2.
33. Sharov, V.; Kwong, K. Y.; Frank, B.; Chen, E.; Hasseman, J.; Gaspard, R.; Yu, Y.; Yang, I.; Quackenbush, J. BMC Biotechnol. 2004, 4, 3.
34. Lovmar, L.; Ahlford, A.; Jonsson, M.; Syvänen, A. C. BMC Genomics 2005, 6, 35.
35. Chen, D. C.; Saarela, J.; Nuotio, I.; Jokiaho, A.; Peltonen, L.; Palotie, A. Mol. Diagn. 2003, 5, 243-249.
36. Schmidt, W. D.; Erfurth, F.; Nyuyki, B.; Faßler, D. In Proceedings of the 2nd International Spectral Imaging Workshop; Leitner, R., Ed.; Villach, Austria, 2005; pp 27-34
37. Schmidt, W. D.; Erfurth, F.; Tretyakov, A. ; Nyuyki, B.; Mrotzek, G.; Saluz, H. P.; Faßler, D. In Proceedings of the 3rd International Workshop on Spectral Imaging; Leitner, R., Ed.; Graz, Austria, 2006; pp 33-47.
38. Sinclair, M. B.; Timlin, J. A.; Haaland, D. M.; Werner-Washburne, M. Appl. Opt. 2004, 43, 2079-2088.
39. Sabanayagam, C. R.; Lakowicz, J. R. Nucleic Acids Res. 2007, 35, e13.
40. Hamilton, G.; Brown, N.; Oseroff, V.; Huey, B.; Segraves, R.; Sudar, D.; Kumler, J.; Albertson, D.; Pinkel, D. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e58.
41. Schena, M.; Shalon, D.; Heller, R.; Chai, A.; Brown, P. O.; Davis, R. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 10614-10619.
42. Zhang, J.; Voss, K. O.; Shaw, D. F.; Roos, K. P.; Lewis, D. F.; Yan, J.; Jiang, R.; Ren, H.; Hou, J. Y.; Fang, Y.; Puyang, X.; Ahmadzadeh, H.; Dovichi, N. J. Nucleic Acids Res. 1999, 27, e36.
43. Schultz, R. A.; Nielsen, T.; Zavaleta, J. R.; Ruch, R.; Wyatt, R.; Garner, H. R. Cytometry 2001, 43, 239-247.
44. Tebbutt, S. J.; He, J. Q.; Burkett, K. M.; Ruan, J.; Opushnyev, I. V.; Tripp, B. W.; Zeznik, J. A.; Abara, C. O.; Nelson, C. C.; Walley, K. R. BioTechniques 2004, 37, 977-985.
45. Karger, A. E.; Harris, J. M.; Gesteland, R. F. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 4955-4962.
46. Haaland, D. M.; Sinclair, M. B.; Timlin, J. A.; Van Benrhem, M. H.; Martinez, M. J.; Aragon, A. D.; Werner-Washburne, M. Proc. SPIE 2003, 4959, 55-67.
47. Held, G. A.; Grinstein, G.; Tu, Y. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e70.
48. Skvortsov, D.; Abdueva, D.; Curtis, C.; Schaub, B.; Tavaré, S. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 4154-4163.
49. Wang, L.; Gaigalas, A. K.; Reipa, V. BioTechniques 2005, 38, 127-132.
50. Hacia, J. G.; Edgemon, K.; Sun, B.; Stern, D.; Fodor, S. P.; Collins, F. S. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3865-3866.
51. Staal, Y. C.; van Herwijnen, M. C.; van Schooten, F. J.; van Delft, J. H. BMC Genomics 2005, 6, 101.
52. Hessner, M. J.; Xiang, B.; Jia, S.; Geoffrey, R.; Holmes, S.; Meyer, L.; Muheisen, S.; Wang, X. Physiol. Genomics 2006, 25, 166-178.
53. Hessner, M.J.;.; Singh, V.K.;.; Wang, X.;.; Khan, S.;.; Tschannen, M.R.;.; Zahrt, T. C. BMC Genomics 2004, 5, 12.
54. Li, P.; Mane, S. P.; Sioson, A. A.; Robinet, C. V.; Heath, L. S.; Bohnert, H. J.; Grene, R. Plant Cell Environ. 2006, 29, 854-868.
55. Lynch, A. G.; Neal, D. E.; Kelly, J. D.; Burtt, G. J.; Thorne, N. P. BMC Bioinformatics 2007, 8, 26.
56. Mamdani, F. ; Alda, M.; Grof, P.; Young, L. T.; Rouleau, G.; Turecki, G. Am. J. Med. Genet., B: Neuropsychiatric Genet. In press.
57. Brown, J. J.; Ollier, W. E.; Thomson, W.; Matthews, J. B.; Carter, S. D.; Binns, M.; Pinchbeck, G.; Clegg, P. D. Tissue Antigens 2006, 67, 377-382.
58. Carson, S.; Cohen, A. S.; Belenkii, A.; Ruiz-Martinez, M. C.; Berka, J.; Karger, B. L. Anal. Chem. 1993, 65, 3219-3226.