Selection of aptamers against live bacterial cells

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 20, 2008, Pages 7812-7819

  Hamula, Camille L A ^a   Zhang, Hongquan ^a   Guan, Le Luo ^a   Li, Xing Fang ^a   Le, X Chris ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACIDS; BACTERIOLOGY; CELL MEMBRANES; CELLS; FLOW CYTOMETRY; INTERNET; MICROSCOPIC EXAMINATION; MOLECULES; NUCLEIC ACIDS; ORGANIC ACIDS; RNA; TARGETS;

APTAMER; APTAMERS; BACTERIAL CELLS; CELL SURFACE MOLECULES; CELL SURFACES; FLUORESCENCE MEASUREMENTS; HIGH AFFINITIES; LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS; MOLECULAR TARGETS; PROOF OF PRINCIPLES; RNA APTAMER; SECONDARY STRUCTURES; SELECTION TECHNIQUES; SELECTIVE BINDINGS; SURFACE MOLECULES; TARGET CELLS; TARGET MOLECULES;

CYTOLOGY;

APTAMER;

ARTICLE; BACTERIAL CELL; BINDING AFFINITY; FLOW CYTOMETRY; FLUORESCENCE; GENE SEQUENCE; LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS; MICROSCOPY; MOLECULAR CLONING; NONHUMAN; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

APTAMERS, NUCLEOTIDE; BACTERIA; BASE SEQUENCE; CLONING, MOLECULAR; GENE LIBRARY; LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROBIOTICS; SEQUENCE ANALYSIS, DNA; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 54349093522     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac801272s     Document Type: Article

References (46)

1. Ellington, A. D.; Szostak, J. W. Nature 1990, 346, 818-822.
2. Tuerk, C.; Gold, L. Science 1990, 249, 505-510.
3. Hicke, B. J.; Marion, C.; Chang, Y.-F.; Gould, T.; Lynott, C. K.; Parma, D.; Schmidt, P. G.; Warren, S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 48644-48654.
4. Ferreira, C. S. M.; Matthews, C. S.; Missailidis, S. Tumor Biol. 2006, 27, 289-301.
5. Chu, T. C.; Marks, J. W.; Lavery, L. A.; Faulkner, S.; Rosenblum, M. G.; Ellington, A. D.; Levy, M. Cancer Res. 2006, 66, 5989-5992.
6. Noma, T.; Ikebukuro, K.; Sode, K.; Ohkubo, K.; Sakasegawa, Y.; Hachiya, N.; Kaneko, K. Biotechnol. Lett. 2006, 28, 1377-1381.
7. Pestourie, C.; Cerchia, L.; Gombert, K.; Aissouni, Y.; Boulay, J.; De Franciscis, Y.; Libri, D.; Tavitian, B.; Duconge, F. Oligonucleotides 2006, 16, 323-335.
8. Blank, M.; Weinschenk, T.; Priemer, M.; Schluesener, H. J. Biol. Chem. 2001, 276, 16464-16468.
9. Ohuci, S. P.; Ohtsu, T.; Nakamura, Y. Nucleic Acids Sym. Ser. 2005, 49, 351-352.
10. Harada, K.; Frankel, A. D. EMBO J. 1995, 14, 5798-5811.
11. Huizenga, D. E.; Szostak, J. W. Biochemistry 1995, 34, 656-65.
12. Yianini, E.; Palumbo, M.; Gatto, B. Bioorg. Med. Chem. 2001, 9, 2543-2548.
13. Tang, J.; Shangguan, D.; Wang, K.; Shi, H.; Sefah, K.; Mallikratchy, P.; Chen, H. W.; Li, Y.; Tan, W. Anal. Chem. 2007, 79, 4900-4907.
14. Jhaveri, S.; Rajendran, M.; Ellington, A. D. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1293-1297.
15. Stojanovic, M. N.; Kolpashchikov, D. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9266-9270.
16. Morris, K. N.; Jensen, K. B.; Julin, C. M.; Gold, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995, 95, 2902-2907.
17. Gopinath, S. C.; Kawasaki, K.; Kumar, P. K. Nucleic Acids Sym. Ser. 2005, 49, 85-86.
18. Weiss, S.; Proske, D.; Neumann, M.; Groschup, M. H.; Kretzschmar, H. A.; Famulok, M.; Winnacker, E. L. J. Virol. 1997, 71, 8790-8797.
19. Ulrich, H.; Magdesian, M. H.; Alves, M. J. M.; Colli, W. J. Biol. Chem. 2002, 277, 20756-20762.
20. Sekiya, S.; Nishikawa, F.; Noda, K.; Kumar, P. K.; Yokoyama, T.; Nishikawa, S. Nucleic Acids Sym. Ser. 2005, 49, 361-362.
21. Ikanovic, M.; Rudzinski, W. E.; Bruno, J. G.; Allman, A.; Carillo, M. P.; Dwarakanath, S.; Bhahdigadi, S.; Rao, P.; Kiel, J. L.; Andrews, C. J. J. Fluoresc. 2007, 17, 193-199.
22. Bruno, J. G.; Kiel, J. L. Biosens. Bioelectron. 1999, 14, 457-464.
23. Hamula, C. L. A.; Guthrie, J. W.; Zhang, H.; Li, X.-F.; Le, X. C. Trends Anal. Chem. 2006, 25, 681-691.
24. Daniels, D. A.; Chen, H.; Hicke, B. J.; Swiderek, K. M.; Gold, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 15416-15421.
25. Cerchia, L.; Duconge, F.; Pestourie, C.; Boulay, J.; Aissouni, Y.; Gombert, K.; Tavitian, B.; de Francisas, V.; Libri, D. PLoS Biol. 2005, 3, e123.
26. Wang, C.; Zhang, M.; Yang, G.; Zhang, D.; Ding, H.; Wang, H.; Fan, M.; Shen, B.; Shao, N. J. Biotechnol. 2003, 102, 15-22.
27. Shangguan, D.; Li, Y.; Tang, Z.; Cao, Z. C.; Chen, H. W.; Mallikaratchy, P.; Sefah, K.; Yang, C. J.; Tang, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 11838-11843.
28. Shangguan, D.; Meng, L.; Cao, Z. C.; Xiao, Z.; Fang, X.; Li, Y.; Cardona, D.; Witek, R. P.; Liu, C.; Tan, W. Anal. Chem. 2008, 80, 721-728.
29. Chen, H. W.; Medley, C. D.; Sefah, K.; Shangguan, D.; Tang, Z.; Meng, L.; Smith, J. E.; Tan, W. ChemMedChem. 2008, 3, 991-1001.
30. Vivekananda, J.; Kiel, J. L. Lab. Invest. 2006, 86, 610-618.
31. Dwarakanath, S.; Bruno, J. G.; Shastry, A.; Phillips, T.; John, A. A.; Kumar, A.; Stephenson, L. D. Biochem. Biophp. Res. Commun. 2004, 325, 739-743.
32. Chen, F.; Zhou, J.; Luo, F.; Mohammed, A. B.; Zhang, X. L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 357, 743-748.
33. Ljungh, A.; Wadström, T. Curr. Issues Intest. Microbiol. 2006, 7, 73-89.
34. Boot, H. J.; Kolen, C.P.A.M.; van Noort, J. M.; Pouwels, P. H. J. Bacteriol. 1993, 175, 6089-6096.
35. Kang, J.; Soog Lee, M.; Gorenstein, D. G. J. Biochem. Biophys. Methods 2005, 64, 147-151.
36. Lortal, S.; van Heijenoort, J.; Gruber, K. J. Gen. Microbiol. 1992, 138, 611-618.
37. Danova, S. T.; Stoyancheva, G.; Manaseiv, Y.; Miteva, V. World J. Microbiol. Biotechnol. 2005, 21, 835-842.
38. Boot, H. J.; Colen, C. P.; Pot, B.; Kersters, K.; Pouwels, P. H. Microbiology 1996, 142, 2375-2384.
39. Guo, K.; Wendel, H. P.; Scheideler, L.; Ziemer, G.; Scheule, A. M. J. Cell. Mol. Med. 2005, 9, 731-736.
40. Jensen, K. B.; Atkinson, B. L.; Willis, M. C.; Koch, T. H.; Gold, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995, 92, 12220-12224.
41. Mendonsa, S. D.; Bowser, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 20-21.
42. Berezovski, M.; Drabovich, A.; Krylova, S. M.; Musheev, M.; Okhonin, V.; Petrov, A.; Krylov, S. N. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3165-3171.
43. Drolet, D. W.; Moon-McDermott, L.; Romig, T. S. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1021-1025.
44. Bock, C.; Coleman, M.; Collins, B.; Davis, J.; Foulds, G.; Gold, L.; Greef, C.; Heil, J.; Heilig, J. S.; Hicke, B.; Hurst, M. N.; Husar, G. M.; Miller, D.; Ostroff, R.; Petach, H.; Schneider, D.; Vant-Hull, B.; Waugh, S.; Weiss, A.; Wilcox, S. K.; Zichi, D. Proteomics 2004, 4, 609-618.
45. Hicke, B. J.; Stephens, A. W.; Gould, T.; Chang, Y.-F.; Lynott, C. K.; Heil, J.; Borkowski, S.; Hilger, C.-S.; Cook, G.; Warren, S.; Schmidt, P. G. J. Nucl. Med. 2006, 47, 668-678.
46. McNamara II, J. O.; Andrechek, E. R.; Wang, Y.; Viles, K. D.; Rempel, R. E.; Gilboa, E.; Sullenger, B. A.; Giangrande, P. H. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1005-1015.