Molecular dynamics of host-guest complexes of small gas molecules with calix[4]arenes

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 112, Issue 30, 2008, Pages 6829-6839

  Adams, John E ^a   Cox, Jack R ^a   Christiano, Andrew J ^a   Deakyne, Carol A ^a  

^a UNIVERSITY OF MISSOURI   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION-DESORPTION; CALIX[4] ARENES; CRYSTAL POLYMORPHS; FUNDAMENTAL QUESTIONS; GAIN INSIGHT; GAS MOLECULES; GAS TRANSPORTS; HOST GUESTS; HOST-GUEST COMPLEXES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; POTENTIALS OF MEAN FORCE; SOLID STATES; THERMAL FLUCTUATIONS;

ABSORPTION; AROMATIC COMPOUNDS; ATMOSPHERIC TEMPERATURE; CHLORINE COMPOUNDS; DESORPTION; DYES; DYNAMICS; GAS ABSORPTION; GASES; MOLECULAR DYNAMICS; PHENOLS; QUANTUM CHEMISTRY; SORPTION;

DENSITY OF GASES;

EID: 49349102918     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp800492y     Document Type: Article

References (68)

1. Atwood, J. L.; Barbour, L. J.; Jerga, A.; Schottel, B. L. Science 2002, 298, 1000-1002.
2. Atwood, J. L.; Barbour, L. J.; Jerga, A. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 2948-2950.
3. Atwood, J. L.; Barbour, L. J.; Thallapally, P. K.; Wirsig, T. B. Chem. Commun. 2005, 51-53.
4. Thallapally, P. K.; Lloyd, G. O.; Wirsig, T. B.; Bredenkamp, M. W.; Atwood, J. L.; Barbour, L. J. Chem. Commun. 2005, 5272-5274.
5. Thallapally, P. K.; Wirsig, T. B.; Barbour, L. J.; Atwood, J. L. Chem. Commun. 2005, 4420-4422.
6. Thallapally, P. K.; Dobrzanska, L.; Gingrich, T. R.; Wirsig, T. B.; Barbour, L. J.; Atwood, J. L. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 6506-6509.
7. Thallapally, P. K.; Dalgarno, S. J.; Atwood, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15060-15061.
8. Thallapally, P. K.; Kirby, K. A.; Atwood, J. L. New J. Chem. 2007, 31, 628-630.
9. Thallapally, P. K.; McGrail, B. P.; Atwood, J. L. Chem. Commun. 2007, 1521-1523.
10. Dalgarno, S. J.; Thallapally, P. K.; Barbour, L. J.; Atwood, J. L. Chem. Soc. Rev. 2007, 36, 236-245.
11. Atwood, J. L., Barbour, L. J., Jerga, A. Method of separating and storing volatile gases; (The Curators of the University of Missouri Office of Technology and Special Projects, USA). Application: WO, 2006; 32 pp.
12. Enright, G. D.; Udachin, K. A.; Ripmeester, J. A. Chem. Commun. 2004, 1360-1361.
13. Brouwer, E. B.; Enright, G. D.; Udachin, K. A.; Lang, S.; Ooms, K. J.; Halchuk, P. A.; Ripmeester, J. A. Chem. Commun. 2003, 1416-1417.
14. Atwood, J. L.; Barbour, L. J.; Lloyd, G. O.; Thallapally, P. K. Chem. Commun. 2004, 922-923.
15. Ripmeester, J. A.; Enright, G. D.; Ratcliffe, C. I.; Udachin, K. A.; Moudrakovski, I. L. Chem. Commun. 2006, 4986-4996.
16. Atwood, J. L.; Barbour, L. J.; Jerga, A. Chem. Commun. 2002, 2952-2953.
17. Udachin, K. A.; Enright, G. D.; Ratcliffe, C. I.; Ripmeester, J. A. ChemPhysChem 2003, 4, 1059-1064.
18. Ananchenko, G. S.; Udachin, K. A.; Pojarova, M.; Jebors, S.; Coleman, A. W.; Ripmeester, J. A. Chem. Commun. 2007, 707-709.
19. Ghoufi, A.; Bonal, C.; Morel, J. P.; Morel-Desrosiers, N.; Malfreyt, P. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 5095-5104.
20. Ghoufi, A.; Morel, J. P.; Morel-Desrosiers, N.; Malfreyt, P. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23579-23587.
21. Ghoufi, A.; Pison, L.; Morel, J. P.; Morel-Desrosiers, N.; Bonal, C.; Malfreyt, P. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11478-11485.
22. Lang, J.; Deckerova, V.; Czernek, J.; Lhotak, P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 044506/044501-044506/044511.
23. Leon, S.; Leigh, D. A.; Zerbetto, F. Chem.-Eur. J. 2002, 8, 4854-4866.
24. Zanuy, D.; Casanovas, J.; Aleman, C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 9876-9881.
25. Broda, F.; Vysotsky, M. O.; Boehmer, V.; Thondorf, I. Org. Biomol. Chem. 2006, 4, 2424-2432.
26. Kawaguchi, T.; Ohki, H.; Yamada, K.; Okuda, T.; Haino, T.; Fukazawa, Y. J. Mol. Struct. 2007, 833, 108-113.
27. Den Otter, W. K.; Briels, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 13167-13175.
28. Tolpekina, T. V.; Den Otter, W. K.; Briels, W. J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14476-14485.
29. Wipff, G. Book of Abstracts, 217th ACS National Meeting, Anaheim, Calif., March 21-25 1999, I&EC-227.
30. Wipff, G. Calixarenes 2001, 2001, 312-333.
31. Wipff, G.; Engler, E.; Guilbaud, P.; Lauterbach, M.; Troxler, L.; Varnek, A. New J. Chem. 1996, 20, 403-417.
32. Varnek, A.; Sirlin, C.; Wipff, G. NATO ASI Ser., Ser. C1996, 480, 67-99.
33. Varnek, A.; Volkova, T.; Petrukhin, O. M.; Wipff, G. J. Inclusion Phenom. Macrocycl. Chem. 2000, 37, 407-421.
34. Varnek, A.; Wipff, G.; Famulari, A.; Raimondi, M.; Vorob'eva, T.; Stoyanov, E. J.Chem. Soc., Perkin Trans. 2 2002, 887-893.
35. Varnek, A.; Wipff, G.; Solov'ev, V. P.; Solotnov, A. F. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 812-829.
36. Ghoufi, A.; Archirel, P.; Morel, J.-P.; Morel-Desrosiers, N.; Boutin, A.; Malfreyt, P. ChemPhysChem 2007, 8, 1648-1656.
37. Ghoufi, A.; Bonal, C.; Morel, J. P.; Morel-Desrosiers, N.; Malfreyt, P. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 11744-11752.
38. Ghoufi, A.; Malfreyt, P. Mol. Phys. 2006, 104, 3787-3799.
39. Ghoufi, A.; Malfreyt, P. J. Chem. Phys. 2006, 125, 224503/224501-224503/224512.
40. Ghoufi, A.; Malfreyt, P. Mol. Phys. 2006, 104, 2929-2943.
41. Raymo, F. M.; Bartberger, M. D.; Houk, K. N.; Stoddart, J. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9264-9267.
42. Daschbach, J. L.; Thallapally, P. K.; Atwood, J. L.; McGrail, B. P.; Dang, L. X. J. Chem. Phys. 2007, 127, 104703/104701-104703/ 104704.
43. Alavi, S.; Afagh, N. A.; Ripmeester, J. A.; Thompson, D. L. Chem.-Eur. J. 2006, 12, 5231-5237.
44. Alavi, S.; Ripmeester, J. A. Chem.-Eur. J. 2008, 14, 1965-1971.
45. de Namor, A. F. D.; Cleverley, R. M.; Zapata-Ormachea, M. L. Chem. Rev. 1998, 98, 2495-2525.
46. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, 2006.
47. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc 1995, 117, 5179-5197.
48. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2309.
49. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174.
50. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 26, 114.
51. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012.
52. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
53. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
54. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620-9631.
55. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision D.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
56. Izaguirre, J. A.; Catarello, D. P.; Wozniak, J. M.; Skeel, R. D. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2090-2098.
57. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
58. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
59. NIST Chemistry Webbook. Thermophysical Properties of Fluid Systems. http://webbook.nist.gov/chemistry/fluid/(January 16, 2008).
60. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339-1350.
61. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282.
62. Trzesniak, D.; Kunz, A.-P. E.; van Gunsteren, W. F. ChemPhys-Chem 2007, 8, 162-169.
63. Grossfield, A. An implementation of WHAM: the weighted histogram analysis method, version 2.0.2, 2008.
64. Dennington, II R.; Keith, T.; Millam, J.; Eppinnett, K.; Hovell, W. L.; Gilliland, R. GaussView, version 3.09; Semichem, Inc.: Shawnee Mission, KS, 2003.
65. Graham, C.; Imrie, D. A.; Raab, R. E. Mol. Phys. 1998, 93, 49-56.
66. Nowak, R.; Menapace, J. A.; Bernstein, E. R. J. Chem. Phys. 1988, 89, 1309-1321.
67. Pribble, R. N.; Hagemeister, F. C.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 1997, 106, 2145-2157.
68. Boese, R.; Clark, T.; Gavezzotti, A. Helv. Chim. Acta 2003, 86, 1085-1100.