Amide I infrared spectral features characteristic of some untypical conformations appearing in the structures suggested for amyloids

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 29, 2008, Pages 8737-8743

  Torii, Hajime ^a  

^a SHIZUOKA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLYCOPROTEINS;

AMIDE I; DENSITY-FUNCTIONAL; INFRARED(IR); LOOP REGIONS; SPECTRAL FEATURES;

AMIDES;

EID: 49149118212     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp801364s     Document Type: Article

References (64)

1. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
2. Mantsch, H, H.; Casal, H. L.; Jones, R. N. In Spectroscopy of Biological Systems; Clark, R. J. H., Hester, R. E., Eds.; Advances in Spectroscopy, Vol. 13; Wiley: New York, 1986; p 1.
3. Torii, H.; Tasumi, M. In Infrared Spectroscopy of Biomolecules; Mantsch, H. H., Chapman, D., Eds.; Wiley-Liss: New York, 1996; p I.
4. Byler, D. M.; Susi, H. Biopolymers 1986, 25, 469.
5. Surewitz, W. K.; Mantsch, H. H.; Chapman, D. Biochemistry 1993, 32, 389.
6. Krimm, S.; Abe, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 2788.
7. Moore, W. H.; Krimm, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1975, 72, 4933.
8. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
9. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81.
10. Schweitzer-Stenner, R. J. Raman Spectrosc. 2001, 32, 711.
11. Brauner, J. W.; Flach, C. R.; Mendelsohn, R. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 100.
12. Cha, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 740.
13. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2036.
14. Hamm, P.; Woutersen, S. Bull. Chem. Soc Jpn. 2002, 75, 985.
15. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9132.
16. Gorbunov, R. D.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 224904.
17. Ham, S.; Kim, J. H.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3491.
18. Watson, T. M.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6843.
19. Bouř, P.; Keiderling, T. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11253.
20. Bouř, P.; Michalik, D.; Kapitan, J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 144501.
21. Torii, H. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 7272.
22. Torii, H. J. Mol. Struct. 2005, 735/736, 21.
23. Schmidt, J. R.; Corcelli, S. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8887.
24. Hayashi, T.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 9747.
25. Jansen, T. I. C.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2006, 124, 044502.
26. Torii, H. In Atoms, Molecules and Clusters in Electric Fields. Theoretical Approaches to the Calculation of Electric Polarizability; Maroulis, G., Ed.; Imperial College Press: London, 2006; p 179.
27. Miyazawa, T. J. Chem. Phys. 1960, 32, 1647.
28. Miyazawa, T.; Blout, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1961, 83, 712.
29. Paul, C.; Axelsen, P. H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5754.
30. Benzinger, T. L. S.; Gregory, D. M.; Burkoth, T. S.; Miller-Auer, H.; Lynn, D. G.; Botto, R. E.; Meredith, S. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 13407.
31. Balbach, J. J.; Petkova, A. T.; Oyler, N. A.; Antzutkin, O. N.; Gordon, D. J.; Meredith, S. C.; Tycko, R. Biophys. J. 2002, 83, 1205.
32. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16742.
33. Tycko, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 96.
34. Tjernberg, L. O.; Callaway, D. J. E.; Tjernbergi, A.; Hahne, S.; Lilliehöök, C.; Terenius, L.; Thyberg, J.; Nordstedt, C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 12619.
35. Balbach, J. J.; Ishii, Y.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Rizzo, N. W.; Dyda, F.; Reed, J.; Tycko, R. Biochemistry 2000, 39, 13748.
36. Hiramatsu, H.; Goto, Y.; Naiki, H.; Kitagawa, T. J. Am. Chem. Soc 2005, 127, 7988.
37. Lührs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Döbeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17342.
38. Pauling, L.; Corey, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 251.
39. Pauling, L.; Corey, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 729.
40. Armen, R. S.; DeMarco, M. L.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 11622.
41. Armen, R. S.; Bernard, B. M.; Day, R.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13433.
42. Daggett, V. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 594.
43. Milner-White, E. J.; Watson, J. D.; Qi, G.; Hayward, S. Structure 2006, 14, 1369.
44. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature 2005, 435, 773.
45. Barth, A. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1767, 1073.
46. Mortensen, A.; Faurskov Nielsen, O.; Yarwood, J.; Shelley, V. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5221.
47. Mortensen, A.; Faurskov Nielsen, O.; Yarwood, J.; Shelley, V. J. Phys. Chem. 1995, 99, 4435.
48. Torii, H. In Novel Approaches to the Structure and Dynamics of Liquids: Experiments, Theories and Simulations; Samios, J., Durov, V. A., Eds.; Kluwer: Dordrecht, The Netherlands, 2004; p 343.
49. Perutz, M. F.; Johnson, T.; Suzuki, M.; Finch, J. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 5355.
50. Perutz, M. F.; Pope, B. J.; Owen, D.; Wanker, E. E.; Scherzinger, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5596.
51. Orpiszewski, J.; Benson, M. D. J. Mol.. Biol. 1999, 289, 413.
52. Bevivino, A. E.; Loll, P. J. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11955.
53. Chan, J. C. C.; Oyler, N. A.; Yau, W.-M.; Tycko, R. Biochemistry 2005, 44, 10669.
54. van der Wel, P. C. A.; Lewandowski, J. R.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5117.
55. Murry, R. L.; Fourkas, J. T.; Li, W.-X.; Keyes, T. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10410.
56. Miyazawa, T.; Shimanouchi, T.; Mizushima, S. J. Chem. Phys. 1956, 24, 408.
57. Eaton, G.; Symons, M. C. R.; Rastogi, P. P. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1 1989, 85, 3257.
58. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J,; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B,; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
59. Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6915.
60. Heitz, F.; Detriche, G.; Vovelle, F.; Spach, G. Macromolecules 1981, 14, 47.
61. Fabian, H.; Choo, L.-P.; Szendrei, G. I.; Jackson, M.; Halliday, W. C.; Otvos, L., Jr.; Mantsch, H. H. Appl. Spectrosc. 1993, 47, 1513.
62. Chiti, F.; Webster, P.; Taddei, N.; Clark, A.; Stefani, M.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3590.
63. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12048.
64. Zandomeneghi, G.; Krebs, M. R. H.; McCammon, M. G.; Fändrich, M. Protein Sci. 2004, 13, 3314.