Sequence-based identification of specific drug target regions in the thymidylate synthase enzyme family

ChemMedChem

Volumn 3, Issue 3, 2008, Pages 392-401

  Ferrari, Stefania ^a   Losasso, Valeria ^a   Costi, Maria Paola ^a,b  

^a UNIVERSITY OF MODENA AND REGGIO EMILIA   (Italy)

^b SISSA   (Italy)

Author keywords

Drug discovery; Drug targets; Sequence analysis; Specificity; Thymidylate synthases

Indexed keywords

ANTIINFECTIVE AGENT; ANTINEOPLASTIC AGENT; ENZYME INHIBITOR; THYMIDYLATE SYNTHASE;

BACTERIUM; CLASSIFICATION; DRUG ANTAGONISM; DRUG DELIVERY SYSTEM; DRUG DESIGN; DRUG EFFECT; ENZYME SPECIFICITY; ENZYMOLOGY; REVIEW; SEQUENCE ANALYSIS;

ANTI-INFECTIVE AGENTS; ANTINEOPLASTIC AGENTS; BACTERIA; DRUG DELIVERY SYSTEMS; DRUG DESIGN; ENZYME INHIBITORS; SEQUENCE ANALYSIS; SUBSTRATE SPECIFICITY; THYMIDYLATE SYNTHASE;

EID: 48049091639     PISSN: 18607179     EISSN: 18607187     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cmdc.200700215     Document Type: Article

References (50)

1. B. J. Druker, Trends Mol. Med. 2002, 8(Suppl. 4), S14-8.
2. B. Fingleton, Curr. Pharm. Des. 2007, 13, 333-346.
3. H. R. Saibil, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 711-714.
4. A. Engel, D. J. Mueller, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 715-718.
5. T. E. Fisher, P. E. Marszalek, J. M. Fernandez, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 719-724.
6. S. Weiss, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 724-729.
7. P. R. Selvin, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 730-734.
8. W. L. Hubbell, D. S. Cafiso, C. Altenbach, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 735-739.
9. R. Ishima, D. A. Torchia, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 740-743.
10. G. W. Daughdrill, P. Narayanaswami, S. H. Gilmore, A. Belczyk, C. J. Brown, J. Mol. Evol. 2007, 65, 277-288.
11. E. Chu, M. A. Callender, M. P. Farrell, J. C. Schmitz, Cancer Chemother. Pharmacol. 2003, 52(Suppl. 1), 80-9.
12. M. P. Costi, D. Tondi, M. Rinaldi, D. Barlocco, P. Pecorari, F. Soragni, A. Venturelli, R. M. Stroud, Biochim. Biophys. Acta Mol. Basis Dis. 2002, 1587, 206-214.
13. D. Leduc, F. Escartin, H. F. Nijhout, M. C. Reed, U. Liebl, S. Skouloubris, H. Myllykallio, J. Bacteriol. 2007, 189, 8537-8545.
14. J. L. Tonkinson, P. Marder, S. L. Andis, R. M. Schultz, L. S. Gosset, C. Shih, L. G. Mendelsohn, Cancer Chemother. Pharmacol. 1997, 39, 521-531.
15. R. D. Ladner, Curr. Protein Pept. Sci. 2001, 2, 361-370.
16. S. J. Welsh, S. Hobbs, G. W. Aherne, Eur. J. Cancer 2003, 39, 378-387.
17. M. P. Costi, M. Rinaldi, D. Tondi, P. Pecorari, D. Barlocco, S. Ghelli, R. M. Stroud, D. V. Santi, T. J. Stout, C. Musiu, E. M. Marangiu, A. Pani, D. Congiu, G. A. Loi, P. La Colla, J. Med. Chem. 1999, 42, 2112-2124.
18. T. J. Stout, D. Tondi, M. Rinaldi, D. Barlocco, P. Pecorari, D. V. Santi, I. D. Kuntz, R. M. Stroud, B. K. Shoichet, M. P. Costi, Biochemistry 1999, 38, 1607-1617.
19. S. Ferrari, M. P. Costi, R. C. Wade, Chem. Biol. 2003, 10, 1183-1193.
20. D. Tondi, U. Slomczynska, M. P. Costi, D. M. Watterson, S. Ghelli, B. K. Shoichet, Chem. Biol. 1999, 6, 319-331.
21. D. Tondi, A. Venturelli, S. Ferrari, S. Ghelli, M. P. Costi, J. Med. Chem. 2005, 48, 913-916.
22. M. P. Costi, A. Gelain, D. Barlocco, S. Ghelli, F. Soragni, F. Reniero, T. Rossi, A. Ruberto, C. Guillou, A. Cavazzuti, C. Casolari, S. Ferrari, J. Med. Chem. 2006, 49, 5958-5968.
23. J. L. Dynes, R. A. Firtel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989, 86, 7966-7970.
24. A. Chernyshev, T. Fleischmann, A. Kohen, Appl. Microbiol. Biotechnol. 2007, 74, 282-289.
25. J. Zhong, S. Skouloubris, Q. Dai, H. Myllykallio, A. G. Barbour, J. Bacteriol. 2006, 188, 909-918.
26. P. Sampathkumar, S. Turley, C. H. Sibley, W. G. J. Hol, J. Mol. Biol. 2006, 360, 1-6.
27. J. Griffin, C. Roshick, E. Iliffe-Lee, G. McClarty, J. Biol. Chem. 2004, 280, 5456-5467.
28. P. Sampathkumar, S. Turley, J. E. Ulmer, H. G. Rhie, C. H. Sibley, W. G. J. Hol, J. Mol. Biol. 2005, 352, 1091-1104.
29. D. Leduc, S. Graziani, G. Lipowski, C. Marchand, P. Le Marechal, U. Liebl, H. Myllykallio, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 7252-7257.
30. M. Y. Galperin, E. V. Koonin, Nat. Biotechnol. 2000, 18, 609-613.
31. H. Myllykallio, G. Lipowski, D. Leduc, J. Filee, P. Forterre, U. Liebl, Science 2002, 297, 105-107.
32. A. Chernyshev, T. Fleischmann, E. M. Kohen, S. A. Lesley, A. Kohen, Chem. Commun. 2007, 2861-2863.
33. A. Mason, N. Agrawal, M. T. Washington, S. A. Lesley, A. Kohen, Chem. Commun. 2006, 1781-1783.
34. S. Graziani, J. Bernauer, S. Skouloubris, M. Graille, C-Z Zhou, C. Marchand, P. Decottignies, H. van Tilbeurgh, H. Myllykallio, U. Liebl, J. Biol. Chem. 2006, 281, 24048-24057.
35. N. Agrawal, S. A. Lesley, P. Kuhn, A. Kohen, Biochemistry 2004, 43, 10295-10301.
36. J. D. Thompson, D. G. Higgins, T. J. Gibson, Nucleic Acids Res. 1994, 22, 4673-4680.
37. C. Combet, C. Blanchet, C. Geourjon, G. Deléage, Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 147-150.
38. GeneDoc: Analysis and Visualization of Genetic Variation: K. B. Nicholas, H. B. Nicholas, Jr., D. W. Deerfield II, EMBNET News 1997, 4, 14; http://www.psc.edu/biomed/genedoc (accessed January 28, 2008).
39. S. A. Lesley, P. Kuhn, A. Godzik, A. M. Deacon, I. Mathews, A. Kreusch, G. Spraggon, H. E. Klock, D. McMullan, T. Shin, J. Vincent, A. Robb, L. S. Brinnen, M. D. Miller, T. M. McPhilips, A. M. Miller, D. Scheibe, J. M. Canaves, C. Guda, L. Jaroszewski, T. L. Selby, M. A. Elsliger, J. Woley, S. S. Taylor, K. O. Hodgson, I. A. Wilson, P. G. Schultz, R. C. Stevens, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 11664-11669.
40. P. Kuhn, S. A. Lesley, I. I. Mathews, J. M. Canaves, L. S. Brinen, X. Dai, A. M. Deacon, M. A. Elsliger, S. Eshaghi, R. Floyd, A. Godzik, C. Grittini, S. K. Grzechnik, C. Guda, K. O. Hodgson, L. Jaroszewski, C. Karlak, H. E. Klock, E. Koesema, J. M. Kovarik, A. T. Kreusch, D. McMullan, T. M. McPhillips, M. A. Miller, M. Miller, A. Morse, K, Moy, J. Ouyang, A. Robb, K. Rodrigues, T. L. Selby, G. Spraggon, R. C. Sevens, S. S. Taylor, H. van der Beden, J. Velasquez, J. Vincent, X. Wang, B. West, G. Wolf, J. Wooley, I. A. Wilson, Proteins Struct. Funct. Genet. 2002, 49, 142-145.
41. I. I. Mathews, A. M. Deacon, J. M. Canaves, D. McMullan, S. A. Lesley, S. Agarwalla, P. Kuhn, Structure 2003, 11, 677-690.
42. M. P. Costi, S. Ferrari, A. Venturelli, S. Calò, D. Tondi, D. Barlocco, Curr. Med. Chem. 2005, 12, 2241-2258.
43. L. W. Hardy, J. S. Finer-Moore, W. R. Montfort, M. O. Jones, D. V. Santi, R. M. Stroud, Science 1987, 235, 448-455.
44. J. Phan, S. Koli, W. Minor, R. B. Dunlap, S. H. Berger, L. Lobioda, Biochemistry 2001, 40, 1897-1902.
45. K. M. Perry, E. B. Fauman, J. S. Finer-Moore, W. R. Montfort, G. F. Maley, F. Maley, R. M. Stroud, Proteins Struct. Funct. Genet. 1990, 8, 315-333.
46. R. M. Stroud, J. S. Finer-Moore, Biochemistry 2003, 42, 239-247.
47. J. S. Finer-Moore, D. V. Santi, R. M. Stroud, Biochemistry 2003, 42, 248-256.
48. A. C. Anderson, Acta Crystallogr. Sect. F 2005, 61, 258-262.
49. J. Yuvaniyama, P. Chitnumsub, S. Kamchonwongpaisan, J. Vanichtanankul, W. Sirawaraporn, P. Taylor, M. S. Walkinshaw, Y. Yuthavong, Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 357-365.
50. D. R. Knighton, C. C. Kan, E. Howland, C. A. Janson, Z. Hostomska, K. M. Welsh, D. A. Matthees, Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 186-194.