SPR imaging for label-free multiplexed analyses of DNA N-glycosylase interactions with damaged DNA duplexes

Analyst

Volumn 133, Issue 8, 2008, Pages 1036-1045

  Corne, Christelle ^a   Fiche, Jean Bernard ^a   Gasparutto, Didier ^a   Cunin, Valérie ^b   Suraniti, Emmanuel ^a   Buhot, Arnaud ^a   Fuchs, Julia ^a   Calemczuk, Roberto ^a   Livache, Thierry ^a   Favier, Alain ^a,b  

^a CEA GRENOBLE   (France)

^b GRENOBLE UNIVERSITY HOSPITAL   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

5',8 CYCLOPURINE 2' DEOXYNUCLEOSIDE; 8 HYDROXYDEOXYGUANOSINE; DNA GLYCOSYLTRANSFERASE; DOUBLE STRANDED DNA; NUCLEIC ACID BASE; NUCLEOSIDE DERIVATIVE; OLIGONUCLEOTIDE;

ARTICLE; BINDING AFFINITY; DNA BINDING; DNA CLEAVAGE; DNA DAMAGE; DNA MICROARRAY; DNA REPAIR; ENZYME ACTIVITY; ENZYME SUBSTRATE; EXCISION REPAIR; POLYMERIZATION; PRISM; PROTEIN DNA INTERACTION; SURFACE PLASMON RESONANCE;

EID: 47749090584     PISSN: 00032654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b801086b     Document Type: Article

References (67)

1. T. Lindahl Nature 1993 362 709 715
2. J. Cadet T. Delatour T. Douki D. Gasparutto J.-P. Pouget J.-L. Ravanat S. Sauvaigo Mutat. Res. 1999 424 9 21
3. C. J. Burrows J. G. Muller Chem. Rev. 1998 98 1109 1152
4. J. Cadet T. Douki D. Gasparutto J.-L. Ravanat Mutat. Res. 2003 531 5 23
5. O. D. Scharer Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 2946 2974
6. J. H. Hoeijmakers Nature 2001 411 366 374
7. H. E. Krokan R. Standal G. Slupphaug Biochem. J. 1997 325 1 16
8. S. S. David S. D. Williams Chem. Rev. 1998 98 1221 1262
9. P. Fortini B. Pascucci E. Parlanti M. D'Errico V. Simonelli E. Dogliotti Biochimie 2003 85 1053 1071
10. E. Dogliotti P. Fortini B. Pascucci E. Parlanti Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 2001 68 3 27
11. B. N. Ames L. S. Gold Mutat. Res. 1991 250 3 16
12. J. R. Mitchell J. H. Hoeijmakers L. J. Niedernhofer Curr. Opin. Cell Biol. 2003 15 232 240
13. S. Bjelland E. Seeberg Mutat. Res. 2003 531 37 80
14. S. S. David V. L. O'Shea S. Kundu Nature 2007 447 941 950
15. T. Paz-Elizur M. Krupsky S. Blumenstein D. Elinger E. Schechtman Z. Livneh J. Natl. Cancer Inst. 2003 95 1312 1319
16. E. L. Goode C. M. Ulrich J. D. Potter Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2002 11 1513 1530
17. E. Chow C. Thirlwell F. Macrae L. Lipton Lancet Oncol. 2005 5 600 606
18. J. R. Sampson S. Jones S. Dolwani J. D. Cheadle Biochem. Soc. Trans. 2005 33 679 683
19. J. D. Cheadle J. R. Sampson DNA Repair 2007 6 274 279
20. S. Chevillard J. P. Radicella C. Levalois J. Lebeau M. F. Poupon S. Oudard B. Dutrillaux S. Boiteux Oncogene 1998 16 3083 3086
21. L. Le Marchand T. Donlon A. Lum-Jones A. Seifried L. R. Wilkens Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2002 11 409 412
22. R. Rosell R. V. Lord M. Taron N. Reguart Lung Cancer 2002 38 217 227
23. V. Gerniou D. Rapin J. F. Millau E. Bufflier A. Favier J. Cadet S. Sauvaigo Appl. Nanosci. 2004 1 39 46
24. S. Sauvaigo V. Guerniou D. Rapin D. Gasparutto S. Caillat A. Favier Anal. Biochem. 2004 333 182 192
25. G. J. Wegner H. J. Lee G. Marriott R. M. Corn Anal. Chem. 2003 75 4740 4746
26. C. Leontiou R. Lightowlers J. H. Lakey C. A. Austin FEBS Lett. 2003 554 206 210
27. E. Maillart K. Brengel-Pesce D. Capela A. Roget T. Livache M. Canva Y. Levy T. Soussi Oncogene 2004 23 5543 5550
28. Y. Li H. J. Lee R. M. Corn Nucleic Acids Res. 2006 34 6416 6424
29. E. Bouffartigues H. Leh M. Anger-Leroy S. Rimsky M. Buckle Nucleic Acids Res. 2007 35 e39
30. L. K. Wolf Y. Gao R. M. Georgiadis J. Am. Chem. Soc. 2007 129 10503 10511
31. H. S. Ro B. H. Koh S. O. Jung H. K. Park Y. B. Shin M. G. Kim B. H. Chung Proteomics 2006 7 2108 2111
32. J. S. Yuk H. S. Kim J. W. Jung S. H. Jung S. J. Lee W. J. Kim J. A. Han Y. M. Kim K. S. Ha Biosens. Bioelectron. 2006 21 1521 1528
33. E. A. Smith W. D. Thomas L. L. Kiessling R. M. Corn J. Am. Chem. Soc. 2003 125 6140 6148
34. B. P. Nelson T. E. Grimsrud M. R. Liles R. M. Goodman R. M. Corn Anal. Chem. 2001 73 1 7
35. J. B. Fiche A. Buhot R. Calemczuk T. Livache Biophys. J. 2007 92 935 946
36. D. Gasparutto C. Saint-Pierre M. Jaquinod A. Favier J. Cadet Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2003 22 1583 1586
37. T. Livache A. Roget E. Dejean C. Barthet G. Bidan R. Teoule Nucleic Acids Res. 1994 22 2915 2921
38. A.-G. Bourdat D. Gasparutto J. Cadet Nucleic Acids Res. 1999 27 1015 1024
39. A. Romieu D. Gasparutto D. Molko J. Cadet J. Org. Chem. 1998 63 5245 5249
40. D. Gasparutto A.-G. Bourdat C. D'Ham V. Duarte A. Romieu J. Cadet Biochimie 2000 82 19 24
41. N. P. Gerry N. E. Witowski J. Day R. P. Hammer G. Barany F. Barany J. Mol. Biol. 1999 292 251 262
42. S. Boiteux T. O'Connor J. Laval EMBO J. 1987 6 3177 3183
43. W. Knoll Annu. Rev. Phys. Chem. 1998 49 569 638
44. J. M. Brockman B. P. Nelson R. M. Corn Annu. Rev. Phys. Chem. 2000 51 41 63
45. P. Guedon T. Livache F. Martin F. Lesbre A. Roget G. Bidan Y. Levy Anal. Chem. 2000 72 6003 6009
46. A. W. P. Vermeer C. E. Giacomelli W. Norde Biochim. Biophys. Acta 2001 1526 61 69
47. J. C. Fromme G. L. Verdine J. Biol. Chem. 2003 278 51543 51548
48. D. O. Zharkov G. Shoham A. P. Grollman DNA Repair 2003 2 839 862
49. S. Kuznetsova A. Rykhlevskay M. Taranenko O. Sidorkina T Oretskaya J. Laval Biochimie 2003 85 511 519
50. G. W. Buchko K. Mc, Ateer S. S. Wallace M. A. Kennedy DNA Repair 2005 4 327 339
51. A. Banerjee W. L. Santos G. L. Verdine Science 2006 311 1153 1157
52. B. Castaing A. Geiger H. Seliger P. Nehls J. Laval C. Zelwer S. Boiteux Nucleic Acids Res. 1993 21 2899 2905
53. J. Tchou V. Bodepudi S. Shibutani I. Antoshechkin J. Miller A. P. Grollman F. Johnson J. Biol. Chem. 1994 269 15318 15324
54. K. Asagoshi T. Yamada H Terato Y Ohyama Y Monden T. Arai S. Nishimura H. Aburatani T Lindahl H. Ide J. Biol. Chem. 2000 275 4956 4864
55. O. S. Fedorova G. A. Nevinsky V. V. Koval A. A. Ishchenko N. L. Vasilenko K. T. Douglas Biochemistry 2002 41 1520 1528
56. D. O. Zharkov A. A. Ishchenko K. T. Douglas G. A. Nevinsky Mutat. Res. 2003 531 141 156
57. E. Muller, Ph.D. Thesis, University of Grenoble, France, 2002 (Supervisors: J. Cadet and D. Gasparutto)
58. A. W. Francis S. S. David Biochemistry 2003 42 801 810
59. I. Kuraoka C. Bender A. Romieu J. Cadet R. D. Wood T. Lindahl Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 3832 3837
60. P. J. Brooks D. S. Wise D. A. Berry J. V. Kosmoski M. J. Smerdon R. L. Somers H. Mackie A. Y. Spoonde E. J. Ackerman K. Coleman R. E. Tarone J. H. Robbins J. Biol. Chem. 2000 275 22355 22362
61. I. Kuraoka P. Robins C. Masutani F. Hanaoka D. Gasparutto J. Cadet R. D. Wood T. Lindahl J. Biol. Chem. 2001 276 49283 49288
62. C. Marietta H. Gulam P. J. Brooks DNA Repair 2002 1 967 975
63. M. D'Errico E. Parlanti M. Teson B. M. Bernardes de Jesus P. Degan A. Calcagnile P. Jaruga M. Bjørås M. Crescenzi A. Pedrini J. M. Egly G. Zambruno M. Stefanini M. Dizdaroglu E. Dogliotti EMBO J. 2006 25 4305 4315
64. H. Rodriguez P. Jaruga D. Leber S. G. Nyaga M. K. Evans M. Dizdaroglu Biochemistry 2007 46 2488 2496
65. J. B. Fiche J. Fuchs A. Buhot R. Calemczuk T. Livache Anal. Chem. 2008 80 1049 1057
66. V. Hegde M. Wang W. A. Deutsch DNA Repair 2004 3 121 126
67. G. Panayotou T. Brown T. Barlow L. H. Pearl R. Savva J. Biol. Chem. 1998 273 45 50