Oxygen activation by rieske non-heme iron oxygenases, a theoretical insight

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 34, 2004, Pages 13031-13041

  Bassan, Arianna ^a   Blomberg, Margareta R A ^a   Borowski, Tomasz ^a   Siegbahn, Per E M ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ELECTRON AFFINITY; ELECTRON TRANSFER; MOLECULAR OXYGEN;

AROMATIC HYDROCARBONS; BACTERIA; ELECTRONS; INFORMATION ANALYSIS; IRON COMPOUNDS; MATHEMATICAL MODELS; NAPHTHALENE; OXYGEN; THERMODYNAMICS;

ACTIVATION ANALYSIS;

EID: 4444338820     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp048515q     Document Type: Article

References (48)

1. Gibson, D. T.; Parales, R. E. Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 235-243.
2. Jeffrey, A. M.; Yeh H, J. C.; Jerina, D. M.; Patel, T. R.; Davey, J. F.; Gibson, D. T. Biochemistry 1975, 14, 575-584.
3. Kauppi, B.; Lee, K.; Carredano, E.; Parales, R. E.; Gibson, D. T.; Eklund, H.; Ramaswamy, S. Structure 1998, 6, 571-586.
4. Parales, R. E. J. Ind. Microbiol Biotechnol. 2003, 30, 271-273.
5. Ramaswamy, S. In Handbook of Metalloproteins; Messerschmidt, A., Huber, R., Poulos, T., Wieghardt, K., Eds.; John Wiley & Sons: Chichister, U.K., 2001; pp 613-621.
6. Nordlund, P. In Handbook of metalloproteins; Bertini, I., Sigel, A., Sigel, H., Eds.; Marcel Dekker: New York, 2001; pp 511-517.
7. Karlsson, A. Ph.D. thesis, Swedish University of Agricultural Science, Uppsala, 2002.
8. Bugg, T. D. H. Tetrahedron 2003, 59, 7075-7101.
9. Hegg, E. L.; Que, L., Jr. Eur. J. Biochem. 1997, 250, 625-629.
10. Que, L., Jr. Nature Struct. Biol. 2000, 7, 182-184.
11. Costas, M.; Mehn, M. P.; Jensen, M. P.; Que, L., Jr. Chem. Rev. 2004, 104, 939-986.
12. Solomon, E. I.; Brunold, T. C.; Davis, M. I.; Kemseley, J. N.; Lee, S.-K.; Lehnert, N.; Neese, F.; Skulan, A. J.; Yang, Y.-S.; Zhou, J. Chem. Rev. 2000, 100, 235-349.
13. Ryle, M. J.; Hausinger, R. P. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 193-201.
14. Karlsson, A.; Parales, J. V.; Parales, R. E.; Gibson, D. T.; Eklund, H.; Ramaswamy, S. Science 2003, 299, 1039-1042.
15. Holm, R.; Kennepohl, P.; Solomon, E. I. Chem. Rev. 1996, 96, 2239-2314.
16. Wolfe, M. D.; Parales, J. V.; Gibson, D. T.; Lipscomb, J. D. J. Biol. Chem. 2001, 276, 1945-1953.
17. Wolfe, M. D.; Lipscomb, J. D. J. Biol. Chem. 2001, 278, 829-835.
18. Lee, K. J. Bacter. 1999, 181, 2719-2725.
19. Bassan, A.; Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Biol. Inorg. Chem. 2004, 9, 439-452.
20. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
21. Stevens, P. J.; Devlin, F. J.; Chablowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627.
22. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
23. Jaguar 4.0. Schrödinger, Inc., Portland, Oregon, 2000.
24. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millan, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, I. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian98; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
25. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299-310.
26. Siegbahn, P. E. M. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1634-1645.
27. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A. Chem. Rev. 2000, 100, 421-437.
28. Tannor, D. J.; Marten, B.; Murphy, R.; Friesner, R. A.; Sitkoff, D.; Nicholls, A.; M., R.; Goddard III, W. A.; Honig, B. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11875-11882.
29. Marten, B.; Kim, K.; Cortis, C.; Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Ringnalda, M.; Sitkoff, D.; Honig, B. J. Biol. Chem. 1996, 100, 11775-11788.
30. Mouesca, J.-M.; Chen, J. C.; Noodleman, L.; Bashford, D.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11898-11914.
31. Siegbahn, P. E. M. Q. Rev. Biophys. 2003, 36, 91-145.
32. Curtiss, L. A.; Raghavachari, K.; Redfern, P. C.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 2000, 112, 7374-7383.
33. Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9375-9386.
34. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 1999, 50, 221-249.
35. Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim. Biophys. Acta 1985, 811, 265-322.
36. Beratan, D. N.; Onuchic, J. N.; Betts, J. N.; Bowler, B. E.; Gray, H. B. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 7915-7921.
37. Machonkin, T. E.; Solomon, E. I. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12547-12560.
38. Beratan, D. N.; Betts, J. N.; Onuchic, J. N. Science 1991, 252, 1285-1288.
39. Betts, J. N.; Beratan, D. N.; Onuchic, J. N. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4043-4046.
40. Sigfridsson, E.; Olsson, M. H. M.; Ryde, U. Inorg. Chem. 2001, 40, 2509-2519.
41. Ullmann, G. M.; Noodleman, L.; Case, D. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 632-639.
42. Noodleman, L.; Pend, C. Y.; Case, D. A.; Mouesca, J.-M. Coordin. Chem. Rev. 1995, 144, 199-244.
43. Solomon, E. I. Inorg. Chem. 2001, 40, 3656-3669.
44. III (S = 5/2).
45. Bassan, A.; Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. Chem. Eur. J. 2003, 9, 106-115.
46. Wirstam, M.; Lippard, S. J.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3980-3987.
47. Barbara, P. F.; Meyer, T. J.; Ratner, M. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13148-13168.
48. Bassan, A. Ph.D. thesis, Stockholm University, Stockholm, 2004.