On achieving experimental accuracy from molecular dynamics simulations of flexible molecules: Aqueous glycerol

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 112, Issue 12, 2008, Pages 2634-2639

  Yongye, Austin B ^a   Foley, B Lachele ^a   Woods, Robert J ^a  

^a UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AQUEOUS PHASE; ENHANCED SAMPLING; FLEXIBLE MOLECULES; FORCE FIELD (FF); INFINITE DILUTION; ISOMERIC STATES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS (MDS); MOLECULAR-DYNAMICS (MD) SIMULATIONS; NMR DATA; REPLICA EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS (REX-MD); SAMPLING METHODS; TIME SCALING;

GLYCEROL; INTERLOCKING SIGNALS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; QUANTUM CHEMISTRY;

DYNAMICS;

GLYCEROL; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PLIABILITY; QUANTUM THEORY; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; TIME;

COMPUTER SIMULATION; GLYCEROL; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; PLIABILITY; QUANTUM THEORY; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; TIME FACTORS; WATER;

EID: 41649092368     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp710544s     Document Type: Article

References (43)

1. Root, L. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 4350.
2. Champeney, D. C.; Joadar, R. N.; Dore, J. C. Mol. Phys. 1986, 58, 337.
3. Dawidowski, J.; Bermejo, F. J.; Fayos, R.; Fernandez Perea, R.; Bennington, S. M.; Criado, A. Phys. Rev. E 1996, 53, 5079.
4. Lee, R. E.; Chen, C.-P.; Denlinger, D. L. Science 1987, 238, 1415.
5. Dirama, T. E.; Carri, G. A.; Sokolov, A. P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 244910.
6. Dirama, T. E.; Carri, G. A.; Sokolov, A. P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 114505.
7. Na, G. C.; Timasheff, S. N. J. Mol. Biol. 1981, 151, 165.
8. Bastiansen, O. Acta Chem. Scand. 1949, 3, 415.
9. Callam, C. S.; Singer, S. J.; Lowary, T. L.; Hadad, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11743.
10. Garawi, M.; Dore, J. C.; Champeney, D. C. Mol. Phys. 1987, 62, 475.
11. van Koningsveld, H. Recl. Trav. Chim. 1968, 87, 243.
12. van Koningsveld, H. Recueil 1970, 89, 801.
13. Chelli, R.; Procacci, P.; Cardini, G.; Della Valle, R. G.; Califano, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 871.
14. Maccaferri, G.; Caminati, W.; Favero, P. G. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1997, 95, 4115.
15. Teppen, B. J.; Cao, M.; Frey, R. F.; van Alsenoy, C.; Miller, D. M.; Schafer, L. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1994, 314, 169.
16. van den Enden, L.; van Alsenoy, C.; Scarsdale, J. N.; Schafer, L. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1983, 104, 471.
17. van Alsenoy, C.; Klimkowski, V. J.; Ewbank, J. D.; Schafer, L. J. Mol Struct.: THEOCHEM 1985, 121, 153.
18. Chelli, R.; Gervasio, F. L.; Gellini, C.; Procacci, P.; Cardini, G.; Schettino, V. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 5351.
19. Chelli, R.; Gervasio, F. L.; Gellini, C.; Procacci, P.; Cardini, G.; Schettino, V. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 11220.
20. Chelli, R.; Procacci, P.; Cardini, G.; Califano, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 879.
21. Soltwisch, M.; Steffen, B. Z. Naturforsch., A: Phys. Sci. 1981, 36, 1045.
22. Blieck, J.; Affouard, F.; Bordat, P.; Lerbret, A.; Descamps, M. Chem. Phys. 2005, 317, 253.
23. Jensen, M. O.; Park, S.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6731.
24. Grayson, P.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Biophys. J. 2003, 85, 36.
25. Lu, D.; Grayson, P.; Schulten, K. Biophys. J. 2003, 85, 2977.
26. Dashnau, J. L.; Nucci, N. V.; Sharp, K. A.; Vanderkooi, J. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13670.
27. Kirschner, K. N.; Yongye, A. B.; Gonzalez-Outeirino, J.; Tschampel, S. M.; Daniels, C. R.; Foley, B. L.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2007, 29, 622-655.
28. Kosztin, I.; Schulten, K. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 238102(4).
29. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Lou, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, P.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8 AMBER 8; University of California: San Francisco, CA, 2004.
30. Basma, M.; Sundara, S.; Calgan, D.; Vernali, T.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1125.
31. Franci, M. M.; Carey, C.; Chirlian, L. E. J. Comput. Chem. 1996, 77, 367.
32. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
33. Darden, T.; York, D.; Pederson, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
34. Kirschner, K. N.; Woods, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10541.
35. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1977, 34, 1311.
36. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Lou, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9 AMBER 9; University of California: San Francisco, CA, 2006.
37. Rathore, N.; Chopra, M.; J. de Pablo, J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 024111.
38. Okur, A.; Wickstrom, L.; Layten, M.; Geney, R.; Song, K.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 420.
39. Haasnoot, C. A. G.; Deleeuw, F.; Altona, C. Tetrahedron 1981, 36, 2783.
40. Statistical Methods for Business and Economics, revised edition; Pfaffenberger, R. C., Patterson, J. H., Eds.; Richard D. Irwin: Homewood, IL, 1981.
41. Frisch, M. J. T. G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, J.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, A.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowshi, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
42. Mobli, M.; Almond, A. Org. Biomol. Chem. 2007, 4, 2243.
43. Lutnaes, O. B.; Ruden, T. A.; Helgaker, T. Magn. Reson. Chem. 2004, 42, S117.