3D structure determination of the Crh protein from highly ambiguous solid-state NMR restraints

Journal of the American Chemical Society

Volumn 130, Issue 11, 2008, Pages 3579-3589

  Loquet, Antoine ^a   Bardiaux, Benjamin ^b   Gardiennet, Carole ^a   Blanchet, Christophe ^a   Baldus, Marc ^c   Nilges, Michael ^b   Malliavin, Thérèse ^b   Böckmann, Anja ^a  

^a INSTITUT DE BIOLOGIE ET CHIMIE DES PROTÉINES   (France)

^b INSTITUT PASTEUR   (France)

^c MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOPHYSICAL CHEMISTRY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MAGIC-ANGLE SPINNING; MEMBRANE PROTEINS; ROOT-MEAN-SQUARE DEVIATION; STRUCTURAL RESTRAINTS;

ALGORITHMS; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; SOLID STATE REACTIONS; STATISTICAL METHODS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

PROTEINS;

CARBON 13; CRH PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; CALCULATION; CARBON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; CRYSTAL; FIBER; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; OPTICAL RESOLUTION; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; SOLID STATE; THREE DIMENSIONAL IMAGING; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

BACTERIAL PROTEINS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; PHOSPHOPROTEINS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; REFERENCE STANDARDS;

EID: 41449096392     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja078014t     Document Type: Article

References (64)

1. McDermott, A. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 554-561.
2. Luca, S.; Heise, H.; Baldus, M. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 858-865.
3. Böckmann, A. C. R. Chim. 2006, 9, 381-392.
4. Baldus, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 618-623.
5. Grommek, A.; Meier, B. H.; Ernst, M. Chem. Phys. Lett. 2006, 427, 404-409.
6. Hong, M.; Jakes, K. J. Biomol. NMR 1999, 14, 71-74.
7. Hong, M. J. Magn. Reson. 1999, 139, 389-401.
8. Castellani, F.; van Rossum, B.; Diehl, A.; Schubert, M.; Rehbein, K.; Oschkinat, H. Nature 2002, 420, 98-102.
9. Zech, S. G.; Wand, A. J.; McDermott, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8618-8626.
10. Ladizhansky, V.; Jaroniec, C. P.; Diehl, A.; Oschkinat, H.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6827-6833.
11. Ladizhansky, V.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 948-958.
12. Jaroniec, C. P.; Filip, C.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10728-10742.
13. Rienstra, C. M.; Hohwy, M.; Mueller, L. J.; Jaroniec, C. P.; Reif, B.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11908-11922.
14. Rienstra, C. M.; Tucker-Kellogg, L.; Jaroniec, C. P.; Hohwy, M.; Reif, B.; McMahon, M. T.; Tidor, B.; Lozano-Perez, T.; Griffin, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10260-10265.
15. Jaroniec, C. P.; MacPhee, C. E.; Bajaj, V. S.; McMahon, M. T.; Dobson, C. M.; Griffin, R. G. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 107, 711-716.
16. Paulson, E. K.; Morcombe, C. R.; Gaponenko, V.; Dancheck, B.; Byrd, R. A.; Zilm, K. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15831-15836.
17. Chevelkov, V.; van Rossum, B. J.; Castellani, F.; Rehbein, K.; Diehl, A.; Hohwy, M.; Steuernagel, S.; Engelke, F.; Oschkinat, H.; Reif, B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7788-7789.
18. Zhou, D. H.; Shea, J. J.; Nieuwkoop, A. J.; Franks, W. T.; Wylie, B. J.; Mullen, C.; Sandoz, D.; Rienstra, C. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2007.
19. Zhou, D. H.; Shah, G.; Cormos, M.; Mullen, C.; Sandoz, D.; Rienstra, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11791-801.
20. Lange, A.; Luca, S.; Baldus, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9704-9705.
21. Lange, A.; Seidel, K.; Verdier, L.; Luca, S.; Baldus, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12640-12648.
22. Heise, H.; Seidel, K.; Etzkorn, M.; Becker, S.; Baldus, M. J. Magn. Reson. 2005, 173, 64-74.
23. Seidel, K.; Etzkorn, M.; Heise, H.; Becker, S.; Baldus, M. Chembiochem 2005, 6, 1638-1647.
24. Lange, A.; Becker, S.; Seidel, K.; Giller, K.; Pongs, O.; Baldus, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 2-5.
25. Linge, J. P.; O'Donoghue, S. I; Nilges, M. Methods Enzymol. 2001, 339, 71-90.
26. Nilges, M. Proteins 1993, 17, 297-309.
27. Luh, F. Y.; Archer, S. J.; Domaille, P. J.; Smith, B. O.; Owen, D.; Brotherton, D. H.; Raine, A. R.; Xu, X.; Brizuela, L.; Brenner, S. L.; Laue, E. D. Nature 1997, 389, 999-1003.
28. Aghazadeh, B.; Zhu, K.; Kubiseski, T. J.; Liu, G. A.; Pawson, T.; Zheng, Y.; Rosen, M. K. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 1098-1107.
29. Mott, H. R.; Owen, D.; Nietlispach, D.; Lowe, P. N.; Manser, E.; Lim, L.; Laue, E. D. Nature 1999, 399, 384-388.
30. Nilges, M.; Macias, M. J.; O'Donoghue, S. l.; Oschkinat, H. J. Mol. Biol. 1997, 269, 408-422.
31. Fossi, M.; Castellani, F.; Nilges, M.; Oschkinat, H.; van Rossum, B. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 6151-6154.
32. Juy, M.; Penin, F.; Favier, A.; Galinier, A.; Montserret, R.; Haser, R.; Deutscher, J.; Böckmann, A. J. Mol. Biol. 2003, 332, 767-776.
33. Bewley, C. A.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6009-6016.
34. Kuszewski, J.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2337-2338.
35. Nilges, M. J. Mol. Biol. 1995, 245, 645-660.
36. Junius, F. K.; O'Donoghue, S. I.; Nilges, M.; Weiss, A. S.; King, G. F. J. Biol. Chem. 1996, 271, 13663-13667.
37. Galinier, A.; Haiech, J.; Kilhoffer, M. C.; Jaquinod, M.; Stulke, J.; Deutscher, J.; Martin-Verstraete, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 8439-8444.
38. Penin, F.; Favier, A.; Montserret, R.; Brutscher, B.; Deutscher, J.; Marion, D.; Galinier, A. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2001, 3, 429-432.
39. Böckmann, A.; Lange, A.; Galinier, A.; Luca, S.; Giraud, N.; Juy, M.; Heise, H.; Montserret, R.; Penin, F.; Baldus, M. J. Biomol. NMR 2003, 27, 323-339.
40. Metz, G.; Wu, X. L.; Smith, S. O. J. Magn. Reson. Ser. A 1994, 110, 219-227.
41. Hediger, S.; Meier, B. H.; Ernst, R. R. Chem. Phys. Lett. 1995, 240, 449-456.
42. Fung, B. M.; Khitrin, A. K.; Ermolaev, K. J. Magn. Reson. 2000, 142, 97-101.
43. Heise, H.; Hoyer, W.; Becker, S.; Andronesi, O. C.; Riedel, D.; Baldus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 15871-15876.
44. Takegoshi, K.; Nakamura, S.; Terao, T. Chem. Phys. Lett. 2001, 344, 631-637.
45. Cornilescu, G.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1999, 13, 289-302.
46. Gardiennet, C.; Loquet, A.; Etzkorn, M.; Heise, H.; Baldus, M.; Böckmann, A., J. Biomol. NMR, in press.
47. Brünger, A. T.; Adams, P. D.; Clore, G. M.; DeLano, W. L.; Gros, P.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Jiang, J. S.; Kuszewski, J.; Nilges, M.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Rice, L. M.; Simonson, T.; Warren, G. L. Acta Crystallogr., D 1998, 54, 905-921.
48. Rice, L. M.; Brunger, A. T. Proteins 1994, 19, 277-290.
49. Stein, E. G.; Rice, L. M.; Brunger, A. T. J. Magn. Reson. 1997, 124, 154-164.
50. Etzkorn, M.; Böckmann, A.; Lange, A.; Baldus, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14746-14751.
51. Fossi, M.; Oschkinat, H.; Nilges, M.; Ball, L. J. J. Magn. Reson. 2005, 175, 92-102.
52. Habeck, M.; Rieping, W.; Linge, J. P.; Nilges, M. Methods Mol. Biol. 2004, 278, 379-402.
53. Schwieters, C. D.; Kuszewski, J. J.; Tjandra, N.; Clore, G. M. J. Magn. Reson. 2003, 160, 65-73.
54. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 51-55.
55. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.; Moss, D. S.; Thornton, J. M. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283-291.
56. Takegoshi, K.; Nakamura, H.; Terao, T. Chem. Phys. Lett. 1999, 307, 295-302.
57. Morcombe, C. R.; Gaponenko, V.; Byrd, R. A.; Zilm, K. W. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7196-7197.
58. Linge, J. P.; Habeck, M.; Rieping, W.; Nilges, M. Bioinformatics 2003, 19, 315-316.
59. Fossi, M.; Linge, J.; Labudde, D.; Leitner, D.; Nilges, M.; Oschkinat, H. J. Biomol. NMR 2005, 31, 21-34.
60. Favier, A.; Brutscher, B.; Blackledge, M.; Galinier, A.; Deutscher, J.; Penin, F.; Marion, D. J. Mol. Biol. 2002, 317, 131-144.
61. Giraud, N.; Böckmann, A.; Lesage, A.; Penin, F.; Blackledge, M.; Emsley, L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11422-11423.
62. Castellani, F.; van Rossum, B. J.; Diehl, A.; Rehbein, K.; Oschkinat, H. Biochemistry 2003, 42, 11476-11483.
63. Peng, X.; Libich, D.; Janik, R.; Harauz, G.; Ladizhansky, V. J. Am. Chem. Soc. 2007.
64. Herrmann, T.; Güntert, P.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 2002, 24, 171-189.